BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-151N18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 171,032,239 - 171,182,061
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePbx1
Downstream geneEG383613, Nuf2, Rgs5, Rgs4, LOC100039960, 1700084C01Rik, Hsd17b7, Ddr2, LOC100040571, Uap1, Uhmk1, Sh2d1b2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-151N18.bB6Ng01-151N18.g
ACCDH947575DH947576
length5811,078
definitionDH947575|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-151N18, 5' end.DH947576|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-151N18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(171,032,239 - 171,032,819)(171,180,971 - 171,182,061)
sequence
gaattcaagcaaagaggcaaggtggttaaaaacaaaggacaacaacaaca
acaaatccataaagttagtctgatgattaggaacctggagaaaaacagct
agtgttctgcagagggaaacactctggggagggagtagcaggcctcatgg
tctggataggaaccacattgggaatactaagctatcctaaataaaggcgg
tgcttttttcctctcctatgactgatggacacttgtctccgtatccatca
gcagctctagggtggatgtgcctctcaatccagaaccctgccatcattca
ggatgtaatctttgaccctagattacagtgagtcatattaggtaatatgg
gttttttttgtataattcatataggtatccagaacaactgaaatcagaga
tagagtcactgtccatgactgtacttttgtctataaatctgattattata
aagacatgtgaaatctcaatgcaagtgcccaacacttcatggtttccctg
agttcttacagaaacactaattccagcacatctctctctctctctctctc
tctctctctctctctctctctctctctctct
gaattcaatgaaccaatgaggagatagttaaatagcattatctggaattt
tattttgtatagtagagtatttttatgttgggttttctgacattctcctc
atgttccactttgaacattcgttgtagatcttagctcagatctcttcagt
tgcagttaagtgtattaagtcagaggtgcatactgactgtactaacatgt
ttgtttgtttgcttgcttgcttgcttccttgcttttccaagacagggtct
ctctgtgtagccctagctgtcctggaacccattctgtagagcaggctggc
ctcaaactcagagatcttctgcctctttctcctgagtgccaggattaaat
catacctcaccactgcccagctatgtggaattattttaattattttaatt
tctgcatgtttggttgaattataaagatgattttctaggaataacagcaa
cctttactataaagctgagaagataaaacatggacagaatagagacaaat
taggaggttttaactaatagaatgctattttttcacagtaattattatta
gaataattttacatgaagagttttaaagtcatagagagttcagtttgaat
ctagtctgtattgctaatagagtggttttaaccaattaatggtctcaaat
ttgaggtagtaacattatacaaataagaagcctaaataaaaatttaaatc
acatagtgctaagattacataaaattctagaagtatatcttccttagttt
tcacttaccttaaatagtcagatatgcacttaaaaatatgtatatcatct
tgcttttactttttctgctcctggattatatggacatagaatgagaagaa
ctgccaaatgtctaaatgttcttggggggagaggacatgtaataactcca
cccagttcagccttattgttctgcaagcatcagaaacccctcctgacatc
ctctcaccatgatgatccccaccccatgaagctgccagagatgactagtg
ctaaacctctgtgttaaggaaggggtgtttagaatgagtctttgcatgca
ccacttgtcaggtgtcaaatgccagctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_171032239_171032819
seq2: B6Ng01-151N18.b_51_631

seq1  GAATTCAAGCAAAGAGGCAAGGTGGTTAAAAACAAAGGACAACAACAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGCAAAGAGGCAAGGTGGTTAAAAACAAAGGACAACAACAACA  50

seq1  ACAAATCCATAAAGTTAGTCTGATGATTAGGAACCTGGAGAAAAACAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCCATAAAGTTAGTCTGATGATTAGGAACCTGGAGAAAAACAGCT  100

seq1  AGTGTTCTGCAGAGGGAAACACTCTGGGGAGGGAGTAGCAGGCCTCATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTCTGCAGAGGGAAACACTCTGGGGAGGGAGTAGCAGGCCTCATGG  150

seq1  TCTGGATAGGAACCACATTGGGAATACTAAGCTATCCTAAATAAAGGCGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGATAGGAACCACATTGGGAATACTAAGCTATCCTAAATAAAGGCGG  200

seq1  TGCTTTTTTCCTCTCCTATGACTGATGGACACTTGTCTCCGTATCCATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTTTCCTCTCCTATGACTGATGGACACTTGTCTCCGTATCCATCA  250

seq1  GCAGCTCTAGGGTGGATGTGCCTCTCAATCCAGAACCCTGCCATCATTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTCTAGGGTGGATGTGCCTCTCAATCCAGAACCCTGCCATCATTCA  300

seq1  GGATGTAATCTTTGACCCTAGATTACAGTGAGTCATATTAGGTAATATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTAATCTTTGACCCTAGATTACAGTGAGTCATATTAGGTAATATGG  350

seq1  GTTTTTTTTGTATAATTCATATAGGTATCCAGAACAACTGAAATCAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTTTGTATAATTCATATAGGTATCCAGAACAACTGAAATCAGAGA  400

seq1  TAGAGTCACTGTCCATGACTGTACTTTTGTCTATAAATCTGATTATTATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTCACTGTCCATGACTGTACTTTTGTCTATAAATCTGATTATTATA  450

seq1  AAGACATGTGAAATCTCAATGCAAGTGCCCAACACTTCATGGTTTCCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATGTGAAATCTCAATGCAAGTGCCCAACACTTCATGGTTTCCCTG  500

seq1  AGTTCTTACAGAAACACTAATTCCAGCACATCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTACAGAAACACTAATTCCAGCACATCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  550

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  581
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  581

seq1: chr1_171180971_171182061
seq2: B6Ng01-151N18.g_68_1145 (reverse)

seq1  AAGCTGGGCATTTGGGACTCCTGGACAAGTGGTGCAGTGCATAGCTCCAT  50
      ||||| |||||||  ||| ||| ||||||||||||| |||| ||   |||
seq2  AAGCT-GGCATTT--GACACCT-GACAAGTGGTGCA-TGCAAAGACTCAT  45

seq1  TCCTAAAACCAACCCCTTCCTTTACACAGAGGTTTAAGCACTAGTCATTC  100
      | |||||    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  T-CTAAA---CACCCCTTCCTTAACACAGAGGTTT-AGCACTAGTCA-TC  89

seq1  TCTGGCAGCTTCATGGGGTGGGGATCATCATGGTTGAGAGGATGTCAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCTGGCAGCTTCATGGGGTGGGGATCATCATGG-TGAGAGGATGTCAGGA  138

seq1  GGGGGTTTCTGATGCTTGCAGAACAATAAGGCTGAACTGGGTGGAGTTAT  200
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GGGGTTTCTGATGCTTGCAGAACAATAAGGCTGAACTGGGTGGAGTTAT  187

seq1  TACATGTCCTCTCCCCCCAAGAACATTTAGACATTTGGCAGTTCTTCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTCCTCTCCCCCCAAGAACATTTAGACATTTGGCAGTTCTTCTCA  237

seq1  TTCTATGTCCATATAATCCAGGAGCAGAAAAAGTAAAAGCAAGATGATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATGTCCATATAATCCAGGAGCAGAAAAAGTAAAAGCAAGATGATAT  287

seq1  ACATATTTTTAAGTGCATATCTGACTATTTAAGGTAAGTGAAAACTAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTTTTAAGTGCATATCTGACTATTTAAGGTAAGTGAAAACTAAGG  337

seq1  AAGATATACTTCTAGAATTTTATGTAATCTTAGCACTATGTGATTTAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATACTTCTAGAATTTTATGTAATCTTAGCACTATGTGATTTAAAT  387

seq1  TTTTATTTAGGCTTCTTATTTGTATAATGTTACTACCTCAAATTTGAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTAGGCTTCTTATTTGTATAATGTTACTACCTCAAATTTGAGAC  437

seq1  CATTAATTGGTTAAAACCACTCTATTAGCAATACAGACTAGATTCAAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAATTGGTTAAAACCACTCTATTAGCAATACAGACTAGATTCAAACT  487

seq1  GAACTCTCTATGACTTTAAAACTCTTCATGTAAAATTATTCTAATAATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTCTATGACTTTAAAACTCTTCATGTAAAATTATTCTAATAATAA  537

seq1  TTACTGTGAAAAAATAGCATTCTATTAGTTAAAACCTCCTAATTTGTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGTGAAAAAATAGCATTCTATTAGTTAAAACCTCCTAATTTGTCTC  587

seq1  TATTCTGTCCATGTTTTATCTTCTCAGCTTTATAGTAAAGGTTGCTGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGTCCATGTTTTATCTTCTCAGCTTTATAGTAAAGGTTGCTGTTA  637

seq1  TTCCTAGAAAATCATCTTTATAATTCAACCAAACATGCAGAAATTAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGAAAATCATCTTTATAATTCAACCAAACATGCAGAAATTAAAAT  687

seq1  AATTAAAATAATTCCACATAGCTGGGCAGTGGTGAGGTATGATTTAATCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAATAATTCCACATAGCTGGGCAGTGGTGAGGTATGATTTAATCC  737

seq1  TGGCACTCAGGAGAAAGAGGCAGAAGATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTCAGGAGAAAGAGGCAGAAGATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTG  787

seq1  CTCTACAGAATGGGTTCCAGGACAGCTAGGGCTACACAGAGAGACCCTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACAGAATGGGTTCCAGGACAGCTAGGGCTACACAGAGAGACCCTGT  837

seq1  CTTGGAAAAGCAAGGAAGCAAGCAAGCAAGCAAACAAACAAACATGTTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAAAGCAAGGAAGCAAGCAAGCAAGCAAACAAACAAACATGTTAG  887

seq1  TACAGTCAGTATGCACCTCTGACTTAATACACTTAACTGCAACTGAAGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTCAGTATGCACCTCTGACTTAATACACTTAACTGCAACTGAAGAG  937

seq1  ATCTGAGCTAAGATCTACAACGAATGTTCAAAGTGGAACATGAGGAGAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGCTAAGATCTACAACGAATGTTCAAAGTGGAACATGAGGAGAAT  987

seq1  GTCAGAAAACCCAACATAAAAATACTCTACTATACAAAATAAAATTCCAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAAAACCCAACATAAAAATACTCTACTATACAAAATAAAATTCCAG  1037

seq1  ATAATGCTATTTAACTATCTCCTCATTGGTTCATTGAATTC  1091
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGCTATTTAACTATCTCCTCATTGGTTCATTGAATTC  1078