BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-152K23
Chromosome1 (Build37)
Map Location 128,706,415 - 128,854,748
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE030049G20Rik
Upstream geneLypd1
Downstream geneLOC383559, Mgat5, LOC667090, Tmem163, Acmsd, Ccnt2, Ysk4, Rab3gap1, Zranb3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-152K23.bB6Ng01-152K23.g
ACCDH948200DH948201
length1,0561,086
definitionDH948200|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152K23, 5' end.DH948201|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152K23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,706,415 - 128,707,471)(128,853,668 - 128,854,748)
sequence
gaattccaaagattgggtagcacagctatgcaccctcgaggaaaacaaaa
cgcttctcaactttgatggagcagcatcccaataagctatttacagtcat
gactgtggtttcctctcacatagcagcaggtagtctttgttctctgtgac
tacatggttgaagctgaggctggggctgctggtaagctggcctccctgaa
agcatcccactgcctgctgatggcccaggaagatagccactctcagacaa
ccaggtttactaagtgcctatcactttcataccttaggaaagcaaaagca
tttaagttgaactatttataggccgggctattgtgttacatttctcaagg
agatgaacaaatggctttttattccagatacttcaccaagaacagacgaa
aggaaaaattccactggagtctagcttatgaaccaatgagttgattggtg
ttattcacatgagcatgggcaagggattgcctgtaagactgtgggcaata
tgtgagtggctaagctattgaagaaaagtattctatcaggaactaatagc
tgcttagaaatacttagagagtattctcaatgatggaaacttaatgggac
caatcttgtgcaggtctcttggtgtcataccaagtcctgagaatccaaga
gaatagcagtcaggccatgccatggaccatgttatatttaagccctctgc
attaccaatgaaccgatcacatcatcaagatcatagtgtaccttcaggat
tctccctcagataaaatactagttgagagtcctgggggacagatacagtg
gtgactggtctccaagctttctggtctatgggtcagatagctttttgtta
acctcaccttcaagcttagtaaaatgctcaaatctttgggatgagattta
tcaacatgacttaaaaatagataaatttaacaaaacttcatttctcacta
tatatacctattcttagctcttggtagtgtttgattcagagcaatggctg
ggcttctgatatgtgcttcaaagaactgcaatcctttcgctgctacctct
ttgtta
gaattcaggcagttggagtcctgggcccatatctctgaagtctcatagct
ctttcttcacagaagtactgagcaagtgtttatttgcgctgcctgctttg
gtctctgaactctacatttcctgagggaaattcaatggtattcattaaga
caactgtgtccaacatgaaagtgccagggtttctagtcaggaatgaaagg
atgtcctgtgcaggtctagctctgacctaccagccttggtaccatgctct
tagaaaacaaagaagagcagtgaaagtcacaggggtaggcaagtgaggag
gaggaggtagactgggatttccatgtaggtggctaaggccaacggatctt
ggcaggccaggctggagaaatgtcatgttttagaaaaatttttgagtatg
ggagggcatcataaagcaagctcgagctctaagtttaaatgggagaatta
ttctggtgcatagaaactaatctggatgtccaagtatgtgggatcagtgt
tcataaacgtctacttgatggactgcttggagatcacacttatgtgtaca
tttagaacattgctattgttgctatcattttaaaggcataatatttatat
atcctttcatgtggcatgcacatacaggtgtgtgcatattcttatgtgtg
tgcatacatgtcgaggtcagagaactgctgtgtgtgtcactccccagatg
atatccatttgtctaaggaaatttcttcaatggccatttagtctgggctt
gtgggatcagcaatacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacatgcacacacacacatatgcacaaacatattaagagagaatatact
ctattttatctctataaattattgtgtttattatttgttattgtcagcaa
cctctatttgtatgtaaatgcagaacatattacagttcaccattgtccac
tattacaggcattggattggtggtcttcatatatcctccatcttgtctta
gggttttactgctggtaacagacaccctgagcaaggcaggcttttataaa
ggacacatttttctttagggggggcttacaaggttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_128706415_128707471
seq2: B6Ng01-152K23.b_44_1099

seq1  GAATTCCAAAGATTGGGTAGCACAGCTATGCACCCTCGAGGAAAACAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAGATTGGGTAGCACAGCTATGCACCCTCGAGGAAAACAAAA  50

seq1  CGCTTCTCAACTTTGATGGAGCAGCATCCCAATAAGCTATTTACAGTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTCTCAACTTTGATGGAGCAGCATCCCAATAAGCTATTTACAGTCAT  100

seq1  GACTGTGGTTTCCTCTCACATAGCAGCAGGTAGTCTTTGTTCTCTGTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGGTTTCCTCTCACATAGCAGCAGGTAGTCTTTGTTCTCTGTGAC  150

seq1  TACATGGTTGAAGCTGAGGCTGGGGCTGCTGGTAAGCTGGCCTCCCTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGTTGAAGCTGAGGCTGGGGCTGCTGGTAAGCTGGCCTCCCTGAA  200

seq1  AGCATCCCACTGCCTGCTGATGGCCCAGGAAGATAGCCACTCTCAGACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCCACTGCCTGCTGATGGCCCAGGAAGATAGCCACTCTCAGACAA  250

seq1  CCAGGTTTACTAAGTGCCTATCACTTTCATACCTTAGGAAAGCAAAAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTTTACTAAGTGCCTATCACTTTCATACCTTAGGAAAGCAAAAGCA  300

seq1  TTTAAGTTGAACTATTTATAGGCCGGGCTATTGTGTTACATTTCTCAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTTGAACTATTTATAGGCCGGGCTATTGTGTTACATTTCTCAAGG  350

seq1  AGATGAACAAATGGCTTTTTATTCCAGATACTTCACCAAGAACAGACGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAACAAATGGCTTTTTATTCCAGATACTTCACCAAGAACAGACGAA  400

seq1  AGGAAAAATTCCACTGGAGTCTAGCTTATGAACCAATGAGTTGATTGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAATTCCACTGGAGTCTAGCTTATGAACCAATGAGTTGATTGGTG  450

seq1  TTATTCACATGAGCATGGGCAAGGGATTGCCTGTAAGACTGTGGGCAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCACATGAGCATGGGCAAGGGATTGCCTGTAAGACTGTGGGCAATA  500

seq1  TGTGAGTGGCTAAGCTATTGAAGAAAAGTATTCTATCAGGAACTAATAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTGGCTAAGCTATTGAAGAAAAGTATTCTATCAGGAACTAATAGC  550

seq1  TGCTTAGAAATACTTAGAGAGTATTCTCAATGATGGAAACTTAATGGGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGAAATACTTAGAGAGTATTCTCAATGATGGAAACTTAATGGGAC  600

seq1  CAATCTTGTGCAGGTCTCTTGGTGTCATACCAAGTCCTGAGAATCCAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTTGTGCAGGTCTCTTGGTGTCATACCAAGTCCTGAGAATCCAAGA  650

seq1  GAATAGCAGTCAGGCCATGCCATGGACCATGTTATATTTAAGCCCTCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGCAGTCAGGCCATGCCATGGACCATGTTATATTTAAGCCCTCTGC  700

seq1  ATTACCAATGAACCGATCACATCATCAAGATCATAGTGTACCTTCAAGAT  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATTACCAATGAACCGATCACATCATCAAGATCATAGTGTACCTTCAGGAT  750

seq1  TCTCCCTCAGATAAAATACTAGTTGAGAGTCCTGGGGGACAGATACAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTCAGATAAAATACTAGTTGAGAGTCCTGGGGGACAGATACAGTG  800

seq1  GTGACTGGTCTCCAAGCTTTCTGGTCTATGGGTCAGATAGCTTTTTGTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTGGTCTCCAAGCTTTCTGGTCTATGGGTCAGATAGCTTTTTGTTA  850

seq1  ACCTCACCTTCAAGCTTAGTAAAATGCTCAAATCTTTGGAATGAGATTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACCTCACCTTCAAGCTTAGTAAAATGCTCAAATCTTTGGGATGAGATTTA  900

seq1  TCAACATGACTTAAAAATAGATAAATTTAACAAAACTTCATTTCTCACTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACATGACTTAAAAATAGATAAATTTAACAAAACTTCATTTCTCACTA  950

seq1  TAATATACCTATTCCTAGCCTCTTGGTAGTG-TTGATTCAGGAGCAATGG  999
      | |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  T-ATATACCTATTCTTAG-CTCTTGGTAGTGTTTGATTCA-GAGCAATGG  997

seq1  CTGGGGCTCTGAT-TGTGCCTTCAAAG-ACTGC-ATCCTTTCGCTGGCTA  1046
      |||||  |||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||
seq2  CTGGGCTTCTGATATGTG-CTTCAAAGAACTGCAATCCTTTCGCT-GCTA  1045

seq1  CCCTCTTGTTA  1057
      ||   ||||||
seq2  CCTCTTTGTTA  1056

seq1: chr1_128853668_128854748
seq2: B6Ng01-152K23.g_68_1153 (reverse)

seq1  GAACC-TGTAAG-CCACCCTCAAGTAAATGTTGTCCTTTATAAGA-CTTG  47
      ||||| |||||| || |||| ||| |||   |||||||||||| | | ||
seq2  GAACCTTGTAAGCCCCCCCTAAAGAAAAATGTGTCCTTTATAAAAGCCTG  50

seq1  CCTTGCTCATGGTGTCTGTTCACAGCAGTAAAACCCTAAGAC-AGATGGA  96
      ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCTTGCTCAGGGTGTCTGTTACCAGCAGTAAAACCCTAAGACAAGATGGA  100

seq1  -GATATATGAAGACCACCAAT-CAATGCCTGTAATAGTGGACAATGTTGA  144
       |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGATATATGAAGACCACCAATCCAATGCCTGTAATAGTGGACAATGGTGA  150

seq1  ACTGT-ATATGTTCTGCATTTTACATACAAATAGAGGTTGCTGACAATAA  193
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAATATGTTCTGCA-TTTACATACAAATAGAGGTTGCTGACAATAA  199

seq1  CAAATAATAAAACACAATAATTTATAGAGATAAAATAGAGTATATTCTCT  243
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAT-AAACACAATAATTTATAGAGATAAAATAGAGTATATTCTCT  248

seq1  CTTAATATGTTTGTGCATATGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATATGTTTGTGCATATGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGT  298

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTGCTGATCCCACAAGCCCAGACTA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTGCTGATCCCACAAGCCCAGACTA  348

seq1  AATGGCCATTGAAGAAATTTCCTTAGACAAATGGATATCATCTGGGGAGT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCCATTGAAGAAATTTCCTTAGACAAATGGATATCATCTGGGGAGT  398

seq1  GACACACACAGCAGTTCTCTGACCTCGACATGTATGCACACACATAAGAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACACAGCAGTTCTCTGACCTCGACATGTATGCACACACATAAGAA  448

seq1  TATGCACACACCTGTATGTGCATGCCACATGAAAGGATATATAAATATTA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACACACCTGTATGTGCATGCCACATGAAAGGATATATAAATATTA  498

seq1  TGCCTTTAAAATGATAGCAACAATAGCAATGTTCTAAATGTACACATAAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTAAAATGATAGCAACAATAGCAATGTTCTAAATGTACACATAAG  548

seq1  TGTGATCTCCAAGCAGTCCATCAAGTAGACGTTTATGAACACTGATCCCA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCTCCAAGCAGTCCATCAAGTAGACGTTTATGAACACTGATCCCA  598

seq1  CATACTTGGACATCCAGATTAGTTTCTATGCACCAGAATAATTCTCCCAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTTGGACATCCAGATTAGTTTCTATGCACCAGAATAATTCTCCCAT  648

seq1  TTAAACTTAGAGCTCGAGCTTGCTTTATGATGCCCTCCCATACTCAAAAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTTAGAGCTCGAGCTTGCTTTATGATGCCCTCCCATACTCAAAAA  698

seq1  TTTTTCTAAAACATGACATTTCTCCAGCCTGGCCTGCCAAGATCCGTTGG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTAAAACATGACATTTCTCCAGCCTGGCCTGCCAAGATCCGTTGG  748

seq1  CCTTAGCCACCTACATGGAAATCCCAGTCTACCTCCTCCTCCTCACTTGC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGCCACCTACATGGAAATCCCAGTCTACCTCCTCCTCCTCACTTGC  798

seq1  CTACCCCTGTGACTTTCACTGCTCTTCTTTGTTTTCTAAGAGCATGGTAC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCCTGTGACTTTCACTGCTCTTCTTTGTTTTCTAAGAGCATGGTAC  848

seq1  CAAGGCTGGTAGGTCAGAGCTAGACCTGCACAGGACATCCTTTCATTCCT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTGGTAGGTCAGAGCTAGACCTGCACAGGACATCCTTTCATTCCT  898

seq1  GACTAGAAACCCTGGCACTTTCATGTTGGACACAGTTGTCTTAATGAATA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGAAACCCTGGCACTTTCATGTTGGACACAGTTGTCTTAATGAATA  948

seq1  CCATTGAATTTCCCTCAGGAAATGTAGAGTTCAGAGACCAAAGCAGGCAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGAATTTCCCTCAGGAAATGTAGAGTTCAGAGACCAAAGCAGGCAG  998

seq1  CGCAAATAAACACTTGCTCAGTACTTCTGTGAAGAAAGAGCTATGAGACT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAAATAAACACTTGCTCAGTACTTCTGTGAAGAAAGAGCTATGAGACT  1048

seq1  TCAGAGATATGGGCCCAGGACTCCAACTGCCTGAATTC  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGATATGGGCCCAGGACTCCAACTGCCTGAATTC  1086