BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139O05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 9,876,691 - 10,035,403
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSgk3, LOC100039643, 6030422M02Rik, LOC100039596, 4930418G15Rik, Cops5, Cspp1
Upstream geneSntg1, LOC665103, LOC100039464, EG620853, LOC665138, Rrs1, Adhfe1, LOC620542, 3110035E14Rik, Mybl1, Vcpip1, LOC100039536, LOC665173, EG620986
Downstream geneArfgef1, Cpa6, LOC433271
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139O05.bB6Ng01-139O05.g
ACCDH938758DH938759
length1,098635
definitionDH938758|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139O05, 5' end.DH938759|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139O05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,034,291 - 10,035,403)(9,876,691 - 9,877,325)
sequence
gaattcttgctatatagattagactggcctcaaactacagcaattcaaag
gtctctgcctcccaaatgctgcgattaaaggagtaaaccactaaatctaa
tttaatgaaacacattacacgacaattactaatcttgccttcatctccat
gtacggtggatcactttccaattctgctttgtctttggccagtttcgctt
tttgctcttcaataaattcatccaagctatctgccattttgtagattctg
aaaaaaaaaagtcttcagtgagtacaatgatattgcagtggttttagcta
agtattaaaacaaggtcttagtccacaattatcatattgtaaacaaggtc
ttcaatctcaattatcatattgtgaacttcatactgaagcatagacataa
ataccatctgtctcttcctcttcaatatcacagaataggctacaatgtag
gttaatgtacagaaaaagaaatatggtcaaagtactttatatgcatgaat
ggaaacttcgcaatgaaacagtctatacaattatatgatttaaaaaagta
gtaacaaatgagatcggcagccactaccacaacccacagtcacacaatca
aagaacaaaaggaaatgaaaagcttaaatctttaaaatacgtttctctta
aaaaaactatttgaaattaattgtaagtctttggggtacacctctttaat
cctagaactcaagaggcagaagcaggtagatgtctgagttcaaggccaga
gaaaccctgtctccaaaaaaaaagtattatgtgtagttaatatattaata
aagaataatattataacctttttttgatagcctaaaactgagtacctgag
cttgtcctaaacaaggatttcccagatagtaagggcacatatgtgcataa
aatagcatagataacatctgccttattcaaatagtaaaatcccatgcagc
tatagactttagagggcgatgagacactgctggaaaacccattgtgatga
agctacgagtgcagcactcatcagcatttgaaccctagtactgagcagag
cagtgtagctctgtagtgaacaggcagctattctagacaatgatctag
gaattcactggggaaaaaaagatgtttactgtgcagttaaattccacagt
tttcaataaagatgcttaaggccagcccagagctactggttgaaatggaa
attttattgctatactaagatatcactccaacccagggataggcctttta
gtttacatatcttcataacagtatatttgtttttctttatgtggagtgtg
tgcaagctaaaagtcagtggtaggtgtctttgtcaatagctatccacctt
attttttgagacagtctcttactgaacctgtagctcaccaatatggctaa
attggtatgttagcaagccctatgtagcttggtatttctgcaccctgcac
tggattacaggcatgattttatgtgggtactgaagatatgggtatggggc
ctcatgtttgcatagcaagtatgcaaacatgactgagccatctcctagga
cagcacctaaattttgcttttctctagcccatttgaaatatttgaattgc
tttctagatattttctgttgtccctatgtgttctgcagccctatgcagtg
acctttgaggtagcagacagtgctagtgttaaatgctcatcagctcagga
gagagagagagagagagagagagggagagagagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_10034291_10035403
seq2: B6Ng01-139O05.b_49_1146 (reverse)

seq1  CTAGATCATTGTCTAGAATAGGCTGCCTGGTCAACTTACAGAGCTACACT  50
      |||||||||||||||||||| |||||||| |||   ||||||||||||||
seq2  CTAGATCATTGTCTAGAATA-GCTGCCTGTTCA--CTACAGAGCTACACT  47

seq1  TGCCTCTGCTTCCAAGTACTAGGGTTCAAATGCTGGATGAGTGCTGCCAC  100
         |||||||    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  --GCTCTGCT---CAGTACTAGGGTTCAAATGCT-GATGAGTGCTG-CAC  90

seq1  TCGTAGCCTTCATCACAATGGGTTTTCCAGCAGTGTCTCATCGCCCTCTA  150
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTAG-CTTCATCACAATGGGTTTTCCAGCAGTGTCTCATCGCCCTCTA  139

seq1  AAGTCTATAGCCTGCATGGGATTTTTACTATTTGAATAAGGCAGATGTTA  200
      |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTATAG-CTGCATGGGA-TTTTACTATTTGAATAAGGCAGATGTTA  187

seq1  TTCTATGCCTATTTTATGCACATATGTGCCCTTACTATCTGGGAAATCCT  250
       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TCTATG-CTATTTTATGCACATATGTGCCCTTACTATCTGGGAAATCCT  235

seq1  TGTTTAGGACAAGCTCAGGTACTCAGTTTTAGGCTATCAAAAAAAGGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGGACAAGCTCAGGTACTCAGTTTTAGGCTATCAAAAAAAGGTTA  285

seq1  TAATATTATTCTTTATTAATATATTAACTACACATAATACTTTTTTTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTATTCTTTATTAATATATTAACTACACATAATACTTTTTTTTTG  335

seq1  GAGACAGGGTTTCTCTGGCCTTGAACTCAGACATCTACCTGCTTCTGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGGGTTTCTCTGGCCTTGAACTCAGACATCTACCTGCTTCTGCCT  385

seq1  CTTGAGTTCTAGGATTAAAGAGGTGTACCCCAAAGACTTACAATTAATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTTCTAGGATTAAAGAGGTGTACCCCAAAGACTTACAATTAATTT  435

seq1  CAAATAGTTTTTTTAAGAGAAACGTATTTTAAAGATTTAAGCTTTTCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGTTTTTTTAAGAGAAACGTATTTTAAAGATTTAAGCTTTTCATT  485

seq1  TCCTTTTGTTCTTTGATTGTGTGACTGTGGGTTGTGGTAGTGGCTGCCGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTGTTCTTTGATTGTGTGACTGTGGGTTGTGGTAGTGGCTGCCGA  535

seq1  TCTCATTTGTTACTACTTTTTTAAATCATATAATTGTATAGACTGTTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTTGTTACTACTTTTTTAAATCATATAATTGTATAGACTGTTTCA  585

seq1  TTGCGAAGTTTCCATTCATGCATATAAAGTACTTTGACCATATTTCTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGAAGTTTCCATTCATGCATATAAAGTACTTTGACCATATTTCTTTT  635

seq1  TCTGTACATTAACCTACATTGTAGCCTATTCTGTGATATTGAAGAGGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACATTAACCTACATTGTAGCCTATTCTGTGATATTGAAGAGGAAG  685

seq1  AGACAGATGGTATTTATGTCTATGCTTCAGTATGAAGTTCACAATATGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGATGGTATTTATGTCTATGCTTCAGTATGAAGTTCACAATATGAT  735

seq1  AATTGAGATTGAAGACCTTGTTTACAATATGATAATTGTGGACTAAGACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAGATTGAAGACCTTGTTTACAATATGATAATTGTGGACTAAGACC  785

seq1  TTGTTTTAATACTTAGCTAAAACCACTGCAATATCATTGTACTCACTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTAATACTTAGCTAAAACCACTGCAATATCATTGTACTCACTGAA  835

seq1  GACTTTTTTTTTTCAGAATCTACAAAATGGCAGATAGCTTGGATGAATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTTTTTTTTCAGAATCTACAAAATGGCAGATAGCTTGGATGAATTT  885

seq1  ATTGAAGAGCAAAAAGCGAAACTGGCCAAAGACAAAGCAGAATTGGAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAGAGCAAAAAGCGAAACTGGCCAAAGACAAAGCAGAATTGGAAAG  935

seq1  TGATCCACCGTACATGGAGATGAAGGCAAGATTAGTAATTGTCGTGTAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCACCGTACATGGAGATGAAGGCAAGATTAGTAATTGTCGTGTAAT  985

seq1  GTGTTTCATTAAATTAGATTTAGTGGTTTACTCCTTTAATCGCAGCATTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCATTAAATTAGATTTAGTGGTTTACTCCTTTAATCGCAGCATTT  1035

seq1  GGGAGGCAGAGACCTTTGAATTGCTGTAGTTTGAGGCCAGTCTAATCTAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGCAGAGACCTTTGAATTGCTGTAGTTTGAGGCCAGTCTAATCTAT  1085

seq1  ATAGCAAGAATTC  1113
      |||||||||||||
seq2  ATAGCAAGAATTC  1098

seq1: chr1_9876691_9877325
seq2: B6Ng01-139O05.g_67_701

seq1  GAATTCACTGGGGAAAAAAAGATGTTTACTGTGCAGTTAAATTCCACAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGGGGAAAAAAAGATGTTTACTGTGCAGTTAAATTCCACAGT  50

seq1  TTTCAATAAAGATGCTTAAGGCCAGCCCAGAGCTACTGGTTGAAATGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATAAAGATGCTTAAGGCCAGCCCAGAGCTACTGGTTGAAATGGAA  100

seq1  ATTTTATTGCTATACTAAGATATCACTCCAACCCAGGGATAGGCCTTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTGCTATACTAAGATATCACTCCAACCCAGGGATAGGCCTTTTA  150

seq1  GTTTACATATCTTCATAACAGTATATTTGTTTTTCTTTATGTGGAGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACATATCTTCATAACAGTATATTTGTTTTTCTTTATGTGGAGTGTG  200

seq1  TGCAAGCTAAAAGTCAGTGGTAGGTGTCTTTGTCAATAGCTATCCACCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGCTAAAAGTCAGTGGTAGGTGTCTTTGTCAATAGCTATCCACCTT  250

seq1  ATTTTTTGAGACAGTCTCTTACTGAACCTGTAGCTCACCAATATGGCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTGAGACAGTCTCTTACTGAACCTGTAGCTCACCAATATGGCTAA  300

seq1  ATTGGTATGTTAGCAAGCCCTATGTAGCTTGGTATTTCTGCACCCTGCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTATGTTAGCAAGCCCTATGTAGCTTGGTATTTCTGCACCCTGCAC  350

seq1  TGGATTACAGGCATGATTTTATGTGGGTACTGAAGATATGGGTATGGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTACAGGCATGATTTTATGTGGGTACTGAAGATATGGGTATGGGGC  400

seq1  CTCATGTTTGCATAGCAAGTATGCAAACATGACTGAGCCATCTCCTAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTTTGCATAGCAAGTATGCAAACATGACTGAGCCATCTCCTAGGA  450

seq1  CAGCACCTAAATTTTGCTTTTCTCTAGCCCATTTGAAATATTTGAATTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACCTAAATTTTGCTTTTCTCTAGCCCATTTGAAATATTTGAATTGC  500

seq1  TTTCTAGATATTTTCTGTTGTCCCTATGTGTTCTGCAGCCCTATGCAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGATATTTTCTGTTGTCCCTATGTGTTCTGCAGCCCTATGCAGTG  550

seq1  ACCTTTGAGGTAGCAGACAGTGCTAGTGTTAAATGCTCATCAGCTCAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGAGGTAGCAGACAGTGCTAGTGTTAAATGCTCATCAGCTCAGGA  600

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAG  635
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAG  635