BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-152N22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 39,874,117 - 39,996,682
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMap4k4
Upstream geneLonrf2, Chst10, EG625775, Nms, Pdcl3, Npas2, LOC100041999, Rpl31, Tbc1d8, D1Bwg0212e, Rnf149, EG329126, Creg2, 4933400N17Rik, LOC100042065
Downstream geneIl1r2, Il1r1, Il1rl2, Il1rl1, Il18r1, Il18rap, Slc9a4, Slc9a2, Mfsd9, Tmem182, Ppia-ps1_352.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-152N22.bB6Ng01-152N22.g
ACCDH948337DH948338
length9471,132
definitionDH948337|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152N22, 5' end.DH948338|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152N22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,874,117 - 39,875,063)(39,995,555 - 39,996,682)
sequence
gaattcacctagtctgagttttcctcctcttcttctagaattgtggtgtg
catatcattaggaatatcaaatccgttgtagtctctttgtgtccttgccc
agctttgacgtcatgataactctcacgtagaaaagaatattatatatggc
tccctcttctatttctttggaggaatttcagtgagattagctttaattcc
cctttaaatgtttggtggagttcaccagtgaagcagcctgacccatgctc
tctttgctgagaggtattaccattagtagtagtagtagtatttctatctc
tgtatcacacatatgcagatttccctggtttattgagtccgcgtgacttt
ttctgtttctaagtatttttctattccattgacagtctaactcatgggga
actaagcggagaagaggccactgatgtatggttaattgttcagtacgttc
tctgatccttttaatttccttaaggtttgttgtaatgtccttggttttat
tccaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtggtgtacaatcacctgt
gtgagcacaagctgtgggagtcgactctgtacttccacactatgggtctg
gggcattggactcaggtcaccagactccccttcagtggactggtgtcttt
ctccatcactggtgtcttccactctaatctttgagacaggatctcactgg
atctagagctcttgttgaattggctagactgtctgtccagcaagccctga
ggtcctcctgtctttctctcccctgaaacaggagtacaggtgtgtcttgc
ctgggacggccacccgtgtactcacgcttgtacgacaagctcttcactga
cagccctctcctagccagcctcctttcttgttttatgaccttgcttactc
ttccaacttgctatcacaggaacagtaggagcttcctagatgttgct
gaattctaccgctctaccccacaagcatggcaggaaaggaggaacagcac
tgggaaggctgtgcctacatacaacccactcaggacttaccagcgacttc
ggctatttcttagttgacttttcctgataagaatgtgtgtgcatgcatgc
atgtgtgcaggcgtactgtgtacaagtgttcttcacagaatgctaactca
taactcaagcaccgttgtgaaagctctgtcctacttcccaggacacccgg
gagctgcgagtggcacaagaaagaatgccatgtggtgagtaggggagccc
tgagtgtgtgcgctgacatgagcttggccgtgccaaggcccagagtctca
gccccacggaaggagctgccgaagcctgcccaggtgtggctccgaggaat
ggcaagggccaagccttccctggctctgcgtacaaatgcagatgatgtgg
tgtgtgcagaaaacttcctctgcagctttctcctgtggatgatgtttaca
gcctgaaggccgctcccctgcagacactgctcctgcagagattagctaca
gctgcctccttgtgtataaccatggctcctcgtgtatctatgttagcagc
ctcacctccttttgcagctgtatgcgacaaccctgcctccctggttaagt
gtatttattaataaacacaatgagcttccagaatgctgcagcttttccag
agccctagagcacctgatcccaccttctctgtgtccccgtgtctgctttc
ttcactcccacatcaccccggccagggtttggggactaagccatgcaaag
gacatggcactgcctcctgtcttgctgctcttatcagcactaaagctaag
ctgtcatccctggagacagctcaaactacctaagtgaaaagcaagtgaaa
tgataggctaaagagatggctcaggaaaggggagaagctgagctcggatg
cccactacccacctaaacacctcctggtggggcaagctccaggatcgacc
aaaaacctgtctcaaaacttagaatgggaaacaaacaacagaagatgcct
acttcagggcctccccatacccaccccaacaacattattatagggaatac
aagtaccctgtgtacgagactatataaggaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_39874117_39875063
seq2: B6Ng01-152N22.b_43_989

seq1  GAATTCACCTAGTCTGAGTTTTCCTCCTCTTCTTCTAGAATTGTGGTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTAGTCTGAGTTTTCCTCCTCTTCTTCTAGAATTGTGGTGTG  50

seq1  CATATCATTAGGAATATCAAATCCGTTGTAGTCTCTTTGTGTCCTTGCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCATTAGGAATATCAAATCCGTTGTAGTCTCTTTGTGTCCTTGCCC  100

seq1  AGCTTTGACGTCATGATAACTCTCACGTAGAAAAGAATATTATATATGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGACGTCATGATAACTCTCACGTAGAAAAGAATATTATATATGGC  150

seq1  TCCCTCTTCTATTTCTTTGGAGGAATTTCAGTGAGATTAGCTTTAATTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTTCTATTTCTTTGGAGGAATTTCAGTGAGATTAGCTTTAATTCC  200

seq1  CCTTTAAATGTTTGGTGGAGTTCACCAGTGAAGCAGCCTGACCCATGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAAATGTTTGGTGGAGTTCACCAGTGAAGCAGCCTGACCCATGCTC  250

seq1  TCTTTGCTGAGAGGTATTACCATTAGTAGTAGTAGTAGTATTTCTATCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGCTGAGAGGTATTACCATTAGTAGTAGTAGTAGTATTTCTATCTC  300

seq1  TGTATCACACATATGCAGATTTCCCTGGTTTATTGAGTCCGCGTGACTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCACACATATGCAGATTTCCCTGGTTTATTGAGTCCGCGTGACTTT  350

seq1  TTCTGTTTCTAAGTATTTTTCTATTCCATTGACAGTCTAACTCATGGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTTCTAAGTATTTTTCTATTCCATTGACAGTCTAACTCATGGGGA  400

seq1  ACTAAGCGGAGAAGAGGCCACTGATGTATGGTTAATTGTTCAGTACGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGCGGAGAAGAGGCCACTGATGTATGGTTAATTGTTCAGTACGTTC  450

seq1  TCTGATCCTTTTAATTTCCTTAAGGTTTGTTGTAATGTCCTTGGTTTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATCCTTTTAATTTCCTTAAGGTTTGTTGTAATGTCCTTGGTTTTAT  500

seq1  TCCAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTGTACAATCACCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTGTACAATCACCTGT  550

seq1  GTGAGCACAAGCTGTGGGAGTCGACTCTGTACTTCCACACTATGGGTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCACAAGCTGTGGGAGTCGACTCTGTACTTCCACACTATGGGTCTG  600

seq1  GGGCATTGGACTCAGGTCACCAGACTCCCCTTCAGTGGACTGGTGTCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATTGGACTCAGGTCACCAGACTCCCCTTCAGTGGACTGGTGTCTTT  650

seq1  CTCCATCACTGGTGTCTTCCACTCTAATCTTTGAGACAGGATCTCACTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCACTGGTGTCTTCCACTCTAATCTTTGAGACAGGATCTCACTGG  700

seq1  ATCTAGAGCTCTTGTTGAATTGGCTAGACTGTCTGTCCAGCAAGCCCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGAGCTCTTGTTGAATTGGCTAGACTGTCTGTCCAGCAAGCCCTGA  750

seq1  GGTCCTCCTGTC-TTCTCTCCCCTGAACCAGGAGTACAGGTGTGTCTTGC  799
      |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTCCTGTCTTTCTCTCCCCTGAAACAGGAGTACAGGTGTGTCTTGC  800

seq1  CTGGGACGGCCACCCGGGTACTCACGCTTGCACGACAAGCTCTTCACTGA  849
      |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTGGGACGGCCACCCGTGTACTCACGCTTGTACGACAAGCTCTTCACTGA  850

seq1  CAGCCCTCTCCTAGCCCAGCCTCCTTTCTTGTTTTATGAACTTGCTTAGC  899
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||  
seq2  CAGCCCTCTCCTAG-CCAGCCTCCTTTCTTGTTTTATGACCTTGCTTACT  899

seq1  CTTCC-ACTTGCCACCACAAGAAACAGTAGGAGCTTCCTAGATGTTGCT  947
      ||||| |||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAACTTGCTATCAC-AGGAACAGTAGGAGCTTCCTAGATGTTGCT  947

seq1: chr1_39995555_39996682
seq2: B6Ng01-152N22.g_68_1199 (reverse)

seq1  ATTCCTTATATATGTCT-GTGCA-TGTGTATGTGTGTATTCCTTAT-ATA  47
      |||||||||||| |||| || ||  | |||    |||||||| ||| |||
seq2  ATTCCTTATATA-GTCTCGTACACAGGGTA--CTTGTATTCCCTATAATA  47

seq1  TGTTTGTGTGGGTGTGTATGTGGAGG-CCTGAAGTAGGCATCTTCTGTTG  96
         ||||  ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTTGGGGTGGGTATGGGGAGGCCCTGAAGTAGGCATCTTCTGTTG  97

seq1  TTTGTTTCCCATCTTAGTTTTTGAGACAGGTTTTTGGTCGATCCTGGAGC  146
      ||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTCCCATTCTAAGTTTTGAGACAGGTTTTTGGTCGATCCTGGAGC  147

seq1  TTGCCACACCAGGA-GTGTTTAGGTGGGTAGTGGGCATCCGAGCTCAGCT  195
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCCACCAGGAGGTGTTTAGGTGGGTAGTGGGCATCCGAGCTCAGCT  197

seq1  TCTCCCCTTTCCTGAGCCATCTCTTTAGCCTATCATTTCACTTGCTTTTC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCTTTCCTGAGCCATCTCTTTAGCCTATCATTTCACTTGCTTTTC  247

seq1  ACTTAGGTAGTTTG-GCTGTCTCCAGGGATGACAGCTTAGCTTTAGTGCT  294
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGGTAGTTTGAGCTGTCTCCAGGGATGACAGCTTAGCTTTAGTGCT  297

seq1  GATAAGAGCAGCAAGACAGGAGGCAGTGCCATGTCC-TTGCATGGCTTAG  343
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GATAAGAGCAGCAAGACAGGAGGCAGTGCCATGTCCTTTGCATGGCTTAG  347

seq1  TCCCCAAACCCTGGCCGGGGTGATGTGGGAGTGAAGAAAGCAGACACGGG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAAACCCTGGCCGGGGTGATGTGGGAGTGAAGAAAGCAGACACGGG  397

seq1  GACACAGAGAAGGTGGGATCAGGTGCTCTAGGGCTCTGGAAAAGCTGCAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGAGAAGGTGGGATCAGGTGCTCTAGGGCTCTGGAAAAGCTGCAG  447

seq1  CATTCTGGAAGCTCATTGTGTTTATTAATAAATACACTTAACCAGGGAGG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGGAAGCTCATTGTGTTTATTAATAAATACACTTAACCAGGGAGG  497

seq1  CAGGGTTGTCGCATACAGCTGCAAAAGGAGGTGAGGCTGCTAACATAGAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTGTCGCATACAGCTGCAAAAGGAGGTGAGGCTGCTAACATAGAT  547

seq1  ACACGAGGAGCCATGGTTATACACAAGGAGGCAGCTGTAGCTAATCTCTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGAGGAGCCATGGTTATACACAAGGAGGCAGCTGTAGCTAATCTCTG  597

seq1  CAGGAGCAGTGTCTGCAGGGGAGCGGCCTTCAGGCTGTAAACATCATCCA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCAGTGTCTGCAGGGGAGCGGCCTTCAGGCTGTAAACATCATCCA  647

seq1  CAGGAGAAAGCTGCAGAGGAAGTTTTCTGCACACACCACATCATCTGCAT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGAAAGCTGCAGAGGAAGTTTTCTGCACACACCACATCATCTGCAT  697

seq1  TTGTACGCAGAGCCAGGGAAGGCTTGGCCCTTGCCATTCCTCGGAGCCAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACGCAGAGCCAGGGAAGGCTTGGCCCTTGCCATTCCTCGGAGCCAC  747

seq1  ACCTGGGCAGGCTTCGGCAGCTCCTTCCGTGGGGCTGAGACTCTGGGCCT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGCAGGCTTCGGCAGCTCCTTCCGTGGGGCTGAGACTCTGGGCCT  797

seq1  TGGCACGGCCAAGCTCATGTCAGCGCACACACTCAGGGCTCCCCTACTCA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACGGCCAAGCTCATGTCAGCGCACACACTCAGGGCTCCCCTACTCA  847

seq1  CCACATGGCATTCTTTCTTGTGCCACTCGCAGCTCCCGGGTGTCCTGGGA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGGCATTCTTTCTTGTGCCACTCGCAGCTCCCGGGTGTCCTGGGA  897

seq1  AGTAGGACAGAGCTTTCACAACGGTGCTTGAGTTATGAGTTAGCATTCTG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGACAGAGCTTTCACAACGGTGCTTGAGTTATGAGTTAGCATTCTG  947

seq1  TGAAGAACACTTGTACACAGTACGCCTGCACACATGCATGCATGCACACA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAACACTTGTACACAGTACGCCTGCACACATGCATGCATGCACACA  997

seq1  CATTCTTATCAGGAAAAGTCAACTAAGAAATAGCCGAAGTCGCTGGTAAG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTATCAGGAAAAGTCAACTAAGAAATAGCCGAAGTCGCTGGTAAG  1047

seq1  TCCTGAGTGGGTTGTATGTAGGCACAGCCTTCCCAGTGCTGTTCCTCCTT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGTGGGTTGTATGTAGGCACAGCCTTCCCAGTGCTGTTCCTCCTT  1097

seq1  TCCTGCCATGCTTGTGGGGTAGAGCGGTAGAATTC  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCATGCTTGTGGGGTAGAGCGGTAGAATTC  1132