BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-133B13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 80,438,091 - 80,570,096
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700016L21Rik, Dock10
Upstream geneAp1s3, Wdfy1, Mrpl44, Serpine2, EG433326, LOC665064, LOC100039325, A830043J08Rik, 2310015K22Rik, Cul3, EG620899
Downstream geneLOC665092, 9430031J16Rik, EG621020
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-133B13.bB6Ng01-133B13.g
ACCDH933738DH933739
length1,1071,100
definitionDH933738|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133B13, 5' end.DH933739|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133B13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,438,091 - 80,439,224)(80,568,972 - 80,570,096)
sequence
gaattcattgaaatggttaaaagatagcctggtctttaaacaaaaagtac
tcattgtgctatattttaaaagaagatttatcatataatttttgattgaa
gttctttggtgctattcattgcttaaatctttgtaagttgctgaacaaaa
ggctgacattgtcttgtgcagaatttaagctgcagaaaggatattggacc
gtgagacagaaaatgagtttttttgtgtgatgtaaacatggtgtccctaa
ttccctgtgcaggattctgaatgcatctctactttcattacccttgaatg
taacaaccacatcttgttcctaatgtcacttctctcaggacaattacctc
ttcagcacttcctggcagttgactactctctactttgcatagtttagctc
attaaatctttgagaggtagagaatgctagaatatcttcatgtatcagac
tgaggatccaagacttaaagggacctattaatgatgctaaagatcttata
gacgtgttagagaggaggctgtttgatttcaattttgtgtacctttcact
gaaagactgacaattattacggcaaactatcacttttacaatttaagtga
ttgtctacctgtttctgggagtgttgagactctcatctaaactccaagat
tgtaatgctgctcttcttggaatagcttctggaagatcagctctttaatc
tggggtttagattagagatcaagcttcagtgtgactctaaaaataccagg
aaaacagtgaagatacaggagaatttaggatatttttgcagtttattaaa
atgtgaagtcaagaagaaaatgtctgctacaggtaatattttagtcattt
tcaataccaaacttaacaataatctgtttattctctctttgcaaggattc
ttttattttattagatattttcttcatttacatttcaatgctatcccctt
tcctagtttcctctctgaaagtccctatcccttccactgctctgctccca
cccaccactccactctggcctggtatccctgtactaggcatatgatcttc
gaagacagcttctcctccagtatggcgactagcatcttgctactatgcag
ctagaga
gaattcaaaaattcagatgacgatggagccaagcccatgaaggtgagtca
agtcatctgaggacacagcatgagaggaagggcaaccaccttgctctttt
gcaccacagagggatatattatatgagtatggttaaatgaggagcaatcc
tgggcattggttttagatctcctgaaaatgtctctgactttacaaccatc
actaactccatcaaaaatgctagcctcccagggatcttcacctcatgatt
tagaaaaaggaaagtcattaagatgtgaaatagtctgcccagtgcacaat
tagttcacctcttggctgtgcatgcttgatttgtagcagtacatccagtc
tgccttcatccagtcttcatagaaaggttactatacccaggcatattgga
tagataatgcaggatgtccccagagagctcatatttatgaagaggcctgt
tgcctaatacaaaatgctcatatttatgaagcccagtgcccaagggactc
taaaataacagtccaagttgttgatcacatgggttaataatgtcactatt
ttgacctgtaaatctttcatgaggacgagttggtttgaatgaaactggaa
tctagccaagctttagaaccttaactctagacaagagttggttcaatggt
ccccaacaggaagtcatccttcagggatctgtcttgaacattaactcata
tttatgatagtcaaaagtcatacagcaagttgattcactattttaccctg
gtgccatacctgtaagatgaataaagggtttaggtggtctttgatgtccc
attgcgtagtacatacaggacaatgtacccataaagttcaaagttaactg
gatgtcatcctgggaagtaaatcacaaagtatgccttagtactggaattg
ggaacggaagagttgattgtttgaatatttcaggcactcacagtgttccc
tccttacttctaaacagtgtatttatgggaaactgagggccctcttcact
ctctgcttacacggctgtgctacaccatctcaaattcagatttcccgatg
aggtagatcggcccattgctctgcctaagctctgggtgatgtcaggaaac

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_80438091_80439224
seq2: B6Ng01-133B13.b_48_1154

seq1  GAATTCATTGAAATGGTTAAAAGATAGCCTGGTCTTTAAACAAAAAGTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGAAATGGTTAAAAGATAGCCTGGTCTTTAAACAAAAAGTAC  50

seq1  TCATTGTGCTATATTTTAAAAGAAGATTTATCATATAATTTTTGATTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTGCTATATTTTAAAAGAAGATTTATCATATAATTTTTGATTGAA  100

seq1  GTTCTTTGGTGCTATTCATTGCTTAAATCTTTGTAAGTTGCTGAACAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTGGTGCTATTCATTGCTTAAATCTTTGTAAGTTGCTGAACAAAA  150

seq1  GGCTGACATTGTCTTGTGCAGAATTTAAGCTGCAGAAAGGATATTGGACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGACATTGTCTTGTGCAGAATTTAAGCTGCAGAAAGGATATTGGACC  200

seq1  GTGAGACAGAAAATGAGTTTTTTTGTGTGATGTAAACATGGTGTCCCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACAGAAAATGAGTTTTTTTGTGTGATGTAAACATGGTGTCCCTAA  250

seq1  TTCCCTGTGCAGGATTCTGAATGCATCTCTACTTTCATTACCCTTGAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGTGCAGGATTCTGAATGCATCTCTACTTTCATTACCCTTGAATG  300

seq1  TAACAACCACATCTTGTTCCTAATGTCACTTCTCTCAGGACAATTACCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAACCACATCTTGTTCCTAATGTCACTTCTCTCAGGACAATTACCTC  350

seq1  TTCAGCACTTCCTGGCAGTTGACTACTCTCTACTTTGCATAGTTTAGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCACTTCCTGGCAGTTGACTACTCTCTACTTTGCATAGTTTAGCTC  400

seq1  ATTAAATCTTTGAGAGGTAGAGAATGCTAGAATATCTTCATGTATCAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATCTTTGAGAGGTAGAGAATGCTAGAATATCTTCATGTATCAGAC  450

seq1  TGAGGATCCAAGACTTAAAGGGACCTATTAATGATGCTAAAGATCTTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGATCCAAGACTTAAAGGGACCTATTAATGATGCTAAAGATCTTATA  500

seq1  GACGTGTTAGAGAGGAGGCTGTTTGATTTCAATTTTGTGTACCTTTCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTGTTAGAGAGGAGGCTGTTTGATTTCAATTTTGTGTACCTTTCACT  550

seq1  GAAAGACTGACAATTATTACGGCAAACTATCACTTTTACAATTTAAGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACTGACAATTATTACGGCAAACTATCACTTTTACAATTTAAGTGA  600

seq1  TTGTCTACCTGTTTCTGGGAGTGTTGAGACTCTCATCTAAACTCCAAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTACCTGTTTCTGGGAGTGTTGAGACTCTCATCTAAACTCCAAGAT  650

seq1  TGTAATGCTGCTCTTCTTGGAATAGCTTCTGGAAGATCAGCTCTTTAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATGCTGCTCTTCTTGGAATAGCTTCTGGAAGATCAGCTCTTTAATC  700

seq1  TGGGGTTTAGATTAGAGATCAAGCTTCAGTGTGACTCTAAAAATACCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTTTAGATTAGAGATCAAGCTTCAGTGTGACTCTAAAAATACCAGG  750

seq1  AAAACAGTGAAGATACAGGAGAATTTAGGATATTTTTGCAGTTTATTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGTGAAGATACAGGAGAATTTAGGATATTTTTGCAGTTTATTAAA  800

seq1  ATGTGAAGTCAAGAAGAAAATGTCTGCTACAGGTAATATTTTAGTCATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAAGTCAAGAAGAAAATGTCTGCTACAGGTAATATTTTAGTCATTT  850

seq1  TCAATACCAAACTTAACAATAATCTGTTTATTCTCTCTTTGCAAGGATTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATACCAAACTTAACAATAATCTGTTTATTCTCTCTTTGCAAGGATTC  900

seq1  TTTTATTTTTATTAGATATTTTCTTCATTTACATTTCAAATGCTATCCCC  950
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTTA-TTTTATTAGATATTTTCTTCATTTACATTTC-AATGCTATCCCC  948

seq1  TTTCCTAGTTTCCTCTCTGAAAGTCCCCTATCCCCTCCCACTGCTCTGCT  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||
seq2  TTTCCTAGTTTCCTCTCTGAAAGT-CCCTAT-CCCTTCCACTGCTCTGCT  996

seq1  CCCCAACCCACCCACTCCCACTTCCTGGCCCTGGTATTCCCCTGTACTAG  1050
      |||  ||||| ||||| |||||  |||| ||||||||  |||||||||| 
seq2  CCC--ACCCA-CCACT-CCACT--CTGG-CCTGGTAT--CCCTGTACTA-  1036

seq1  GGCATATGATCTTCGAAAGACCAAGGGCCTCTCCTCCCAGTGATGGCCGA  1100
      ||||||||||||||| |||||     || |||||| ||||| |||| |||
seq2  GGCATATGATCTTCG-AAGAC----AGCTTCTCCT-CCAGT-ATGG-CGA  1078

seq1  CTAGGCCATCCTTTGCTACATATGCAGCTAGAGA  1134
      ||||  ||||  ||||||| ||||||||||||||
seq2  CTAG--CATC--TTGCTAC-TATGCAGCTAGAGA  1107

seq1: chr1_80568972_80570096
seq2: B6Ng01-133B13.g_68_1167 (reverse)

seq1  GTTTCCCTGACCCACTCACCCAGGAGCTTTAGGCAGAGGCAATGGGGGCC  50
      |||| ||||||    ||||||| |||| ||||||||| ||||||||   |
seq2  GTTT-CCTGAC---ATCACCCA-GAGC-TTAGGCAGA-GCAATGGG---C  40

seq1  CGATACTTACCTCATCAGAGAAATCTGGATTTTGAGAATGGTGTAGCACA  100
      ||||   ||||||||| | ||||||| || |||||| |||||||||||||
seq2  CGAT--CTACCTCATC-GGGAAATCT-GAATTTGAG-ATGGTGTAGCACA  85

seq1  GCCGTGTAGGCAGAGGAAGTGAAGAGGGGCCCTCCAGGTTTCCCATAAAT  150
      |||||||| ||||||  |||||||| ||||||||   |||||||||||||
seq2  GCCGTGTAAGCAGAG--AGTGAAGA-GGGCCCTC--AGTTTCCCATAAAT  130

seq1  ACACTGTTTAGAAGGTTAGGAGGGAAACAACTGTGAGTGCCTGAAAATAT  200
      ||||||||||||| || |||||||||   |||||||||||||| ||||||
seq2  ACACTGTTTAGAA-GTAAGGAGGGAA--CACTGTGAGTGCCTG-AAATAT  176

seq1  TCAAAACAATCAACTCTTCCGTTCCCAATTCCAGTACTAAGGCATACTTT  250
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-AAACAATCAACTCTTCCGTTCCCAATTCCAGTACTAAGGCATACTTT  225

seq1  GTGATTTACTTCCCAGGATGACATCCAGTTAACTTTGAACTTTATGGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTACTTCCCAGGATGACATCCAGTTAACTTTGAACTTTATGGGTA  275

seq1  CATTGTCCTGTATGTACTACGCAATGGGACATCAAAGACCACCTAAACCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTCCTGTATGTACTACGCAATGGGACATCAAAGACCACCTAAACCC  325

seq1  TTTATTCATCTTACAGGTATGGCACCAGGGTAAAATAGTGAATCAACTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCATCTTACAGGTATGGCACCAGGGTAAAATAGTGAATCAACTTG  375

seq1  CTGTATGACTTTTGACTATCATAAATATGAGTTAATGTTCAAGACAGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGACTTTTGACTATCATAAATATGAGTTAATGTTCAAGACAGATC  425

seq1  CCTGAAGGATGACTTCCTGTTGGGGACCATTGAACCAACTCTTGTCTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGGATGACTTCCTGTTGGGGACCATTGAACCAACTCTTGTCTAGA  475

seq1  GTTAAGGTTCTAAAGCTTGGCTAGATTCCAGTTTCATTCAAACCAACTCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGGTTCTAAAGCTTGGCTAGATTCCAGTTTCATTCAAACCAACTCG  525

seq1  TCCTCATGAAAGATTTACAGGTCAAAATAGTGACATTATTAACCCATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATGAAAGATTTACAGGTCAAAATAGTGACATTATTAACCCATGTG  575

seq1  ATCAACAACTTGGACTGTTATTTTAGAGTCCCTTGGGCACTGGGCTTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACAACTTGGACTGTTATTTTAGAGTCCCTTGGGCACTGGGCTTCAT  625

seq1  AAATATGAGCATTTTGTATTAGGCAACAGGCCTCTTCATAAATATGAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGAGCATTTTGTATTAGGCAACAGGCCTCTTCATAAATATGAGCT  675

seq1  CTCTGGGGACATCCTGCATTATCTATCCAATATGCCTGGGTATAGTAACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGGACATCCTGCATTATCTATCCAATATGCCTGGGTATAGTAACC  725

seq1  TTTCTATGAAGACTGGATGAAGGCAGACTGGATGTACTGCTACAAATCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATGAAGACTGGATGAAGGCAGACTGGATGTACTGCTACAAATCAA  775

seq1  GCATGCACAGCCAAGAGGTGAACTAATTGTGCACTGGGCAGACTATTTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCACAGCCAAGAGGTGAACTAATTGTGCACTGGGCAGACTATTTCA  825

seq1  CATCTTAATGACTTTCCTTTTTCTAAATCATGAGGTGAAGATCCCTGGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTAATGACTTTCCTTTTTCTAAATCATGAGGTGAAGATCCCTGGGA  875

seq1  GGCTAGCATTTTTGATGGAGTTAGTGATGGTTGTAAAGTCAGAGACATTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGCATTTTTGATGGAGTTAGTGATGGTTGTAAAGTCAGAGACATTT  925

seq1  TCAGGAGATCTAAAACCAATGCCCAGGATTGCTCCTCATTTAACCATACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGATCTAAAACCAATGCCCAGGATTGCTCCTCATTTAACCATACT  975

seq1  CATATAATATATCCCTCTGTGGTGCAAAAGAGCAAGGTGGTTGCCCTTCC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAATATATCCCTCTGTGGTGCAAAAGAGCAAGGTGGTTGCCCTTCC  1025

seq1  TCTCATGCTGTGTCCTCAGATGACTTGACTCACCTTCATGGGCTTGGCTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGCTGTGTCCTCAGATGACTTGACTCACCTTCATGGGCTTGGCTC  1075

seq1  CATCGTCATCTGAATTTTTGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGTCATCTGAATTTTTGAATTC  1100