BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-154N21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 73,434,880 - 73,582,260
singlet/doubletdoublet
Overlap genePinc, LOC672208, LOC100043291
Upstream geneXrcc5, March4, Smarcal1, Ankar, Rpl37a, Igfbp2, Igfbp5, LOC672187, LOC100042860, Tnp1, 1700027A15Rik
Downstream geneTns1, Rufy4, Il8rb, Il8ra, Arpc2, Gpbar1, Aamp, Pnkd, Tmbim1, 2410125D13Rik, Gm216, Slc11a1, Ctdsp1, Vil1, Usp37, Rqcd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-154N21.bB6Ng01-154N21.g
ACCDH949796DH949797
length1,1611,141
definitionDH949796|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154N21, 5' end.DH949797|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154N21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,581,083 - 73,582,260)(73,434,880 - 73,436,028)
sequence
gaattcacttcctagcaccagcccttaactgtgaggatctgcatccgact
gggtcttttgtttggttgtgggtctcctgggtccagtcttatactgtcaa
ttctatgttacctattgctttgtttttaccttttccattgctgggcacca
tccattccttacctattactagacacatctgatgtagctaagtgctcaag
agtgagactgaaatcctgttcctgtactctcagggtcaatagcctccctc
ttttacctcgactcttcataattcacaaagaagagaacaaacagaacata
aataaacaaaagttaatacaaaacagcaaggcgatttcctggcgctggag
tgggaggcacagcatgaagctgtagccacacaaactttcctccatgacca
aagaatcatatgtcatgacctcaggttgagcaactacaatgcaataccag
ggtgccgaagtgctggaaccccttgccctccggtaggtcagttcttagct
ataatataattttagaactgtaatataattttacaaatggaaaattccag
agagaaatgatttgccctgtgctacaaagaagatgttagtcaatcaaaaa
gaaacaggataggcctactcccagttgtttgacatccccagatcttctct
aaagtggcttagctgacattagcatctggcaagcttgtatgatgggaagt
gagactgatgggcatcgttgtccttatcacaccaactgtttctatcttat
cataagactttggcatgaaaaaaggagaaaaggcctttttggttgaatta
aaagaaggtgccctctttaagaccactttcctttctatcagctagaaacc
tagttaattcacgtatttcactagtaatttaatggtcacttcagttgacg
agttttgctccatcacaaataggtttcatcaggatcccaaagtaaatgta
gacctgaaatgtgtgtggtaaggtcttcaggatggtgggagccgcttcag
gcatgctatccctggtagcccagacagagtttggtcactgcatactgagg
gagcagacttattcatctcttgctcatgcttgtgggatccacatggttat
tcttccttaccttggtgatctgacaggaattggctagtacatacagctgt
tattcgagctt
gaattctccactgccttcacaatgtgacccctaattggagttgggacctc
cccacactctggcaacaaaagcattcatgatggctacaagaagacatcca
ggctccagtgacctttacttggtggcacttgggctttattaattgctaaa
tactttaactatcatcctggctgttacgtctgacacagcattacatcggt
ggcatttttctctctgggacattttctctcctgctttcccaaggtccctg
ggttgcttattctacctgtccattgtataatcacatggcctgaagaatct
gtttcttcattcaaaataatagttcactcagttgaagctagaaatcaagt
gaatgagctaagtcacaaaaagttgctgcttttatacttcccatttgcat
atgtgctttaaaaaatcaggcatgggttttatttaaagcaaaggattagc
aaagtgtggtccacaggccaaatttaccatatctctgtttattcatagat
ctaagcaaagaatgtttaatctttaaatgctaaaagaatgcaaacaaagg
gtaggcggtagatactatatgtaaagaataaagtatttatcatacagccc
ttttattgaaaaatacttctggaccctgacttgaaattaagactacccag
tggtaaaacattagagcatttcaaataggttagggatactaattacagaa
taaggactctcaattgactgaagatgaaatgctaaatcagaaaaaagaat
acactaaacccagtgtaacagttaattttgacaagttgacatagcccaga
atcacctagggagagagtttcaatgaggaattgtctatatcaggttagcc
tgtgagcaggttgttggggaattatcttaattaagttaatttatggagga
gaaccagcctactttgggtggtgccattccctaggcaggagtcctgaata
gggacatatagcttaccagaagcaagcaagcatgtatgggattcattttt
ctctactagcactgtgctatgatgcactagctgtttcaaatttctaccat
tttattctccctgttatgatgacctataaattttaactgtggagctaata
aattccccctactctagttgttccttggtgggtattttatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_73581083_73582260
seq2: B6Ng01-154N21.b_46_1206 (reverse)

seq1  AAGCTCGGGATAAACAGCTGTATGTACTAGCACATCCCTGTCCAAGATCA  50
      ||||||  ||  |||||||||||||||||||  || ||||||  ||||||
seq2  AAGCTC--GAATAACAGCTGTATGTACTAGCCAATTCCTGTC--AGATCA  46

seq1  CACAGAGTAAAGAGAGAATAACCATGGTGGATCCCACAAGCACTGAGCAA  100
      | ||  |||| || ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  C-CAAGGTAAGGA-AGAATAACCAT-GTGGATCCCACAAGCA-TGAGCAA  92

seq1  GAGATTGGATAAGTCTTGCTCCCTCAGTATGCAAGTGACCAAACTCTGTC  150
      |||| || ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGA-TGAATAAGTC-TGCTCCCTCAGTATGC-AGTGACCAAACTCTGTC  139

seq1  TGGGCTACCAGGGATAGCATGCCTGGAAGCGGCTCCCACCATCCTGAAGA  200
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTACCAGGGATAGCATGCCT-GAAGCGGCTCCCACCATCCTGAAGA  188

seq1  CCTTACCACACACAATTTCAGGTCTACATTTTACTTTGGGATCCTGATGA  250
      ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  CCTTACCACACAC-ATTTCAGGTCTACA-TTTACTTTGGGATCCTGATG-  235

seq1  AAACCTTATTTTGTGATGGAGCAAAACTCGTCAACTGAAGTGACCATTAA  300
      ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCT--ATTTGTGATGGAGCAAAACTCGTCAACTGAAGTGACCATTAA  283

seq1  ATTACTAGTGAAATACGTGAATTAACTAGGTTTCTAGCTGATAGAAAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTAGTGAAATACGTGAATTAACTAGGTTTCTAGCTGATAGAAAGGA  333

seq1  AAGTGGTCTTAAAGAGGGCACCTTCTTTTAATTCAACCAAAAAGGCCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGTCTTAAAGAGGGCACCTTCTTTTAATTCAACCAAAAAGGCCTTT  383

seq1  TCTCCTTTTTTCATGCCAAAGTCTTATGATAAGATAGAAACAGTTGGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTTTTTCATGCCAAAGTCTTATGATAAGATAGAAACAGTTGGTGT  433

seq1  GATAAGGACAACGATGCCCATCAGTCTCACTTCCCATCATACAAGCTTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGGACAACGATGCCCATCAGTCTCACTTCCCATCATACAAGCTTGC  483

seq1  CAGATGCTAATTTCAGCTAAGCCACTTTAGAGAAGATCTGGGGATGTCAA  550
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGCTAATGTCAGCTAAGCCACTTTAGAGAAGATCTGGGGATGTCAA  533

seq1  ACAACTGGGAGTAGGCCTATCCTGTTTCTTTTTGATTGACTAACATCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGGGAGTAGGCCTATCCTGTTTCTTTTTGATTGACTAACATCTTC  583

seq1  TTTGTAGCACAGGGCAAATCATTTCTCTCTGGAATTTTCCATTTGTAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGCACAGGGCAAATCATTTCTCTCTGGAATTTTCCATTTGTAAAA  633

seq1  TTATATTACAGTTCTAAAATTATATTATAGCTAAGAACTGACCTACCGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTACAGTTCTAAAATTATATTATAGCTAAGAACTGACCTACCGGA  683

seq1  GGGCAAGGGGTTCCAGCACTTCGGCACCCTGGTATTGCATTGTAGTTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAGGGGTTCCAGCACTTCGGCACCCTGGTATTGCATTGTAGTTGCT  733

seq1  CAACCTGAGGTCATGACATATGATTCTTTGGTCATGGAGGAAAGTTTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTGAGGTCATGACATATGATTCTTTGGTCATGGAGGAAAGTTTGTG  783

seq1  TGGCTACAGCTTCATGCTGTGCCTCCCACTCCAGCGCCAGGAAATCGCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTACAGCTTCATGCTGTGCCTCCCACTCCAGCGCCAGGAAATCGCCT  833

seq1  TGCTGTTTTGTATTAACTTTTGTTTATTTATGTTCTGTTTGTTCTCTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTTTGTATTAACTTTTGTTTATTTATGTTCTGTTTGTTCTCTTCT  883

seq1  TTGTGAATTATGAAGAGTCGAGGTAAAAGAGGGAGGCTATTGACCCTGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAATTATGAAGAGTCGAGGTAAAAGAGGGAGGCTATTGACCCTGAG  933

seq1  AGTACAGGAACAGGATTTCAGTCTCACTCTTGAGCACTTAGCTACATCAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAGGAACAGGATTTCAGTCTCACTCTTGAGCACTTAGCTACATCAG  983

seq1  ATGTGTCTAGTAATAGGTAAGGAATGGATGGTGCCCAGCAATGGAAAAGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCTAGTAATAGGTAAGGAATGGATGGTGCCCAGCAATGGAAAAGG  1033

seq1  TAAAAACAAAGCAATAGGTAACATAGAATTGACAGTATAAGACTGGACCC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACAAAGCAATAGGTAACATAGAATTGACAGTATAAGACTGGACCC  1083

seq1  AGGAGACCCACAACCAAACAAAAGACCCAGTCGGATGCAGATCCTCACAG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACCCACAACCAAACAAAAGACCCAGTCGGATGCAGATCCTCACAG  1133

seq1  TTAAGGGCTGGTGCTAGGAAGTGAATTC  1178
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGGCTGGTGCTAGGAAGTGAATTC  1161

seq1: chr1_73434880_73436028
seq2: B6Ng01-154N21.g_68_1208

seq1  GAATTCTCCACTGCCTTCACAATGTGACCCCTAATTGGAGTTGGGACCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCACTGCCTTCACAATGTGACCCCTAATTGGAGTTGGGACCTC  50

seq1  CCCACACTCTGGCAACAAAAGCATTCATGATGGCTACAAGAAGACATCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACACTCTGGCAACAAAAGCATTCATGATGGCTACAAGAAGACATCCA  100

seq1  GGCTCCAGTGACCTTTACTTGGTGGCACTTGGGCTTTATTAATTGCTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCAGTGACCTTTACTTGGTGGCACTTGGGCTTTATTAATTGCTAAA  150

seq1  TACTTTAACTATCATCCTGGCTGTTACGTCTGACACAGCATTACATCGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTAACTATCATCCTGGCTGTTACGTCTGACACAGCATTACATCGGT  200

seq1  GGCATTTTTCTCTCTGGGACATTTTCTCTCCTGCTTTCCCAAGGTCCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTTTTCTCTCTGGGACATTTTCTCTCCTGCTTTCCCAAGGTCCCTG  250

seq1  GGTTGCTTATTCTACCTGTCCATTGTATAATCACATGGCCTGAAGAATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTTATTCTACCTGTCCATTGTATAATCACATGGCCTGAAGAATCT  300

seq1  GTTTCTTCATTCAAAATAATAGTTCACTCAGTTGAAGCTAGAAATCAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTCATTCAAAATAATAGTTCACTCAGTTGAAGCTAGAAATCAAGT  350

seq1  GAATGAGCTAAGTCACAAAAAGTTGCTGCTTTTATACTTCCCATTTGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAGCTAAGTCACAAAAAGTTGCTGCTTTTATACTTCCCATTTGCAT  400

seq1  ATGTGCTTTAAAAAATCAGGCATGGGTTTTATTTAAAGCAAAGGATTAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTTTAAAAAATCAGGCATGGGTTTTATTTAAAGCAAAGGATTAGC  450

seq1  AAAGTGTGGTCCACAGGCCAAATTTACCATATCTCTGTTTATTCATAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTGGTCCACAGGCCAAATTTACCATATCTCTGTTTATTCATAGAT  500

seq1  CTAAGCAAAGAATGTTTAATCTTTAAATGCTAAAAGAATGCAAACAAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCAAAGAATGTTTAATCTTTAAATGCTAAAAGAATGCAAACAAAGG  550

seq1  GTAGGCGGTAGATACTATATGTAAAGAATAAAGTATTTATCATACAGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCGGTAGATACTATATGTAAAGAATAAAGTATTTATCATACAGCCC  600

seq1  TTTTATTGAAAAATACTTCTGGACCCTGACTTGAAATTAAGACTACCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTGAAAAATACTTCTGGACCCTGACTTGAAATTAAGACTACCCAG  650

seq1  TGGTAAAACATTAGAGCATTTCAAATAGGTTAGGGATACTAATTACAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAAACATTAGAGCATTTCAAATAGGTTAGGGATACTAATTACAGAA  700

seq1  TAAGGACTCTCAATTGACTGAAGATGAAATGCTAAATCAGAAAAAAGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGACTCTCAATTGACTGAAGATGAAATGCTAAATCAGAAAAAAGAAT  750

seq1  ACACTAAACCCAGTGTAACAGTTAATTTTGACAAGTTGACATAGCCCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAAACCCAGTGTAACAGTTAATTTTGACAAGTTGACATAGCCCAGA  800

seq1  ATCACCTAGGGAGAGAGTTTCAATGAGGAATTGTCTATATCAGGTTAGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTAGGGAGAGAGTTTCAATGAGGAATTGTCTATATCAGGTTAGCC  850

seq1  TGTGAGCAGGTTGTTGGGGAATTATCTTAATTAAGTTAATTTATGGAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGTGAGCAGGTTGTTGGGGAATTATCTTAATTAAGTTAATTTATGGAGG-  899

seq1  AGAACCAGCCTACTTTGGGTGGTGCCATTCCCTAGGCAGGAGTCCTGAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCAGCCTACTTTGGGTGGTGCCATTCCCTAGGCAGGAGTCCTGAAT  949

seq1  AGGGACATATAGCTTACCAGAAGCAAGCAAGCATGTATGGGAATTCATTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGGGACATATAGCTTACCAGAAGCAAGCAAGCATGTATGGG-ATTCATTT  998

seq1  TTCTCTACTAGCAACTGTGCTTATGATGCAACTAGCTGTTTCAAATTTCT  1050
      |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  TTCTCTACTAGC-ACTGTGC-TATGATGC-ACTAGCTGTTTCAAATTTC-  1044

seq1  TACCATTTTATCTTCCCTGTTATGATGAACTATAAATGTTAACTGT-GAG  1099
      |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||
seq2  TACCATTTTATTCTCCCTGTTATGATGACCTATAAATTTTAACTGTGGAG  1094

seq1  CTAAAATAAATCCTCCTACTCTAAGTTGTCTCTTGTTGGGGTATTTTATC  1149
      |||| | || ||| |||||||| ||||||  |||| | ||||||||||||
seq2  CTAATA-AATTCCCCCTACTCT-AGTTGTTCCTTGGT-GGGTATTTTATC  1141