BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-142A17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 61,532,173 - 61,675,588
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAbi2, Raph1, LOC100043027, LOC100042533, Eif4a-ps4, Cd28, LOC667555, Rpl18-rs8, Ctla4, LOC100043049, Icos, LOC433313, LOC100042566
Downstream genePard3b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-142A17.bB6Ng01-142A17.g
ACCDH940342DH940343
length1,0211,159
definitionDH940342|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142A17, 5' end.DH940343|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142A17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,532,173 - 61,533,204)(61,674,417 - 61,675,588)
sequence
gaattcagagggcaccaacaaactgtgggtggtgattgagatgccaactc
acttgcttagactgagtgtttcatgaatgtgcacacatcttaagattgat
catattttgaagattaatgtatacagttcattttaagttgattatatctc
aaaaaagctattaaagtcttccccctgtcatgttcagagtccttgactgc
tgtgtccagagttccccatgactgagtaatcatatagaacaagaaagctt
tgtataagacagacttccccagcaactgtcctattcagtttctaagacac
agttcctcactctaccctctcactttaatatagtgcatagcttgtttgcc
aagaaggatggaatgaatgtacaacttcagacactaagttcaaaagaaga
agtggtaacgttgtcagagttaaagtttaggaagagaagaaagacccacc
tggtgcttagctcatcagcactgccattacaaaatgacagaagaacagaa
aatatttgcaacacatatagttgactcatctctagattatacaaagatta
tttggaacttattagtaaggcgagaaatacccccaaaacaattagatatt
catatggtatatgtatgtaagtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatct
ttatatatatccattcatatacctatatgagtacataataagcccatttc
aaacatacttaccatcagaggaaaaaaataaactaaaaaaaccacactat
atactgagataataccccccagagcgttgctaaaactaaaaataataata
acacaaaatcttggtgagagtgtggtatttatattttaatacattgttgg
gggatttttaaatgctaatatcactttcaaagttgtttaggatttctttt
agaggtagcatacagctgtgcagtggtgataaatgccctcagtcctagcc
attaggaggtagaggcaggcaaacttctgagtttgagtaagattggtcct
aaggagcagttctgataacca
gaattcacagaaatattaagtctcagtagtatgtcaaatttaggaaaagc
acacataatacttccaattcacattgatatattcagaaaagtgatttttt
cttttatcagcctaggctaaactgatgcttttcttggagaaagtacttct
acatttataagcttttctccttgattaccaaaataactattaatttccat
aatcatttaagaaataaaaaattcctactctaactcaatcatcaaattca
aattaatcattttgtttagctatgattgcatagtactataagcagaaaaa
tccaggaaaaaaaaccctattaatattgaatacagaaattacctaactac
aggcctatcagataatatttcatttattttatatgctataattttatgca
ataatccatgaattcatggtggaagctttaaaagactgagtttaatgcta
tgatttctttgtataaaattatttgagaaagtcatgcattttactttgta
tgcacattaattatgagtgctttattattgcaataccagcaggaagcttg
atttaattagtatttttcctccaagagtgtgcaccattgttactatacat
acttgttacaactttcttacagtgatctcccacctccagaatatgaaaca
aagaatgtgaatagggagctggctagaggagtcaatgaggaaagggtgcc
aaacccaatgatctgagttcaatctctggaatctacatgggggaaggaga
gaatggactcccacaagttgtcctctgaccactacatgcatgttgtattc
atgagtactcacacacatgcccaaagagagataaatgcaaacataagaaa
aataatttgagtgggtgttatatagtcagcacaacttataacacttacag
gagtaacctagaagcaaaatttgcaaaaatacagtaaataaaaaaaatag
aaatatgctgtagatcatatcatcagaagaaaacttagtcacttctttgt
ctagagcactggttctcagccttctaatgtggtgaccctttaatataggc
tcctcatgttgtggtacacccttaaccacagaaatatttcaattgctaat
cagactgaatttgttagtatggaattgtaagtgaaattgatatgcagggt
aactgatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_61532173_61533204
seq2: B6Ng01-142A17.b_49_1069

seq1  GAATTCAGAGGGCACCAACAAACTGTGGGTGGTGATTGAGATGCCAACTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGGGCACCAACAAACTGTGGGTGGTGATTGAGATGCCAACTC  50

seq1  ACTTGCTTAGACTGAGTGTTTCATGAATGTGCACACATCTTAAGATTGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCTTAGACTGAGTGTTTCATGAATGTGCACACATCTTAAGATTGAT  100

seq1  CATATTTTGAAGATTAATGTATACAGTTCATTTTAAGTTGATTATATCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTTGAAGATTAATGTATACAGTTCATTTTAAGTTGATTATATCTC  150

seq1  AAAAAAGCTATTAAAGTCTTCCCCCTGTCATGTTCAGAGTCCTTGACTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGCTATTAAAGTCTTCCCCCTGTCATGTTCAGAGTCCTTGACTGC  200

seq1  TGTGTCCAGAGTTCCCCATGACTGAGTAATCATATAGAACAAGAAAGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCAGAGTTCCCCATGACTGAGTAATCATATAGAACAAGAAAGCTT  250

seq1  TGTATAAGACAGACTTCCCCAGCAACTGTCCTATTCAGTTTCTAAGACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAAGACAGACTTCCCCAGCAACTGTCCTATTCAGTTTCTAAGACAC  300

seq1  AGTTCCTCACTCTACCCTCTCACTTTAATATAGTGCATAGCTTGTTTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTCACTCTACCCTCTCACTTTAATATAGTGCATAGCTTGTTTGCC  350

seq1  AAGAAGGATGGAATGAATGTACAACTTCAGACACTAAGTTCAAAAGAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGATGGAATGAATGTACAACTTCAGACACTAAGTTCAAAAGAAGA  400

seq1  AGTGGTAACGTTGTCAGAGTTAAAGTTTAGGAAGAGAAGAAAGACCCACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTAACGTTGTCAGAGTTAAAGTTTAGGAAGAGAAGAAAGACCCACC  450

seq1  TGGTGCTTAGCTCATCAGCACTGCCATTACAAAATGACAGAAGAACAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTTAGCTCATCAGCACTGCCATTACAAAATGACAGAAGAACAGAA  500

seq1  AATATTTGCAACACATATAGTTGACTCATCTCTAGATTATACAAAGATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTGCAACACATATAGTTGACTCATCTCTAGATTATACAAAGATTA  550

seq1  TTTGGAACTTATTAGTAAGGCGAGAAATACCCCCAAAACAATTAGATATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAACTTATTAGTAAGGCGAGAAATACCCCCAAAACAATTAGATATT  600

seq1  CATATGGTATATGTATGTAAGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGGTATATGTATGTAAGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATCT  650

seq1  TTATATATATCCATTCATATACCTATATGAGTACATAATAAGCCCA-TTC  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTATATATATCCATTCATATACCTATATGAGTACATAATAAGCCCATTTC  700

seq1  AAACATACTTACCATCAGAGGAAAAAAATAAACTAAAAAAACCACACTAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATACTTACCATCAGAGGAAAAAAATAAACTAAAAAAACCACACTAT  750

seq1  ATACTGAGATAATACCCCCCAGAGCGTTGCTAAAACTAAAAATAATAATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGAGATAATACCCCCCAGAGCGTTGCTAAAACTAAAAATAATAATA  800

seq1  ACACAAAATCTTGGTGAGAGTGTTGGTATTTATAATTTTAATACATTGTT  849
      |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACACAAAATCTTGGTGAGAGTG-TGGTATTTAT-ATTTTAATACATTGTT  848

seq1  GGGGGAATTTTTAAAATGCTAATATCACTTTCAAAAGTTGTTTAAGGAAT  899
      ||||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  | ||
seq2  GGGGGA--TTTTTAAATGCTAATATCACTTTC-AAAGTTGTTTA--GGAT  893

seq1  TTCTTTTAAGAGGTAAGCATACAGCTGTGCAGTGGTGATAAATGCCCTCA  949
      ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTT-AGAGGT-AGCATACAGCTGTGCAGTGGTGATAAATGCCCTCA  941

seq1  GTCCTAGCAATTAGGAGGTAGAGGCAGGCAAACCTCTGAGTTTGAGTTAA  999
      |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  GTCCTAGCCATTAGGAGGTAGAGGCAGGCAAACTTCTGAGTTTGAG-TAA  990

seq1  GTATGGT-CTAAGGAGCAAGTTCCAGAATAACCA  1032
      |  |||| ||||||||| |||||    |||||||
seq2  GATTGGTCCTAAGGAGC-AGTTC--TGATAACCA  1021

seq1: chr1_61674417_61675588
seq2: B6Ng01-142A17.g_66_1224 (reverse)

seq1  CTATCAGTTACCCTGCATATCAAATATTTACATTACAATTCATAACTAAC  50
      ||||||||||||||||||||||   ||||   |||||||||   ||||||
seq2  CTATCAGTTACCCTGCATATCA---ATTTCACTTACAATTCCATACTAAC  47

seq1  AAAATTTCAGTTCTGAAATAGCAA-TGAAATAATTCTGTGGTT-AGGGTG  98
      |||  ||||| |||| | |||||| ||||||| |||||||||| ||||||
seq2  AAA--TTCAG-TCTG-ATTAGCAATTGAAATATTTCTGTGGTTAAGGGTG  93

seq1  TCACCACAACATGAGGAG-CTATATTAAAGGGTCACAACATTAGGAAGGC  147
      | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  T-ACCACAACATGAGGAGCCTATATTAAAGGGTCACCACATTA-GAAGGC  141

seq1  TGAGAACCAGTGCTCTAGACAAAGAAAGTGAACTAAGTTTTCTTCCTGAT  197
      |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||
seq2  TGAGAACCAGTGCTCTAGACAAAG-AAGTG-ACTAAGTTTTCTT-CTGAT  188

seq1  GATAATTGATCTACAGCATATTTCTATTTTTTTTATTTACTGTATTTTTG  247
      ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GATA--TGATCTACAGCATATTTCTATTTTTTTTATTTACTGTATTTTT-  235

seq1  GCAAATTTTTGCTTCTAGGTTACTCCTTGTAAGTGTTATAAGTTGTGCTG  297
      ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAA-TTTTGCTTCTAGGTTACTCC-TGTAAGTGTTATAAGTTGTGCTG  283

seq1  ACTATATAACACCCACTCAAATTATTTTTCTTATGTTTGCATTTATCTCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATAACACCCACTCAAATTATTTTTCTTATGTTTGCATTTATCTCT  333

seq1  CTTTGGGCATGTGTGTGAGTACTCATGAATACAACATGCATGTAGTGGTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGCATGTGTGTGAGTACTCATGAATACAACATGCATGTAGTGGTC  383

seq1  AGAGGACAACTTGTGGGAGTCCATTCTCTCCTTCCCCCATGTAGATTCCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACAACTTGTGGGAGTCCATTCTCTCCTTCCCCCATGTAGATTCCA  433

seq1  GAGATTGAACTCAGATCATTGGGTTTGGCA-CCTTTCCTCATTGACTCCT  496
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAGATTGAACTCAGATCATTGGGTTTGGCACCCTTTCCTCATTGACTCCT  483

seq1  CTAGCCAGCTCCCTATTCACATTCTTTGTTTCATATTCTGGAGGTGGGAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCAGCTCCCTATTCACATTCTTTGTTTCATATTCTGGAGGTGGGAG  533

seq1  ATCACTGTAAGAAAGTTGTAACAAGTATGTATAGTAACAATGGTGCACAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGTAAGAAAGTTGTAACAAGTATGTATAGTAACAATGGTGCACAC  583

seq1  TCTTGGAGGAAAAATACTAATTAAATCAAGCTTCCTGCTGGTATTGCAAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGAGGAAAAATACTAATTAAATCAAGCTTCCTGCTGGTATTGCAAT  633

seq1  AATAAAGCACTCATAATTAATGTGCATACAAAGTAAAATGCATGACTTTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGCACTCATAATTAATGTGCATACAAAGTAAAATGCATGACTTTC  683

seq1  TCAAATAATTTTATACAAAGAAATCATAGCATTAAACTCAGTCTTTTAAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATAATTTTATACAAAGAAATCATAGCATTAAACTCAGTCTTTTAAA  733

seq1  GCTTCCACCATGAATTCATGGATTATTGCATAAAATTATAGCATATAAAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCACCATGAATTCATGGATTATTGCATAAAATTATAGCATATAAAA  783

seq1  TAAATGAAATATTATCTGATAGGCCTGTAGTTAGGTAATTTCTGTATTCA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAAATATTATCTGATAGGCCTGTAGTTAGGTAATTTCTGTATTCA  833

seq1  ATATTAATAGGGTTTTTTTTCCTGGATTTTTCTGCTTATAGTACTATGCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAATAGGGTTTTTTTTCCTGGATTTTTCTGCTTATAGTACTATGCA  883

seq1  ATCATAGCTAAACAAAATGATTAATTTGAATTTGATGATTGAGTTAGAGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAGCTAAACAAAATGATTAATTTGAATTTGATGATTGAGTTAGAGT  933

seq1  AGGAATTTTTTATTTCTTAAATGATTATGGAAATTAATAGTTATTTTGGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATTTTTTATTTCTTAAATGATTATGGAAATTAATAGTTATTTTGGT  983

seq1  AATCAAGGAGAAAAGCTTATAAATGTAGAAGTACTTTCTCCAAGAAAAGC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAGGAGAAAAGCTTATAAATGTAGAAGTACTTTCTCCAAGAAAAGC  1033

seq1  ATCAGTTTAGCCTAGGCTGATAAAAGAAAAAATCACTTTTCTGAATATAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTTTAGCCTAGGCTGATAAAAGAAAAAATCACTTTTCTGAATATAT  1083

seq1  CAATGTGAATTGGAAGTATTATGTGTGCTTTTCCTAAATTTGACATACTA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGAATTGGAAGTATTATGTGTGCTTTTCCTAAATTTGACATACTA  1133

seq1  CTGAGACTTAATATTTCTGTGAATTC  1172
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACTTAATATTTCTGTGAATTC  1159