BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-145F12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 15,820,038 - 15,966,386
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTerf1, Gm106
Upstream geneSmt3h2-ps4, EG665407, Trpa1, EG269105, LOC100039949, LOC100039959, Kcnb2, Ppia-ps1_109.1
Downstream geneLOC665434, 4930444P10Rik, Rpl7, Rdh10, EG665282, Stau2, Ube2w, Tceb1, LOC665480, Tmem70, Ly96, LOC100040056, LOC665496, EG545306
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-145F12.bB6Ng01-145F12.g
ACCDH942773DH942774
length9971,008
definitionDH942773|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145F12, 5' end.DH942774|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145F12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,965,437 - 15,966,386)(15,820,038 - 15,821,052)
sequence
gaattcaaatgcaggtatgaatagacttgaattaaatttcctccttgatg
tacataacatcatgggctggtggaactcaacttgctcctccatccttacc
ctgtttcctcctggagcctcagaagacatgtgaggaatgattgggttact
ctatcagagcatcctttgcaagtgacctgacactgaggtgctccacttga
cttcaggagttatagcaagtatctcagaatcatcagtgatttgtatgtac
atgagacaatgtgccagtcagctttctgttgctttgacaacaggtcagag
gaacgaaattagaaggaggcaggctttattatggcttacagagatcagtt
ggctcaattgcttttaagtttgtgacaaagcaggagcaccctggtggaag
ggtgtgcctgttagagtcctccaaaagaccctcactcccaaagaccacag
agaccgacatcactacaaaccacaagaggttgttttgttttgttttgttt
tgtttttcaagacagggtttctctgtgtagtcctggctgtcctggaactc
actctgtagaacaagctggcctcaaactcagaaatatgcctgcctcccaa
gtgctgggattaaaggcatgtgctaccactgcccagctggtgtttttatt
ccaatgtgttgggcaatccccctccacccagcatgcaggcaagaggaaag
acccagaacaaacaaagaacacactttttataccttgtaaggggcagatt
taggcaacagctggcttattctattggtgtagcaagtaaccctttcaggc
attggttggtttgcatagggtgactacctttggcctagtccctcactctg
tctgccttcttggctttttcctcagcattgttattcagccagcttcctta
tctggctctgcacttgggcctgctagtatagtttggaaagtcccttcaga
agggggaaagggctgggtggtctggaattttatttggatccaacatg
gaattctggttttttggttgttttgttttgttttatttttgaaagcctgt
ctgctgtggttgcaaccttcccaaccctcatttcagagccatcccagtta
tgagctgacatttgcattattgcagtgcttggattcatgtagttcttatt
ttacttaatgaccacaagcaaaaatggtattgtatcagagggtgtccttg
gagttcagtgtgcccactttgacctctcaggttccagaattccaggcata
cactactttactcagctcgtcagaacagtagtctgtctgtgaagttgtat
ggaaaggaagcatttccaagggaagcatgatggtccatacctgtaatccc
agcacttggaagagtcttgagtcagagctaacctagctacctatagtaca
agctacagcacaaaacccataacttattgctagactatagataaggttaa
gataggcagaggttttagtagttttgttttaaaatacattttcactaggt
agccctagttggcttggaatttgctatatagaccagcctggcctcaaact
cttagagatcctgagtgctgggattaaaggatatatgtgcccagctgatt
aagagctttatatatggggtgtggctcacttggtaaagtactaaactatc
ttaggaataatgccctggatttgattcccaacataacataaaacctgaaa
tggcaacatacacctaaaaccctggcactttgcatgtgggaacactatca
aaagtgtaacgtctgttttggctatatagcaagcttgaagccagcatggc
ttcacccttggtcctgtctcaaaaataaaaaaataaataaaaaatgaaaa
aagatatcagcagattcaagagcaatatgatttcagaaaattgaaacagc
ccattggaggatggaattgaacatggccgtgctgtgtttctagatggtat
ttagtgccagcaaagaagttttgggtttgtttgttgtttgtttagttcag
ttggaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_15965437_15966386
seq2: B6Ng01-145F12.b_47_996 (reverse)

seq1  TCTGAAGGGACTTTCCAAACTATACTAGCAGG-CCAAGTGCAGAGCCAGA  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGGGACTTTCCAAACTATACTAGCAGGCCCAAGTGCAGAGCCAGA  50

seq1  TAAGGAAGCTGGCTGAATAACAATGCTGAGGAAAAAGCCAAGAAGGCAGA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAAGCTGGCTGAATAACAATGCTGAGGAAAAAGCCAAGAAGGCAGA  100

seq1  CAGAGTGAGGGACTAGGCCAAAGGTAGTCACCCTATGCAAACCAACCAAT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGAGGGACTAGGCCAAAGGTAGTCACCCTATGCAAACCAACCAAT  150

seq1  GCCTGAAAGGGTTACTTGCTACACCAATTAGAATAAGCCAGCTGTTGCCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAAAGGGTTACTTGCTACACCAA-TAGAATAAGCCAGCTGTTGCCT  199

seq1  AAATCTGCCCCTTACAAGGTATAAAAAGTGTGTTCTTTGTTTGTTCTGGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGCCCCTTACAAGGTATAAAAAGTGTGTTCTTTGTTTGTTCTGGG  249

seq1  TCTTTCCTCTTGCCTGCATGCTGGGTGGAGGGGGATTGCCCAACACATTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCTCTTGCCTGCATGCTGGGTGGAGGGGGATTGCCCAACACATTG  299

seq1  GAATAAAAACACCAGCTGGGCAGTGGTAGCACATGCCTTTAATCCCAGCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAAAACACCAGCTGGGCAGTGGTAGCACATGCCTTTAATCCCAGCA  349

seq1  CTTGGGAGGCAGGCATATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCTTGTTCTACAGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGAGGCAGGCATATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCTTGTTCTACAGAG  399

seq1  TGAGTTCCAGGACAGCCAGGACTACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCCAGGACAGCCAGGACTACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAAC  449

seq1  AAAACAAAACAAAACAAAACAACCTCTTGTGGTTTGTAGTGATGTCGGTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAACAAAACAAAACAACCTCTTGTGGTTTGTAGTGATGTCGGTC  499

seq1  TCTGTGGTCTTTGGGAGTGAGGGTCTTTTGGAGGACTCTAACAGGCACAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGTCTTTGGGAGTGAGGGTCTTTTGGAGGACTCTAACAGGCACAC  549

seq1  CCTTCCACCAGGGTGCTCCTGCTTTGTCACAAACTTAAAAGCAATTGAGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCACCAGGGTGCTCCTGCTTTGTCACAAACTTAAAAGCAATTGAGC  599

seq1  CAACTGATCTCTGTAAGCCATAATAAAGCCTGCCTCCTTCTAATTTCGTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGATCTCTGTAAGCCATAATAAAGCCTGCCTCCTTCTAATTTCGTT  649

seq1  CCTCTGACCTGTTGTCAAAGCAACAGAAAGCTGACTGGCACATTGTCTCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGACCTGTTGTCAAAGCAACAGAAAGCTGACTGGCACATTGTCTCA  699

seq1  TGTACATACAAATCACTGATGATTCTGAGATACTTGCTATAACTCCTGAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATACAAATCACTGATGATTCTGAGATACTTGCTATAACTCCTGAA  749

seq1  GTCAAGTGGAGCACCTCAGTGTCAGGTCACTTGCAAAGGATGCTCTGATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGTGGAGCACCTCAGTGTCAGGTCACTTGCAAAGGATGCTCTGATA  799

seq1  GAGTAACCCAATCATTCCTCACATGTCTTCTGAGGCTCCAGGAGGAAACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAACCCAATCATTCCTCACATGTCTTCTGAGGCTCCAGGAGGAAACA  849

seq1  GGGTAAGGATGGAGGAGCAAGTTGAGTTCCACCAGCCCATGATGTTATGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAGGATGGAGGAGCAAGTTGAGTTCCACCAGCCCATGATGTTATGT  899

seq1  ACATCAAGGAGGAAATTTAATTCAAGTCTATTCATACCTGCATTTGAATT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAAGGAGGAAATTTAATTCAAGTCTATTCATACCTGCATTTGAATT  949

seq1  C  950
      |
seq2  C  950

seq1: chr1_15820038_15821052
seq2: B6Ng01-145F12.g_66_1073

seq1  GAATTCTGGTTTTTTGGTTGTTTTGTTTTGTTTTATTTTTGAAAGCCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGTTTTTTGGTTGTTTTGTTTTGTTTTATTTTTGAAAGCCTGT  50

seq1  CTGCTGTGGTTGCAACCTTCCCAACCCTCATTTCAGAGCCATCCCAGTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTGGTTGCAACCTTCCCAACCCTCATTTCAGAGCCATCCCAGTTA  100

seq1  TGAGCTGACATTTGCATTATTGCAGTGCTTGGATTCATGTAGTTCTTATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGACATTTGCATTATTGCAGTGCTTGGATTCATGTAGTTCTTATT  150

seq1  TTACTTAATGACCACAAGCAAAAATGGTATTGTATCAGAGGGTGTCCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTAATGACCACAAGCAAAAATGGTATTGTATCAGAGGGTGTCCTTG  200

seq1  GAGTTCAGTGTGCCCACTTTGACCTCTCAGGTTCCAGAATTCCAGGCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAGTGTGCCCACTTTGACCTCTCAGGTTCCAGAATTCCAGGCATA  250

seq1  CACTACTTTACTCAGCTCGTCAGAACAGTAGTCTGTCTGTGAAGTTGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACTTTACTCAGCTCGTCAGAACAGTAGTCTGTCTGTGAAGTTGTAT  300

seq1  GGAAAGGAAGCATTTCCAAGGGAAGCATGATGGTCCATACCTGTAATCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGAAGCATTTCCAAGGGAAGCATGATGGTCCATACCTGTAATCCC  350

seq1  AGCACTTGGAAGAGTCTTGAGTCAGAGCTAACCTAGCTACCTATAGTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTGGAAGAGTCTTGAGTCAGAGCTAACCTAGCTACCTATAGTACA  400

seq1  AGCTACAGCACAAAACCCATAACTTATTGCTAGACTATAGATAAGGTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACAGCACAAAACCCATAACTTATTGCTAGACTATAGATAAGGTTAA  450

seq1  GATAGGCAGAGGTTTTAGTAGTTTTGTTTTAAAATACATTTTCACTAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGCAGAGGTTTTAGTAGTTTTGTTTTAAAATACATTTTCACTAGGT  500

seq1  AGCCCTAGTTGGCTTGGAATTTGCTATATAGACCAGCCTGGCCTCAAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTAGTTGGCTTGGAATTTGCTATATAGACCAGCCTGGCCTCAAACT  550

seq1  CTTAGAGATCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGATATATGTGCCCAGCTGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGATCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGATATATGTGCCCAGCTGATT  600

seq1  AAGAGCTTTATATATGGGGTGTGGCTCACTTGGTAAAGTACTAAACTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTTTATATATGGGGTGTGGCTCACTTGGTAAAGTACTAAACTATC  650

seq1  TTAGGAATAATGCCCTGGATTTGATTCCCAACATAACATAAAACCTGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAATAATGCCCTGGATTTGATTCCCAACATAACATAAAACCTGAAA  700

seq1  TGGCAACATACACCTAAAACCCTGGCACTTTGCATGTGGGAACACTATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAACATACACCTAAAACCCTGGCACTTTGCATGTGGGAACACTATCA  750

seq1  AAAGTGTAACGTCTGTTTTGGCTATATAGCAAGCTTGAAGCCAGCATGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTAACGTCTGTTTTGGCTATATAGCAAGCTTGAAGCCAGCATGGC  800

seq1  TTCACCCTTGGTCCTGTCTCAAAAATAAAAAAAAATAAATAAAAAATGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCCTTGGTCCTGTCTCAAAAAT--AAAAAAATAAATAAAAAATGAA  848

seq1  AAAAGATATCAGCAGATTCAAGAGCAAATATGATTTCAGAAAAGTGAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAAAGATATCAGCAGATTCAAGAGC-AATATGATTTCAGAAAATTGAAAC  897

seq1  AGCCCATTGGAGGATGGAATTGAACATGGCCGTGCTGTGTTTCTAGATGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCATTGGAGGATGGAATTGAACATGGCCGTGCTGTGTTTCTAGATGG  947

seq1  TATTTTAGTGCCAGCAAAGGAGTTTTTGGGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTT  1000
      || |||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  TA-TTTAGTGCCAGCAAAGAAG-TTTTGGGTTTGTTTG-TTGTTTG-TTT  993

seq1  AGTTCAGTTGGAAAT  1015
      |||||||||||||||
seq2  AGTTCAGTTGGAAAT  1008