BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-154B14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 169,886,737 - 170,005,712
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneC030014K22Rik, Uck2, LOC100039844, Tmco1, Aldh9a1, Mgst3, Lrrc52, Rxrg, Lmx1a, LOC100039879
Downstream genePbx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-154B14.bB6Ng01-154B14.g
ACCDH949235DH949236
length1,222972
definitionDH949235|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154B14, 5' end.DH949236|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154B14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(169,886,737 - 169,887,997)(170,004,740 - 170,005,712)
sequence
gaattcctagcagagttaagtagtctggttcaaaatatagtcctacctgt
atacctgttcctgaaattccacagagcattggagaacatttccaaattaa
tgctgcccttgggaatagacacatagtgatttttgcatagagagtttctt
ctgttcttatttaagcattggatgggaaatagcgtcttgatctcggcaag
ctctgatgatgtaggaatttacagctataagcagagaaagatctattttc
ttcgacaaatttggtagaggcagaaaaacacgtagtaaattaaacctgat
ttgcatgacattgagcatgaatgcagtccttcctgtgaggcagggaacat
cctttgattgaatttttctatttctctatgcttgtgtggtattctgggaa
caattgaggagtcctctgttggctaattaacacctgtaaattcacatcgc
ctagtgtcttccttatattgcggaggtaatgagtccaagtcctggtaggg
ttgtatttttattaaaatttcttcgtatctttttcttttcatgtcaaaca
gattgctacatatttaacccttttgtgcttttttgtgatctgtctttatc
ctgggaaataaagcagaagcaagagaactattattgagctgctaaaagga
ataaatcacatacccaggaaggaggtggctggtgaagtataggtttgaat
tctatatgtattgacatactaattggggattgaaattccaactaacttgt
ctgttgttcagtctatatggtataaaggatgatgtatgacgatgtattaa
ttcattaacatccatttcttgcttgacacatgatgttgaggaccaagtgt
tttgcaagagaaggacatggccaccatcctctaggcatggcctggtgaca
aaggtaacagaaaataaaggcaaaactgactatacatggaaatatggtca
tggaagcatgtaatcagagagaacacccattgtgaagagcatagatttct
tataatagataaaacaacctgatattagagtagtctggggagggcttgat
atgcacaatgccctgctatgataatgcagactcaatgtgcaaggtctaga
ggaactttaaatgctgatggactaccagccctggttatgggctgaagtcc
actgacttagcctatctacccccagggatgacatcatgtaacataaactt
ctgtacgacatatcaggtgagt
gaattcattaccagaagtgggggtaagagtgtcaccataggcagatcaaa
gaaaggctcatcatcttacaagataagaaggtaaagagggccagaatggt
gacaaggagccttgaggagcgaatattggctagtttaaggagaattaggg
ctgacaatgctttagagataacctctcccagattcccagttatattgatc
tgaaagaggaaggcagtcttttaaatctaagatttcttctgattcttcag
agaaacaaatgttgatgaaaacactgaattagtaaattgaaattttatcc
ccccaaaatgtattggtatgcacattcaaaccatggtcaagaatcaagtc
atcatacaaggaaaaaactttgaatatgcaaacacaaaatatgtgaagag
aagccaatctcggttaaaatggaaaactgtagatttggttgtaagctgaa
ttccccacaaagcaggactgaggcaaaagcctggcaatgctagttcattg
aggattgcagatcaagagaggtagagtcaaggagaaacgggattaaggca
gaaaagatggtcaggcaaccagaagctgtacttcaagcccttttttctgg
atatctcctgtaactgatggcttgatctcatgggagcatctcaggattgt
ccatccagggagaagagcagaagagccattttcctgatggcctctgtggt
gatttgaatgggaaatgtcccccatgggacatatatttcagcactttgtc
ctctagtgaggatggtgtttggggagcttatggaatctttagaaagtatg
gccttgctggaaaaagtgtattcctgaggaaggacttggagtgtttatag
actctctctgttttttgtctatgtctttctctctctctctctctctctct
gtttctatgtgtctctgtttctcggtctctctctttctcatgtatgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtatgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_169886737_169887997
seq2: B6Ng01-154B14.b_45_1266

seq1  GAATTCCTAGCAGAGTTAAGTAGTCTGGTTCAAAATATAGTCCTACCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGCAGAGTTAAGTAGTCTGGTTCAAAATATAGTCCTACCTGT  50

seq1  ATACCTGTTCCTGAAATTCCACAGAGCATTGGAGAACATTTCCAAATTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTGTTCCTGAAATTCCACAGAGCATTGGAGAACATTTCCAAATTAA  100

seq1  TGCTGCCCTTGGGAATAGACACATAGTGATTTTTGCATAGAGAGTTTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCCCTTGGGAATAGACACATAGTGATTTTTGCATAGAGAGTTTCTT  150

seq1  CTGTTCTTATTTAAGCATTGGATGGGAAATAGCGTCTTGATCTCGGCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTTATTTAAGCATTGGATGGGAAATAGCGTCTTGATCTCGGCAAG  200

seq1  CTCTGATGATGTAGGAATTTACAGCTATAAGCAGAGAAAGATCTATTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGATGATGTAGGAATTTACAGCTATAAGCAGAGAAAGATCTATTTTC  250

seq1  TTCGACAAATTTGGTAGAGGCAGAAAAACACGTAGTAAATTAAACCTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGACAAATTTGGTAGAGGCAGAAAAACACGTAGTAAATTAAACCTGAT  300

seq1  TTGCATGACATTGAGCATGAATGCAGTCCTTCCTGTGAGGCAGGGAACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGACATTGAGCATGAATGCAGTCCTTCCTGTGAGGCAGGGAACAT  350

seq1  CCTTTGATTGAATTTTTCTATTTCTCTATGCTTGTGTGGTATTCTGGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGATTGAATTTTTCTATTTCTCTATGCTTGTGTGGTATTCTGGGAA  400

seq1  CAATTGAGGAGTCCTCTGTTGGCTAATTAACACCTGTAAATTCACATCGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGAGGAGTCCTCTGTTGGCTAATTAACACCTGTAAATTCACATCGC  450

seq1  CTAGTGTCTTCCTTATATTGCGGAGGTAATGAGTCCAAGTCCTGGTAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGTCTTCCTTATATTGCGGAGGTAATGAGTCCAAGTCCTGGTAGGG  500

seq1  TTGTATTTTTATTAAAATTTCTTCGTATCTTTTTCTTTTCATGTCAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTTTTATTAAAATTTCTTCGTATCTTTTTCTTTTCATGTCAAACA  550

seq1  GATTGCTACATATTTAACCCTTTTGTGCTTTTTTGTGATCTGTCTTTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCTACATATTTAACCCTTTTGTGCTTTTTTGTGATCTGTCTTTATC  600

seq1  CTGGGAAATAAAGCAGAAGCAAGAGAACTATTATTGAGCTGCTAAAAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAAATAAAGCAGAAGCAAGAGAACTATTATTGAGCTGCTAAAAGGA  650

seq1  ATAAATCACATACCCAGGAAGGAGGTGGCTGGTGAAGTATAGGTTTGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCACATACCCAGGAAGGAGGTGGCTGGTGAAGTATAGGTTTGAAT  700

seq1  TCTATATGTATTGACATACTAATTGGGGATTGAAATTCCAACTAACTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATATGTATTGACATACTAATTGGGGATTGAAATTCCAACTAACTTGT  750

seq1  CTGTTGTTCAGTCTATATGGTATAAAGGATGATGTATGACGATGTATTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTTCAGTCTATATGGTATAAAGGATGATGTATGACGATGTATTAA  800

seq1  TTCATTAACATCCATTTCTTGCTTGACACATGATGTTGAGGACCAAGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTAACATCCATTTCTTGCTTGACACATGATGTTGAGGACCAAGTGT  850

seq1  TTTGCAAGAGAAAGGACATGGCCACCATCCTCTAGGCATGGCCTGGTGAC  900
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAGAG-AAGGACATGGCCACCATCCTCTAGGCATGGCCTGGTGAC  899

seq1  AAAGGTAACAGAAAATAAAGGCAAAACTGACTAATACATGGAAATATGGT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAAGGTAACAGAAAATAAAGGCAAAACTGACT-ATACATGGAAATATGGT  948

seq1  CATGGAAGCATGTAAATCAAGAGAGAAACCAACCCATTGTGAAGAAGCAT  1000
      ||||||||||||| |||| ||||||||    ||||||||||||| |||||
seq2  CATGGAAGCATGT-AATC-AGAGAGAA---CACCCATTGTGAAG-AGCAT  992

seq1  AGATTTCTTATAATAGATAAAACAACCTGAATATTAGAGTAGTCTGGGGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTCTTATAATAGATAAAACAACCTG-ATATTAGAGTAGTCTGGGGA  1041

seq1  GGGGCTTGAATATGCACAAGTGCCCTGCTAATGGATAATGCAGGCACTCA  1100
       ||||||| |||||||||| ||||||||||   ||||||||||  |||||
seq2  -GGGCTTG-ATATGCACAA-TGCCCTGCTA--TGATAATGCAG--ACTCA  1084

seq1  CATGTGCATGGGTCTAGGATGACTTTTAAATGCCTGTATGAACTAACCAG  1150
       |||||||  |||||| || ||  |||||||| ||| ||| ||| |||||
seq2  -ATGTGCA-AGGTCTA-GAGGAACTTTAAATG-CTG-ATGGACT-ACCAG  1128

seq1  CTCCTTTGGTTAATGGGGCTGAAAAGTCCCACTGACTTAAGTCATTCCAA  1200
      | |   ||||||   ||||||  |||| |||||||||| || |  || | 
seq2  CCC---TGGTTA--TGGGCTG--AAGT-CCACTGACTT-AGCCTATCTAC  1169

seq1  CCCCACAGGGGAGTGAGCCATCCATGATGACTTATTAAACTTCTGTAC--  1248
      |||||   |||| |||  ||| |||| | ||    |||||||||||||  
seq2  CCCCA---GGGA-TGA--CAT-CATG-TAAC---ATAAACTTCTGTACGA  1208

seq1  --CATCAGGGTGAGT  1261
         |||| |||||||
seq2  CATATCA-GGTGAGT  1222

seq1: chr1_170004740_170005712
seq2: B6Ng01-154B14.g_67_1038 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACATACATGAGAAAGAGAGAGACCG  50
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACACACACACACACACACACACATACATGAGAAAGAGAGAGACCG  50

seq1  AGAAACAGAGACACATAGAAACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAGAGACACATAGAAACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAC  100

seq1  ATAGACAAAAAAACAGAGAGAGTCTATAAACACTCCAAGTCCTTCCTCAG  150
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAC-AAAAAACAGAGAGAGTCTATAAACACTCCAAGTCCTTCCTCAG  149

seq1  GAATACACTTTTTCCAGCAAGGCCATACCTTCTAAAGATTCCATAAGCTC  200
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAATACACTTTTTCCAGCAAGGCCATACTTTCTAAAGATTCCATAAGCTC  199

seq1  CCCAAACACCATCCTCACTAGAGGACAAAGTGCTGAAATATATGTCCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAACACCATCCTCACTAGAGGACAAAGTGCTGAAATATATGTCCCAT  249

seq1  GGGGGACATTTCCCATTCAAATCACCACAGAGGCCATCAGGAAAATGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGACATTTCCCATTCAAATCACCACAGAGGCCATCAGGAAAATGGCT  299

seq1  CTTCTGCTCTTCTCCCTGGATGGACAATCCTGAGATGCTCCCATGAGATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCTCTTCTCCCTGGATGGACAATCCTGAGATGCTCCCATGAGATC  349

seq1  AAGCCATCAGTTACAGGAGATATCCAGAAAAAAGGGCTTGAAGTACAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATCAGTTACAGGAGATATCCAGAAAAAAGGGCTTGAAGTACAGCT  399

seq1  TCTGGTTGCCTGACCATCTTTTCTGCCTTAATCCCGTTTCTCCTTGACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTGCCTGACCATCTTTTCTGCCTTAATCCCGTTTCTCCTTGACTC  449

seq1  TACCTCTCTTGATCTGCAATCCTCAATGAACTAGCATTGCCAGGCTTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTCTTGATCTGCAATCCTCAATGAACTAGCATTGCCAGGCTTTTG  499

seq1  CCTCAGTCCTGCTTTGTGGGGAATTCAGCTTACAACCAAATCTACAGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTCCTGCTTTGTGGGGAATTCAGCTTACAACCAAATCTACAGTTT  549

seq1  TCCATTTTAACCGAGATTGGCTTCTCTTCACATATTTTGTGTTTGCATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTTAACCGAGATTGGCTTCTCTTCACATATTTTGTGTTTGCATAT  599

seq1  TCAAAGTTTTTTCCTTGTATGATGACTTGATTCTTGACCATGGTTTGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGTTTTTTCCTTGTATGATGACTTGATTCTTGACCATGGTTTGAAT  649

seq1  GTGCATACCAATACATTTTGGGGGGATAAAATTTCAATTTACTAATTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATACCAATACATTTTGGGGGGATAAAATTTCAATTTACTAATTCAG  699

seq1  TGTTTTCATCAACATTTGTTTCTCTGAAGAATCAGAAGAAATCTTAGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCATCAACATTTGTTTCTCTGAAGAATCAGAAGAAATCTTAGATT  749

seq1  TAAAAGACTGCCTTCCTCTTTCAGATCAATATAACTGGGAATCTGGGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGACTGCCTTCCTCTTTCAGATCAATATAACTGGGAATCTGGGAGA  799

seq1  GGTTATCTCTAAAGCATTGTCAGCCCTAATTCTCCTTAAACTAGCCAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATCTCTAAAGCATTGTCAGCCCTAATTCTCCTTAAACTAGCCAATA  849

seq1  TTCGCTCCTCAAGGCTCCTTGTCACCATTCTGGCCCTCTTTACCTTCTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGCTCCTCAAGGCTCCTTGTCACCATTCTGGCCCTCTTTACCTTCTTA  899

seq1  TCTTGTAAGATGATGAGCCTTTCTTTGATCTGCCTATGGTGACACTCTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTAAGATGATGAGCCTTTCTTTGATCTGCCTATGGTGACACTCTTA  949

seq1  CCCCCACTTCTGGTAATGAATTC  973
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACTTCTGGTAATGAATTC  972