BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-150A09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 101,870,818 - 102,046,808
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC230078M14Rik
Upstream geneLOC633295
Downstream geneEG666200
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-150A09.bB6Ng01-150A09.g
ACCDH946208DH946209
length1,1241,061
definitionDH946208|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150A09, 5' end.DH946209|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150A09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,870,818 - 101,871,942)(102,045,742 - 102,046,808)
sequence
gaattcaggtccttatgcctataaggaaagaatttatcaactgaactatt
actgcgcatacaagtaggttttgtttatttggttttgattggccattttc
ccctctcgatttcttctgttcaagccatttagaaggaagtatattagcaa
tatgtatgtagtaggtatcttcccctgagtgacatttgtactcttctaaa
ctcatctcaaagtacaggagagataggtggtccacatgtagagatgaacc
attaaggagtatggctgtagctcagttgtagttgagagaaagctaggttt
cttccatgacagacttcaaattggcagttaaggagagtagacctaaatac
tgggcaagtttaggcaatcctaggcaagtcaattattaatagaataaacc
ccagaatccagccttcacacccagataatagacagccctagtcagttggt
ttgaagcaaggacaataggtcagcagcagattccagatgtccttagctac
ttccttggcaacagttcctagacatctccagcaagttcctggccaccaca
ccccaataatagaatgcccatatatggaccaaacagattaacatagaggc
caccttccccagaattcctttgactgctttccagtgaacttgttttgcaa
tttgactcattggttagataaattataaataaaatataaaataaaaatat
ttcttatctctcaagttggccttgcagttgctctatggtcaaggatcaca
ttgaaattctgatcttatcttcaagaatgttagtattttagtcatgtacc
ataaggctaagcttgtacagtgatggggttacattcagcattgagtacat
gctactacactatatagtagcatgtatagtatagtactatcataccagta
cactgagctactcgaggtctgctgatagaaattctctagattcctctcag
aaaatgaacacactatctagaggaatctctatagaaactacaatgttact
tgttactcatggtggagagaatgagacagtctgacttcataaacaggctt
caaactgactgtttcaggaggcttaggtctagaattctaagttcctaact
gtccaggtcgactagtcatttact
gaattcagtgcacatgccctgaggtgtattgtgaagccaaagaatgaaac
cgcttgcttgagttacaggtccatttttttttccttaatttgagacaagt
tgcaatctgtctcttatttcccaattctcatcactgcatgagattcctat
gatataacatcagtacactaagatttccatgtagagcactgaactgacca
ctgacaaatcattttttgcctagtttatactctttctggttactccattg
tcttcatctatcccccactttccccgcctatttgctttgcatgaatcctc
ttataaactgtatgaacagggggaaggcatcttttgattttagaatgtag
ccacttaaatgacacaaagaagattaaagctgataaattaatgttttact
aactttaataagttaaaaatatgcaggtaatcacatgtgctcatagatga
atagtaaaacaaccatgtcaacctgccccagacctattctagattgagcc
tatcaatattctgtcatggagctgcaattggattctaggcagttaacagt
ggcaggtgaggggaggagacttttgtttttccagttgtgtcctcactggt
aagttgctcatgctgttgtaaataacccctgacacatgttcctatatgta
attctcattaaacttactggtccacttaaaaagagaacatgggaatagaa
tcatttggaaagaaaaacaagagcagttggactggaaggaagaaaagaga
acaatagggtacacattataaaaatacatacatgaattatatgaaaattt
tatgatggggagtgtcattacaaaccaataaacaatttaagatataatca
gagaagcaaacgcataaaggcaaacaaagtgtttcgtttgatacacccac
tcctcagcaatttcatataaatatctgtatttacagtctgatccattcat
ttgggttatgttgttataaccttgtggtcttattaacatttgtctgtgta
cacctcctgtttctagtaaaaaaaatgactgtgtgtcagagtatgataat
gtttcttgttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_101870818_101871942
seq2: B6Ng01-150A09.b_46_1169

seq1  GAATTCAGGTCCTTATGCCTATAAGGAAAGAATTTATCAACTGAACTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTCCTTATGCCTATAAGGAAAGAATTTATCAACTGAACTATT  50

seq1  ACTGCGCATACAAGTAGGTTTTGTTTATTTGGTTTTGATTGGCCATTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCGCATACAAGTAGGTTTTGTTTATTTGGTTTTGATTGGCCATTTTC  100

seq1  CCCTCTCGATTTCTTCTGTTCAAGCCATTTAGAAGGAAGTATATTAGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCGATTTCTTCTGTTCAAGCCATTTAGAAGGAAGTATATTAGCAA  150

seq1  TATGTATGTAGTAGGTATCTTCCCCTGAGTGACATTTGTACTCTTCTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTAGTAGGTATCTTCCCCTGAGTGACATTTGTACTCTTCTAAA  200

seq1  CTCATCTCAAAGTACAGGAGAGATAGGTGGTCCACATGTAGAGATGAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTCAAAGTACAGGAGAGATAGGTGGTCCACATGTAGAGATGAACC  250

seq1  ATTAAGGAGTATGGCTGTAGCTCAGTTGTAGTTGAGAGAAAGCTAGGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGGAGTATGGCTGTAGCTCAGTTGTAGTTGAGAGAAAGCTAGGTTT  300

seq1  CTTCCATGACAGACTTCAAATTGGCAGTTAAGGAGAGTAGACCTAAATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATGACAGACTTCAAATTGGCAGTTAAGGAGAGTAGACCTAAATAC  350

seq1  TGGGCAAGTTTAGGCAATCCTAGGCAAGTCAATTATTAATAGAATAAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAAGTTTAGGCAATCCTAGGCAAGTCAATTATTAATAGAATAAACC  400

seq1  CCAGAATCCAGCCTTCACACCCAGATAATAGACAGCCCTAGTCAGTTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAATCCAGCCTTCACACCCAGATAATAGACAGCCCTAGTCAGTTGGT  450

seq1  TTGAAGCAAGGACAATAGGTCAGCAGCAGATTCCAGATGTCCTTAGCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGCAAGGACAATAGGTCAGCAGCAGATTCCAGATGTCCTTAGCTAC  500

seq1  TTCCTTGGCAACAGTTCCTAGACATCTCCAGCAAGTTCCTGGCCACCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGGCAACAGTTCCTAGACATCTCCAGCAAGTTCCTGGCCACCACA  550

seq1  CCCCAATAATAGAATGCCCATATATGGACCAAACAGATTAACATAGAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAATAATAGAATGCCCATATATGGACCAAACAGATTAACATAGAGGC  600

seq1  CACCTTCCCCAGAATTCCTTTGACTGCTTTCCAGTGAACTTGTTTTGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTCCCCAGAATTCCTTTGACTGCTTTCCAGTGAACTTGTTTTGCAA  650

seq1  TTTGACTCATTGGTTAGATAAATTATAAATAAAATATAAAATAAAAATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTCATTGGTTAGATAAATTATAAATAAAATATAAAATAAAAATAT  700

seq1  TTCTTATCTCTCAAGTTGGCCTTGCAGTTGCTCTATGGTCAAGGATCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATCTCTCAAGTTGGCCTTGCAGTTGCTCTATGGTCAAGGATCACA  750

seq1  TTGAAATTCTGATCTTATCTTCAAGAATGTTAGTATTTTAGTCATGTACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATTCTGATCTTATCTTCAAGAATGTTAGTATTTTAGTCATGTACC  800

seq1  ATAAGGCTAAGCTTGTACAGTGATGGGGTTACATTCAGCATTGAGTACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGCTAAGCTTGTACAGTGATGGGGTTACATTCAGCATTGAGTACAT  850

seq1  GCTACTACACTATATAGTAGCATGTATAGTATAGTACTATCATACCAGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTACACTATATAGTAGCATGTATAGTATAGTACTATCATACCAGTA  900

seq1  CACTGAGCTACTCGAGGTCTGCTGATAGAAATTCTCTAGATTCCTCTCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGCTACTCGAGGTCTGCTGATAGAAATTCTCTAGATTCCTCTCAG  950

seq1  AAAATGAACACACTATCTAGGAGGAATCTCTATAAGAAACTACAATGTTA  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAAATGAACACACTATCTA-GAGGAATCTCTAT-AGAAACTACAATGTTA  998

seq1  C-TGTTACTCATGGTGAGAG-GATTGAGACAGTCTGACTTCAT-AACAGG  1047
      | |||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTTGTTACTCATGGTG-GAGAGAATGAGACAGTCTGACTTCATAAACAGG  1047

seq1  CTTCAAACTGACTG-TTCAGGAGGC-TAGGTCTAGA--TCTCAGTTTCCC  1093
      |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  ||| ||||   |
seq2  CTTCAAACTGACTGTTTCAGGAGGCTTAGGTCTAGAATTCTAAGTT---C  1094

seq1  AAAACTGGTCAAGTCCAAACTAGTCATTTACT  1125
        |||||  || |||   ||||||||||||||
seq2  CTAACTGTCCAGGTC--GACTAGTCATTTACT  1124

seq1: chr1_102045742_102046808
seq2: B6Ng01-150A09.g_70_1130 (reverse)

seq1  AAACAAAGAAACATTATTCATACTCTGACACACAGTCATTTTTTTTTAAC  50
      |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  AAAC-AAGAAACATTA-TCATACTCTGACACACAGTCATTTTTTTT--AC  46

seq1  TAGAAACAGGAGGTGTACACAGACAAATTGTTAATTAAGACCACAAGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  TAGAAACAGGAGGTGTACACAGACAAA-TGTTAA-TAAGACCACAAGGTT  94

seq1  ATAAACAACATAACCCAAATGAATGGATCAGACTGTAAATACAGATATTT  150
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AT-AACAACATAACCCAAATGAATGGATCAGACTGTAAATACAGATATTT  143

seq1  ATATGAAATTGCTGAGGAGT-GGTGTATTCAAACGAAACACTTTGTTTGC  199
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAAATTGCTGAGGAGTGGGTGTA-TCAAACGAAACACTTTGTTTGC  192

seq1  C-TTATGCGTTTGCTTCTCTGATTATATCTTAAATTGTTTATTGGTTTGT  248
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGCGTTTGCTTCTCTGATTATATCTTAAATTGTTTATTGGTTTGT  242

seq1  AATGACACTCCCCATCATAAAATTTTCATATAATTCATGTATGTATTTTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACACTCCCCATCATAAAATTTTCATATAATTCATGTATGTATTTTT  292

seq1  ATAATGTGTACCCTATTGTTCTCTTTTCTTCCTTCCAGTCCAACTGCTCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTGTACCCTATTGTTCTCTTTTCTTCCTTCCAGTCCAACTGCTCT  342

seq1  TGTTTTTCTTTCCAAATGATTCTATTCCCATGTTCTCTTTTTAAGTGGAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTCTTTCCAAATGATTCTATTCCCATGTTCTCTTTTTAAGTGGAC  392

seq1  CAGTAAGTTTAATGAGAATTACATATAGGAACATGTGTCAGGGGTTATTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGTTTAATGAGAATTACATATAGGAACATGTGTCAGGGGTTATTT  442

seq1  ACAACAGCATGAGCAACTTACCAGTGAGGACACAACTGGAAAAACAAAAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGCATGAGCAACTTACCAGTGAGGACACAACTGGAAAAACAAAAG  492

seq1  TCTCCTCCCCTCACCTGCCACTGTTAACTGCCTAGAATCCAATTGCAGCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCCCCTCACCTGCCACTGTTAACTGCCTAGAATCCAATTGCAGCT  542

seq1  CCATGACAGAATATTGATAGGCTCAATCTAGAATAGGTCTGGGGCAGGTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGACAGAATATTGATAGGCTCAATCTAGAATAGGTCTGGGGCAGGTT  592

seq1  GACATGGTTGTTTTACTATTCATCTATGAGCACATGTGATTACCTGCATA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGGTTGTTTTACTATTCATCTATGAGCACATGTGATTACCTGCATA  642

seq1  TTTTTAACTTATTAAAGTTAGTAAAACATTAATTTATCAGCTTTAATCTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAACTTATTAAAGTTAGTAAAACATTAATTTATCAGCTTTAATCTT  692

seq1  CTTTGTGTCATTTAAGTGGCTACATTCTAAAATCAAAAGATGCCTTCCCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGTCATTTAAGTGGCTACATTCTAAAATCAAAAGATGCCTTCCCC  742

seq1  CTGTTCATACAGTTTATAAGAGGATTCATGCAAAGCAAATAGGCGGGGAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCATACAGTTTATAAGAGGATTCATGCAAAGCAAATAGGCGGGGAA  792

seq1  AGTGGGGGATAGATGAAGACAATGGAGTAACCAGAAAGAGTATAAACTAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGGGATAGATGAAGACAATGGAGTAACCAGAAAGAGTATAAACTAG  842

seq1  GCAAAAAATGATTTGTCAGTGGTCAGTTCAGTGCTCTACATGGAAATCTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAATGATTTGTCAGTGGTCAGTTCAGTGCTCTACATGGAAATCTT  892

seq1  AGTGTACTGATGTTATATCATAGGAATCTCATGCAGTGATGAGAATTGGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTACTGATGTTATATCATAGGAATCTCATGCAGTGATGAGAATTGGG  942

seq1  AAATAAGAGACAGATTGCAACTTGTCTCAAATTAAGGAAAAAAAAATGGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGAGACAGATTGCAACTTGTCTCAAATTAAGGAAAAAAAAATGGA  992

seq1  CCTGTAACTCAAGCAAGCGGTTTCATTCTTTGGCTTCACAATACACCTCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAACTCAAGCAAGCGGTTTCATTCTTTGGCTTCACAATACACCTCA  1042

seq1  GGGCATGTGCACTGAATTC  1067
      |||||||||||||||||||
seq2  GGGCATGTGCACTGAATTC  1061