BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-136I24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 118,328,721 - 118,462,999
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntnap5a
Upstream genenone
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-136I24.bB6Ng01-136I24.g
ACCDH936304DH936305
length9941,038
definitionDH936304|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136I24, 5' end.DH936305|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136I24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,328,721 - 118,329,431)(118,461,953 - 118,462,999)
sequence
gaattcactctttgtcagtcaacgataataaatatataaacataaaatca
gaaaactataaggccttatggttgataaaataactaatattattgctgtt
actactactgtagcggaaaaaagctcaaacaagatgtcaaaacacacaca
tgtgttagatgttgacacaatcccattatgcattgaagcagatagacttt
tttaaaaaaaaatgtttttatttatttaaattccaaatgttgccacactt
cctggtccccactccaagagttcattgcccacttccccttcccttgtgcc
tctgagagggtgctcctgcactccctcctcaacccatccaactctacctc
accccctaccccaccacacaaagccccttttccagaggtatcaagtctct
acaggattaaatacatcctttcacactgaggcctgataaggcagttctct
gctacatacgtgctggaggccatggaccagcccatgtgtgctctttggtt
ggtggcttagtctctggtagctcccagtagtccatcttattaatactatt
ggtctttctatggagttgctatcccctttagctcctttaatacttcccct
aactcttccacaggagtccagatctcagccaacggttggttggacatatc
ggcatctgtcacagtcagctgatggtagagcctcacagaggacagtcatg
ctaggatcctgtctgcgagcataacatggcatcagtaatagtgtcagggt
ctggtacacacccatgggatggatcacaaggtgggccagttactggatag
cctttccttcaacctctgttccatttttgtccttgcaattcttttataca
ggaaaaattctaggtcaaattttttgaacgtaagttgatgaccccatccc
atcattaggggccactacaggtggtctcttaatgttctatctctccactg
ttggcatttggctaagtcatcctcattgaatcctgtaagcctct
gaattcattaactttcatttctctagcctggaagtttggcagcactcgtg
atctggaaatcaaaaagctggtatggccaggttatggatcctttggggaa
aattatgtttgttacttcatgtccagctcctgtagccttcactgtatgtc
ctagccttctttgtctgtcttcatgttaagcaatactgttgcaattccct
gtgccttttttctgctcacttcaatgtgtgatttctgtctttacattctt
attctactcttacagacctttgtggttacaatagtttcattgcaatcatt
taaaagactctggattgaagagatgtctcaatccattaaaatggttgcca
agtcatgtatgcagccatggatttgtagggagtgcagggtggagttagac
actgattggtagtgagtgaagagcagacttatatctcagaaatgcaagag
aagcaaaagtcagaaggaaagaataaactgcagtgacatttttgtgttga
cagatttcaaagtagtagaaagtgatgagtgattgaactatgccttcagg
gtccaaatcaagagtgctacttctcattctcagtgctcactggaaggaag
ccttcactgatccaaggaggaaaccactataagggtgtcataaactggag
ctctttacataaatgtaggcatatagaaaaactgggtatcgtgctagaat
gagacattctttctttatatatgtaagatgattttattcctgagcaactc
tgtattctagacatatattaagactacagacaatgacagctttcagaaaa
taaataaatagaagaattgttttgtagacttagagctttgtgatagggat
cagtgagttacaagtgcttatcctgtatgatgacttgaattccatctgtt
aactgcaaatggaaaagagaaccaaacgtgtaaacacacatgtgtatgtg
cgcgtgcacacacacacacaacagcagtagttaaaaggaaagaaatgttt
aataataagtgagccactcatacttgtttagggcccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_118328721_118329431
seq2: B6Ng01-136I24.b_49_759

seq1  GAATTCACTCTTTGTCAGTCAACGATAATAAATATATAAACATAAAATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTTTGTCAGTCAACGATAATAAATATATAAACATAAAATCA  50

seq1  GAAAACTATAAGGCCTTATGGTTGATAAAATAACTAATATTATTGCTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTATAAGGCCTTATGGTTGATAAAATAACTAATATTATTGCTGTT  100

seq1  ACTACTACTGTAGCGGAAAAAAGCTCAAACAAGATGTCAAAACACACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTACTGTAGCGGAAAAAAGCTCAAACAAGATGTCAAAACACACACA  150

seq1  TGTGTTAGATGTTGACACAATCCCATTATGCATTGAAGCAGATAGACTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTAGATGTTGACACAATCCCATTATGCATTGAAGCAGATAGACTTT  200

seq1  TTTAAAAAAAAATGTTTTTATTTATTTAAATTCCAAATGTTGCCACACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAAAAATGTTTTTATTTATTTAAATTCCAAATGTTGCCACACTT  250

seq1  CCTGGTCCCCACTCCAAGAGTTCATTGCCCACTTCCCCTTCCCTTGTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTCCCCACTCCAAGAGTTCATTGCCCACTTCCCCTTCCCTTGTGCC  300

seq1  TCTGAGAGGGTGCTCCTGCACTCCCTCCTCAACCCATCCAACTCTACCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGAGGGTGCTCCTGCACTCCCTCCTCAACCCATCCAACTCTACCTC  350

seq1  ACCCCCTACCCCACCACACAAAGCCCCTTTTCCAGAGGTATCAAGTCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCTACCCCACCACACAAAGCCCCTTTTCCAGAGGTATCAAGTCTCT  400

seq1  ACAGGATTAAATACATCCTTTCACACTGAGGCCTGATAAGGCAGTTCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATTAAATACATCCTTTCACACTGAGGCCTGATAAGGCAGTTCTCT  450

seq1  GCTACATACGTGCTGGAGGCCATGGACCAGCCCATGTGTGCTCTTTGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACATACGTGCTGGAGGCCATGGACCAGCCCATGTGTGCTCTTTGGTT  500

seq1  GGTGGCTTAGTCTCTGGTAGCTCCCAGTAGTCCATCTTATTAATACTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCTTAGTCTCTGGTAGCTCCCAGTAGTCCATCTTATTAATACTATT  550

seq1  GGTCTTTCTATGGAGTTGCTATCCCCTTTAGCTCCTTTAATACTTCCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTCTATGGAGTTGCTATCCCCTTTAGCTCCTTTAATACTTCCCCT  600

seq1  AACTCTTCCACAGGAGTCCAGATCTCAGCCAACGGTTGGTTGGACATATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTCCACAGGAGTCCAGATCTCAGCCAACGGTTGGTTGGACATATC  650

seq1  GGCATCTGTCACAGTCAGCTGATGGTAGAGCCTCACAGAGGACAGTCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCTGTCACAGTCAGCTGATGGTAGAGCCTCACAGAGGACAGTCATG  700

seq1  CTAGGATCCTG  711
      |||||||||||
seq2  CTAGGATCCTG  711

seq1: chr1_118461953_118462999
seq2: B6Ng01-136I24.g_67_1104 (reverse)

seq1  ATGGGCCCTTAAACAAAGTATGAGTGGCTTCACTTATTATTTAAACATTT  50
      |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  ATGGGCCC-TAAAC-AAGTATGAGTGGC-TCACTTATTA-TTAAACATTT  46

seq1  CCTTTCCTTTTAACTTACTGCTGTTGTTGTGTGTGTGTGCACGCGCACAT  100
       ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  -CTTTCCTTTTAAC-TACTGCTGTTG-TGTGTGTGTGTGCACGCGCACAT  93

seq1  ACACATGTGTGTTTACACGTTTGGTTCTCTTTTTCCATTTTGCAGTTAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  ACACATGTGTGTTTACACGTTTGGTTCTC-TTTTCCA-TTTGCAGTTAAC  141

seq1  AGATGGAATTCAAGTCATCATACAGGATAAGCACTTGTAACTCACTGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGAATTCAAGTCATCATACAGGATAAGCACTTGTAACTCACTGATC  191

seq1  CCTATCACAAAGCTCTAAGTCTACAAAACAATTCTTCTATTTATTTATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCACAAAGCTCTAAGTCTACAAAACAATTCTTCTATTTATTTATTT  241

seq1  TCTGAAAGCTGTCATTGTCTGTAGTCTTAATATATGTCTAGAATACAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAAGCTGTCATTGTCTGTAGTCTTAATATATGTCTAGAATACAGAG  291

seq1  TTGCTCAGGAATAAAATCATCTTACATATATAAAGAAAGAATGTCTCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCAGGAATAAAATCATCTTACATATATAAAGAAAGAATGTCTCATT  341

seq1  CTAGCACGATACCCAGTTTTTCTATATGCCTACATTTATGTAAAGAGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCACGATACCCAGTTTTTCTATATGCCTACATTTATGTAAAGAGCTC  391

seq1  CAGTTTATGACACCCTTATAGTGGTTTCCTCCTTGGATCAGTGAAGGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTATGACACCCTTATAGTGGTTTCCTCCTTGGATCAGTGAAGGCTT  441

seq1  CCTTCCAGTGAGCACTGAGAATGAGAAGTAGCACTCTTGATTTGGACCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCAGTGAGCACTGAGAATGAGAAGTAGCACTCTTGATTTGGACCCT  491

seq1  GAAGGCATAGTTCAATCACTCATCACTTTCTACTACTTTGAAATCTGTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCATAGTTCAATCACTCATCACTTTCTACTACTTTGAAATCTGTCA  541

seq1  ACACAAAAATGTCACTGCAGTTTATTCTTTCCTTCTGACTTTTGCTTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAAATGTCACTGCAGTTTATTCTTTCCTTCTGACTTTTGCTTCTC  591

seq1  TTGCATTTCTGAGATATAAGTCTGCTCTTCACTCACTACCAATCAGTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTTCTGAGATATAAGTCTGCTCTTCACTCACTACCAATCAGTGTC  641

seq1  TAACTCCACCCTGCACTCCCTACAAATCCATGGCTGCATACATGACTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCCACCCTGCACTCCCTACAAATCCATGGCTGCATACATGACTTGG  691

seq1  CAACCATTTTAATGGATTGAGACATCTCTTCAATCCAGAGTCTTTTAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCATTTTAATGGATTGAGACATCTCTTCAATCCAGAGTCTTTTAAAT  741

seq1  GATTGCAATGAAACTATTGTAACCACAAAGGTCTGTAAGAGTAGAATAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCAATGAAACTATTGTAACCACAAAGGTCTGTAAGAGTAGAATAAG  791

seq1  AATGTAAAGACAGAAATCACACATTGAAGTGAGCAGAAAAAAGGCACAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAAGACAGAAATCACACATTGAAGTGAGCAGAAAAAAGGCACAGG  841

seq1  GAATTGCAACAGTATTGCTTAACATGAAGACAGACAAAGAAGGCTAGGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGCAACAGTATTGCTTAACATGAAGACAGACAAAGAAGGCTAGGAC  891

seq1  ATACAGTGAAGGCTACAGGAGCTGGACATGAAGTAACAAACATAATTTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGTGAAGGCTACAGGAGCTGGACATGAAGTAACAAACATAATTTTC  941

seq1  CCCAAAGGATCCATAACCTGGCCATACCAGCTTTTTGATTTCCAGATCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGGATCCATAACCTGGCCATACCAGCTTTTTGATTTCCAGATCAC  991

seq1  GAGTGCTGCCAAACTTCCAGGCTAGAGAAATGAAAGTTAATGAATTC  1047
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCTGCCAAACTTCCAGGCTAGAGAAATGAAAGTTAATGAATTC  1038