BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138J05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 166,570,532 - 166,646,937
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGm207, LOC100039626, Kifap3, Scyl3, BC055324, 2810422O20Rik, Sele, Sell, Selp, F5, Slc19a2, 4930455F23Rik, Blzf1, Nme7, Atp1b1, LOC100040065
Downstream geneDpt, Xcl1, 1700029M03Rik, Tbx19, Sft2d2, Tiprl, Gpr161, Iqwd1, Brp44, Sacy, Ppia-ps1-1625, Mpzl1, Rcsd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138J05.bB6Ng01-138J05.g
ACCDH937799DH937800
length7521,068
definitionDH937799|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138J05, 5' end.DH937800|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138J05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(166,570,532 - 166,571,288)(166,645,859 - 166,646,937)
sequence
gaattcacttccattgtctcgaagctgctcttctctcataccaactgctt
agctcttgaaggcctccctgtgatggacggataggaggctgtggctccct
gcagccagcagccagagtcagtgtcttcctttgattacttttaacagttt
aaaaattacacctaaggcttgcaaaggttcatttgatctccgggctttct
tgtggcaggtttgagtccacactccactccagcatcataagctcttgtgg
atctatgtatctatgtatctatgtatctatgtatgtatgtatgtatgtat
gtatgtatgtatgtatgtatgtatctatctatctatctatctatctatct
atctatctatctatctatctatttgaaacaaggtctctttcactgacctc
aaagctctcagtgtagctgagaatgtcattgaatttctgaagctcttgcc
tttacttcctaagtgctgagattctgagtattttccaacatacttaacaa
agccaaccaaagtttgtgtgttttgtttatggaatgggctcttgttactt
cctgtgcaagccaattgcagagctaagagacaatatgtccaaaattatct
ggccaaggacatgagacaaaacagatccccccaagaggttattattgggt
ttctccatgttgaaaatttatgtttcttttgattctaggatgttactgtt
tagttgttacacacctgattattagggaattagaactaatgctatttgta
ag
gaattccaaaacaggtggggctacataaagagaccctgagggggaaaaaa
aaagacagatattattttatttggagaaagccacaataggtaatggaaag
atcaaagtgaaaaaaggtattgctttggaagagaagataacatatttata
tttttgttatatcttcattataaaagcctaggataaaatacatttcccac
aaagagggaaatgtagagaatgaaattggaatgcatgacacaccattctg
ggagagagtatgtatttttaataacttttcactttgttcttaaactatgt
gagtttattttttcaaatatttgtaataatgattcatgtaagtatatcct
aaaagggctttttaaagatttaaggtggaaagtaggcaaaaggcagagac
attagagaattatctggggttgggtgactaatgtactgtagaataataag
atgaaggaatcttcagagatttaggcattggaggtaatgacagcaggagg
cacagtgggagtatgaggagaggtgtaggaagtgttctggaggtaagtgc
attagtaaggaggaaagagagcacatgccacacacctcagcgttagggac
attcacaacactgtgaaatgcactcagagtctcctaagtcgatggaacac
taataaagccaaaactgaggtcaaataggaatgaactgaaatgagaagtg
tactgaattcctcaacttcgaatctaggtccagaagataatgggaacgtg
cttttcaaatactgagtaaaatttaaattctaccctatgcttgagtatgc
atgtctattatcatataatatgaaagcaggaggtttccatttacataaaa
aaaccctcaaagatattatcccctttgtattatttacaaagttgctaaaa
gtttgtttcccaaaaaaagaaaaagatgaacaaaatctcatggcaagaat
gtaattccaaaaggcaagttgcatatgaaagaggcaaaggacaggtttag
atcatggtgaaagagctcaaaaaatagcttgtcagcactcagtcaacaat
ctagtgcaagcgggagat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_166570532_166571288
seq2: B6Ng01-138J05.b_48_798

seq1  GAATTCACTTCCATTGTCTCGAAGCTGCTCTTCTCTCATACCAACTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTCCATTGTCTCGAAGCTGCTCTTCTCTCATACCAACTGCTT  50

seq1  AGCTCTTGAAGGCCTCCCTGTGATGGACGGATAGGAGGCTGTGGCTCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTGAAGGCCTCCCTGTGATGGACGGATAGGAGGCTGTGGCTCCCT  100

seq1  GCAGCCAGCAGCCAGAGTCAGTGTCTTCCTTTGATTACTTTTAACAGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCAGCAGCCAGAGTCAGTGTCTTCCTTTGATTACTTTTAACAGTTT  150

seq1  AAAAATTACACCTAAGGCTTGCAAAGGTTCATTTGATCTCCGGGCTTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTACACCTAAGGCTTGCAAAGGTTCATTTGATCTCCGGGCTTTCT  200

seq1  TGTGGCAGGTTTGAGTCCACACTCCACTCCAGCATCATAAGCTCTTGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCAGGTTTGAGTCCACACTCCACTCCAGCATCATAAGCTCTTGTGG  250

seq1  ATCTATGTATCTATGTATCTATGTATCTATGTATGTATGTATGTATGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATGTATCTATGTATCTATGTATCTATGTATGTATGTATGTATGTAT  300

seq1  GTATGTATGTATGTATGTATGTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTATGTATGTATGTATGTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT  350

seq1  ATCTATCTATCTATCTATCTATTTGAAACAAGGTCTCTTTCACTGACCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATCTATTTGAAACAAGGTCTCTTTCACTGACCTC  400

seq1  AAAGCTCTCAGTGTAGCTGAGAATGTCATTGAATTTCTGAAGCTCTTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCTCAGTGTAGCTGAGAATGTCATTGAATTTCTGAAGCTCTTGCC  450

seq1  TTTACTTCCTAAGTGCTGAGATTCTGAGTATTTTCCAACATACTTAACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTCCTAAGTGCTGAGATTCTGAGTATTTTCCAACATACTTAACAA  500

seq1  AGCCAACCAAAGTTTGTGTGTTTTGTTTATGGAATGGGCTCTTGTTACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAACCAAAGTTTGTGTGTTTTGTTTATGGAATGGGCTCTTGTTACTT  550

seq1  CCTGTGCAAGCCAATTGCAGAGCTAAGAGACAATATGTCCAAAATTATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCAAGCCAATTGCAGAGCTAAGAGACAATATGTCCAAAATTATCT  600

seq1  GGCCAAGGACATGAGACAAAACAGATCCCCCCAAGAGGTTATTATTGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAGGACATGAGACAAAACAGATCCCCCCAAGAGGTTATTATTGGGT  650

seq1  TTCTCCATGTTGAAAAATTTATGTTTTCTTTTGATTCTAGGATGTTTACT  700
      |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTCTCCATGTTG-AAAATTTATG-TTTCTTTTGATTCTAGGATG-TTACT  697

seq1  GTTTAGTTGTTACACACCTGATTATTAGGGAAATAAGAACTAATGTCTTA  750
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||   ||
seq2  GTTTAGTTGTTACACACCTGATTATTAGGG-AATTAGAACTAATG--CTA  744

seq1  TTTGTAA  757
      |||||||
seq2  TTTGTAA  751

seq1: chr1_166645859_166646937
seq2: B6Ng01-138J05.g_66_1133 (reverse)

seq1  ATCTGCCGCTCTGCACT-GATTGTTGACTGAGTTGCTGACCAGCTATATT  49
      |||| ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||
seq2  ATCTCCCGCT-TGCACTAGATTGTTGACTGAG-TGCTGACAAGCTAT-TT  47

seq1  TTTGAGCCTTCTTTTCACCATGATTCTAAACCTGTCCTTTGCCTCTTTCC  99
      |||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTTGAGC--TC-TTTCACCATGA-TCTAAACCTGTCCTTTGCCTCTTT-C  92

seq1  TTATGCCAACCTTGCCTTTTGGAATTTACATTCTTGCCATGAGATTTTTG  149
       |||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATATGC--AACTTGCCTTTTGGAA-TTACATTCTTGCCATGAGA-TTTTG  138

seq1  TTCATTCTTTTTCTTTTTTTGGGAAAC-AACTTTTAGCAACTTTGTAAAT  198
      |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCA-TCTTTTTCTTTTTTTGGGAAACAAACTTTTAGCAACTTTGTAAAT  187

seq1  AATACAAAGGGGATAAATATCTTTGAGGGTTTTTTTATGTAAATGGAAAC  248
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAAAGGGGAT-AATATCTTTGAGGGTTTTTTTATGTAAATGGAAAC  236

seq1  CTCCTGCTTTCATATTATATGATAATAGACATGCATACTCAAGCATAGGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTTTCATATTATATGATAATAGACATGCATACTCAAGCATAGGG  286

seq1  TAGAATTTAAATTTTACTCAGTATTTGAAAAGCACGTT-CCATTATCTTC  347
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TAGAATTTAAATTTTACTCAGTATTTGAAAAGCACGTTCCCATTATCTTC  336

seq1  TGGACCTAGATTCGAAGTTGAGGAATTCAGTACACTTCTCATTTCAGTTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCTAGATTCGAAGTTGAGGAATTCAGTACACTTCTCATTTCAGTTC  386

seq1  ATTCCTATTTGACCTCAGTTTTGGCTTTATTAGTGTTCCATCGACTTAGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTATTTGACCTCAGTTTTGGCTTTATTAGTGTTCCATCGACTTAGG  436

seq1  AGACTCTGAGTGCATTTCACAGTGTTGTGAATGTCCCTAACGCTGAGGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTGAGTGCATTTCACAGTGTTGTGAATGTCCCTAACGCTGAGGTG  486

seq1  TGTGGCATGTGCTCTCTTTCCTCCTTACTAATGCACTTACCTCCAGAACA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCATGTGCTCTCTTTCCTCCTTACTAATGCACTTACCTCCAGAACA  536

seq1  CTTCCTACACCTCTCCTCATACTCCCACTGTGCCTCCTGCTGTCATTACC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTACACCTCTCCTCATACTCCCACTGTGCCTCCTGCTGTCATTACC  586

seq1  TCCAATGCCTAAATCTCTGAAGATTCCTTCATCTTATTATTCTACAGTAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATGCCTAAATCTCTGAAGATTCCTTCATCTTATTATTCTACAGTAC  636

seq1  ATTAGTCACCCAACCCCAGATAATTCTCTAATGTCTCTGCCTTTTGCCTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTCACCCAACCCCAGATAATTCTCTAATGTCTCTGCCTTTTGCCTA  686

seq1  CTTTCCACCTTAAATCTTTAAAAAGCCCTTTTAGGATATACTTACATGAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCACCTTAAATCTTTAAAAAGCCCTTTTAGGATATACTTACATGAA  736

seq1  TCATTATTACAAATATTTGAAAAAATAAACTCACATAGTTTAAGAACAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATTACAAATATTTGAAAAAATAAACTCACATAGTTTAAGAACAAA  786

seq1  GTGAAAAGTTATTAAAAATACATACTCTCTCCCAGAATGGTGTGTCATGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAAGTTATTAAAAATACATACTCTCTCCCAGAATGGTGTGTCATGC  836

seq1  ATTCCAATTTCATTCTCTACATTTCCCTCTTTGTGGGAAATGTATTTTAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAATTTCATTCTCTACATTTCCCTCTTTGTGGGAAATGTATTTTAT  886

seq1  CCTAGGCTTTTATAATGAAGATATAACAAAAATATAAATATGTTATCTTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGCTTTTATAATGAAGATATAACAAAAATATAAATATGTTATCTTC  936

seq1  TCTTCCAAAGCAATACCTTTTTTCACTTTGATCTTTCCATTACCTATTGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAAAGCAATACCTTTTTTCACTTTGATCTTTCCATTACCTATTGT  986

seq1  GGCTTTCTCCAAATAAAATAATATCTGTCTTTTTTTTTCCCCCTCAGGGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTCTCCAAATAAAATAATATCTGTCTTTTTTTTTCCCCCTCAGGGT  1036

seq1  CTCTTTATGTAGCCCCACCTGTTTTGGAATTC  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTATGTAGCCCCACCTGTTTTGGAATTC  1068