BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-155O05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 156,262,008 - 156,436,162
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacna1e
Upstream gene1700012A16Rik, Dhx9, Npl, LOC626096, Rgs8, Rgs16, Rnasel, LOC100043347, Rgsl1, 5830403L16Rik, EG433365, Teddm1, LOC100043357, Glul, LOC100043359
Downstream geneLOC671336, Ier5, Mr1, Stx6, EG667867, BC034090, Xpr1, EG433367, Acbd6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-155O05.bB6Ng01-155O05.g
ACCDH950540DH950541
length1,0781,162
definitionDH950540|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155O05, 5' end.DH950541|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155O05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(156,435,086 - 156,436,162)(156,262,008 - 156,263,159)
sequence
gaattcactttccatttttctgatggctcattcatctcgaggtgagattt
agaggtagaagtgatcaatggacaggaggtaaatcaaagcatgcttagga
atggccaccaatcaagaagccttgaaatcccgaacacagcttctctcaac
atgtcagagatgttctcttccaaggattcctaaaaagactgtactttcac
agtgctacagtgggtgtcacggatgcagagagggagaagatttggttggt
tcctgtaaaggacttgtctaatagcatgaataataattgaagatggaagg
tagaaaagagtagcatgggttggggttgtagctcatgtggtagagtattt
gccgagcttgcatggggccttgagttcagtggatttccaactcttcatac
tggttacagtggcataagcttgtaaccccagcatctaggaggtagaaaga
agtggattagaaaggtcatcctctgctacaaagaaagtttaaacttgcaa
gcctggactatatgatacctgtctcaaagggtagaggaatgatgtggtta
acatatgttactgggtaatcagatagcaaattccttgaggctatggagtc
agagaatggatattaaaacagaagatagggcttgagctggcccttgagaa
atggagaaacttaaataagatgggacatgttggtttctttatgtagttgt
gtagttcatacatacataactataaaatcatactacttttatatcatatc
ctatctacattgtcagccttcatttactggagggatgacctaggtgggaa
agaccatggataagattaagagggtggaactatatattcaatactttgat
ctagtcaaatatatacctcctcattcagcaaatgaagttgtacactaatt
ggggaaggccacaattgaatacagtaggacatttatgcagaaaagtggtg
acaacagtatatggttcatgtcacatgtacagcctagatgcaagtcaact
ttagacttttatctgtgggcatcagtagctatagtgttttcgaaaatgtt
tgaattctctctgtaagtatgatctgta
gaattctttccccactgtgtgatacttgtggctatcagagaaagatatta
tcgcatctgctgtgtataaggagccatgcacttggggatgagggttccta
cggactacattccagtaagatactctctggagcaagactatttggaggtg
gcagcagaagggcctctggcagaacctttatcctggtggttgtggttggt
agtgattggaacctgttgttcacaagccacacctctattactcaaataga
tcatcttgccaacagcaactctacagacagatgtgctagagtgtaaaggt
tgtttctttgtttgtatctgagtcccatcattcttacttctgtggtagtg
gcaaccttgctatgatgtgtgcttaggcgaatgagaaagcccctgagtag
ttctgggccagtctatacacaagggagttaacagtaactagtactgatag
gtgaagaaaatgcccggccccgaagctgggagcatccaaatgacgacgcc
cagtggacaatgctggtgtatgacctcaagaaatctacccaccacttggt
catgctaagaaggcaaagctaactgaacaaatctgcctgttgttgccctc
tttaaggccactggggaaggaaagctacgttcctgtcagttgtaaaatgc
ttgaagacatgtttcttcttttgtgtttgtgtcaggaagctatgctgttg
ctccttcctacgtcacaggggaagaaatttattacaagtttcccttctaa
aatttcttctagaacaatcctttacgattgctccatttattttcctaatt
tatgagtgaagccatattttttttttttcctcagcctttttgggtgatag
gttttcttcttgccatccaactattccccgggcaccacttctgcctcttt
ttcaaaagatacaccgccacttagcaagcaccttttctaggtagctcact
cacaagaagccacacacgagtaggacatggtaacacgaataaaagggcac
cggtgaacagcacgagaaccactcctgtatcctttatgactccatctcat
gaaccttcctggacctcttgaatcttcacttccgatctccaagccccccc
ccaaaccagcttccctccagaatgatactccccacacatgaatccatttt
tcctgttggtct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_156435086_156436162
seq2: B6Ng01-155O05.b_48_1125 (reverse)

seq1  TACAGATCATTACTTAC--AGAGAATTCAAACATTTTCTGAAAACACTAT  48
      ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TACAGATCA-TACTTACAGAGAGAATTCAAACATTTTC-GAAAACACTAT  48

seq1  AGCTACTGATTGCCCACAGGATAAAAGTCTAAAGTTGACTTGACATCTAA  98
      ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  AGCTACTGA-TGCCCACA-GATAAAAGTCTAAAGTTGACTTG-CATCT-A  94

seq1  GGCTGTACATGTGACATGAACCCATATACTGTTGTCACCACTTTTCTGCA  148
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTACATGTGACATGAA-CCATATACTGTTGTCACCACTTTTCTGCA  143

seq1  TAAATGTCCTACTGTATTC-ATTGTGGCCTT-CCCAATTAGTGTAC-ACT  195
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  TAAATGTCCTACTGTATTCAATTGTGGCCTTCCCCAATTAGTGTACAACT  193

seq1  TCATTTGCTGAATGAGGAGGTATATATTTGACTAGATCAAAGTATTG-AT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCATTTGCTGAATGAGGAGGTATATATTTGACTAGATCAAAGTATTGAAT  243

seq1  ATATAGTTCCA-CCTCTTAATCTTATCCATGGTCTTTCCCACCTAGGTCA  293
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTTCCACCCTCTTAATCTTATCCATGGTCTTTCCCACCTAGGTCA  293

seq1  TCCCTCCAGTAAATGAAGGCTGACAATGTAGATAGGATATGATATAAAAG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCAGTAAATGAAGGCTGACAATGTAGATAGGATATGATATAAAAG  343

seq1  TAGTATGA-TTTATAGTTATGTATGTATGAACTACACAACTACATAAAGA  392
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGATTTTATAGTTATGTATGTATGAACTACACAACTACATAAAGA  393

seq1  AACCAACATGTCCCATCTTATTTAAGTTTCTCCATTTCTCAAGGGCCAGC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACATGTCCCATCTTATTTAAGTTTCTCCATTTCTCAAGGGCCAGC  443

seq1  TCAAGCCCTATCTTCTGTTTTAATATCCATTCTCTGACTCCATAGCCTCA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCCCTATCTTCTGTTTTAATATCCATTCTCTGACTCCATAGCCTCA  493

seq1  AGGAATTTGCTATCTGATTACCCAGTAACATATGTTAACCACATCATTCC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATTTGCTATCTGATTACCCAGTAACATATGTTAACCACATCATTCC  543

seq1  TCTACCCTTTGAGACAGGTATCATATAGTCCAGGCTTGCAAGTTTAAACT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCCTTTGAGACAGGTATCATATAGTCCAGGCTTGCAAGTTTAAACT  593

seq1  TTCTTTGTAGCAGAGGATGACCTTTCTAATCCACTTCTTTCTACCTCCTA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGTAGCAGAGGATGACCTTTCTAATCCACTTCTTTCTACCTCCTA  643

seq1  GATGCTGGGGTTACAAGCTTATGCCACTGTAACCAGTATGAAGAGTTGGA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGGGGTTACAAGCTTATGCCACTGTAACCAGTATGAAGAGTTGGA  693

seq1  AATCCACTGAACTCAAGGCCCCATGCAAGCTCGGCAAATACTCTACCACA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCACTGAACTCAAGGCCCCATGCAAGCTCGGCAAATACTCTACCACA  743

seq1  TGAGCTACAACCCCAACCCATGCTACTCTTTTCTACCTTCCATCTTCAAT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTACAACCCCAACCCATGCTACTCTTTTCTACCTTCCATCTTCAAT  793

seq1  TATTATTCATGCTATTAGACAAGTCCTTTACAGGAACCAACCAAATCTTC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTCATGCTATTAGACAAGTCCTTTACAGGAACCAACCAAATCTTC  843

seq1  TCCCTCTCTGCATCCGTGACACCCACTGTAGCACTGTGAAAGTACAGTCT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTCTGCATCCGTGACACCCACTGTAGCACTGTGAAAGTACAGTCT  893

seq1  TTTTAGGAATCCTTGGAAGAGAACATCTCTGACATGTTGAGAGAAGCTGT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGAATCCTTGGAAGAGAACATCTCTGACATGTTGAGAGAAGCTGT  943

seq1  GTTCGGGATTTCAAGGCTTCTTGATTGGTGGCCATTCCTAAGCATGCTTT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCGGGATTTCAAGGCTTCTTGATTGGTGGCCATTCCTAAGCATGCTTT  993

seq1  GATTTACCTCCTGTCCATTGATCACTTCTACCTCTAAATCTCACCTCGAG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTACCTCCTGTCCATTGATCACTTCTACCTCTAAATCTCACCTCGAG  1043

seq1  ATGAATGAGCCATCAGAAAAATGGAAAGTGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGAGCCATCAGAAAAATGGAAAGTGAATTC  1078

seq1: chr1_156262008_156263159
seq2: B6Ng01-155O05.g_70_1231

seq1  GAATTCTTTCCCCACTGTGTGATACTTGTGGCTATCAGAGAAAGATATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCCCACTGTGTGATACTTGTGGCTATCAGAGAAAGATATTA  50

seq1  TCGCATCTGCTGTGTATAAGGAGCCATGCACTTGGGGATGAGGGTTCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCATCTGCTGTGTATAAGGAGCCATGCACTTGGGGATGAGGGTTCCTA  100

seq1  CGGACTACATTCCAGTAAGATACTCTCTGGAGCAAGACTATTTGGAGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGACTACATTCCAGTAAGATACTCTCTGGAGCAAGACTATTTGGAGGTG  150

seq1  GCAGCAGAAGGGCCTCTGGCAGAACCTTTATCCTGGTGGTTGTGGTTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGAAGGGCCTCTGGCAGAACCTTTATCCTGGTGGTTGTGGTTGGT  200

seq1  AGTGATTGGAACCTGTTGTTCACAAGCCACACCTCTATTACTCAAATAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTGGAACCTGTTGTTCACAAGCCACACCTCTATTACTCAAATAGA  250

seq1  TCATCTTGCCAACAGCAACTCTACAGACAGATGTGCTAGAGTGTAAAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTGCCAACAGCAACTCTACAGACAGATGTGCTAGAGTGTAAAGGT  300

seq1  TGTTTCTTTGTTTGTATCTGAGTCCCATCATTCTTACTTCTGTGGTAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTTTGTTTGTATCTGAGTCCCATCATTCTTACTTCTGTGGTAGTG  350

seq1  GCAACCTTGCTATGATGTGTGCTTAGGCGAATGAGAAAGCCCCTGAGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCTTGCTATGATGTGTGCTTAGGCGAATGAGAAAGCCCCTGAGTAG  400

seq1  TTCTGGGCCAGTCTATACACAAGGGAGTTAACAGTAACTAGTACTGATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGCCAGTCTATACACAAGGGAGTTAACAGTAACTAGTACTGATAG  450

seq1  GTGAAGAAAATGCCCGGCCCCGAAGCTGGGAGCATCCAAATGACGACGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGAAAATGCCCGGCCCCGAAGCTGGGAGCATCCAAATGACGACGCC  500

seq1  CAGTGGACAATGCTGGTGTATGACCTCAAGAAATCTACCCACCACTTGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGACAATGCTGGTGTATGACCTCAAGAAATCTACCCACCACTTGGT  550

seq1  CATGCTAAGAAGGCAAAGCTAACTGAACAAATCTGCCTGTTGTTGCCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTAAGAAGGCAAAGCTAACTGAACAAATCTGCCTGTTGTTGCCCTC  600

seq1  TTTAAGGCCACTGGGGAAGGAAAGCTACGTTCCTGTCAGTTGTAAAATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGCCACTGGGGAAGGAAAGCTACGTTCCTGTCAGTTGTAAAATGC  650

seq1  TTGAAGACATG-TTCTTCTTTTGTGTTTGTGTCAGGAAGCTATGCTGTTG  699
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGACATGTTTCTTCTTTTGTGTTTGTGTCAGGAAGCTATGCTGTTG  700

seq1  CTCCTTCCTACGTCACAGGGGAAGAAATTTATTACAAGTTTCCCTTCTAA  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTCCTTCCTACGTCACAGGGGAAGAAATTTATTACAAGTTTCCCTTCT-A  749

seq1  AAATTTCTTCTAGAACAATCCTTAACGATTGCTCCA-TTATTTTCCTAAT  798
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAATTTCTTCTAGAACAATCCTTTACGATTGCTCCATTTATTTTCCTAAT  799

seq1  TTATGAGTGAAGCCATATTTTTTTTTTTCTCTCAGCCTTTTT-GGTGATA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||
seq2  TTATGAGTGAAGCCATATTTTTTTTTTTTCCTCAGCCTTTTTGGGTGATA  849

seq1  GGTTTCCTTCTTGCCAATCCAACTATTCCCCGGCCACCAC-TCTGCCTC-  895
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| 
seq2  GGTTTTCTTCTTGCC-ATCCAACTATTCCCCGGGCACCACTTCTGCCTCT  898

seq1  CTTTCAAAAGATACA-CGCCACTTAGC-AGCACC-TTTCTA-GTAGCCCA  941
       |||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||
seq2  TTTTCAAAAGATACACCGCCACTTAGCAAGCACCTTTTCTAGGTAGCTCA  948

seq1  CTCACAAGAAGCCACACACGAGTAGGAACACGGTAACACG-ATAAAAGGT  990
      |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| 
seq2  CTCACAAGAAGCCACACACGAGTAGG-ACATGGTAACACGAATAAAAGGG  997

seq1  CCACGGTGAACAGCACGAGAACCACTCCTGTATCCTTTATGACTCCATCT  1040
      |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGGTGAACAGCACGAGAACCACTCCTGTATCCTTTATGACTCCATCT  1047

seq1  CATGAACCTTCCTG--ACTCCTGAATCCTCACTTCCCATCTCCACG-CCC  1087
      ||||||||||||||   ||| |||||| |||||||| ||||||| | |||
seq2  CATGAACCTTCCTGGACCTCTTGAATCTTCACTTCCGATCTCCAAGCCCC  1097

seq1  CCCCCAACCCAGCTTCCTCCCAGAGTATG-TCCTCCCCACAACTGGATCC  1136
      ||||||| |||||||||  |||||  ||| | |||||||||  || ||||
seq2  CCCCCAAACCAGCTTCCCTCCAGA--ATGATACTCCCCACACATGAATCC  1145

seq1  -CATTTCCTGTTGGTCT  1152
         ||||||||||||||
seq2  ATTTTTCCTGTTGGTCT  1162