BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-145C18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 131,888,131 - 131,987,582
singlet/doubletdoublet
Overlap geneThsd7b
Upstream geneLOC100042732, LOC100042745, LOC100042740
Downstream geneDaf2, Cd55, Zp3r, C4bp, C4bp-ps1, Pfkfb2, Yod1, AA986860, Fcamr, Pigr, Faim3, Il24, Il20, Il19, Il10, Mapkapk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-145C18.bB6Ng01-145C18.g
ACCDH942651DH942652
length1,0671,135
definitionDH942651|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145C18, 5' end.DH942652|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145C18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(131,986,509 - 131,987,582)(131,888,131 - 131,889,281)
sequence
gaattccagatgtggatactccacctgtaacattttatcttcacttgtag
ctgatttattgttgttactgtgtgcaatttaagtgaatgtgaaaataaat
catggtcttaaagtgaaattcaccataaagaggagtcagtcagcagcaca
aatttattggggttcttttttcagccctataaaactgtgtggtagtctac
aaggacatcagttacatgcctgtatgcactcactgtatctcgtgtgactt
acctaatagagaaagcacaccaaccaagggaatgtggggtagctcaaata
aaaagcccaactgggccccacatccattgacagaaaatctcaatgaatac
aacatgaggaagagtccttctcttggatctgaatgccttggctttgtcag
tatcttgggagatggctcttactgacatattctgtgtgttatgaaatcat
gagagaatatggagattgttcacagagtgcaggcttccagaggccattcc
aattttcattaaaaaaaaaaaacattgcaattctctgtcaaattgaagtg
aacagcagctacaccatggcagcaatgattgatatttccagaaaacactg
gatggggcaaattcctcttacttcagaaaaggaatagaaaagagatcaca
aacataacggacacgaaatgaatcaatcaccagaggacaggtgtgtggtt
ccacttgcatcaggtgtctactataatcaaagagatatgagcaaaaagag
gacagggggcctgaagatgcagctggggagatggaacgttgctaattaac
tggtgcaaatttctgttacacaaggtaagttgtaaagatcttccatatgg
caccacgcctgtagatggcaagtctctggtataagtgggcatctttaaaa
gggtaggtttcatatttagttttcttattacaataaattgtttaaaattg
aaagaggatttttgtctcagagaaccttagagtatctcatgtagacagta
atgattgtagtagtatcgatagatgctagatagaagttagaatgacacaa
tgatgataacaatgatg
gaattcagaagtgaatataatttggctttacctctcaagacacatccata
acatctgtgtccctttgaatcctaactcctgtctatttactcattcattt
agtagaaggacttgtggaaatgccaatacagggcaactaaatctaaccaa
tgaagttaggggagatttcatgaaagtaacaaatgagctgagcttgtagg
gctctaataaatagaaaatggtcaaaaggactctgattcagaagacaaaa
tagagaccagaagccatggggaagtgtcagcaacagtggctgcagactct
ggagtaattttacagaatttgcaggacatactgatggattagaacttgag
gcaaagtgtgctaagaaagaatcatttctcaaacttgggtggctttgagg
ataaagccattagtggacagagaggacctcaatgattggacagggtcatg
agcttagttgtaggcatgcttagttaagactttccttaaggtgtttggtt
tacattctcaataaatagttgagtatttagatttgaagcacaacaaaatg
cccaatattggacagattgagatggaactgaaaaagtatagcatttcaac
tgacaaagctttaaaataacttgttttatacactatatatagtgaagtaa
atgtcatttactagttatgatattctaacttgtgcatagctatttgtata
tgcaaatatatatgtacatatatgtacatatatataaacattcattatat
aacagattgtacatgtattatttatatagaagattatatgggttatctac
agtaaaagcatatttagttttaggctattaatatagaaggaaatctttaa
gactgggcttaaatgtaactttatccattgcttttaaaatacagagcttt
catgagtgattttcatattagaggtaaaattgctggtgactcagaaatgt
cacttcagcattcccattctttctttgtgtgtaccactggtctttctgtg
tctgccccagatcctgatatgacccgaggcttatttatttatgaattatt
gctaggcttaagcctagcttcctccccacctaccttgtactcataactgt
taatataggctggtctgcccatgttacctctcctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_131986509_131987582
seq2: B6Ng01-145C18.b_45_1111 (reverse)

seq1  CATCATCTTTTTATCATC---------TCCTAACTTCTATCTAGCATCTA  41
      |||||  || ||||||||         | |||||||||||||||||||||
seq2  CATCA--TTGTTATCATCATTGTGTCATTCTAACTTCTATCTAGCATCTA  48

seq1  TCCAAATACCTACCTACCAATCATTTCCCTGTTCTTACATGAGATTACTC  91
      || | |   ||| ||| ||||||||   ||||   ||||||||| |||||
seq2  TCGATA---CTA-CTA-CAATCATT--ACTGT--CTACATGAGA-TACTC  88

seq1  TAAGGTTCTCTGAGACAAAAATCCTCTTTTCAATTTTTAAACAATTTTAT  141
      |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||
seq2  TAAGGTTCTCTGAGACAAAAATCCTC-TTTCAA-TTTTAAACAA-TTTAT  135

seq1  TGTAATAAGAAAACTAAATATGAAACCTACCCTTTTAAAGATGCCCACTT  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATAAGAAAACTAAATATGAAACCTACCCTTTTAAAGATGCCCACTT  185

seq1  ATACCAGAGACTTGCCATCTACAGGCGTGGTGCCATATGGAAGATCTTTA  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAGAGACTTGCCATCTACAGGCGTGGTGCCATATGGAAGATCTTTA  235

seq1  CAACTTACCTTGTGTAACAGAAATTTTGCACCAGTTAATTAGCAACGTTC  291
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTACCTTGTGTAACAGAAA-TTTGCACCAGTTAATTAGCAACGTTC  284

seq1  CATCTCCCCAGCTGCATCTTCAGGCCCCCTGTCCTCTTTTTGCTCATATC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCCCAGCTGCATCTTCAGGCCCCCTGTCCTCTTTTTGCTCATATC  334

seq1  TCTTTGATTATAGTAGACACCTGATGCAAGTGGAACCACACACCTGTCCT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGATTATAGTAGACACCTGATGCAAGTGGAACCACACACCTGTCCT  384

seq1  CTGGTGATTGATTCATTTCGTGTCCGTTATGTTTGTGATCTCTTTTCTAT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGATTGATTCATTTCGTGTCCGTTATGTTTGTGATCTCTTTTCTAT  434

seq1  TCCTTTTCTGAAGTAAGAGGAATTTGCCCCATCCAGTGTTTTCTGGAAAT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTCTGAAGTAAGAGGAATTTGCCCCATCCAGTGTTTTCTGGAAAT  484

seq1  ATCAATCATTGCTGCCATGGTGTAGCTGCTGTTCACTTCAATTTGACAGA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCATTGCTGCCATGGTGTAGCTGCTGTTCACTTCAATTTGACAGA  534

seq1  GAATTGCAATGTTTTTTTTTTTTAATGAAAATTGGAATGGCCTCTGGAAG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGCAATGTTTTTTTTTTTTAATGAAAATTGGAATGGCCTCTGGAAG  584

seq1  CCTGCACTCTGTGAACAATCTCCATATTCTCTCATGATTTCATAACACAC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCACTCTGTGAACAATCTCCATATTCTCTCATGATTTCATAACACAC  634

seq1  AGAATATGTCAGTAAGAGCCATCTCCCAAGATACTGACAAAGCCAAGGCA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATGTCAGTAAGAGCCATCTCCCAAGATACTGACAAAGCCAAGGCA  684

seq1  TTCAGATCCAAGAGAAGGACTCTTCCTCATGTTGTATTCATTGAGATTTT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATCCAAGAGAAGGACTCTTCCTCATGTTGTATTCATTGAGATTTT  734

seq1  CTGTCAATGGATGTGGGGCCCAGTTGGGCTTTTTATTTGAGCTACCCCAC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAATGGATGTGGGGCCCAGTTGGGCTTTTTATTTGAGCTACCCCAC  784

seq1  ATTCCCTTGGTTGGTGTGCTTTCTCTATTAGGTAAGTCACACGAGATACA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCTTGGTTGGTGTGCTTTCTCTATTAGGTAAGTCACACGAGATACA  834

seq1  GTGAGTGCATACAGGCATGTAACTGATGTCCTTGTAGACTACCACACAGT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGCATACAGGCATGTAACTGATGTCCTTGTAGACTACCACACAGT  884

seq1  TTTATAGGGCTGAAAAAAGAACCCCAATAAATTTGTGCTGCTGACTGACT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGGGCTGAAAAAAGAACCCCAATAAATTTGTGCTGCTGACTGACT  934

seq1  CCTCTTTATGGTGAATTTCACTTTAAGACCATGATTTATTTTCACATTCA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTATGGTGAATTTCACTTTAAGACCATGATTTATTTTCACATTCA  984

seq1  CTTAAATTGCACACAGTAACAACAATAAATCAGCTACAAGTGAAGATAAA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATTGCACACAGTAACAACAATAAATCAGCTACAAGTGAAGATAAA  1034

seq1  ATGTTACAGGTGGAGTATCCACATCTGGAATTC  1074
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACAGGTGGAGTATCCACATCTGGAATTC  1067

seq1: chr1_131888131_131889281
seq2: B6Ng01-145C18.g_65_1199

seq1  GAATTCAGAAGTGAATATAATTTGGCTTTACCTCTCAAGACACATCCATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAGTGAATATAATTTGGCTTTACCTCTCAAGACACATCCATA  50

seq1  ACATCTGTGTCCCTTTGAATCCTAACTCCTGTCTATTTACTCATTCATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGTGTCCCTTTGAATCCTAACTCCTGTCTATTTACTCATTCATTT  100

seq1  AGTAGAAGGACTTGTGGAAATGCCAATACAGGGCAACTAAATCTAACCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAAGGACTTGTGGAAATGCCAATACAGGGCAACTAAATCTAACCAA  150

seq1  TGAAGTTAGGGGAGATTTCATGAAAGTAACAAATGAGCTGAGCTTGTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTAGGGGAGATTTCATGAAAGTAACAAATGAGCTGAGCTTGTAGG  200

seq1  GCTCTAATAAATAGAAAATGGTCAAAAGGACTCTGATTCAGAAGACAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAATAAATAGAAAATGGTCAAAAGGACTCTGATTCAGAAGACAAAA  250

seq1  TAGAGACCAGAAGCCATGGGGAAGTGTCAGCAACAGTGGCTGCAGACTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACCAGAAGCCATGGGGAAGTGTCAGCAACAGTGGCTGCAGACTCT  300

seq1  GGAGTAATTTTACAGAATTTGCAGGACATACTGATGGATTAGAACTTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTAATTTTACAGAATTTGCAGGACATACTGATGGATTAGAACTTGAG  350

seq1  GCAAAGTGTGCTAAGAAAGAATCATTTCTCAAACTTGGGTGGCTTTGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTGTGCTAAGAAAGAATCATTTCTCAAACTTGGGTGGCTTTGAGG  400

seq1  ATAAAGCCATTAGTGGACAGAGAGGACCTCAATGATTGGACAGGGTCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCCATTAGTGGACAGAGAGGACCTCAATGATTGGACAGGGTCATG  450

seq1  AGCTTAGTTGTAGGCATGCTTAGTTAAGACTTTCCTTAAGGTGTTTGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAGTTGTAGGCATGCTTAGTTAAGACTTTCCTTAAGGTGTTTGGTT  500

seq1  TACATTCTCAATAAATAGTTGAGTATTTAGATTTGAAGCACAACAAAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTCTCAATAAATAGTTGAGTATTTAGATTTGAAGCACAACAAAATG  550

seq1  CCCAATATTGGACAGATTGAGATGGAACTGAAAAAGTATAGCATTTCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATATTGGACAGATTGAGATGGAACTGAAAAAGTATAGCATTTCAAC  600

seq1  TGACAAAGCTTTAAAATAACTTGTTTTATACACTATATATAGTGAAGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAAGCTTTAAAATAACTTGTTTTATACACTATATATAGTGAAGTAA  650

seq1  ATGTCATTTACTAGTTATGATATTCTAACTTGTGCATAGCTATTTGTATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATTTACTAGTTATGATATTCTAACTTGTGCATAGCTATTTGTATA  700

seq1  TGCAAATATATATGTACATATATGTACATATATATAAACATTCATTATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAATATATATGTACATATATGTACATATATATAAACATTCATTATAT  750

seq1  AACAGATTGTACATGTATTATTTATATAGAAGATTATATGGGTTATCTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATTGTACATGTATTATTTATATAGAAGATTATATGGGTTATCTAC  800

seq1  AGTAAAAAGCATATTTAGTTTTAGGCTATTAATATAGAAGGAAATCTTTA  850
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGT-AAAAGCATATTTAGTTTTAGGCTATTAATATAGAAGGAAATCTTTA  849

seq1  AGACTGGGCTTAAATGTAACTTTATCCATTGCTTTTAAAATACAGAGCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGGCTTAAATGTAACTTTATCCATTGCTTTTAAAATACAGAGCTT  899

seq1  TCAATGAGTGATTTTCATATTAGAGGTAAAATTGCTGGTGACTCAGAAAA  950
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TC-ATGAGTGATTTTCATATTAGAGGTAAAATTGCTGGTGACTCAG-AAA  947

seq1  TGTCACTTCAGCATTCCCA-TCTTTCTTTGTGTGTAACCACTGGTCTTTT  999
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  TGTCACTTCAGCATTCCCATTCTTTCTTTGTGTGT-ACCACTGGTC-TTT  995

seq1  CTGTGTCTGCCCCAGATCCTGAATAATGACCCGGAGGCTTATTTATTTAT  1049
      ||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCTGCCCCAGATCCTGA--TATGACCC-GAGGCTTATTTATTTAT  1042

seq1  GAATTAATGCTAAGCCTTAAGCCTAGCTTCTTCCCCAACTACCTTGTAAC  1099
      |||||| |||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||
seq2  GAATTATTGCT-AGGCTTAAGCCTAGCTTCCTCCCCACCTACCTTGT-AC  1090

seq1  TCAATTAACCTGTTTATATTAGTCTGTGTCTGCCACATGGTTACCTCTCC  1149
      |||  ||| ||||| ||| ||| ||| ||||||| ||| |||||||||||
seq2  TCA--TAA-CTGTTAATA-TAGGCTG-GTCTGCC-CAT-GTTACCTCTCC  1133

seq1  TC  1151
      ||
seq2  TC  1135