BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-152I20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 186,147,020 - 186,249,876
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666649, 1700056E22Rik, Dusp10
Downstream geneEG433387, EG629032, LOC666714, Hlx1, Mosc1, Mosc2, LOC100039079, C130074G19Rik, Mark1, Iars2, Bpnt1, Eprs
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-152I20.bB6Ng01-152I20.g
ACCDH948099DH948100
length1,1591,075
definitionDH948099|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152I20, 5' end.DH948100|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152I20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(186,147,020 - 186,148,177)(186,248,805 - 186,249,876)
sequence
gaattccacaaaggaaaacatggagacaagagttaactgtggtgaacaca
ccatttattgactggaagatggcaatcataactcctcatggactttggaa
gacccatggaggtacagctgttccaatccaaccctaccaactcattttct
aagttataaagccaggctcacaccaacccataatgcatgcacataatctc
agaccatcattgtttatctaatccctttaaagcagagactataattatga
ccagataaccaagttgcttcctggcacctatcctgacccacaatctcccg
gacctcacctactgcttctactctgttccattgattcattacctgactct
tccgtctttgatatggatctagccccagttgttttgaagactatgacatt
tttctcaggacccatgaacttctgcttctccttcagtgtttcatccctgc
ttggccccacagtggagtactccactcttacccagatccagcccagccca
atacctatcaagcacatctgagacaccaacagctcacacatacctcccta
gcagtgtagaccccagacctcagacacagttatgacacaggaaaatccac
atatactctaagtcaaaggtcctggactcaactcccacctgagttagtaa
ccgtgtggcctttggtaagccaatcttgttgagttatggtatttgtatgt
gaaaacattaataatgatagcattcaacccaaagcatttctctaggggtt
ggagagccatcccagtggaaaaagcacttgctgggcaagtttaagtgcct
atgttcaattttgagtttccacataaaaccagataggtgttatagtgtgc
tctcccagtccctgtactggggaaacagaggccagaagattgtggcattt
gctgtccaaccacactaagatggtgagcttagagtcccagcaaagacctg
gtctcagaaaaaggtgaccagctcctgaaatgacacctgatgtttatctc
cttgccacatatgtacatgcgtaatacctcagagtacatcttcaccatat
gtacatatccaccaaaggagagataaatttaaggtccatggattcctatt
tattgtttggttttaatgcccatggtatctggctggaccctgcgctttga
gaaaactac
gaattctcttagggcactgactgcaggtcacctgtgtttcctggcatccc
tgttcaacagtggagttcagctgtcttgtatcttgctggcaactatctaa
gcactgggtgcttgccacaagcccaggaaatagaagcatcagtcactgca
cttgatccacactctaaagcatccaggcctaattttagcagttggagagc
aaggaaataattaaagagtagcttgcttattcctaggttagagaactgtg
ttgcgtggaggcaactcagagtttaaaatatttattctatttgcttgact
atcaattgatttattttgggcccaagtcatagagactcaaacacacaaga
catgctggcatgaggaggtcacaggagatgagtagtccttgtttcatgaa
actgtagtttcatgaaagtttatgaaggtttataagaagccgccattctt
taggatatatttaggaattgttttaagctggaaatagaacctctgtctac
accaccttgtcatagcaataggaaattaggactccgtggtttgtcctttt
aatatcaagagtctactggcaaagtatgagtctcaactttcacacatggc
ttacggtataagtctcattagagccacttacttacatactaaaaaataaa
aactgatatgtttacaaattttattactagaaacaaaattttattatcag
aaacaaagggtggccataccaaaaaaattggtttacatgttttattcatt
tctgtcagcaaataccctaataagtgcctttcaaaaagagtttgactagg
gtatagatgctgcctctcagtacaattcattcactcattcataagcattc
tgctgaagtatttatatataaaagtttgcttaaagggataatttgactgg
gactgtttcaaggaatggggaggactttaagccataaacaagtagcatgg
gatttgcagtactataataagttatgtagactcttatagtggggagtggc
tgaggagccactggtggttgggtagatgttaagattggtaaactggcatt
aaaacatgtggaaaaccattgctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_186147020_186148177
seq2: B6Ng01-152I20.b_39_1197

seq1  GAATTCCACAAAGGAAAACATGGAGACAAGAGTTAACTGTGGTGAACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAAAGGAAAACATGGAGACAAGAGTTAACTGTGGTGAACACA  50

seq1  CCATTTATTGACTGGAAGATGGCAATCATAACTCCTCATGGACTTTGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTATTGACTGGAAGATGGCAATCATAACTCCTCATGGACTTTGGAA  100

seq1  GACCCATGGAGGTACAGCTGTTCCAATCCAACCCTACCAACTCATTTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCATGGAGGTACAGCTGTTCCAATCCAACCCTACCAACTCATTTTCT  150

seq1  AAGTTATAAAGCCAGGCTCACACCAACCCATAATGCATGCACATAATCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTATAAAGCCAGGCTCACACCAACCCATAATGCATGCACATAATCTC  200

seq1  AGACCATCATTGTTTATCTAATCCCTTTAAAGCAGAGACTATAATTATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCATCATTGTTTATCTAATCCCTTTAAAGCAGAGACTATAATTATGA  250

seq1  CCAGATAACCAAGTTGCTTCCTGGCACCTATCCTGACCCACAATCTCCCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATAACCAAGTTGCTTCCTGGCACCTATCCTGACCCACAATCTCCCG  300

seq1  GACCTCACCTACTGCTTCTACTCTGTTCCATTGATTCATTACCTGACTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCACCTACTGCTTCTACTCTGTTCCATTGATTCATTACCTGACTCT  350

seq1  TCCGTCTTTGATATGGATCTAGCCCCAGTTGTTTTGAAGACTATGACATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTCTTTGATATGGATCTAGCCCCAGTTGTTTTGAAGACTATGACATT  400

seq1  TTTCTCAGGACCCATGAACTTCTGCTTCTCCTTCAGTGTTTCATCCCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAGGACCCATGAACTTCTGCTTCTCCTTCAGTGTTTCATCCCTGC  450

seq1  TTGGCCCCACAGTGGAGTACTCCACTCTTACCCAGATCCAGCCCAGCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCCCACAGTGGAGTACTCCACTCTTACCCAGATCCAGCCCAGCCCA  500

seq1  ATACCTATCAAGCACATCTGAGACACCAACAGCTCACACATACCTCCCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTATCAAGCACATCTGAGACACCAACAGCTCACACATACCTCCCTA  550

seq1  GCAGTGTAGACCCCAGACCTCAGACACAGTTATGACACAGGAAAATCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTAGACCCCAGACCTCAGACACAGTTATGACACAGGAAAATCCAC  600

seq1  ATATACTCTAAGTCAAAGGTCCTGGACTCAACTCCCACCTGAGTTAGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTCTAAGTCAAAGGTCCTGGACTCAACTCCCACCTGAGTTAGTAA  650

seq1  CCGTGTGGCCTTTGGTAAGCCAATCTTGTTGAGTTATGGTATTTGTATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTGGCCTTTGGTAAGCCAATCTTGTTGAGTTATGGTATTTGTATGT  700

seq1  GAAAACATTAATAATGATAGCATTCAACCCAAAGCATTTCTCTAGGGGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACATTAATAATGATAGCATTCAACCCAAAGCATTTCTCTAGGGGTT  750

seq1  GGAGAGCCATCCCAGTGGAAAAAGCACTTGCTGGGCAAGTTTAAGTGCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGCCATCCCAGTGGAAAAAGCACTTGCTGGGCAAGTTTAAGTGCCT  800

seq1  ATGTTCAATTTTGAGTTTCCACATAAAACCAGATAGGTGTTATAGTGTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCAATTTTGAGTTTCCACATAAAACCAGATAGGTGTTATAGTGTGC  850

seq1  TCTCCCAGTCCCTGTACTGGGGAAACAGAGGCCAGAAGATTGTGGCATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCAGTCCCTGTACTGGGGAAACAGAGGCCAGAAGATTGTGGCATTT  900

seq1  GCTGTCCAACCACACTAAGATGGTGAGCTTAGAGTCCCAGCAAAGACCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCAACCACACTAAGATGGTGAGCTTAGAGTCCCAGCAAAGACCTG  950

seq1  GTCTCAAGAAAAAAGGTGACCAGCTCCTGAAAATGACACCTGATGTTTAT  1000
      ||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCA--GAAAAAGGTGACCAGCTCCTG-AAATGACACCTGATGTTTAT  997

seq1  CT-CTTG-CACATATGTACATGCGTACATA-CTCAGAAGTACATCTACA-  1046
      || |||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| || 
seq2  CTCCTTGCCACATATGTACATGCGTA-ATACCTCAG-AGTACATCTTCAC  1045

seq1  CATATGTACATACACA-CAAAGAGAAAATAAAATTTAAGTTCATGAATTC  1095
      ||||||||||||  || |||||   | ||||| || | || |||| ||||
seq2  CATATGTACATATCCACCAAAGGAGAGATAAATTTAAGGTCCATGGATTC  1095

seq1  CTATTTATTGTTT-GTTTTAATGCCCATGTTATCATGGCT-GACCCT--G  1141
      ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||  |
seq2  CTATTTATTGTTTGGTTTTAATGCCCATGGTATC-TGGCTGGACCCTGCG  1144

seq1  CTTTGAAGAAAAACTAC  1158
      ||||||   ||||||||
seq2  CTTTGA--GAAAACTAC  1159

seq1: chr1_186248805_186249876
seq2: B6Ng01-152I20.g_68_1142 (reverse)

seq1  TTAGCAATGCTTTTACA-ATG-TTTAATGGCAGTTTAACAATACTTAACA  48
      ||||||||| |||| || ||| ||||||| ||||||| |||| |||||||
seq2  TTAGCAATGGTTTTCCACATGTTTTAATGCCAGTTTACCAAT-CTTAACA  49

seq1  TCTACCC-AGCACCAGTGGGCTCCTCAGCCACTCCCACTTATAAGAGTCT  97
      ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||
seq2  TCTACCCAACCACCAGT-GGCTCCTCAGCCACTCCCCACTATAAGAGTCT  98

seq1  ACATAACTTATTATAGTACTGCAAATCCCATGCTACTTGTTTTATGGCTT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACATAACTTATTATAGTACTGCAAATCCCATGCTACTTG-TTTATGGCTT  147

seq1  AAAGTCCTCCCCATTCCTTGAAACAGT-CCAGTCAAATTATCCC-TTAAG  195
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  AAAGTCCTCCCCATTCCTTGAAACAGTCCCAGTCAAATTATCCCTTTAAG  197

seq1  CAAACTTTTATATATAAATACTTCAGCAGAATGCTTATGAATGAGTGAAT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTTTATATATAAATACTTCAGCAGAATGCTTATGAATGAGTGAAT  247

seq1  GAATTGTACTGAGAGGCAGCATCTATACCCTAGTCAAACTCTTTTTGAAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGTACTGAGAGGCAGCATCTATACCCTAGTCAAACTCTTTTTGAAA  297

seq1  GGCACTTATTA-GGTATTTGCTGACAGAAATGAATAAAACATGTAAACCA  344
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTTATTAGGGTATTTGCTGACAGAAATGAATAAAACATGTAAACCA  347

seq1  ATTTTTTTGGTATGGCCACCCTTTGTTTCTGATAATAAAATTTTGTTTCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTGGTATGGCCACCCTTTGTTTCTGATAATAAAATTTTGTTTCT  397

seq1  AGTAATAAAATTTGTAAACATATCAGTTTTTATTTTTTAGTATGTAAGTA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATAAAATTTGTAAACATATCAGTTTTTATTTTTTAGTATGTAAGTA  447

seq1  AGTGGCTCTAATGAGACTTATACCGTAAGCCATGTGTGAAAGTTGAGACT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTCTAATGAGACTTATACCGTAAGCCATGTGTGAAAGTTGAGACT  497

seq1  CATACTTTGCCAGTAGACTCTTGATATTAAAAGGACAAACCACGGAGTCC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTTTGCCAGTAGACTCTTGATATTAAAAGGACAAACCACGGAGTCC  547

seq1  TAATTTCCTATTGCTATGACAAGGTGGTGTAGACAGAGGTTCTATTTCCA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCCTATTGCTATGACAAGGTGGTGTAGACAGAGGTTCTATTTCCA  597

seq1  GCTTAAAACAATTCCTAAATATATCCTAAAGAATGGCGGCTTCTTATAAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAAACAATTCCTAAATATATCCTAAAGAATGGCGGCTTCTTATAAA  647

seq1  CCTTCATAAACTTTCATGAAACTACAGTTTCATGAAACAAGGACTACTCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATAAACTTTCATGAAACTACAGTTTCATGAAACAAGGACTACTCA  697

seq1  TCTCCTGTGACCTCCTCATGCCAGCATGTCTTGTGTGTTTGAGTCTCTAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGTGACCTCCTCATGCCAGCATGTCTTGTGTGTTTGAGTCTCTAT  747

seq1  GACTTGGGCCCAAAATAAATCAATTGATAGTCAAGCAAATAGAATAAATA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGGGCCCAAAATAAATCAATTGATAGTCAAGCAAATAGAATAAATA  797

seq1  TTTTAAACTCTGAGTTGCCTCCACGCAACACAGTTCTCTAACCTAGGAAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAACTCTGAGTTGCCTCCACGCAACACAGTTCTCTAACCTAGGAAT  847

seq1  AAGCAAGCTACTCTTTAATTATTTCCTTGCTCTCCAACTGCTAAAATTAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGCTACTCTTTAATTATTTCCTTGCTCTCCAACTGCTAAAATTAG  897

seq1  GCCTGGATGCTTTAGAGTGTGGATCAAGTGCAGTGACTGATGCTTCTATT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGATGCTTTAGAGTGTGGATCAAGTGCAGTGACTGATGCTTCTATT  947

seq1  TCCTGGGCTTGTGGCAAGCACCCAGTGCTTAGATAGTTGCCAGCAAGATA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGCTTGTGGCAAGCACCCAGTGCTTAGATAGTTGCCAGCAAGATA  997

seq1  CAAGACAGCTGAACTCCACTGTTGAACAGGGATGCCAGGAAACACAGGTG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACAGCTGAACTCCACTGTTGAACAGGGATGCCAGGAAACACAGGTG  1047

seq1  ACCTGCAGTCAGTGCCCTAAGAGAATTC  1072
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCAGTCAGTGCCCTAAGAGAATTC  1075