BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-151K13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 56,466,157 - 56,599,044
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC626009, 9130227L01Rik
Downstream geneHsfy2, Satb2, EG329160, 9130024F11Rik, LOC100042869, LOC383509, 1700066M21Rik, 1110034B05Rik, 9430016H08Rik, LOC667339
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-151K13.bB6Ng01-151K13.g
ACCDH947424DH947425
length9781,140
definitionDH947424|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-151K13, 5' end.DH947425|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-151K13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,598,049 - 56,599,044)(56,466,157 - 56,467,322)
sequence
gaattcatactttcatttaatctgaagttgtagatgaagatatgtcttta
ctacctttgggttttgagttctctgaagctgaaatggtattagaattatt
ttaagggattacataaatccttagcacaggcagtacaaatatcccagaga
tgacaataaaagcatactaacacccagtgtaaattgtttctgtcaatggg
aaaataaacagtgaataacacaccacagaggagactgcaggccgtgttcc
ccaacctgagcagtacgtggcaggaaatccagccaaatggcagccggtta
ttgtgtgcttgttacaagtttccaggccaggctctgtgttcctgggtgct
tagatgagcattgagtggtgtggcatgcttcctctttctctgcattagta
gaggcaggctgttcaaggagggaagctgaccatattttttagccctctct
gagtttcattaatacatcactcaaggcttacacttcccagcaggagagtg
tgaagtagatgtgaactgtgctcccttgagcaccccgacacagggccaga
ggcaattatgtcaggttttaagttaaggttcaataagcttatttcagtgg
tgtttcaccttaagccagggtcatggcttttgagtgagagctatccagtg
tttagaggaagggagcgctgcacagagaatttagaaaagttggtctgtat
ttttgctctctgtaattgctagaagaatgatttccctcacccctctttgg
ggacgattccccacttttctagctggtagagagagcatgtggatgggtta
tctgtgtaatgacatctccaccctccaggcatctgctttagactcactct
gggacttagactagtactttccttctgcatttatcaactatgggactcat
gggaacaattccataagcagtgagtggtaagctgacatcaagttttccac
taggtctttacgatgggagcacgttctt
gaattcagtgactttccaatcctctaaatgaatagtagagagcatgaaac
atttgttaaacatgatgaattgtgcaacttgaagttaagtaggagaatga
agagaagagcccacgaaagaaagacagacagtgacaatatgtgacatcat
ctgaattacagataagaattatacctttcatctggaaggaaattggcaac
tgctgagcattgtgagccagaggtagtggcatgaccagggagagtagtct
gtaccatggaattaatgcagtgtgttcctaaccgaaatgaaaactttgtg
gcacaactgtgataatttctaggatgagccatgagttccaatgaagacac
aaatcccagtctatgaacatagcatggaagtagtagctaaagttctaaaa
taaaattaagaattctgtatatgatgtattgtttaaaccccttacacttg
cttgctttttatatactattataagggtactgtctattttactattgaag
ttttcactcatgttcagtccatgcagctatgaagatgtatgagacaatta
aagaaactaactggctcatacactagctgctaaattaagcacttatggca
ttagatcacttgacccttaatgtataacttgtaaacgtaaggttcaaaat
gctccaatgaaaaactgtgcatgcttgtttgttatttcaaaggcacaatg
tgaagtgctcatcataatctggttaaaaatcctaaataacaagaatgcta
gtctcccagacggagtaattctaattaaccttataaaaatgagatttgta
ccgtatgtagaaaattaaggataaaaacaaccattaaaagaaaagcctaa
ttacattataataattaagttcaagggacacaataggccacagtcacata
acagtaccatatttaaatgacatcataaataataggaaatggaaatgttt
gtgcatgttatatttcaataatctttttagttacccctttacatggtcaa
gcagttgtctatatatgagttgaatgtgggttgtgtagaatctgtaagaa
aaggaaagcctgaataagtcagttgtatcggaatgagaataaagtcaaat
acgtgacattggagaaagaatttgcttaatcaatactctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_56598049_56599044
seq2: B6Ng01-151K13.b_43_1020 (reverse)

seq1  AAGAACGTTGCTCCCATCTGTTAAAAGACTTAGTGGAAGACTTAGATTGT  50
      ||||||| |||||||||| ||  |||||| |||||||| |||| || |||
seq2  AAGAACG-TGCTCCCATC-GT--AAAGACCTAGTGGAAAACTT-GA-TGT  44

seq1  CAGCTATCCACTCACTGGCTGTATGGAATTTGTTTCTCATGAGTCCACAT  100
      |||||  ||||||||| ||| |||||||||   ||| ||||||||| |||
seq2  CAGCTTACCACTCACT-GCT-TATGGAATT--GTTCCCATGAGTCC-CAT  89

seq1  AGTATGAATAAATGCAGGAAGGAAAGTACTAAGTTCTAAGTTCCCAGAGT  150
      ||| || ||||||||| ||||||||||||||   |||||| |||||||||
seq2  AGT-TG-ATAAATGCA-GAAGGAAAGTACTA--GTCTAAG-TCCCAGAGT  133

seq1  GAGTCTAAAGCAGGATGCCTGGAGGGTGGAGATGTCATTACACAGATAAC  200
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTAAAGCA-GATGCCTGGAGGGTGGAGATGTCATTACACAGATAAC  182

seq1  CCATCCACATGCTCTCTCTACCAGCTAGAAAAGTGGGGAATCGTCCCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCACATGCTCTCTCTACCAGCTAGAAAAGTGGGGAATCGTCCCCAA  232

seq1  AGAGGGGTGAGGGAAATCATTCTTCTAGCAATTACAGAGAGCAAAAATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGGTGAGGGAAATCATTCTTCTAGCAATTACAGAGAGCAAAAATAC  282

seq1  AGACCAACTTTTCTAAATTCTCTGTGCAGCGCTCCCTTCCTCTAAACACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAACTTTTCTAAATTCTCTGTGCAGCGCTCCCTTCCTCTAAACACT  332

seq1  GGATAGCTCTCACTCAAAAGCCATGACCCTGGCTTAAGGTGAAACACCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGCTCTCACTCAAAAGCCATGACCCTGGCTTAAGGTGAAACACCAC  382

seq1  TGAAATAAGCTTATTGAACCTTAACTTAAAACCTGACATAATTGCCTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATAAGCTTATTGAACCTTAACTTAAAACCTGACATAATTGCCTCTG  432

seq1  GCCCTGTGTCGGGGTGCTCAAGGGAGCACAGTTCACATCTACTTCACACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGTGTCGGGGTGCTCAAGGGAGCACAGTTCACATCTACTTCACACT  482

seq1  CTCCTGCTGGGAAGTGTAAGCCTTGAGTGATGTATTAATGAAACTCAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTGGGAAGTGTAAGCCTTGAGTGATGTATTAATGAAACTCAGAG  532

seq1  AGGGCTAAAAAATATGGTCAGCTTCCCTCCTTGAACAGCCTGCCTCTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTAAAAAATATGGTCAGCTTCCCTCCTTGAACAGCCTGCCTCTACT  582

seq1  AATGCAGAGAAAGAGGAAGCATGCCACACCACTCAATGCTCATCTAAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAGAGAAAGAGGAAGCATGCCACACCACTCAATGCTCATCTAAGCA  632

seq1  CCCAGGAACACAGAGCCTGGCCTGGAAACTTGTAACAAGCACACAATAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGAACACAGAGCCTGGCCTGGAAACTTGTAACAAGCACACAATAAC  682

seq1  CGGCTGCCATTTGGCTGGATTTCCTGCCACGTACTGCTCAGGTTGGGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTGCCATTTGGCTGGATTTCCTGCCACGTACTGCTCAGGTTGGGGAA  732

seq1  CACGGCCTGCAGTCTCCTCTGTGGTGTGTTATTCACTGTTTATTTTCCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGCCTGCAGTCTCCTCTGTGGTGTGTTATTCACTGTTTATTTTCCCA  782

seq1  TTGACAGAAACAATTTACACTGGGTGTTAGTATGCTTTTATTGTCATCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAGAAACAATTTACACTGGGTGTTAGTATGCTTTTATTGTCATCTC  832

seq1  TGGGATATTTGTACTGCCTGTGCTAAGGATTTATGTAATCCCTTAAAATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATATTTGTACTGCCTGTGCTAAGGATTTATGTAATCCCTTAAAATA  882

seq1  ATTCTAATACCATTTCAGCTTCAGAGAACTCAAAACCCAAAGGTAGTAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAATACCATTTCAGCTTCAGAGAACTCAAAACCCAAAGGTAGTAAA  932

seq1  GACATATCTTCATCTACAACTTCAGATTAAATGAAAGTATGAATTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATCTTCATCTACAACTTCAGATTAAATGAAAGTATGAATTC  978

seq1: chr1_56466157_56467322
seq2: B6Ng01-151K13.g_69_1208

seq1  GAATTCAGTGACTTTCCAATCCTCTAAATGAATAGTAGAGAGCATGAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGACTTTCCAATCCTCTAAATGAATAGTAGAGAGCATGAAAC  50

seq1  ATTTGTTAAACATGATGAATTGTGCAACTTGAAGTTAAGTAGGAGAATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTAAACATGATGAATTGTGCAACTTGAAGTTAAGTAGGAGAATGA  100

seq1  AGAGAAGAGCCCACGAAAGAAAGACAGACAGTGACAATATGTGACATCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGAGCCCACGAAAGAAAGACAGACAGTGACAATATGTGACATCAT  150

seq1  CTGAATTACAGATAAGAATTATACCTTTCATCTGGAAGGAAATTGGCAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATTACAGATAAGAATTATACCTTTCATCTGGAAGGAAATTGGCAAC  200

seq1  TGCTGAGCATTGTGAGCCAGAGGTAGTGGCATGACCAGGGAGAGTAGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGCATTGTGAGCCAGAGGTAGTGGCATGACCAGGGAGAGTAGTCT  250

seq1  GTACCATGGAATTAATGCAGTGTGTTCCTAACCGAAATGAAAACTTTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCATGGAATTAATGCAGTGTGTTCCTAACCGAAATGAAAACTTTGTG  300

seq1  GCACAACTGTGATAATTTCTAGGATGAGCCATGAGTTCCAATGAAGACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAACTGTGATAATTTCTAGGATGAGCCATGAGTTCCAATGAAGACAC  350

seq1  AAATCCCAGTCTATGAACATAGCATGGAAGTAGTAGCTAAAGTTCTAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCAGTCTATGAACATAGCATGGAAGTAGTAGCTAAAGTTCTAAAA  400

seq1  TAAAATTAAGAATTCTGTATATGATGTATTGTTTAAACCCCTTACACTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTAAGAATTCTGTATATGATGTATTGTTTAAACCCCTTACACTTG  450

seq1  CTTGCTTTTTATATACTATTATAAGGGTACTGTCTATTTTACTATTGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTTTTATATACTATTATAAGGGTACTGTCTATTTTACTATTGAAG  500

seq1  TTTTCACTCATGTTCAGTCCATGCAGCTATGAAGATGTATGAGACAATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACTCATGTTCAGTCCATGCAGCTATGAAGATGTATGAGACAATTA  550

seq1  AAGAAACTAACTGGCTCATACACTAGCTGCTAAATTAAGCACTTATGGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACTAACTGGCTCATACACTAGCTGCTAAATTAAGCACTTATGGCA  600

seq1  TTAGATCACTTGACCCTTAATGTATAACTTGTAAACGTAAGGTTCAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATCACTTGACCCTTAATGTATAACTTGTAAACGTAAGGTTCAAAAT  650

seq1  GCTCCAATGAAAAACTGTGCATGCTTGTTTGTTATTTCAAAGGCACAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAATGAAAAACTGTGCATGCTTGTTTGTTATTTCAAAGGCACAATG  700

seq1  TGAAGTGCTCATCATAATCTGGTTAAAAATCCTAAATAACAAGAATGCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTGCTCATCATAATCTGGTTAAAAATCCTAAATAACAAGAATGCTA  750

seq1  GTCTCCCAGACGGAGTAATTCTAATTAACCTTATAAAAATGAGATTTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCCAGACGGAGTAATTCTAATTAACCTTATAAAAATGAGATTTGTA  800

seq1  CCGTATGTAGAAAATTAAGGATAAAAACAACCATTAAAAGAAAAGCCTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTATGTAGAAAATTAAGGATAAAAACAACCATTAAAAGAAAAGCCTAA  850

seq1  TTACATTATAATAATTAAGTTCAAGGGACACAATAGGCCACAGTCACATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTATAATAATTAAGTTCAAGGGACACAATAGGCCACAGTCACATA  900

seq1  ACAGTACCATATTTTAAATGACATCATAAATAATAGGAAATGGAAATGTT  950
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTACCATA-TTTAAATGACATCATAAATAATAGGAAATGGAAATGTT  949

seq1  TGTGCCATGTTATTATTTCAAATAATCTTTTTTAGTTACCCCTTTACATG  1000
      |||| ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGTG-CATGTTA-TATTTC-AATAATC-TTTTTAGTTACCCCTTTACATG  995

seq1  GTCAAGCAAGTTGTTCTATTAATATGGAGGTTTGAATGTGGGTTGTGTAG  1050
      ||||||| ||||| |||||  |||| |||  |||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGC-AGTTG-TCTAT--ATAT-GAG--TTGAATGTGGGTTGTGTAG  1038

seq1  -ATCTGTAAGAAAGGGACAGCTTGGACATTAAGTCAAGTTGTATTCAGAT  1099
       |||||||||||| ||| ||| ||   | |||||| ||||||| || || 
seq2  AATCTGTAAGAAAAGGAAAGCCTG---AATAAGTC-AGTTGTA-TCGGA-  1082

seq1  ATGAAGATATAAAGTAAAAATAAGTGAACATTTGGAGAAAGATTTTGCAT  1149
      ||| ||| |||||||  ||||| ||| ||| ||||||||||| ||||| |
seq2  ATG-AGA-ATAAAGT-CAAATACGTG-ACA-TTGGAGAAAGAATTTGCTT  1127

seq1  AAATATCAATACATCTT  1166
      |   |||||||| ||||
seq2  A---ATCAATAC-TCTT  1140