BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-133E04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 181,269,299 - 181,403,631
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSmyd3
Upstream geneEfcab2, D230039L06Rik, Kif26b, LOC666354
Downstream geneLOC433941, Tfb2m, LOC100040874, 9630058J23Rik, Sccpdh, Gm1305, Ahctf1, LOC100040914, LOC100042190, Cdc42bpa, Cabc1, Psen2, EG277333, Itpkb, 6330403A02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-133E04.bB6Ng01-133E04.g
ACCDH933852DH933853
length9971,146
definitionDH933852|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133E04, 5' end.DH933853|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133E04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(181,402,996 - 181,403,631)(181,269,299 - 181,270,475)
sequence
gaattcaggacctctggaagagcagtcagtgctcttaacggctgagccat
ctctccagcccagatcaacacattctaattgacttatttaataatctgcc
cagtttctccaagaagtggacaattttgcagcctgccccatgtgctgact
agtgtcatgtcagcgtcatacaagctagagtcacttggaaaagggaacct
ctgttgagaatgtgcacctaatagattggattgtgggcaagccagtgagt
gtataggcatatgttcttaacagcttactttaataagggttcagcttccc
ctctagcccactgcccaccattagtgggaaagaaaagttattaagacttg
gaggaagtagaccactttagaaataattctttggggttgagtccagtctt
ggttgtcaggacatcagcagttgagttcagtagtgtcaggatagcaaaca
cagatcagcagctgcagtccattcagcaatcaccacccacaaatcagcaa
tggcagttcaatgcagaaaccacaagactctggtaattcgcccgagtcct
cggaagtggcaagaggctacaggaacctcacgagaagttccttggtgagt
ttacctctgtgacatcaccacaagcgaagctcagcagcgcaatgtaaggc
gaaccaatacatgtgtgttgtcagcgaagaagaaggagatggagccaggc
gaaccagtgtttgagttcccactgtctgtggggtcatatataaatataaa
ttccttcttgtgtctgctttaacaaaacacccttttacctgtgtgcccca
gcaagacatcgtttgacctaactgacttcccaagaaaccagaagtttcct
gggtctataagaaagcaagctgaataaatctatgaggagaaagtcaggaa
gcagcacccctctctccatggcctctcctcctgttgctttctctaggttc
ctaccctgagtttctgcccccttactcagggatggacttagaagctg
gaattctcagcagtaaaataaaggctggtagcccctgcgttttcattagt
tttccagtaacactggatgcagtgtgaattataatgaagcagaaagcagc
agcaggccctttaaaggacatatagggaacagagagaagcactcccattc
acatggccacagacactggccagtccaggccaccaccgtgccctatgaac
tttagtaaccatgaggtatgtcatgtaggaaaatatttcattaacctgca
tgataagaagtgcttgattgctaacgcagtaagccatgcatgccataaaa
acacagaacagaatatagaatgatataaatctgctaaaatgtctgtaata
agccttcatgactacgtgatttgaaactagaaaatgtttcctatgttttg
tttcaatggaagtaaaacctttagggaaaacctagggtgtcaatccagtt
taacaggagagagcaatgtggacagaaagacagaaaatgatgataggaca
ttgagacacatctcacaacacagccagtcatctcggcattcgatttctaa
cttcttactgtcaaaacagtaggtcttctggacagcttaggttggaaaaa
aaaaaaaaaaaacagacaaaaagccactaacatcttgccaatggacctgc
cctaagtataaagttagagccactaacatcttaccaatagacctgcccta
agtataaagttagagacactaacatcttgccaatggacctgccctgagta
taaagttagagacactaacatcttaccaatggacctgccctgagtataaa
gttagagacactaacatcttaccaatggacctgccctaagtataaagtta
gagccactaacatcttaccaatggacctgccctgagtataaagttagagc
cacaagcatcttagcagtggacctgccctgagtataaagctggagataaa
gatgaacctgccttacccattacattttggtgtcttatgcatatgctatt
tctacacataccctaatttagccctctagtcacagactgagagttattct
cagttctactagaagcatgcttctagcatataatgagttcttctatgttt
ttagagttattactatcgggagtgcaatgaactcaacccatgttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_181402996_181403631
seq2: B6Ng01-133E04.b_45_680 (reverse)

seq1  TGCTGAGCTTCGCTTGTGGTGATGTCACAGAGGTAAACTCACCAAGGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGCTTCGCTTGTGGTGATGTCACAGAGGTAAACTCACCAAGGAAC  50

seq1  TTCTCGTGAGGTTCCTGTAGCCTCTTGCCACTTCCGAGGACTCGGGCGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCGTGAGGTTCCTGTAGCCTCTTGCCACTTCCGAGGACTCGGGCGAA  100

seq1  TTACCAGAGTCTTGTGGTTTCTGCATTGAACTGCCATTGCTGATTTGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAGAGTCTTGTGGTTTCTGCATTGAACTGCCATTGCTGATTTGTGG  150

seq1  GTGGTGATTGCTGAATGGACTGCAGCTGCTGATCTGTGTTTGCTATCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGATTGCTGAATGGACTGCAGCTGCTGATCTGTGTTTGCTATCCTG  200

seq1  ACACTACTGAACTCAACTGCTGATGTCCTGACAACCAAGACTGGACTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTACTGAACTCAACTGCTGATGTCCTGACAACCAAGACTGGACTCAA  250

seq1  CCCCAAAGAATTATTTCTAAAGTGGTCTACTTCCTCCAAGTCTTAATAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAGAATTATTTCTAAAGTGGTCTACTTCCTCCAAGTCTTAATAAC  300

seq1  TTTTCTTTCCCACTAATGGTGGGCAGTGGGCTAGAGGGGAAGCTGAACCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTCCCACTAATGGTGGGCAGTGGGCTAGAGGGGAAGCTGAACCC  350

seq1  TTATTAAAGTAAGCTGTTAAGAACATATGCCTATACACTCACTGGCTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAAGTAAGCTGTTAAGAACATATGCCTATACACTCACTGGCTTGC  400

seq1  CCACAATCCAATCTATTAGGTGCACATTCTCAACAGAGGTTCCCTTTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAATCCAATCTATTAGGTGCACATTCTCAACAGAGGTTCCCTTTTCC  450

seq1  AAGTGACTCTAGCTTGTATGACGCTGACATGACACTAGTCAGCACATGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGACTCTAGCTTGTATGACGCTGACATGACACTAGTCAGCACATGGG  500

seq1  GCAGGCTGCAAAATTGTCCACTTCTTGGAGAAACTGGGCAGATTATTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTGCAAAATTGTCCACTTCTTGGAGAAACTGGGCAGATTATTAAA  550

seq1  TAAGTCAATTAGAATGTGTTGATCTGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCCGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCAATTAGAATGTGTTGATCTGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCCGTT  600

seq1  AAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAATTC  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAATTC  636

seq1: chr1_181269299_181270475
seq2: B6Ng01-133E04.g_66_1211

seq1  GAATTCTCAGCAGTAAAATAAAGGCTGGTAGCCCCTGCGTTTTCATTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCAGTAAAATAAAGGCTGGTAGCCCCTGCGTTTTCATTAGT  50

seq1  TTTCCAGTAACACTGGATGCAGTGTGAATTATAATGAAGCAGAAAGCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGTAACACTGGATGCAGTGTGAATTATAATGAAGCAGAAAGCAGC  100

seq1  AGCAGGCCCTTTAAAGGACATATAGGGAACAGAGAGAAGCACTCCCATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGCCCTTTAAAGGACATATAGGGAACAGAGAGAAGCACTCCCATTC  150

seq1  ACATGGCCACAGACACTGGCCAGTCCAGGCCACCACCGTGCCCTATGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCCACAGACACTGGCCAGTCCAGGCCACCACCGTGCCCTATGAAC  200

seq1  TTTAGTAACCATGAGGTATGTCATGTAGGAAAATATTTCATTAACCTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTAACCATGAGGTATGTCATGTAGGAAAATATTTCATTAACCTGCA  250

seq1  TGATAAGAAGTGCTTGATTGCTAACGCAGTAAGCCATGCATGCCATAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAGAAGTGCTTGATTGCTAACGCAGTAAGCCATGCATGCCATAAAA  300

seq1  ACACAGAACAGAATATAGAATGATATAAATCTGCTAAAATGTCTGTAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAACAGAATATAGAATGATATAAATCTGCTAAAATGTCTGTAATA  350

seq1  AGCCTTCATGACTACGTGATTTGAAACTAGAAAATGTTTCCTATGTTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCATGACTACGTGATTTGAAACTAGAAAATGTTTCCTATGTTTTG  400

seq1  TTTCAATGGAAGTAAAACCTTTAGGGAAAACCTAGGGTGTCAATCCAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATGGAAGTAAAACCTTTAGGGAAAACCTAGGGTGTCAATCCAGTT  450

seq1  TAACAGGAGAGAGCAATGTGGACAGAAAGACAGAAAATGATGATAGGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGGAGAGAGCAATGTGGACAGAAAGACAGAAAATGATGATAGGACA  500

seq1  TTGAGACACATCTCACAACACAGCCAGTCATCTCGGCATTCGATTTCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGACACATCTCACAACACAGCCAGTCATCTCGGCATTCGATTTCTAA  550

seq1  CTTCTTACTGTCAAAACAGTAGGTCTTCTGGACAGCTTAGGTTGGAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTACTGTCAAAACAGTAGGTCTTCTGGACAGCTTAGGTTGGAAAAA  600

seq1  AAAAAAAAAAAACAGACAAAAAGCCACTAACATCTTGCCAATGGACCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAACAGACAAAAAGCCACTAACATCTTGCCAATGGACCTGC  650

seq1  CCTAAGTATAAAGTTAGAGCCACTAACATCTTACCAATAGACCTGCCCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGTATAAAGTTAGAGCCACTAACATCTTACCAATAGACCTGCCCTA  700

seq1  AGTATAAAGTTAGAGACACTAACATCTTGCCAATGGACCTGCCCTGAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAAAGTTAGAGACACTAACATCTTGCCAATGGACCTGCCCTGAGTA  750

seq1  TAAAGTTAGAGACACTAACATCTTACCAATGGACCTGCCCTGAGTATAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTAGAGACACTAACATCTTACCAATGGACCTGCCCTGAGTATAAA  800

seq1  GTTAGAGACACTAACATCTTACCAATGGACCTGCCCTAAGTATAAAGTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAGACACTAACATCTTACCAATGGACCTGCCCTAAGTATAAAGTTA  850

seq1  GAGCCACTAACATCTTACCAATGGACCTGCCCTGAGTATAAAGTTAGAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCACTAACATCTTACCAATGGACCTGCCCTGAGTATAAAGTTAGAGC  900

seq1  CACAAGCATCTTAGCAGTGGACCTGCCCTGAGTATAAAGCTGGAGGATAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
seq2  CACAAGCATCTTAGCAGTGGACCTGCCCTGAGTATAAAGCTGGA-GAT-A  948

seq1  AAGATGAACCTGCCTTTACCCATTACAATTTTGGTGTCTTATGCAATATG  1000
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  AAGATGAACCTGCC-TTACCCATTAC-ATTTTGGTGTCTTATGC-ATATG  995

seq1  CTAATTTCTACCACAATAACCCTAAATTTAAGCCCTTCTAGTCAACCAGA  1050
      || ||||||| ||||   |||||||  || ||||| ||||||||  ||||
seq2  CT-ATTTCTA-CACA--TACCCTAA--TTTAGCCC-TCTAGTCA--CAGA  1036

seq1  CTGAAGAGTTATTCTCAGTTTCTACTAGAAAGCATTGCCTTCTAGCCATA  1100
      ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||   ||||||| ||||
seq2  CTG-AGAGTTATTCTCAG-TTCTACTAG-AAGCAT--GCTTCTAG-CATA  1080

seq1  TAATGAGGTCTCTCCTATGTTTATAAGAGTTATTTACTATCAGGAAGTTG  1150
      |||||||   ||| |||||||| | ||||||| |||||||| || |||  
seq2  TAATGAG--TTCTTCTATGTTT-TTAGAGTTA-TTACTATC-GGGAGT--  1123

seq1  GCATTAGAACACTCAACCCCATGTTCA  1177
      ||| | ||  |||||| ||||||||||
seq2  GCAAT-GA--ACTCAA-CCCATGTTCA  1146