BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-144M22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 123,970,890 - 124,116,009
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666971
Upstream geneAI848258, Insig2, Ccdc93, LOC100041926, Htr5b, LOC666656, Ddx18
Downstream geneLOC666983
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-144M22.bB6Ng01-144M22.g
ACCDH942383DH942384
length9621,083
definitionDH942383|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-144M22, 5' end.DH942384|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-144M22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,115,436 - 124,116,009)(123,970,890 - 123,971,990)
sequence
gaattcctttctctttttgaaagaaggagacaagagacattctttttttt
taaggatatatttatttttgtatttaatttatttttattagatatttcct
ttatttacattttaaatgttatttccttttctggtttcccctccaaaacc
tccctctcactatgctcttccccctccccaggctcactaacccacccact
cctgcttcctggcctggcattcccctacactggggcatagaaccttcaca
ggaccaagggcctctccttccattgatgaatgactagggcatcctctgct
tcatatgcatctggagctatgggtccctccatgaattctctttggttggt
tgtttagtccctggaagctctgggtgtactggttagttcatattgttgtt
cttccaatgggactgcaagctctttcagctccatgggtcctttatctagc
tcctccattggggaccctgtgttcagtcccatggttggctgtgagaatcc
ttctctgtatttgtcaggcactggtagaacctctcaggagacagctatat
caggctcctgtcagcaagcactcattggcatccacaataatatctgggct
tggtgattgtatatgagatggatcctcaggtgggcagtctctggacagtc
attccttcagtctcagctccagactttctctttgtaaatcctcccttgag
tattttgttaccccatctaagaaggatcaaagtatccacactttggtctt
ccttcttcttgtgtttcatgtggtttgcaaattgtatcttgggtattctg
agcttctgtgttaatatccacttatcagtgagtgctgatcatgtgcattc
ttttgtgattgggttacctcactcagatgatagcctccagatccatccat
ttgcctaagaatttcataaattcattgttttaaatagctgagtagtactc
catagtataaat
gaattcagattgagactgctggtccttctacaggaccacccttcttctca
gcttctttcagccttccctaattcaacaacagggtcagttgcttctgtcc
attgcttgagtgcaaatatctacatatttttcactataaaattcttatct
tctgatgtgtgcttttacagtgcagactgtctgtaagattcttaaagaca
caggctagatcttgtgactctcttagtccctatacctaggatggtctatg
atgcatgttcacaatgctcacagtgagcatttgtctgccctgtttatgct
atgttataatctcatgttctatgcttgtcttcttgaaccaaatctcagga
acacatgagtccaacctgatgtgggagaaacagcttttgcatttaacctg
aacccttatggggttttattttggatttattttatgtatatgagtacatt
atagctatcttcagacacaccagaagagggcattggataccattacagat
ggttgtgagccaaaaatgttgctggagattgcactcaggacctgtggaag
agcaatccgtgctcttaacaactgagctctctctccagcctgaaacttat
gttttaatgattctgtttgtgtgacagcttagacagtcatgctcttctct
aggtcatctatacttgggaaaatcttcccttccctgctcaccactgccag
agtacagctgaaaggctcaaaatgataatgtccatgactcacctctaaga
agatatatacagaaaccataatctcattaaaattcaagttggacatggtg
gtacacacatgcatctcagtactgacatgtctgtagtatcaaccttagct
agatagtgtgtttaaggatagtcacaactatacagtaaaattgtccctca
ataaataaaaacaaaatatgaatgtgtgggttcatttatatccttcacat
atattttattccagtgttttcatgcaaaactacaatatgatgattatcaa
tgtttattattggaaatgcatgaaacgcatcataaattcaggtgatattt
atttctctttattagggtatactgctcaatgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_124115436_124116009
seq2: B6Ng01-144M22.b_42_615 (reverse)

seq1  TGAGTGCTTGCTGACAGGAGCCTGATATAGCTGTCTCCTGAGAGGTTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCTTGCTGACAGGAGCCTGATATAGCTGTCTCCTGAGAGGTTCTA  50

seq1  CCAGTGCCTGACAAATACAGAGAAGGATTCTCACAGCCAACCATGGGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCCTGACAAATACAGAGAAGGATTCTCACAGCCAACCATGGGACT  100

seq1  GAACACAGGGTCCCCAATGGAGGAGCTAGATAAAGGACCCATGGAGCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACAGGGTCCCCAATGGAGGAGCTAGATAAAGGACCCATGGAGCTGA  150

seq1  AAGAGCTTGCAGTCCCATTGGAAGAACAACAATATGAACTAACCAGTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTTGCAGTCCCATTGGAAGAACAACAATATGAACTAACCAGTACA  200

seq1  CCCAGAGCTTCCAGGGACTAAACAACCAACCAAAGAGAATTCATGGAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGCTTCCAGGGACTAAACAACCAACCAAAGAGAATTCATGGAGGG  250

seq1  ACCCATAGCTCCAGATGCATATGAAGCAGAGGATGCCCTAGTCATTCATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATAGCTCCAGATGCATATGAAGCAGAGGATGCCCTAGTCATTCATC  300

seq1  AATGGAAGGAGAGGCCCTTGGTCCTGTGAAGGTTCTATGCCCCAGTGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAAGGAGAGGCCCTTGGTCCTGTGAAGGTTCTATGCCCCAGTGTAG  350

seq1  GGGAATGCCAGGCCAGGAAGCAGGAGTGGGTGGGTTAGTGAGCCTGGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGCCAGGCCAGGAAGCAGGAGTGGGTGGGTTAGTGAGCCTGGGGA  400

seq1  GGGGGAAGAGCATAGTGAGAGGGAGGTTTTGGAGGGGAAACCAGAAAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAAGAGCATAGTGAGAGGGAGGTTTTGGAGGGGAAACCAGAAAAGG  450

seq1  AAATAACATTTAAAATGTAAATAAAGGAAATATCTAATAAAAATAAATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACATTTAAAATGTAAATAAAGGAAATATCTAATAAAAATAAATTA  500

seq1  AATACAAAAATAAATATATCCTTAAAAAAAAAGAATGTCTCTTGTCTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAAAAATAAATATATCCTTAAAAAAAAAGAATGTCTCTTGTCTCCT  550

seq1  TCTTTCAAAAAGAGAAAGGAATTC  574
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAAAAAGAGAAAGGAATTC  574

seq1: chr1_123970890_123971990
seq2: B6Ng01-144M22.g_67_1149

seq1  GAATTCAGATTGAGACTGCTGGTCCTTCTACAGGACCACCCTTCTTCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATTGAGACTGCTGGTCCTTCTACAGGACCACCCTTCTTCTCA  50

seq1  GCTTCTTTCAGCCTTCCCTAATTCAACAACAGGGTCAGTTGCTTCTGTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTTCAGCCTTCCCTAATTCAACAACAGGGTCAGTTGCTTCTGTCC  100

seq1  ATTGCTTGAGTGCAAATATCTACATATTTTTCACTATAAAATTCTTATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTGAGTGCAAATATCTACATATTTTTCACTATAAAATTCTTATCT  150

seq1  TCTGATGTGTGCTTTTACAGTGCAGACTGTCTGTAAGATTCTTAAAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGTGTGCTTTTACAGTGCAGACTGTCTGTAAGATTCTTAAAGACA  200

seq1  CAGGCTAGATCTTGTGACTCTCTTAGTCCCTATACCTAGGATGGTCTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTAGATCTTGTGACTCTCTTAGTCCCTATACCTAGGATGGTCTATG  250

seq1  ATGCATGTTCACAATGCTCACAGTGAGCATTTGTCTGCCCTGTTTATGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGTTCACAATGCTCACAGTGAGCATTTGTCTGCCCTGTTTATGCT  300

seq1  ATGTTATAATCTCATGTTCTATGCTTGTCTTCTTGAACCAAATCTCAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATAATCTCATGTTCTATGCTTGTCTTCTTGAACCAAATCTCAGGA  350

seq1  ACACATGAGTCCAACCTGATGTGGGAGAAACAGCTTTTGCATTTAACCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGAGTCCAACCTGATGTGGGAGAAACAGCTTTTGCATTTAACCTG  400

seq1  AACCCTTATGGGGTTTTATTTTGGATTTATTTTATGTATATGAGTACATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTATGGGGTTTTATTTTGGATTTATTTTATGTATATGAGTACATT  450

seq1  ATAGCTATCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATTGGATACCATTACAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTATCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATTGGATACCATTACAGAT  500

seq1  GGTTGTGAGCCAAAAATGTTGCTGGAGATTGCACTCAGGACCTGTGGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTGAGCCAAAAATGTTGCTGGAGATTGCACTCAGGACCTGTGGAAG  550

seq1  AGCAATCCGTGCTCTTAACAACTGAGCTCTCTCTCCAGCCTGAAACTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATCCGTGCTCTTAACAACTGAGCTCTCTCTCCAGCCTGAAACTTAT  600

seq1  GTTTTAATGATTCTGTTTGTGTGACAGCTTAGACAGTCATGCTCTTCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAATGATTCTGTTTGTGTGACAGCTTAGACAGTCATGCTCTTCTCT  650

seq1  AGGTCATCTATACTTGGGAAAATCTTCCCTTCCCTGCTCACCACTGCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATCTATACTTGGGAAAATCTTCCCTTCCCTGCTCACCACTGCCAG  700

seq1  AGTACAGCTGAAAGGCTCAAAATGATAATGTCCATGACTCACCTCTAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAGCTGAAAGGCTCAAAATGATAATGTCCATGACTCACCTCTAAGA  750

seq1  AGATATATACAGAAACCATAATCTCATTAAAATTCAAGTTGGACATGGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATATACAGAAACCATAATCTCATTAAAATTCAAGTTGGACATGGTG  800

seq1  GTACACACATGCATCTCAGTACTGACATGTCTGTAGTATCAACCTTAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACACATGCATCTCAGTACTGACATGTCTGTAGTATCAACCTTAGCT  850

seq1  AGATAGTGTGTTTAAGGATAGTCACAACTATACAGTAAAATTGTCCCTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGTGTGTTTAAGGATAGTCACAACTATACAGTAAAATTGTCCCTCA  900

seq1  ATAAATAAAAACAAAAATATTGAATGTTGTGGGTTCATTTTATAATCCTT  950
      |||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||
seq2  ATAAATAAAAAC-AAAATA-TGAATG-TGTGGGTTCA-TTTAT-ATCCTT  945

seq1  CACATATATTTTATTCCAGTGTTTTCATGCAAAACCTACAAATATGAATG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||
seq2  CACATATATTTTATTCCAGTGTTTTCATGCAAAA-CTAC-AATATG-ATG  992

seq1  ATTTATTAAATGTTTAATTAATTGAAATGCATGAAACGCATCAATAATAT  1050
      |||   | ||||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  ATT--ATCAATGTTT-ATTATTGGAAATGCATGAAACGCATC-ATAA-AT  1037

seq1  GTAAGTGATATTTATTCTTCCTTTTATTAGGGTTAATACTGCTCAAATGA  1100
        | |||||||||||  |||  |||||||||||  ||||||||| |||||
seq2  TCAGGTGATATTTAT--TTCTCTTTATTAGGGT--ATACTGCTC-AATGA  1082

seq1  A  1101
      |
seq2  A  1083