BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-148O07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 23,879,534 - 23,958,280
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSmap1
Upstream geneEG665725, LOC665731, 4933415F23Rik, Rn4.5s-ps4, EG623356, Ogfrl1, LOC665782, B3gat2
Downstream gene1110058L19Rik, 4921533L14Rik, LOC665808, Col9a1, Col19a1, LOC100040475, LOC665829, Lmbrd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-148O07.bB6Ng01-148O07.g
ACCDH945379DH945380
length1,110263
definitionDH945379|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-148O07, 5' end.DH945380|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-148O07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,879,534 - 23,880,646)(23,958,018 - 23,958,280)
sequence
gaattccaggccagaatggatacataatgagatgccatctaaaagaagag
agaggattgggtcaaactgtactttagagcctgacttaaagctggtgggg
aaaaaaaaaagctggtggttcctagagatatttattaaatttcatgtaaa
tgtgggattaaaaacataagatggcttattaggtaacttgtatcataaaa
cttcttcgtacaaatttgtaaaaaagcagaacataactatgaagagtgag
aggggcattcagaatatccagaaacaaaaggaaaatgtattataaaagtt
gtcttcttcaggaggtgtaagagaggacaaaagagaggcaaatgttccag
tggggagggtctgtttttgttgggatgtgttacagtgtatgtacatgtct
atggacctgagtctttaaggaattatatacatggttcattcagaaaatat
ggttggtaaaatcttgattctttctttttgttaatttatctcaataaaag
cccactggaacttaaaaaaaaaagagaggcaagtatgttctcttggaagt
tctcaatctctcgcaatcatcagccctcaccagctgccctactgtagaga
gcaccactgtcaccttggagtccccttgacttccccagtccagtctctat
actaagtgattctcccatgcaaacttcatcttcagtactgtacacacatt
acataaggacgagcccaaactccttacccagatcacacctgctgtactgt
gcttctcttccttcctgcgctggctacactgtcagtcacctaccacactc
ctgctctcaactccaatctggccctactgacttgtgggggagcctttgct
cttttgagacaccagttcaaatgcccactttagtagttctttctttctga
tctcacgtggctttttctaggaatccaagtactcactgattgctcttcac
tggttgaacctgggcttgaactcactctatagcaagcagaccctgacctt
gggatccttctgcctcagctcttgacttagattctaggtcagcactacca
gggcagcctactggaagcattgcttaatactaaaacaaacccttagcagt
agaaggctcc
tgtgttgtgtatgtatgtgtagtgtgtctgtataatgtctgtgttctctg
tagtatatctatgtagtgtgtgtatgagtgcatgtatgtgtgtgtgtgtc
ctgtttggtgtatttgtgtattttgtgtagtgtgtctgtggagtctgcat
gaatgtgtgtgtgttctgtgcagtgtatgtatgtgtaatgtgtctgtgta
gtgtttgtatgagtgatgtgtatctctatgtgtatgtgttctatgtagtg
tatgtatgtgtag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_23879534_23880646
seq2: B6Ng01-148O07.b_48_1157

seq1  GAATTCCAGGCCAGAATGGATACATAATGAGATGCCATCTAAAAGAAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCCAGAATGGATACATAATGAGATGCCATCTAAAAGAAGAG  50

seq1  AGAGGATTGGGTCAAACTGTACTTTAGAGCCTGACTTAAAGCTGGTGGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATTGGGTCAAACTGTACTTTAGAGCCTGACTTAAAGCTGGTGGGG  100

seq1  AAAAAAAAAAGCTGGTGGTTCCTAGAGATATTTATTAAATTTCATGTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAGCTGGTGGTTCCTAGAGATATTTATTAAATTTCATGTAAA  150

seq1  TGTGGGATTAAAAACATAAGATGGCTTATTAGGTAACTTGTATCATAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGATTAAAAACATAAGATGGCTTATTAGGTAACTTGTATCATAAAA  200

seq1  CTTCTTCGTACAAATTTGTAAAAAAGCAGAACATAACTATGAAGAGTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCGTACAAATTTGTAAAAAAGCAGAACATAACTATGAAGAGTGAG  250

seq1  AGGGGCATTCAGAATATCCAGAAACAAAAGGAAAATGTATTATAAAAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCATTCAGAATATCCAGAAACAAAAGGAAAATGTATTATAAAAGTT  300

seq1  GTCTTCTTCAGGAGGTGTAAGAGAGGACAAAAGAGAGGCAAATGTTCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTTCAGGAGGTGTAAGAGAGGACAAAAGAGAGGCAAATGTTCCAG  350

seq1  TGGGGAGGGTCTGTTTTTGTTGGGATGTGTTACAGTGTATGTACATGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGGGTCTGTTTTTGTTGGGATGTGTTACAGTGTATGTACATGTCT  400

seq1  ATGGACCTGAGTCTTTAAGGAATTATATACATGGTTCATTCAGAAAATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACCTGAGTCTTTAAGGAATTATATACATGGTTCATTCAGAAAATAT  450

seq1  GGTTGGTAAAATCTTGATTCTTTCTTTTTGTTAATTTATCTCAATAAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGTAAAATCTTGATTCTTTCTTTTTGTTAATTTATCTCAATAAAAG  500

seq1  CCCACTGGAACTTAAAAAAAAAAGAGAGGCAAGTATGTTCTCTTGGAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGGAACTTAAAAAAAAAAGAGAGGCAAGTATGTTCTCTTGGAAGT  550

seq1  TCTCAATCTCTCGCAATCATCAGCCCTCACCAGCTGCCCTACTGTAGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATCTCTCGCAATCATCAGCCCTCACCAGCTGCCCTACTGTAGAGA  600

seq1  GCACCACTGTCACCTTGGAGTCCCCTTGACTTCCCCAGTCCAGTCTCTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACTGTCACCTTGGAGTCCCCTTGACTTCCCCAGTCCAGTCTCTAT  650

seq1  ACTAAGTGATTCTCCCATGCAAACTTCATCTTCAGTACTGTACACACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGTGATTCTCCCATGCAAACTTCATCTTCAGTACTGTACACACATT  700

seq1  ACATAAGGACGAGCCCAAACTCCTTACCCAGATCACACCTGCTGTACTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGGACGAGCCCAAACTCCTTACCCAGATCACACCTGCTGTACTGT  750

seq1  GCTTCTCTTCCTTCCTGCGCTGGCTACACTGTCAGTCACCTACCACACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTCTTCCTTCCTGCGCTGGCTACACTGTCAGTCACCTACCACACTC  800

seq1  CTGCTCTCAACTCCAATCTGGCCCTACTGACTTGTGGGGGAGCCTTTGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTCAACTCCAATCTGGCCCTACTGACTTGTGGGGGAGCCTTTGCT  850

seq1  CTTTTGAGACACCAGTTCAAATGCCCACTTTAGTAGTTCTTTCTTTCTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAGACACCAGTTCAAATGCCCACTTTAGTAGTTCTTTCTTTCTGA  900

seq1  TCTCACGTGGCTTTTTCTAGGAATCCAAGTACTCACTGATTGCTCTTCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACGTGGCTTTTTCTAGGAATCCAAGTACTCACTGATTGCTCTTCAC  950

seq1  TGGTTGAACCTGGCCTTGAACTCACTCTATAGCAAGCAGACCCTGACCTT  1000
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGAACCTGGGCTTGAACTCACTCTATAGCAAGCAGACCCTGACCTT  1000

seq1  GGGATCCTTCTGCCTCAGGCTCTTGACTAAGATTCTAGGTCAGCATCACC  1050
      ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||
seq2  GGGATCCTTCTGCCTCA-GCTCTTGACTTAGATTCTAGGTCAGCACTACC  1049

seq1  AGGGCAGCCTACTGAAGGCATTGCTTATAACTAAAAACAAACCCCTAGCA  1100
      |||||||||||||| | ||||||||||  ||| ||||||||||| |||||
seq2  AGGGCAGCCTACTGGAAGCATTGCTTAATACT-AAAACAAACCCTTAGCA  1098

seq1  GTAAGAAGGCTCC  1113
      || ||||||||||
seq2  GT-AGAAGGCTCC  1110

seq1: chr1_23958018_23958280
seq2: B6Ng01-148O07.g_76_338 (reverse)

seq1  CTACACATACATACACTACATAGAACACATACACATAGAGATACACATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACATACATACACTACATAGAACACATACACATAGAGATACACATCA  50

seq1  CTCATACAAACACTACACAGACACATTACACATACATACACTGCACAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATACAAACACTACACAGACACATTACACATACATACACTGCACAGAA  100

seq1  CACACACACATTCATGCAGACTCCACAGACACACTACACAAAATACACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACATTCATGCAGACTCCACAGACACACTACACAAAATACACAA  150

seq1  ATACACCAAACAGGACACACACACACATACATGCACTCATACACACACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACCAAACAGGACACACACACACATACATGCACTCATACACACACTA  200

seq1  CATAGATATACTACAGAGAACACAGACATTATACAGACACACTACACATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGATATACTACAGAGAACACAGACATTATACAGACACACTACACATA  250

seq1  CATACACAACACA  263
      |||||||||||||
seq2  CATACACAACACA  263