BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-145K21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 37,295,510 - 37,406,455
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCnga3, Inpp4a
Upstream geneUgcgl1, LOC100041123, Lincr, Arid5a, 4632411B12Rik, 4930533C12Rik, Lman2l, Cnnm4, Cnnm3, Ankrd23, Ankrd39, Sema4c, 1700024G10Rik, BC050210, EG623414, Cox5b, Actr1b, 4933424G06Rik, Zap70, Tmem131, EG241053, A230074B11Rik, 4921511C04Rik
Downstream gene6330578E17Rik, Unc50, Mgat4a, 2010300C02Rik, Tsga10, EG623661, Mitd1, Mrpl30, Gm776, 2300002O18Rik, Txndc9, EG666434, Eif5b, Rev1, EG329123, Aff3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-145K21.bB6Ng01-145K21.g
ACCDH943018DH943019
length1,0991,000
definitionDH943018|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145K21, 5' end.DH943019|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145K21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,405,342 - 37,406,455)(37,295,510 - 37,296,515)
sequence
gaattcccatactaaccatgagcttaggcttaggcaagtttttgccaggg
ttggaaggtggttagagagactcacctgaattcattatgacttttagtag
ctaaataggaatctccttactgcgtgactttaaagaaataaagccagata
actccaagactccaagttgggttttccagacagcaagatgctggattgtc
agtcagagaatcccaaacagcttgtacatcagcctactgtttgtgtttgt
tgttagtgtttgactaaaaatcaggatagcaaagcaaaacaatctgagtt
gctataattaaaatgcagccctaaaactgttggtcacctcctacccctac
tcttctttaaaggagctctatgctgtagccactggaagtagcaagctcaa
gatgttgcctgctgactcctttctggtgtgaagagtagccatcatttctc
cctccacctgctcagggcgtaatgagtgctccctgcccctgagtgctcct
tggcaaggcatgtaaaggacaagaggaaaggttacacagctggaccaaga
tgtgccgggcctgtggtcccttctggctgctctcttccagtctccatgga
gacgtacagcttccgtagggagctctggtggatcttcatcagagaggagg
tgcaagctcagacaatcatcagacagtctgcaaatgccttccctggccca
cgacccatgcccataactgtgctgcacagaagacagtgaagaatggcaac
tgtcttgctttttttccccttaatgtgctgggaatggaacctaggtacca
ttctgcctctggactccattcctaacaagggtgatgatcacggagtgata
ggtaggctagaggaaagctccagccttcctaatcagtgctgcctctcata
tggaaagctgagcactgagctctgactcagctgactccagcacagacgcc
agagtcatctgcgaggaaagaactcaactgaggaaatgccctgtcagatg
gcctgtggcagtctgtgtacattttctcactgatgactgatgttggagag
cccagctcaccttgagaggacacccctggatgtggtctgtgcttaagaa
gaattccaggcatcatgaagcagtgccttttctgtgcacgctggtaagat
gtgaattgtctctaaagggtgcagggggagatttgcacccagcagcttaa
aacttctgtttggtctctttcagaggtattgcatgggcacaatgcaaaat
ggttgcagttgatgatacacaataatgtcagtcaatgtgatcacgttggg
agatgacacacaaaaaatatgattcctctgtacaccaaagaacccaaaac
atcatgtgactcagataaatggggaggcctgatattcaactgtaaaatta
aaaaaaatcagtcacacttgtgcaagatagggacatcggggtcatcagca
acctgagtcaccggaatcacacaaaccaaaacagaccccttggcttggtc
ccagtaatcttagagtggtctcagtctccctgcatggccaatgtcagaat
gtagtcacagtgagatgactgtgcttaggggagactcgaacctgaggaat
aaggagtgagatctggccctgaagagccagacagtgtacaggtctctatc
actgaagccggccacacagtcgatggagctgtccaagtccatgtgctccc
agcagaaaagtgaccttgctgggaggagggggtgcctgctggcaagcatg
gctattcaaagacatcctggacaagctgttcaaggaaatgagtccccatc
ccctgtgggacgcatgatgctggaagggaatcaacacctgggatccaagg
actctgacttaatcacacaccacagggagtggagctttcccctgaagcta
atgtttgcctcccgcttcaaccgtctagttaagaaagccgattagtttgg
aacagccgtgtgatagaattaatttgccttgctgggtttcctctagagtc
acggaagcgagtgcagatcttaggggacattgcctggctggcttttatca
gactggccaaatttagctttaggtgggtttaaaagagggagggagagaga

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_37405342_37406455
seq2: B6Ng01-145K21.b_46_1144 (reverse)

seq1  TTCTTAAAGCACCCAGGACCAACATCCCAGGGGTGTCCCCTCTCAAGGTG  50
      ||||| ||||||    |||| |||| ||||||||||  ||||||||||||
seq2  TTCTT-AAGCAC---AGACC-ACAT-CCAGGGGTGT--CCTCTCAAGGTG  42

seq1  AGCTGGGCTCTCCAACATCAGTCATCAGTTGAGAAAATGTACCACAGACT  100
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  AGCTGGGCTCTCCAACATCAGTCATCAG-TGAGAAAATGTA-CACAGACT  90

seq1  TGCCCACAGGCCAATCTGACAGGGCATTTCCTCAGTTGAGGTTCTTTCTT  150
         ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
seq2  --GCCACAGGCC-ATCTGACAGGGCATTTCCTCAGTTGA-GTTCTTTCCT  136

seq1  CGCAGATGACTCTGGCGTCTGTGCTGGAGTCAGCTGAGTCAGGAGCTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CGCAGATGACTCTGGCGTCTGTGCTGGAGTCAGCTGAGTCA-GAGCTCAG  185

seq1  TGCTCAGCTTTCCATATGAGAGGCAGCACTGATTAGGAAGGCTGGAGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGCTTTCCATATGAGAGGCAGCACTGATTAGGAAGGCTGGAGCTT  235

seq1  TCCTCTAGCCTACCTATCACTCCGTGATCATCACCCTTGTTAGGAATGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTAGCCTACCTATCACTCCGTGATCATCACCCTTGTTAGGAATGGA  285

seq1  GTCCAGAGGCAGAATGGTACCTAGGTTCCATTCCCAGCACATTAAGGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGAGGCAGAATGGTACCTAGGTTCCATTCCCAGCACATTAAGGGGA  335

seq1  AAAAAAGCAAGACAGTTGCCATTCTTCACTGTCTTCTGTGCAGCACAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGCAAGACAGTTGCCATTCTTCACTGTCTTCTGTGCAGCACAGTT  385

seq1  ATGGGCATGGGTCGTGGGCCAGGGAAGGCATTTGCAGACTGTCTGATGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCATGGGTCGTGGGCCAGGGAAGGCATTTGCAGACTGTCTGATGAT  435

seq1  TGTCTGAGCTTGCACCTCCTCTCTGATGAAGATCCACCAGAGCTCCCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGAGCTTGCACCTCCTCTCTGATGAAGATCCACCAGAGCTCCCTAC  485

seq1  GGAAGCTGTACGTCTCCATGGAGACTGGAAGAGAGCAGCCAGAAGGGACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCTGTACGTCTCCATGGAGACTGGAAGAGAGCAGCCAGAAGGGACC  535

seq1  ACAGGCCCGGCACATCTTGGTCCAGCTGTGTAACCTTTCCTCTTGTCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCCCGGCACATCTTGGTCCAGCTGTGTAACCTTTCCTCTTGTCCTT  585

seq1  TACATGCCTTGCCAAGGAGCACTCAGGGGCAGGGAGCACTCATTACGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCCTTGCCAAGGAGCACTCAGGGGCAGGGAGCACTCATTACGCCC  635

seq1  TGAGCAGGTGGAGGGAGAAATGATGGCTACTCTTCACACCAGAAAGGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGGTGGAGGGAGAAATGATGGCTACTCTTCACACCAGAAAGGAGT  685

seq1  CAGCAGGCAACATCTTGAGCTTGCTACTTCCAGTGGCTACAGCATAGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGCAACATCTTGAGCTTGCTACTTCCAGTGGCTACAGCATAGAGC  735

seq1  TCCTTTAAAGAAGAGTAGGGGTAGGAGGTGACCAACAGTTTTAGGGCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTAAAGAAGAGTAGGGGTAGGAGGTGACCAACAGTTTTAGGGCTGC  785

seq1  ATTTTAATTATAGCAACTCAGATTGTTTTGCTTTGCTATCCTGATTTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAATTATAGCAACTCAGATTGTTTTGCTTTGCTATCCTGATTTTTA  835

seq1  GTCAAACACTAACAACAAACACAAACAGTAGGCTGATGTACAAGCTGTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAACACTAACAACAAACACAAACAGTAGGCTGATGTACAAGCTGTTT  885

seq1  GGGATTCTCTGACTGACAATCCAGCATCTTGCTGTCTGGAAAACCCAACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTCTCTGACTGACAATCCAGCATCTTGCTGTCTGGAAAACCCAACT  935

seq1  TGGAGTCTTGGAGTTATCTGGCTTTATTTCTTTAAAGTCACGCAGTAAGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCTTGGAGTTATCTGGCTTTATTTCTTTAAAGTCACGCAGTAAGG  985

seq1  AGATTCCTATTTAGCTACTAAAAGTCATAATGAATTCAGGTGAGTCTCTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCCTATTTAGCTACTAAAAGTCATAATGAATTCAGGTGAGTCTCTC  1035

seq1  TAACCACCTTCCAACCCTGGCAAAAACTTGCCTAAGCCTAAGCTCATGGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCACCTTCCAACCCTGGCAAAAACTTGCCTAAGCCTAAGCTCATGGT  1085

seq1  TAGTATGGGAATTC  1114
      ||||||||||||||
seq2  TAGTATGGGAATTC  1099

seq1: chr1_37295510_37296515
seq2: B6Ng01-145K21.g_67_1066

seq1  GAATTCCAGGCATCATGAAGCAGTGCCTTTTCTGTGCACGCTGGTAAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCATCATGAAGCAGTGCCTTTTCTGTGCACGCTGGTAAGAT  50

seq1  GTGAATTGTCTCTAAAGGGTGCAGGGGGAGATTTGCACCCAGCAGCTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATTGTCTCTAAAGGGTGCAGGGGGAGATTTGCACCCAGCAGCTTAA  100

seq1  AACTTCTGTTTGGTCTCTTTCAGAGGTATTGCATGGGCACAATGCAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTGTTTGGTCTCTTTCAGAGGTATTGCATGGGCACAATGCAAAAT  150

seq1  GGTTGCAGTTGATGATACACAATAATGTCAGTCAATGTGATCACGTTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCAGTTGATGATACACAATAATGTCAGTCAATGTGATCACGTTGGG  200

seq1  AGATGACACACAAAAAATATGATTCCTCTGTACACCAAAGAACCCAAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACACACAAAAAATATGATTCCTCTGTACACCAAAGAACCCAAAAC  250

seq1  ATCATGTGACTCAGATAAATGGGGAGGCCTGATATTCAACTGTAAAATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTGACTCAGATAAATGGGGAGGCCTGATATTCAACTGTAAAATTA  300

seq1  AAAAAAATCAGTCACACTTGTGCAAGATAGGGACATCGGGGTCATCAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATCAGTCACACTTGTGCAAGATAGGGACATCGGGGTCATCAGCA  350

seq1  ACCTGAGTCACCGGAATCACACAAACCAAAACAGACCCCTTGGCTTGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAGTCACCGGAATCACACAAACCAAAACAGACCCCTTGGCTTGGTC  400

seq1  CCAGTAATCTTAGAGTGGTCTCAGTCTCCCTGCATGGCCAATGTCAGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAATCTTAGAGTGGTCTCAGTCTCCCTGCATGGCCAATGTCAGAAT  450

seq1  GTAGTCACAGTGAGATGACTGTGCTTAGGGGAGACTCGAACCTGAGGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCACAGTGAGATGACTGTGCTTAGGGGAGACTCGAACCTGAGGAAT  500

seq1  AAGGAGTGAGATCTGGCCCTGAAGAGCCAGACAGTGTACAGGTCTCTATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGTGAGATCTGGCCCTGAAGAGCCAGACAGTGTACAGGTCTCTATC  550

seq1  ACTGAAGCCGGCCACACAGTCGATGGAGCTGTCCAAGTCCATGTGCTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGCCGGCCACACAGTCGATGGAGCTGTCCAAGTCCATGTGCTCCC  600

seq1  AGCAGAAAAGTGACCTTGCTGGGAGGAGGGGGTGCCTGCTGGCAAGCATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAAAGTGACCTTGCTGGGAGGAGGGGGTGCCTGCTGGCAAGCATG  650

seq1  GCTATTCAAAGACATCCTGGACAAGCTGTTCAAGGAAATGAGTCCCCATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTCAAAGACATCCTGGACAAGCTGTTCAAGGAAATGAGTCCCCATC  700

seq1  CCCTGTGGGACGCATGATGCTGGAAGGGAATCAACACCTGGGATCCAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGGGACGCATGATGCTGGAAGGGAATCAACACCTGGGATCCAAGG  750

seq1  ACTCTGACTTAATCACACACCACAGGGAGTGGAGCTTTCCCCTGAAGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGACTTAATCACACACCACAGGGAGTGGAGCTTTCCCCTGAAGCTA  800

seq1  ATGTTTGCCTCCCGCTTCAACCGTCTAGTTAAGAAAGCCGATTAGTTTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGCCTCCCGCTTCAACCGTCTAGTTAAGAAAGCCGATTAGTTTGG  850

seq1  AACAGGCCGTGTGATAGAATTAATTTGCCTTGCTGGGTTTCCTCTAGAGT  900
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACA-GCCGTGTGATAGAATTAATTTGCCTTGCTGGGTTTCCTCTAGAGT  899

seq1  CACGGAAGCGAAGTGCAGATCCTTAGGGGACATTGCCTGGCTGGCTTTTA  950
      |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CACGGAAGCG-AGTGCAGAT-CTTAGGGGACATTGCCTGGCTGGCTTTT-  946

seq1  ATCAGACTGGCCAAATTTAGCTTTAGGGTGGGTTTAAAAGGAGGGAGGGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATCAGACTGGCCAAATTTAGCTTTA-GGTGGGTTTAAAA-GAGGGAGGGA  994

seq1  GAGAGA  1006
      ||||||
seq2  GAGAGA  1000