BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-136M20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 177,505,706 - 177,659,359
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFh1, Kmo, Opn3, Chml, Wdr64
Upstream geneFmn2, Grem2, Rgs7
Downstream geneExo1, Gm104, Pld5, B020018G12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-136M20.bB6Ng01-136M20.g
ACCDH936480DH936481
length1,0901,142
definitionDH936480|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136M20, 5' end.DH936481|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136M20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(177,505,706 - 177,506,814)(177,658,196 - 177,659,359)
sequence
gaattctccaagtttttatcctttagaactagactaaatgcttgaggtta
tttgttcatgtgtagccttcactttgaaaaacacaagatttatgcattta
ataagatccacagaatagtgtgatctggtgccaaatgaggtttaagaact
agggctgcctcccacaacaagctattcagagggaagaaagtataaacaac
ttaattctaactttcttttggtctataaattatttacagtggagatagtc
attttttctttaactttagtaatatcatatctcactatttgacagaatgt
tgaataaaataaggaacatattctgagttctgtcattgaatcatacccaa
tactgttgaatgacattgaatgacttcaatgacccataggaagtgtgaca
aagtaaaacttcagagcctgtgacttatgtggcagatggctacacatgat
ggtgtgaggtgggtgttaaagaacagcctctccattaagtctgaaattgg
aggggacaattcagtaacaatcctctcatcttacagagcatggatgacct
cactgtgactaaattcctgtagactaacagagtgaaatatagtagtgatc
agtcaataattacccctcaacacaaagaccaccctccatgtatgacttaa
acaagattgtggaaaacattggtgtacctgtgacaaaatcagacatggcc
atctctctggcctcaatgcttgtgtcctctagtgttcatatgaaatccta
acccatgatgctgtgactgttttaagatgctgggcctttggtagtgatta
gagccaaaaggtagagtcctcctaaaaggggctaggtgtttataatacta
acgcaaagatgctcagttgaccttctatcatgtggtgttccaggaggaaa
gtgctatttgtgaagtaggagtgggccatcaccagacacatggaccatca
gttccttgatctgaaattctagcccatactgtgagtgatcaatttctatg
cctgcagctgcccattctgtatacacctaattacctggaataccttcaat
tctcatctgatcaccactgactggtgggcactggtctaca
gaattcactatgtagcccaagctagcctcaagttcatgattcttctgcct
ctgcctttcagggactggaagtataggtgtgtgcctctaagctagagtag
acattccttatttagctttggctctcaaaaatactgagggccttgcatct
catttcactgtaggtgcatctaactgaacaatgtctataattattagagc
aatggagtatttattcatgcaatgcccttaccttttaaagttcttcgagt
caaggacctgagtttgtaatttctttttggtctttgcctgctttaatcca
aagtcatcactgctcaccgtgaacttgttcacaaacccaccatcatctcc
caggagaatgtcatccctgcagagctgatcaggcaggggcaccacacaca
cacagagcaggcagtggtccatgggcttgatgacaaagtagtgctcctga
aaccagaggcgggcttaagttagttgcacgcttaggaatacatattactg
ggatcttcactcagtagcagagcccttgttcagcatgcatgaggtcccga
gttccaccctcagtatcacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacggaggggagggataaagaaaaaattgtcttcgttatt
attttttttttctgggctgtttctcattttagatccaacagtgatacaag
aatttggaaagtctgggcaaaaatttaccaaataaaggttaaagctgtga
accagctcagtactttggggtgtttcaagtggaaagaaggggagctacac
ccttgggtggggtgaggatgggcatcttagagggtgctacctgtgtgacc
cagaatgccttttcttgacattgcaaggaaatactgaactggcctcaaac
tcctatgtatctagaaaaaagttaaacccctgaccttctgcctgtgcctt
ccaagtgctaaggattccaggtgtatacactgtgcttgttttgggagtac
ccagggtggaagtcaagggatctcatcatctagtatattcatacgtttga
tagatagtagagaaagtattggaacttcatgtgtatcctatacagccaaa
cgttcttgccatgtgggcctaactgttgaagttataagacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_177505706_177506814
seq2: B6Ng01-136M20.b_48_1137

seq1  GAATTCTCCAAGTTTTTATCCTTTAGAACTAGACTAAATGCTTGAGGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAAGTTTTTATCCTTTAGAACTAGACTAAATGCTTGAGGTTA  50

seq1  TTTGTTCATGTGTAGCCTTCACTTTGAAAAACACAAGATTTATGCATTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCATGTGTAGCCTTCACTTTGAAAAACACAAGATTTATGCATTTA  100

seq1  ATAAGATCCACAGAATAGTGTGATCTGGTGCCAAATGAGGTTTAAGAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATCCACAGAATAGTGTGATCTGGTGCCAAATGAGGTTTAAGAACT  150

seq1  AGGGCTGCCTCCCACAACAAGCTATTCAGAGGGAAGAAAGTATAAACAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGCCTCCCACAACAAGCTATTCAGAGGGAAGAAAGTATAAACAAC  200

seq1  TTAATTCTAACTTTCTTTTGGTCTATAAATTATTTACAGTGGAGATAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCTAACTTTCTTTTGGTCTATAAATTATTTACAGTGGAGATAGTC  250

seq1  ATTTTTTCTTTAACTTTAGTAATATCATATCTCACTATTTGACAGAATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTCTTTAACTTTAGTAATATCATATCTCACTATTTGACAGAATGT  300

seq1  TGAATAAAATAAGGAACATATTCTGAGTTCTGTCATTGAATCATACCCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAAAATAAGGAACATATTCTGAGTTCTGTCATTGAATCATACCCAA  350

seq1  TACTGTTGAATGACATTGAATGACTTCAATGACCCATAGGAAGTGTGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTTGAATGACATTGAATGACTTCAATGACCCATAGGAAGTGTGACA  400

seq1  AAGTAAAACTTCAGAGCCTGTGACTTATGTGGCAGATGGCTACACATGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAACTTCAGAGCCTGTGACTTATGTGGCAGATGGCTACACATGAT  450

seq1  GGTGTGAGGTGGGTGTTAAAGAACAGCCTCTCCATTAAGTCTGAAATTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGAGGTGGGTGTTAAAGAACAGCCTCTCCATTAAGTCTGAAATTGG  500

seq1  AGGGGACAATTCAGTAACAATCCTCTCATCTTACAGAGCATGGATGACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGACAATTCAGTAACAATCCTCTCATCTTACAGAGCATGGATGACCT  550

seq1  CACTGTGACTAAATTCCTGTAGACTAACAGAGTGAAATATAGTAGTGATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGACTAAATTCCTGTAGACTAACAGAGTGAAATATAGTAGTGATC  600

seq1  AGTCAATAATTACCCCTCAACACAAAGACCACCCTCCATGTATGACTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAATAATTACCCCTCAACACAAAGACCACCCTCCATGTATGACTTAA  650

seq1  ACAAGATTGTGGAAAACATTGGTGTACCTGTGACAAAATCAGACATGGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATTGTGGAAAACATTGGTGTACCTGTGACAAAATCAGACATGGCC  700

seq1  ATCTCTCTGGCCTCAATGCTTGTGTCCTCTAGTGTTCATATGAAATCCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCTGGCCTCAATGCTTGTGTCCTCTAGTGTTCATATGAAATCCTA  750

seq1  ACCCATGATGCTGTGACTGTTTTAAGATGCTGGGCCTTTGGTAGTGATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATGATGCTGTGACTGTTTTAAGATGCTGGGCCTTTGGTAGTGATTA  800

seq1  GAGCCAAAAGGTAGAGTCCTCCTAAAAGGGGCTAGGTGTTTATAATACTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAAAAGGTAGAGTCCTCCTAAAAGGGGCTAGGTGTTTATAATACTA  850

seq1  ACGCAAAGATGCTCAGTTGACCTTCTATCATGTGGTGTTCCAGGAGGAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACGCAAAGATGCTCAGTTGACCTTCTATCATGTGGTGTTCCAGGAGGAAA  900

seq1  GTGCTATTTGTGAAGTAGGAAGTGGGCCATCACCAGACACATGGACCATC  950
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTATTTGTGAAGTAGG-AGTGGGCCATCACCAGACACATGGACCATC  949

seq1  AGTTCCTTGATCTTGAATTTCTAGCCCCATAACTGTGAGTGATCAATTTC  1000
      |||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTTGATC-TGAAATTCTAG-CCCAT-ACTGTGAGTGATCAATTTC  996

seq1  TATTGCCTGCAAGCTGCCCCATTCTGTTATATCACCCTAAATAACCTGAA  1050
      || ||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||   ||| ||||| |
seq2  TA-TGCCTGC-AGCTG-CCCATTCTG-TATA-CACC--TAATTACCTGGA  1039

seq1  ATTACCTTCAAATTCTCAATCCTTGATCACCACTGACTGGTTTGGGCAAA  1100
      | ||||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||  |||||  |
seq2  A-TACCTTC-AATTCTC-ATC--TGATCACCACTGACTGG--TGGGC--A  1080

seq1  CT-GTCTACA  1109
      || |||||||
seq2  CTGGTCTACA  1090

seq1: chr1_177658196_177659359
seq2: B6Ng01-136M20.g_69_1210 (reverse)

seq1  CTGTCTTAGTGAACCCTCTAACAGTTTAGAGCCACATGGCAAGAACGTGT  50
      ||||||||   ||  ||  ||||| ||||  ||||||||||||||||| |
seq2  CTGTCTTA--TAA--CTTCAACAG-TTAGGCCCACATGGCAAGAACGT-T  44

seq1  TGCCTGTGTATGGATAAACATGGAGGTTCCAATACTTTTCTCTTACTAAT  100
      || |||| || ||||| |||| || |||||||||| |||||| |||||  
seq2  TGGCTGTATA-GGATACACAT-GAAGTTCCAATAC-TTTCTC-TACTA--  88

seq1  TCCTTATCAAACGTATGAATATTACCTAGTATGGATGAGATTCCTTGACT  150
      ||  ||||||||||||||||||   |||| || |||||||| ||||||||
seq2  TC--TATCAAACGTATGAATAT--ACTAG-AT-GATGAGATCCCTTGACT  132

seq1  TCCAACCCTGGGTACTCCACAAACAAGCACAGTGGTATACACCTGGAATC  200
      ||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCC-ACCCTGGGTACTCCCAAAACAAGCACAGT-GTATACACCTGGAATC  180

seq1  C-TAGCACTTGGAAGGCACAGGCAGGAAGGTCAGGGGTTTAACTTTTTTC  249
      | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCACTTGGAAGGCACAGGCA-GAAGGTCAGGGGTTTAACTTTTTTC  229

seq1  TAGAATACATAGGGAGTTTGAGGCCAGTTCAGTATTTCCTTGCAATGTCA  299
      ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAG-ATACATA-GGAGTTTGAGGCCAGTTCAGTATTTCCTTGCAATGTCA  277

seq1  AGAAAAGGCATTCTGGGTCACACAGGTAGCACCCTCTAAGATGCCCATCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGGCATTCTGGGTCACACAGGTAGCACCCTCTAAGATGCCCATCC  327

seq1  TCACCCCACCCAAGGGTGTAGCTCCCCTTCTTTCCACTTGAAACACCCCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCCACCCAAGGGTGTAGCTCCCCTTCTTTCCACTTGAAACACCCCA  377

seq1  AAGTACTGAGCTGGTTCACAGCTTTAACCTTTATTTGGTAAATTTTTGCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACTGAGCTGGTTCACAGCTTTAACCTTTATTTGGTAAATTTTTGCC  427

seq1  CAGACTTTCCAAATTCTTGTATCACTGTTGGATCTAAAATGAGAAACAGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTTCCAAATTCTTGTATCACTGTTGGATCTAAAATGAGAAACAGC  477

seq1  CCAGAAAAAAAAAATAATAACGAAGACAATTTTTTCTTTATCCCTCCCCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAAAAAAAAATAATAACGAAGACAATTTTTTCTTTATCCCTCCCCT  527

seq1  CCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGA  577

seq1  TACTGAGGGTGGAACTCGGGACCTCATGCATGCTGAACAAGGGCTCTGCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAGGGTGGAACTCGGGACCTCATGCATGCTGAACAAGGGCTCTGCT  627

seq1  ACTGAGTGAAGATCCCAGTAATATGTATTCCTAAGCGTGCAACTAACTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTGAAGATCCCAGTAATATGTATTCCTAAGCGTGCAACTAACTTA  677

seq1  AGCCCGCCTCTGGTTTCAGGAGCACTACTTTGTCATCAAGCCCATGGACC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCGCCTCTGGTTTCAGGAGCACTACTTTGTCATCAAGCCCATGGACC  727

seq1  ACTGCCTGCTCTGTGTGTGTGTGGTGCCCCTGCCTGATCAGCTCTGCAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTGCTCTGTGTGTGTGTGGTGCCCCTGCCTGATCAGCTCTGCAGG  777

seq1  GATGACATTCTCCTGGGAGATGATGGTGGGTTTGTGAACAAGTTCACGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACATTCTCCTGGGAGATGATGGTGGGTTTGTGAACAAGTTCACGGT  827

seq1  GAGCAGTGATGACTTTGGATTAAAGCAGGCAAAGACCAAAAAGAAATTAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGTGATGACTTTGGATTAAAGCAGGCAAAGACCAAAAAGAAATTAC  877

seq1  AAACTCAGGTCCTTGACTCGAAGAACTTTAAAAGGTAAGGGCATTGCATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCAGGTCCTTGACTCGAAGAACTTTAAAAGGTAAGGGCATTGCATG  927

seq1  AATAAATACTCCATTGCTCTAATAATTATAGACATTGTTCAGTTAGATGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATACTCCATTGCTCTAATAATTATAGACATTGTTCAGTTAGATGC  977

seq1  ACCTACAGTGAAATGAGATGCAAGGCCCTCAGTATTTTTGAGAGCCAAAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACAGTGAAATGAGATGCAAGGCCCTCAGTATTTTTGAGAGCCAAAG  1027

seq1  CTAAATAAGGAATGTCTACTCTAGCTTAGAGGCACACACCTATACTTCCA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATAAGGAATGTCTACTCTAGCTTAGAGGCACACACCTATACTTCCA  1077

seq1  GTCCCTGAAAGGCAGAGGCAGAAGAATCATGAACTTGAGGCTAGCTTGGG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGAAAGGCAGAGGCAGAAGAATCATGAACTTGAGGCTAGCTTGGG  1127

seq1  CTACATAGTGAATTC  1164
      |||||||||||||||
seq2  CTACATAGTGAATTC  1142