BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-136L01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 119,025,021 - 119,196,212
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCntnap5a
Downstream geneB020011L13Rik, LOC100041684, LOC636972, EG666785, EG634762, LOC100042368, LOC637083, Tsn
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-136L01.bB6Ng01-136L01.g
ACCDH936398DH936399
length1,175359
definitionDH936398|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136L01, 5' end.DH936399|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136L01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,025,021 - 119,026,203)(119,195,854 - 119,196,212)
sequence
gaattctcacatcctttctgtactctcaccctatgactaacctcaattcc
caagagagagtttttgttcaaattgatgtgtcaacggaacttcacaacat
gcaccctgatcattcccactctcatgtcaacacctcttcccctgtgatct
tcctcaatcaatagcaatagaagaaatgggagggataaagaaaaacagaa
gtacaatttatccatatactcaaggaagcatggtcagattcctactggcc
agtcctccaaaggaggatgagactttcaggacctgtatccatgccaggag
ccatgaactgaggagagtggtacaatgccagctctcccaagaccatgtca
ccacccaacttgaactggagtgttgtaggctggtaaaggacaaaaccatt
tctcctgtaaccacagacatcgatatggctccaggcaggagtccaaacca
tagaaatatgcatgagtttcagtggtaacacagccacaacaaggacatca
gaaccactgaaagactcatgaccctcaggagcacagaccacaggcctcaa
catggtcacaggtaattaaacatgcaattcacatcagcatgtccatggct
ccccatatacactgaaataacaaagcctgacaacatcactaaggcattag
gcagtggcacagactacataggtgcacatgtatcacaggtgtcattacaa
cctgtggctgtagcatgcactaaagatgagagcatggccttgtacagtat
catggaggttcaatccagaaaatgaacctttccttatgttgagcctcctt
cattgcccagagccagggcaattccactgccagatggtaggttttgggcc
atgtctccatctgcctaagctctaggctgttgtaaatcatcctgaatcta
ccggcaaatgacagcatgtcaacttcagctctttctcccacctggcactg
ccatcatatctccagctctcctctatccagagtgtattcagtgcttcatt
tttctatcttcccacctctccaccatgtttttcatcatagaaaaatcaag
ccagagtggaacattgggtattttctgcagccctgggatgcaacacttac
atatatgtacttggttgcatcctggtgtgtaccagagatccaccttgcaa
tgttcctttggatgccttcttccat
aaaacatactgtccatctcagaatgaagattagagtcctgggtcacatgt
atacttcatcaagtgcctcagtgatagaaaggagcactaggatctggatg
ctagctgagaagagaaaattatttgcctactctaaactcagtttgtagtg
ggaactgtggggatggcagcacagagaataagggatgtgggaattatgtg
ggaagtgtgaagggagagcaagctgaaggatcacatggcagctggaatga
ggctgatttcctaaagtaatcatctactcaccctacatacagcaccaatg
acagaccaaggaaacactttcaaggtacaatttgggggttgagtgtgttg
gttttattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_119025021_119026203
seq2: B6Ng01-136L01.b_49_1223

seq1  GAATTCTCACATCCTTTCTGTACTCTCACCCTATGACTAACCTCAATTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACATCCTTTCTGTACTCTCACCCTATGACTAACCTCAATTCC  50

seq1  CAAGAGAGAGTTTTTGTTCAAATTGATGTGTCAACGGAACTTCACAACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGAGAGTTTTTGTTCAAATTGATGTGTCAACGGAACTTCACAACAT  100

seq1  GCACCCTGATCATTCCCACTCTCATGTCAACACCTCTTCCCCTGTGATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCTGATCATTCCCACTCTCATGTCAACACCTCTTCCCCTGTGATCT  150

seq1  TCCTCAATCAATAGCAATAGAAGAAATGGGAGGGATAAAGAAAAACAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAATCAATAGCAATAGAAGAAATGGGAGGGATAAAGAAAAACAGAA  200

seq1  GTACAATTTATCCATATACTCAAGGAAGCATGGTCAGATTCCTACTGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAATTTATCCATATACTCAAGGAAGCATGGTCAGATTCCTACTGGCC  250

seq1  AGTCCTCCAAAGGAGGATGAGACTTTCAGGACCTGTATCCATGCCAGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTCCAAAGGAGGATGAGACTTTCAGGACCTGTATCCATGCCAGGAG  300

seq1  CCATGAACTGAGGAGAGTGGTACAATGCCAGCTCTCCCAAGACCATGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAACTGAGGAGAGTGGTACAATGCCAGCTCTCCCAAGACCATGTCA  350

seq1  CCACCCAACTTGAACTGGAGTGTTGTAGGCTGGTAAAGGACAAAACCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCAACTTGAACTGGAGTGTTGTAGGCTGGTAAAGGACAAAACCATT  400

seq1  TCTCCTGTAACCACAGACATCGATATGGCTCCAGGCAGGAGTCCAAACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGTAACCACAGACATCGATATGGCTCCAGGCAGGAGTCCAAACCA  450

seq1  TAGAAATATGCATGAGTTTCAGTGGTAACACAGCCACAACAAGGACATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATATGCATGAGTTTCAGTGGTAACACAGCCACAACAAGGACATCA  500

seq1  GAACCACTGAAAGACTCATGACCCTCAGGAGCACAGACCACAGGCCTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACTGAAAGACTCATGACCCTCAGGAGCACAGACCACAGGCCTCAA  550

seq1  CATGGTCACAGGTAATTAAACATGCAATTCACATCAGCATGTCCATGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTCACAGGTAATTAAACATGCAATTCACATCAGCATGTCCATGGCT  600

seq1  CCCCATATACACTGAAATAACAAAGCCTGACAACATCACTAAGGCATTAG  650
      ||||||||||||||||||                 |||||||||||||||
seq2  CCCCATATACACTGAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNTCACTAAGGCATTAG  650

seq1  GCAGTGGCACAGACTACATAGGTGCACATGTATCACAGGTGTCATTACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGGCACAGACTACATAGGTGCACATGTATCACAGGTGTCATTACAA  700

seq1  CCTGTGGCTGTAGCATGCACTAAAGATGAGAGCATGGCCTTGTACAGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGCTGTAGCATGCACTAAAGATGAGAGCATGGCCTTGTACAGTAT  750

seq1  CATGGAGGTTCAATCCAGAAAATGAACCTTTCCTTATGTTGAGCCTCCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGGTTCAATCCAGAAAATGAACCTTTCCTTATGTTGAGCCTCCTT  800

seq1  CATTGCCCAGAGCCAGGGCAATTCCACTGCCAGATGGTAGGTTTTGGGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCCCAGAGCCAGGGCAATTCCACTGCCAGATGGTAGGTTTTGGGCC  850

seq1  ATGTCTCCATCTGCCTAAGCTCTAGGCTGTTGTAAATCATCCTGAATCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCCATCTGCCTAAGCTCTAGGCTGTTGTAAATCATCCTGAATCTA  900

seq1  CCGGCAAATGACAGCATGTCAACTTCAGCTCTTTCTCCCACCTGGCACTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCAAATGACAGCATGTCAACTTCAGCTCTTTCTCCCACCTGGCACTG  950

seq1  CCATCATATCTCCAGCTCTCCCTCTATCCAGAGTGTATTCAGTGCTTCAT  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATATCTCCAGCTCT-CCTCTATCCAGAGTGTATTCAGTGCTTCAT  999

seq1  TTTTCTATCTTTCCCACCTCTCCACCATGTTTTTCATCATAGAAAAATTC  1050
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTTCTATC-TTCCCACCTCTCCACCATGTTTTTCATCATAGAAAAA-TC  1047

seq1  AAGGCCAGAGTGGAACATTGGGTATTTTCTGCAGCCCTGGGATGCAAACA  1100
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AA-GCCAGAGTGGAACATTGGGTATTTTCTGCAGCCCTGGGATGC-AACA  1095

seq1  CTTACATATATGTACTTGTGTGCATCCCTGTGTGTAACCAGAGATCCACC  1150
      ||||||||||||||||||  |||||||  |||||| ||||||||||||||
seq2  CTTACATATATGTACTTGGTTGCATCCTGGTGTGT-ACCAGAGATCCACC  1144

seq1  TGTGCTATTGTTCCTTT-GATGCTTTCTTTCCAT  1183
      | ||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||
seq2  T-TGC-AATGTTCCTTTGGATGCCTTC-TTCCAT  1175

seq1: chr1_119195854_119196212
seq2: B6Ng01-136L01.g_75_433 (reverse)

seq1  AAATAAAACCAACACACTCAACCCCCAAATTGTACCTTGAAAGTGTTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAACCAACACACTCAACCCCCAAATTGTACCTTGAAAGTGTTTCC  50

seq1  TTGGTCTGTCATTGGTGCTGTATGTAGGGTGAGTAGATGATTACTTTAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTGTCATTGGTGCTGTATGTAGGGTGAGTAGATGATTACTTTAGG  100

seq1  AAATCAGCCTCATTCCAGCTGCCATGTGATCCTTCAGCTTGCTCTCCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAGCCTCATTCCAGCTGCCATGTGATCCTTCAGCTTGCTCTCCCTT  150

seq1  CACACTTCCCACATAATTCCCACATCCCTTATTCTCTGTGCTGCCATCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTCCCACATAATTCCCACATCCCTTATTCTCTGTGCTGCCATCCC  200

seq1  CACAGTTCCCACTACAAACTGAGTTTAGAGTAGGCAAATAATTTTCTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTCCCACTACAAACTGAGTTTAGAGTAGGCAAATAATTTTCTCTT  250

seq1  CTCAGCTAGCATCCAGATCCTAGTGCTCCTTTCTATCACTGAGGCACTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTAGCATCCAGATCCTAGTGCTCCTTTCTATCACTGAGGCACTTG  300

seq1  ATGAAGTATACATGTGACCCAGGACTCTAATCTTCATTCTGAGATGGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTATACATGTGACCCAGGACTCTAATCTTCATTCTGAGATGGACA  350

seq1  GTATGTTTT  359
      |||||||||
seq2  GTATGTTTT  359