BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-136M15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 177,204,480 - 177,366,751
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRgs7
Upstream gene1810030J14Rik, Olfr417, GA_x5J8B7W3B3M-312879-313274, GA_x5J8B7W3B3M-318013-318414, Olfr415, Olfr414, Olfr220, Fmn2, Grem2
Downstream geneFh1, Kmo, Opn3, Chml, Wdr64, Exo1, Gm104, Pld5, B020018G12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-136M15.bB6Ng01-136M15.g
ACCDH936470DH936471
length5621,027
definitionDH936470|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136M15, 5' end.DH936471|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136M15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(177,204,480 - 177,205,041)(177,365,720 - 177,366,751)
sequence
gaattccacatgtgcagagggctcctcagcagcccagccgtgggcccagc
aactgttgctaaccctaaccctaacctaggatacccaagatataagatac
aatttcctaaacacatgaaactcaagaaaaatgaagactgaagtgtggac
actatgcccctccttagaagtgggaacaaaacacccttggaaggagttac
agagacaaagtttggagctgagatgaaaggatggaccatgtagagactgc
catatccagggatccaccccataatcagcatccaaacgctgacaccattg
catacactagcaagattttattgaaaggacccagatgtagctgtctcttg
tgagactatgccggggcctagcaaacacagaagtggatgctcacagtcag
ctaatggatggatcacagggctcccaatggaggagctagagaaagtaccc
aaggagctaaagggatctgtaaccctataggtggaacaacattatgaact
aaccagtaccccggagctcttgactctagctgcatatgtatcaaaagatg
gcctagtcggcc
gaattccaggccaatcaggtacttcctgtcacttggactgtcagagcagc
catttagttaaagacataaacttagaagaatagccttcaaacacatagct
ccatcacagacagcatttgctagtatgtaaaacacagtcccgagagaaca
aaacttctaattctaaaagtggctctaagaggggtaggtgttcaaggtca
gttttcaatctgagcccgatctctccttccagcctcactgttcttcaccc
ttatagatccagtgctttgaacatttagcaagcatagcttgtgcttccat
ttggccttgacttgccctcgttaaccctttgccttctcttctctacttat
ttatctggtgcagggtctggctgattgttttgacacaaggtctcgctggt
cttgtctttgtgatcttcttgcctagaccttccaagtgctaggattatag
gcatgcaacatgattcttgcctctgcaggaattttctaacctgtgaactg
ttacttgagaacatgagtgcccatttacgtagaagcactacactgtaagt
atagtttatttcattacaaatcatggttgtattgtactgtaattttgtac
acatgctttgtgtatgtgtgtgtgcatacgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgttactgtgcatataagcctggggttctgtgtttttgcaggattagcac
tttttctcccggtctatactctcacccctgggtggcgtgtagtttttgaa
gaggaaagcttccctctgtagctttaagatcattgcttctctactatctt
ttaagagcaatgatttttgttcccttgtggtgggaagtattttgaagttg
ataaaaatgttctgccctggcagagtgacttgttccacttgtgggctgag
tgcttgtcacttcttccagtggagtgctgtgaatagctataagtgcatgg
gctgcatggtctgttgcattaaatgactcctcttcgtcctactgcttctt
ggtgaacaaattggagaaatacaggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_177204480_177205041
seq2: B6Ng01-136M15.b_48_609

seq1  GAATTCCACATGTGCAGAGGGCTCCTCAGCAGCCCAGCCGTGGGCCCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATGTGCAGAGGGCTCCTCAGCAGCCCAGCCGTGGGCCCAGC  50

seq1  AACTGTTGCTAACCCTAACCCTAACCTAGGATACCCAAGATATAAGATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTGCTAACCCTAACCCTAACCTAGGATACCCAAGATATAAGATAC  100

seq1  AATTTCCTAAACACATGAAACTCAAGAAAAATGAAGACTGAAGTGTGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCCTAAACACATGAAACTCAAGAAAAATGAAGACTGAAGTGTGGAC  150

seq1  ACTATGCCCCTCCTTAGAAGTGGGAACAAAACACCCTTGGAAGGAGTTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGCCCCTCCTTAGAAGTGGGAACAAAACACCCTTGGAAGGAGTTAC  200

seq1  AGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGATGAAAGGATGGACCATGTAGAGACTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGATGAAAGGATGGACCATGTAGAGACTGC  250

seq1  CATATCCAGGGATCCACCCCATAATCAGCATCCAAACGCTGACACCATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCCAGGGATCCACCCCATAATCAGCATCCAAACGCTGACACCATTG  300

seq1  CATACACTAGCAAGATTTTATTGAAAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACTAGCAAGATTTTATTGAAAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTG  350

seq1  TGAGACTATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAG  400

seq1  CTAATGGATGGATCACAGGGCTCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGGATGGATCACAGGGCTCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCC  450

seq1  AAGGAGCTAAAGGGATCTGTAACCCTATAGGTGGAACAACATTATGAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGCTAAAGGGATCTGTAACCCTATAGGTGGAACAACATTATGAACT  500

seq1  AACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATG  550

seq1  GCCTAGTCGGCC  562
      ||||||||||||
seq2  GCCTAGTCGGCC  562

seq1: chr1_177365720_177366751
seq2: B6Ng01-136M15.g_66_1092 (reverse)

seq1  TACCATGTATTTCTCCATTTTGTCAACCAAAGAGACAGTAGGGACAGAAG  50
      |||| |||||||||||| |||||  ||| ||||  ||||| |||| ||||
seq2  TACC-TGTATTTCTCCAATTTGTTCACC-AAGAAGCAGTA-GGAC-GAAG  46

seq1  AAGAGTCAATTTAATGCAACAGAACCATGCAGGCCATAGCACTAATAGCT  100
      | ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||
seq2  AGGAGTC-ATTTAATGCAACAG-ACCATGCAGCCCAT-GCACTTATAGCT  93

seq1  ATTCACAGCACTCCACCTGGGAAGAAGTGACAAGCACTCAGGCCACAAGT  150
      ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATTCACAGCACTCCAC--TGGAAGAAGTGACAAGCACTCAGCCCACAAGT  141

seq1  GGAACAAGTCACTCTGCCAGGGCAGAACA-TTTTATCAACCTC-AAATAC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||
seq2  GGAACAAGTCACTCTGCCAGGGCAGAACATTTTTATCAACTTCAAAATAC  191

seq1  TTCCCACCACAAGGGAAC-AAAATCATTGCTCTTAAAAGATAGTAGAGAA  247
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACCACAAGGGAACAAAAATCATTGCTCTTAAAAGATAGTAGAGAA  241

seq1  GCAATGATCTTAAAGCTACAGAGGGAAGCTTTCCTCTTCAAAAACTACAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGATCTTAAAGCTACAGAGGGAAGCTTTCCTCTTCAAAAACTACAC  291

seq1  GCCACCCAGGGGTGAGAGTATAGACCGGGAG-AAAAGTGCTAATCCTGCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCCACCCAGGGGTGAGAGTATAGACCGGGAGAAAAAGTGCTAATCCTGCA  341

seq1  AAAACACAGAACCCCAGGCTTATATGCACAGTAACACACACACACACACA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACAGAACCCCAGGCTTATATGCACAGTAACACACACACACACACA  391

seq1  CACACACGTATGCACACACACATACACAAAGCATGTGTACAAAATTACAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACGTATGCACACACACATACACAAAGCATGTGTACAAAATTACAG  441

seq1  TACAATACAACCATGATTTGTAATGAAATAAACTATACTTACAGTGTAGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATACAACCATGATTTGTAATGAAATAAACTATACTTACAGTGTAGT  491

seq1  GCTTCTACGTAAATGGGCACTCATGTTCTCAAGTAACAGTTCACAGGTTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTACGTAAATGGGCACTCATGTTCTCAAGTAACAGTTCACAGGTTA  541

seq1  GAAAATTCCTGCAGAGGCAAGAATCATGTTGCATGCCTATAATCCTAGCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTCCTGCAGAGGCAAGAATCATGTTGCATGCCTATAATCCTAGCA  591

seq1  CTTGGAAGGTCTAGGCAAGAAGATCACAAAGACAAGACCAGCGAGACCTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAGGTCTAGGCAAGAAGATCACAAAGACAAGACCAGCGAGACCTT  641

seq1  GTGTCAAAACAATCAGCCAGACCCTGCACCAGATAAATAAGTAGAGAAGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAAAACAATCAGCCAGACCCTGCACCAGATAAATAAGTAGAGAAGA  691

seq1  GAAGGCAAAGGGTTAACGAGGGCAAGTCAAGGCCAAATGGAAGCACAAGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCAAAGGGTTAACGAGGGCAAGTCAAGGCCAAATGGAAGCACAAGC  741

seq1  TATGCTTGCTAAATGTTCAAAGCACTGGATCTATAAGGGTGAAGAACAGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTGCTAAATGTTCAAAGCACTGGATCTATAAGGGTGAAGAACAGT  791

seq1  GAGGCTGGAAGGAGAGATCGGGCTCAGATTGAAAACTGACCTTGAACACC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGGAAGGAGAGATCGGGCTCAGATTGAAAACTGACCTTGAACACC  841

seq1  TACCCCTCTTAGAGCCACTTTTAGAATTAGAAGTTTTGTTCTCTCGGGAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCTCTTAGAGCCACTTTTAGAATTAGAAGTTTTGTTCTCTCGGGAC  891

seq1  TGTGTTTTACATACTAGCAAATGCTGTCTGTGATGGAGCTATGTGTTTGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTACATACTAGCAAATGCTGTCTGTGATGGAGCTATGTGTTTGA  941

seq1  AGGCTATTCTTCTAAGTTTATGTCTTTAACTAAATGGCTGCTCTGACAGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTATTCTTCTAAGTTTATGTCTTTAACTAAATGGCTGCTCTGACAGT  991

seq1  CCAAGTGACAGGAAGTACCTGATTGGCCTGGAATTC  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTGACAGGAAGTACCTGATTGGCCTGGAATTC  1027