BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-135K22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 73,953,396 - 74,102,702
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTns1
Upstream geneLOC672187, LOC100042860, Tnp1, 1700027A15Rik, Pinc, LOC672208, LOC100043291
Downstream geneRufy4, Il8rb, Il8ra, Arpc2, Gpbar1, Aamp, Pnkd, Tmbim1, 2410125D13Rik, Gm216, Slc11a1, Ctdsp1, Vil1, Usp37, Rqcd1, Plcd4, Zfp142, Bcs1l, Rnf25, Stk36, Ttll4, Cyp27a1, Prkag3, Wnt6, Wnt10a, LOC100042901, Cdk5r2, Fev, Cryba2, Ccdc108, Ihh, Nhej1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-135K22.bB6Ng01-135K22.g
ACCDH935658DH935659
length1,1271,074
definitionDH935658|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135K22, 5' end.DH935659|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135K22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,953,396 - 73,954,520)(74,101,631 - 74,102,702)
sequence
gaattcagagcgggctgatttcctgataccagaggctgtttgacaccccc
tccttccaacccccagctcacagctctgccctcttccacaaaatctcgat
gtcttggtttgcttcatactgcagtgataaaacaccaggaccaatagcaa
tatcatggagggagggcagggcaggaactcaaagcaggaacctagaggca
ggaactgaagcagaggccatggaggagtgctgcttgctggactgttcttt
attcagcccaggacacacactcaggggtggcaccacccacagtggtctgg
gcactctctctcacatcaattattaaacaagaaaatgccccctgagactc
acctacaggtcaatttgatgaagttcctcaactgatgttcctcctccata
gatgactctaatgttgtcaagtagacacacagataaccagcacagcagcc
cgtcagtagccacgacgtcagccggtccgtaaccacaacgtcagcccgtt
cgtagtcatgacgtcagcccgtccgtagccacgatgtcagcctgtctgta
gccatgacgtcagctcagctcatccgtaaccacgacgtcagcccgtctat
agccatgacgtcagcccgtctgtagccacgtcagctcgtccgtagccacg
acgtcagcccctccacgacgtcagcccctccgtaaccacatgtgtgcacc
atgccctgacctccaagtttgtctttcacagcaccaccccgctaaccggt
ccatcccagcatctctcagtgggaggaactctgaaaccatctcagaattc
tagatggctagaccctaggacacttgatggaaggaacaggaaaatacatg
cctgtgtggagacagcacacatgaggggctgcatcgcctgtatgtgcctc
tgtgtgcatctctgtgagtgctgtgtgtctgtgagtgtctatgcatctgg
gtctgttgtgtgcccatgtgcacacacacgacttgtgtagttgtgtttgt
gcatctttatgtatgtaattgtctgttttgttgtatgcacatgtgctgtc
ctgtccggtgtttcattatctgtagaagatggggcacccagtcacaacta
cccattggttcggtaccctactcaatg
gaattcaggtctagtgtgcctaggcttctagatgggatctgggcatagcc
agtccttcctttcatccctagaatgtgagaaatcctgctgataattggca
tgtgtggagtcagcgggattttcatggccatgtttgaaggggagtgacag
tgtcccctcacagggtagattttcagctgcttccagctttgggaagggac
aaccccaagttggaataactgtctttctttctggggacacagctatactg
cccttctttcccatgagggctgaagtagtctgtcagttcctctttctggt
ctgatcagcttgggaccagagagaccaagcagagagaccgaggtggttta
ccacggatccccggcaggaattgtggtcatgtggcaggtgactgtgtgga
tatgtaagtgtaacttgaggaagacgctgaggtggtggtggatgtgacct
agagaaccagagggaccttctggggtgtgaactagtgggagagccagctg
cccttctgactggacagagctccctgcagttcttcaggggcctgattttc
ccaaaggctagaatggtaccatgggaacttgggagaaagagacgctgtgc
tatgtaagggaagaactttaaatatatctaatcacccctcccataggact
ttgatttctgtattggttactttcatgttgctggggccacagcacctgag
tgaaataacacaaagcaagaacattccattttggctcatggtttttagag
ggtttcaatacattatgactgggaaggtgtaacaaattagttggaacaaa
ttagtttttgccagtagtgttgtgcggcagaaggctattcacattatagt
aggcaaagaagcggagagcaaggcagaaaccagggtttagccttaaaagc
cacactcctagtgacccactctcccaccttgcctcaccagcatgagaatc
ccacccccgctcccaacaaccttcacaagctgaggaacaaggccaaacac
cgagcttggtgggacattaaccattcaaatatgtacagcattcttgctac
ccttactgtgggccagtggccttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_73953396_73954520
seq2: B6Ng01-135K22.b_48_1174

seq1  GAATTCAGAGCGGGCTGATTTCCTGATACCAGAGGCTGTTTGACACCCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGCGGGCTGATTTCCTGATACCAGAGGCTGTTTGACACCCCC  50

seq1  TCCTTCCAACCCCCAGCTCACAGCTCTGCCCTCTTCCACAAAATCTCGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCAACCCCCAGCTCACAGCTCTGCCCTCTTCCACAAAATCTCGAT  100

seq1  GTCTTGGTTTGCTTCATACTGCAGTGATAAAACACCAGGACCAATAGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGTTTGCTTCATACTGCAGTGATAAAACACCAGGACCAATAGCAA  150

seq1  TATCATGGAGGGAGGGCAGGGCAGGAACTCAAAGCAGGAACCTAGAGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATGGAGGGAGGGCAGGGCAGGAACTCAAAGCAGGAACCTAGAGGCA  200

seq1  GGAACTGAAGCAGAGGCCATGGAGGAGTGCTGCTTGCTGGACTGTTCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGAAGCAGAGGCCATGGAGGAGTGCTGCTTGCTGGACTGTTCTTT  250

seq1  ATTCAGCCCAGGACACACACTCAGGGGTGGCACCACCCACAGTGGTCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGCCCAGGACACACACTCAGGGGTGGCACCACCCACAGTGGTCTGG  300

seq1  GCACTCTCTCTCACATCAATTATTAAACAAGAAAATGCCCCCTGAGACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTCTCTCACATCAATTATTAAACAAGAAAATGCCCCCTGAGACTC  350

seq1  ACCTACAGGTCAATTTGATGAAGTTCCTCAACTGATGTTCCTCCTCCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACAGGTCAATTTGATGAAGTTCCTCAACTGATGTTCCTCCTCCATA  400

seq1  GATGACTCTAATGTTGTCAAGTAGACACACAGATAACCAGCACAGCAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTCTAATGTTGTCAAGTAGACACACAGATAACCAGCACAGCAGCC  450

seq1  CGTCAGTAGCCACGACGTCAGCCGGTCCGTAACCACAACGTCAGCCCGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCAGTAGCCACGACGTCAGCCGGTCCGTAACCACAACGTCAGCCCGTT  500

seq1  CGTAGTCATGACGTCAGCCCGTCCGTAGCCACGATGTCAGCCTGTCTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAGTCATGACGTCAGCCCGTCCGTAGCCACGATGTCAGCCTGTCTGTA  550

seq1  GCCATGACGTCAGCTCAGCTCATCCGTAACCACGACGTCAGCCCGTCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGACGTCAGCTCAGCTCATCCGTAACCACGACGTCAGCCCGTCTAT  600

seq1  AGCCATGACGTCAGCCCGTCTGTAGCCACGTCAGCTCGTCCGTAGCCACG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGACGTCAGCCCGTCTGTAGCCACGTCAGCTCGTCCGTAGCCACG  650

seq1  ACGTCAGCCCCTCCACGACGTCAGCCCCTCCGTAACCACATGTGTGCACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCAGCCCCTCCACGACGTCAGCCCCTCCGTAACCACATGTGTGCACC  700

seq1  ATGCCCTGACCTCCAAGTTTGTCTTTCACAGCACCACCCCGCTAACCGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCTGACCTCCAAGTTTGTCTTTCACAGCACCACCCCGCTAACCGGT  750

seq1  CCATCCCAGCATCTCTCAGTGGGAGGAACTCTGAAACCATCTCAGAATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCAGCATCTCTCAGTGGGAGGAACTCTGAAACCATCTCAGAATTC  800

seq1  TAGATGGCTAGACCCTAGGACACTTGATGGAAGGAACAGGAAAATACATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGGCTAGACCCTAGGACACTTGATGGAAGGAACAGGAAAATACATG  850

seq1  CCTGTGTGGAGACAGCACACATGAGGGGCTGCATCGCCTGTATGTGCCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTGGAGACAGCACACATGAGGGGCTGCATCGCCTGTATGTGCCTC  900

seq1  TGTGTGCATCTCTGTGAGTGCTGTGTGTCTGTGAGTGTCTATGCATCTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCATCTCTGTGAGTGCTGTGTGTCTGTGAGTGTCTATGCATCTGG  950

seq1  GTCTGTTGTGTGCCCATGTGCACACAACACGAC-TGTGTAGTTGTGTATG  999
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||
seq2  GTCTGTTGTGTGCCCATGTGCACAC-ACACGACTTGTGTAGTTGTGTTTG  999

seq1  TGCATCTTTATGTATGTAAATGTCTGTTT--GTGTATGCACATGTGCTGT  1047
      ||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTTTATGTATGTAATTGTCTGTTTTGTTGTATGCACATGTGCTGT  1049

seq1  TCTGTCCGGGTGTTCATTATCTGTAGAGTAT-GTGCACACAGTCACACAC  1096
       ||||||||   |||||||||||||||  || | |||| |||||||| ||
seq2  CCTGTCCGGTGTTTCATTATCTGTAGAAGATGGGGCACCCAGTCACA-AC  1098

seq1  TACACATTTGGTTCGTTA-CCTCATCAATG  1125
      ||| || |||||||| || |||  ||||||
seq2  TACCCA-TTGGTTCGGTACCCTACTCAATG  1127

seq1: chr1_74101631_74102702
seq2: B6Ng01-135K22.g_69_1142 (reverse)

seq1  AAAGGCCACTGGCCCACAGTAA-GGTAGCAAG-ATGCTGTTACTATTTG-  47
      |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||   |||||| 
seq2  AAAGGCCACTGGCCCACAGTAAGGGTAGCAAGAATGCTGTACATATTTGA  50

seq1  ATGTGTAATGTCCCCACAAGCTCGGTGTTTTGGCCTTGTT-CTCAGCTTG  96
      |||  |||||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  ATGGTTAATGTCCCACCAAGCTCGGTG-TTTGGCCTTGTTCCTCAGCTTG  99

seq1  TG-AGGTTGTTGGGAGCGGGGGTGGGGATTCTCATGCTGGTGAGGCAAGG  145
      || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGTTGTTGGGAGCGGGGGT-GGGATTCTCATGCTGGTGAGGCAAGG  148

seq1  TGGGAGAGTGGGTCACTAGGAGTGTGGCTTTTAAGGCTAAACCCCTGGTT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGGGAGAGTGGGTCACTAGGAGTGTGGCTTTTAAGGCTAAA-CCCTGGTT  197

seq1  TCTGCCTTGCTCTCCGCTTCTTTGCCTACTATAATGTGAATAGCCTTCTG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTTGCTCTCCGCTTCTTTGCCTACTATAATGTGAATAGCCTTCTG  247

seq1  CCGCACAACACTACTGGCAAAAACTAATTTGTTCCAACTAATTTGTTACA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCACAACACTACTGGCAAAAACTAATTTGTTCCAACTAATTTGTTACA  297

seq1  CCTTCCCAGTCATAATGTATTGAAACCCTCTAAAAACCATGAGCCAAAAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCAGTCATAATGTATTGAAACCCTCTAAAAACCATGAGCCAAAAT  347

seq1  GGAATGTTCTTGCTTTGTGTTATTTCACTCAGGTGCTGTGGCCCCAGCAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGTTCTTGCTTTGTGTTATTTCACTCAGGTGCTGTGGCCCCAGCAA  397

seq1  CATGAAAGTAACCAATACAGAAATCAAAGTCCTATGGGAGGGGTGATTAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAAGTAACCAATACAGAAATCAAAGTCCTATGGGAGGGGTGATTAG  447

seq1  ATATATTTAAAGTTCTTCCCTTACATAGCACAGCGTCTCTTTCTCCCAAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTTAAAGTTCTTCCCTTACATAGCACAGCGTCTCTTTCTCCCAAG  497

seq1  TTCCCATGGTACCATTCTAGCCTTTGGGAAAATCAGGCCCCTGAAGAACT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATGGTACCATTCTAGCCTTTGGGAAAATCAGGCCCCTGAAGAACT  547

seq1  GCAGGGAGCTCTGTCCAGTCAGAAGGGCAGCTGGCTCTCCCACTAGTTCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGAGCTCTGTCCAGTCAGAAGGGCAGCTGGCTCTCCCACTAGTTCA  597

seq1  CACCCCAGAAGGTCCCTCTGGTTCTCTAGGTCACATCCACCACCACCTCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCAGAAGGTCCCTCTGGTTCTCTAGGTCACATCCACCACCACCTCA  647

seq1  GCGTCTTCCTCAAGTTACACTTACATATCCACACAGTCACCTGCCACATG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTCTTCCTCAAGTTACACTTACATATCCACACAGTCACCTGCCACATG  697

seq1  ACCACAATTCCTGCCGGGGATCCGTGGTAAACCACCTCGGTCTCTCTGCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAATTCCTGCCGGGGATCCGTGGTAAACCACCTCGGTCTCTCTGCT  747

seq1  TGGTCTCTCTGGTCCCAAGCTGATCAGACCAGAAAGAGGAACTGACAGAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTCTCTGGTCCCAAGCTGATCAGACCAGAAAGAGGAACTGACAGAC  797

seq1  TACTTCAGCCCTCATGGGAAAGAAGGGCAGTATAGCTGTGTCCCCAGAAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCAGCCCTCATGGGAAAGAAGGGCAGTATAGCTGTGTCCCCAGAAA  847

seq1  GAAAGACAGTTATTCCAACTTGGGGTTGTCCCTTCCCAAAGCTGGAAGCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACAGTTATTCCAACTTGGGGTTGTCCCTTCCCAAAGCTGGAAGCA  897

seq1  GCTGAAAATCTACCCTGTGAGGGGACACTGTCACTCCCCTTCAAACATGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAAATCTACCCTGTGAGGGGACACTGTCACTCCCCTTCAAACATGG  947

seq1  CCATGAAAATCCCGCTGACTCCACACATGCCAATTATCAGCAGGATTTCT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAAAATCCCGCTGACTCCACACATGCCAATTATCAGCAGGATTTCT  997

seq1  CACATTCTAGGGATGAAAGGAAGGACTGGCTATGCCCAGATCCCATCTAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCTAGGGATGAAAGGAAGGACTGGCTATGCCCAGATCCCATCTAG  1047

seq1  AAGCCTAGGCACACTAGACCTGAATTC  1072
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTAGGCACACTAGACCTGAATTC  1074