BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-149E04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 28,011,677 - 28,145,638
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC677427, LOC100040952, EG433281
Downstream geneEG665903, Gm597, LOC435614, EG623924
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-149E04.bB6Ng01-149E04.g
ACCDH945649DH945650
length1,0921,109
definitionDH945649|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-149E04, 5' end.DH945650|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-149E04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,011,677 - 28,012,773)(28,144,523 - 28,145,638)
sequence
gaattctagactataacaatttgtccgtgattcaataccccccagattaa
cctctaagctaacacattctgccttaacatagggaacttgactatgttca
aggatggttcagtgaatgaataaattggtaagagatagaactgcatcctg
tttttagcaatgtataatatgaacactgtagatgttaaaactttttctga
gatactgttttgctttttcatggtcaaacattcttagttaaatgtaaaca
atatgctttcagtcagcaaatccacctgcactcacagtagatcagcatgg
cttccccagtccacagccctgcctgtctcccaagaggactgtactaacgc
ctgtcataggtgagaccccaccaccaacaactctaatccccacagaactc
agcatggactctttcctgccctgtcgaagacccatctcttttctggttca
cacttcttccttcacttatagtggactcatgtgcccagccctccaactca
cagctctgcctatctcccaagagggttgttctaacaagggatacacaaaa
cctgctctaaccaaagagagacccacctgcctcctgggaagcctactcct
actcaggacctaggtcagctaacacaagagaaaaccagatggtaaaaggc
aaaattgagaacataatcaaaagaagccaatggaatttggaaccataaga
acccacttctcctactaaagcaaaccctgatatcctaacatacctaaaaa
cctaggttctgaccttaaatcaatctcattaagatgaaaatgatagaggc
ctttaaagagaatataattaattcctttaaagaaaaccagaacaatatgg
tcaaataggtgaaagctcttaaagaggaaacaaataaatcccttaaagaa
atataggaaaacacaaccaaacagtttaaagaaatgtacaatacagtaac
tacatgaaaatggagagagaatcataaagaaaacacagattgatgaaacc
atgaagatgaaaacctaggaagataacaggactgcagatcatcacccaaa
caatacacgagatggaagagagaatttcaggtgttaaagata
gaattccatacccctaagccccttaccccataaaaaccactagcttttga
gccttgtggccgatatctgttatctactgtgtgggatgcatgacggtccg
gagctccttcattaaactacctccattaattaaatcagggcggtctattc
atgattctttgggtacatgccgaatcgggaattgagtgggggtttcccac
taggttctatcaatggcagttcaggagggaaaactgtaataacatattgt
attaaaaagtattttcaaggaaaaagaaaaaataaaggatgactttcaca
gataaatggggtgagtttggggaaggactttcattacagaacaaagtttg
aaagcaatcaaccagtaaggatcctgtaaattattggggttcaatgaagg
gctgtcagtgagtctttttgtctggggattaataaggcacagtcactcta
gttcagttaagctggttgaactacctacacccacaaggtactcacatatg
tctccatcccagtttaaattgaatcttcaaaagccaagaaaataccagat
ccagcctggctttgagttagctgtgttcactgggctgctttgtaagtgga
gaatcagcaatagtggctggtgtgaggtcccaaccgtccactgtctgaag
ccttggcttttcctgttctccttacttctgttcctgagataatcatatct
aaactcctgaaagccacaggttgaactccctatatagtattatatatgtt
atgacttactgctcaaaaagataagacttcatgtctctgtctatacagaa
gctatagcaaggggagaaaaaaaaactgtagattaacagaagcccagtgc
tgaatgaagccttagcaaaatatccctgttactcactttgattaacatct
atcatcatttttctattggaaattttgtgtgtttacaggaatacataggc
tagagattgaagctgacctccaagtaaagattcaaaagcttcctctacaa
ctatgagaagaattgattttatcaagaacagattctgctgtctcaggatc
aaggggccacctacaacctcacaagtccggattcttacctacttttgagt
tgttatgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_28011677_28012773
seq2: B6Ng01-149E04.b_47_1138

seq1  GAATTCTAGACTATAACAATTTGTCCGTGATTCAATACCCCCCAGATTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGACTATAACAATTTGTCCGTGATTCAATACCCCCCAGATTAA  50

seq1  CCTCTAAGCTAACACATTCTGCCTTAACATAGGGAACTTGACTATGTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAAGCTAACACATTCTGCCTTAACATAGGGAACTTGACTATGTTCA  100

seq1  AGGATGGTTCAGTGAATGAATAAATTGGTAAGAGATAGAACTGCATCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGTTCAGTGAATGAATAAATTGGTAAGAGATAGAACTGCATCCTG  150

seq1  TTTTTAGCAATGTATAATATGAACACTGTAGATGTTAAAACTTTTTCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGCAATGTATAATATGAACACTGTAGATGTTAAAACTTTTTCTGA  200

seq1  GATACTGTTTTGCTTTTTCATGGTCAAACATTCTTAGTTAAATGTAAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTGTTTTGCTTTTTCATGGTCAAACATTCTTAGTTAAATGTAAACA  250

seq1  ATATGCTTTCAGTCAGCAAATCCACCTGCACTCACAGTAGATCAGCATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTTTCAGTCAGCAAATCCACCTGCACTCACAGTAGATCAGCATGG  300

seq1  CTTCCCCAGTCCACAGCCCTGCCTGTCTCCCAAGAGGACTGTACTAACGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCAGTCCACAGCCCTGCCTGTCTCCCAAGAGGACTGTACTAACGC  350

seq1  CTGTCATAGGTGAGACCCCACCACCAACAACTCTAATCCCCACAGAACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATAGGTGAGACCCCACCACCAACAACTCTAATCCCCACAGAACTC  400

seq1  AGCATGGACTCTTTCCTGCCCTGTCGAAGACCCATCTCTTTTCTGGTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGACTCTTTCCTGCCCTGTCGAAGACCCATCTCTTTTCTGGTTCA  450

seq1  CACTTCTTCCTTCACTTATAGTGGACTCATGTGCCCAGCCCTCCAACTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTTCCTTCACTTATAGTGGACTCATGTGCCCAGCCCTCCAACTCA  500

seq1  CAGCTCTGCCTATCTCCCAAGAGGGTTGTTCTAACAAGGGATACACAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTGCCTATCTCCCAAGAGGGTTGTTCTAACAAGGGATACACAAAA  550

seq1  CCTGCTCTAACCAAAGAGAGACCCACCTGCCTCCTGGGAAGCCTACTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTCTAACCAAAGAGAGACCCACCTGCCTCCTGGGAAGCCTACTCCT  600

seq1  ACTCAGGACCTAGGTCAGCTAACACAAGAGAAAACCAGATGGTAAAAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGACCTAGGTCAGCTAACACAAGAGAAAACCAGATGGTAAAAGGC  650

seq1  AAAATTGAGAACATAATCAAAAGAAGCCAATGGAATTTGGAACCATAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGAGAACATAATCAAAAGAAGCCAATGGAATTTGGAACCATAAGA  700

seq1  ACCCACTTCTCCTACTAAAGCAAACCCTGATATCCTAACATACCTAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTTCTCCTACTAAAGCAAACCCTGATATCCTAACATACCTAAAAA  750

seq1  CCTAGGTTCTGACCTTAAATCAATCTCATTAAGATGAAAATGATAGAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGTTCTGACCTTAAATCAATCTCATTAAGATGAAAATGATAGAGGC  800

seq1  CTTTAAAGAGAATATAATTAATTCCTTTAAAGAAAACCAGAACAATATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAGAGAATATAATTAATTCCTTTAAAGAAAACCAGAACAATATGG  850

seq1  TCAAATAGGTGAAAGCTCTTAAAGAGGAAACAAATAAATCCCTTAAAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATAGGTGAAAGCTCTTAAAGAGGAAACAAATAAATCCCTTAAAGAA  900

seq1  ATATAGGAAAACACAACCAAACAGTTTAAAGAAATGTACAATACAGTAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGGAAAACACAACCAAACAGTTTAAAGAAATGTACAATACAGTAAC  950

seq1  TAACATGAAAATGGAGAGAGAATCAATAAAGAAAACACAGATTGATGAAA  1000
      | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  T-ACATGAAAATGGAGAGAGAATC-ATAAAGAAAACACAGATTGATGAAA  998

seq1  CCATGAAGATGAAAAACCTAGGAAAGATAACAGGAACTGCAGATCATCAC  1050
      ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCATGAAGATG-AAAACCTAGG-AAGATAACAGG-ACTGCAGATCATCAC  1045

seq1  CCAAACAATACACGAGATGGAAGAGAGAATTTCAGGTGTACAAGATA  1097
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  CCAAACAATACACGAGATGGAAGAGAGAATTTCAGGTGTTAAAGATA  1092

seq1: chr1_28144523_28145638
seq2: B6Ng01-149E04.g_65_1173 (reverse)

seq1  AACATAAACAACTACAAAAGTAAGTTAAAGAATCTGGACTTGTGA-GTTG  49
      ||||| ||||||| |||||||| ||  ||||||| |||||||||| ||||
seq2  AACAT-AACAACT-CAAAAGTAGGT--AAGAATCCGGACTTGTGAGGTTG  46

seq1  TATGTTGGCCCCTGATCCTGAAGACAGCAGAATCTG-TCTTGAT-AAATC  97
      || || | ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  TAGGTGGCCCCTTGATCCTG-AGACAGCAGAATCTGTTCTTGATAAAATC  95

seq1  AATTCTTCTCATAGTTGTAGAGGGAAGCTTTTTGAATCTTTTACTTGGAG  147
      ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  AATTCTTCTCATAGTTGTAGA-GGAAGC-TTTTGAATC-TTTACTTGGAG  142

seq1  GTCAGCTTCAATCTCTAGCCTATTGTATTCCTGTTAAACACACAAAATTT  197
      |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTCAGCTTCAATCTCTAGCCTA-TGTATTCCTG-TAAACACACAAAATTT  190

seq1  CCAATTGAAAAATGATGATAGATTGTTAATCAAAGTGAGTAACAGGGATA  247
      ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATAGAAAAATGATGATAGA-TGTTAATCAAAGTGAGTAACAGGGATA  239

seq1  TTTTGCTAAGGCTTCATTCAGCACTGGGCTTCTGTTAATCTACAGTTTTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTAAGGCTTCATTCAGCACTGGGCTTCTGTTAATCTACAGTTTTT  289

seq1  TTTTCT-CCCTTGCTATAGCTTCTGTATAGACAGAGACATGAAGTCTTAT  346
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCCCCTTGCTATAGCTTCTGTATAGACAGAGACATGAAGTCTTAT  339

seq1  CTTTTTGAGCAGTAAGTCATAACATATATAATACTATATAGGGAGTTCAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGAGCAGTAAGTCATAACATATATAATACTATATAGGGAGTTCAA  389

seq1  CCTGTGGCTTTCAGGAGTTTAGATATGATTATCTCAGGAACAGAAGTAAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGCTTTCAGGAGTTTAGATATGATTATCTCAGGAACAGAAGTAAG  439

seq1  GAGAACAGGAAAAGCCAAGGCTTCAGACAGTGGACGGTTGGGACCTCACA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACAGGAAAAGCCAAGGCTTCAGACAGTGGACGGTTGGGACCTCACA  489

seq1  CCAGCCACTATTGCTGATTCTCCACTTACAAAGCAGCCCAGTGAACACAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCACTATTGCTGATTCTCCACTTACAAAGCAGCCCAGTGAACACAG  539

seq1  CTAACTCAAAGCCAGGCTGGATCTGGTATTTTCTTGGCTTTTGAAGATTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCAAAGCCAGGCTGGATCTGGTATTTTCTTGGCTTTTGAAGATTC  589

seq1  AATTTAAACTGGGATGGAGACATATGTGAGTACCTTGTGGGTGTAGGTAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAACTGGGATGGAGACATATGTGAGTACCTTGTGGGTGTAGGTAG  639

seq1  TTCAACCAGCTTAACTGAACTAGAGTGACTGTGCCTTATTAATCCCCAGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACCAGCTTAACTGAACTAGAGTGACTGTGCCTTATTAATCCCCAGA  689

seq1  CAAAAAGACTCACTGACAGCCCTTCATTGAACCCCAATAATTTACAGGAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGACTCACTGACAGCCCTTCATTGAACCCCAATAATTTACAGGAT  739

seq1  CCTTACTGGTTGATTGCTTTCAAACTTTGTTCTGTAATGAAAGTCCTTCC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACTGGTTGATTGCTTTCAAACTTTGTTCTGTAATGAAAGTCCTTCC  789

seq1  CCAAACTCACCCCATTTATCTGTGAAAGTCATCCTTTATTTTTTCTTTTT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTCACCCCATTTATCTGTGAAAGTCATCCTTTATTTTTTCTTTTT  839

seq1  CCTTGAAAATACTTTTTAATACAATATGTTATTACAGTTTTCCCTCCTGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAAAATACTTTTTAATACAATATGTTATTACAGTTTTCCCTCCTGA  889

seq1  ACTGCCATTGATAGAACCTAGTGGGAAACCCCCACTCAATTCCCGATTCG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCATTGATAGAACCTAGTGGGAAACCCCCACTCAATTCCCGATTCG  939

seq1  GCATGTACCCAAAGAATCATGAATAGACCGCCCTGATTTAATTAATGGAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTACCCAAAGAATCATGAATAGACCGCCCTGATTTAATTAATGGAG  989

seq1  GTAGTTTAATGAAGGAGCTCCGGACCGTCATGCATCCCACACAGTAGATA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTTAATGAAGGAGCTCCGGACCGTCATGCATCCCACACAGTAGATA  1039

seq1  ACAGATATCGGCCACAAGGCTCAAAAGCTAGTGGTTTTTATGGGGTAAGG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATATCGGCCACAAGGCTCAAAAGCTAGTGGTTTTTATGGGGTAAGG  1089

seq1  GGCTTAGGGGTATGGAATTC  1116
      ||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAGGGGTATGGAATTC  1109