BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-156L18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 137,632,714 - 137,766,262
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsrp1, Phlda3, Tnni1, Lad1, Tnnt2, LOC100042477
Upstream geneSyt2, Ppp1r12b, Ube2t, Lgr6, Ptprv, LOC100042432, Ptpn7, Arl8a, Gpr37l1, LOC100043064, Elf3, Rnpep, Timm17a, Lmod1, Tmem58, Ipo9, Nav1, EG215714, LOC623327
Downstream genePkp1, 9830123M21Rik, Tmem9, Ascl5, Cacna1s, Kif21b, 2310006M14Rik, 5730559C18Rik, LOC100042513, Gpr25, Camsap1l1, 9230116N13Rik, Ddx59, Kif14, Zfp281, LOC667686, EG623818, Nr5a2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-156L18.bB6Ng01-156L18.g
ACCDH951162DH951163
length4651,054
definitionDH951162|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156L18, 5' end.DH951163|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156L18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(137,632,714 - 137,633,184)(137,765,204 - 137,766,262)
sequence
ctatcttatgttctcacacataaccaactacacataactaggttaggccc
aggtcatggctaaaaatgagactaatgtatgtagcagacatattcttcca
ggggtggccacacttgctgggtgaagacaaggcaagtggaggggctgggg
agaggaatgggggacggtgccatagggccatagaatataaagggcatggt
atagagccttggggtgagtgggtaaggaaaggggagaacagcaggacaca
ttgagggaagcgtgaagagccccatctttgtttttttacaagcatggaga
gagggtggtgatgtcaccacaagcaaaatggagaaatcgggaaggattgg
gtgtgagctcaggtgggtcatctgcaaatggaggcacccatgggtgctcc
cagagaagctcactgtgggtgctcccagagatgctcatggaaatgggttg
gggtttgactaaaaa
gaattcagtgttatactggatgtgggtgcagaagtgccaaatgaccacaa
aagtcctccttcagctgcccttagctaagggagtggcaggtcctgtaggg
gacagcctgatgagcatgagaggacctcgggtccaggattggatagaaaa
gaacaaaaaaagacaggaaggacacagaacatctagaaggtgggaaggaa
aaggcttcaaagacccagaggccaagtgtcacagagcccatgtccacata
ggtccacatgcctgaccttgaagccacttctgcttgttcctcttgcaact
tacctggggtggggctagaacctccaccaccaccaggtttcagagagcta
aagcatccgtctctaaaggggcagtgccttctgctgacagatattgggca
acagtcttcctctttgaagagccacacaatgaccctttctctttcagatc
cttggggcattgttttctatttggatctgcacttcaccttagtaacccag
gcagagctcagagcatcacattccagtcaatagctggaaaagaaaaaact
gagagaaagtgaccagctctgtcacctaggaagtttacagaagaaccaag
cctgggccagacccaggcctccccagtcctgatatcagaacatgataagg
aagactatggaagaggcaattgtactgctcactgtcaaagccgcagcgaa
tcagggttcacagagcccgagacagcacaggattgcacatcctatgaggg
gtggttgctgtgcagacttgcaggaaaataagagttctgattcacagact
agctattagatgccaggaactaccacatgcatcatctagcccagagctgg
ctggttgggttggtaagatagagagctaatgagctagggcttcaaggcaa
ggaatgtcttcgtgacctcagcattttcttctccactcctcactagtcat
cctgcagcagcttgttgggtcagcgtgtggtgtcgtcacggagagaattg
gccatcttgaggatcttcttgtgggggatcaacagcgaacccatacctta
gctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_137632714_137633184
seq2: B6Ng01-156L18.b_48_518

seq1  GAATTCCTATCTTATGTTCTCACACATAACCAACTACACATAACTAGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATCTTATGTTCTCACACATAACCAACTACACATAACTAGGTT  50

seq1  AGGCCCAGGTCATGGCTAAAAATGAGACTAATGTATGTAGCAGACATATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCAGGTCATGGCTAAAAATGAGACTAATGTATGTAGCAGACATATT  100

seq1  CTTCCAGGGGTGGCCACACTTGCTGGGTGAAGACAAGGCAAGTGGAGGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGGGGTGGCCACACTTGCTGGGTGAAGACAAGGCAAGTGGAGGGG  150

seq1  CTGGGGAGAGGAATGGGGGACGGTGCCATAGGGCCATAGAATATAAAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGAGAGGAATGGGGGACGGTGCCATAGGGCCATAGAATATAAAGGG  200

seq1  CATGGTATAGAGCCTTGGGGTGAGTGGGTAAGGAAAGGGGAGAACAGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTATAGAGCCTTGGGGTGAGTGGGTAAGGAAAGGGGAGAACAGCAG  250

seq1  GACACATTGAGGGAAGCGTGAAGAGCCCCATCTTTGTTTTTTTACAAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATTGAGGGAAGCGTGAAGAGCCCCATCTTTGTTTTTTTACAAGCA  300

seq1  TGGAGAGAGGGTGGTGATGTCACCACAAGCAAAATGGAGAAATCGGGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGAGGGTGGTGATGTCACCACAAGCAAAATGGAGAAATCGGGAAG  350

seq1  GATTGGGTGTGAGCTCAGGTGGGTCATCTGCAAATGGAGGCACCCATGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGGTGTGAGCTCAGGTGGGTCATCTGCAAATGGAGGCACCCATGGG  400

seq1  TGCTCCCAGAGAAGCTCACTGTGGGTGCTCCCAGAGATGCTCATGGAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCAGAGAAGCTCACTGTGGGTGCTCCCAGAGATGCTCATGGAAAT  450

seq1  GGGTTGGGGTTAGACTAAAAA  471
      ||||||||||| |||||||||
seq2  GGGTTGGGGTTTGACTAAAAA  471

seq1: chr1_137765204_137766262
seq2: B6Ng01-156L18.g_70_1123 (reverse)

seq1  AAGCATAAGGTATGGGGTTCGCTGTTGATCCCCCACAGGAGGTTCCTCAA  50
      |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | |||||||
seq2  AAGC-TAAGGTAT-GGGTTCGCTGTTGATCCCCCACAAGAAGATCCTCAA  48

seq1  GATGGCCAACCTATCTCTCCGTGACGTACA-CACACGCTGACCCAGC-AG  98
      |||||||||    ||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||
seq2  GATGGCCAA---TTCTCTCCGTGACG-ACACCACACGCTGACCCAACAAG  94

seq1  CTGTCTGCAGGATGACTAGTGAGG-GTGGAGAAG-ACATGCTGGGGTCAC  146
      ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||
seq2  CTG-CTGCAGGATGACTAGTGAGGAGTGGAGAAGAAAATGCTGAGGTCAC  143

seq1  GGAGACATTCCTTGCCTTGAAGCCCTTGGCTCATTAGCTCTCTATCCTAA  196
      | ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || |
seq2  GAAGACATTCCTTGCCTTGAAGCCC-TAGCTCATTAGCTCTCTAT-CTTA  191

seq1  CCAACCCAACCAGCCAGCTCTGGGCTAGATGATGCATGTGGTAGTTCCTG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCCAACCAGCCAGCTCTGGGCTAGATGATGCATGTGGTAGTTCCTG  241

seq1  GCATCTAATAGCTAGTCTGTGAATCAGAACTCTTATTTTCCTGCAAGTCT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTAATAGCTAGTCTGTGAATCAGAACTCTTATTTTCCTGCAAGTCT  291

seq1  GCACAGCAACCACCCCTCATAGGATGTGCAATCCTGTGCTGTCTCGGGCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGCAACCACCCCTCATAGGATGTGCAATCCTGTGCTGTCTCGGGCT  341

seq1  CTGTGAACCCTGATTCGCTGCGGCTTTGACAGTGAGCAGTACAATTGCCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAACCCTGATTCGCTGCGGCTTTGACAGTGAGCAGTACAATTGCCT  391

seq1  CTTCCATAGTCTTCCTTATCATGTTCTGATATCAGGACTGGGGAGGCCTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATAGTCTTCCTTATCATGTTCTGATATCAGGACTGGGGAGGCCTG  441

seq1  GGTCTGGCCCAGGCTTGGTTCTTCTGTAAACTTCCTAGGTGACAGAGCTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGGCCCAGGCTTGGTTCTTCTGTAAACTTCCTAGGTGACAGAGCTG  491

seq1  GTCACTTTCTCTCAGTTTTTTCTTTTCCAGCTATTGACTGGAATGTGATG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTTTCTCTCAGTTTTTTCTTTTCCAGCTATTGACTGGAATGTGATG  541

seq1  CTCTGAGCTCTGCCTGGGTTACTAAGGTGAAGTGCAGATCCAAATAGAAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGCTCTGCCTGGGTTACTAAGGTGAAGTGCAGATCCAAATAGAAA  591

seq1  ACAATGCCCCAAGGATCTGAAAGAGAAAGGGTCATTGTGTGGCTCTTCAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGCCCCAAGGATCTGAAAGAGAAAGGGTCATTGTGTGGCTCTTCAA  641

seq1  AGAGGAAGACTGTTGCCCAATATCTGTCAGCAGAAGGCACTGCCCCTTTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAGACTGTTGCCCAATATCTGTCAGCAGAAGGCACTGCCCCTTTA  691

seq1  GAGACGGATGCTTTAGCTCTCTGAAACCTGGTGGTGGTGGAGGTTCTAGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACGGATGCTTTAGCTCTCTGAAACCTGGTGGTGGTGGAGGTTCTAGC  741

seq1  CCCACCCCAGGTAAGTTGCAAGAGGAACAAGCAGAAGTGGCTTCAAGGTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCCAGGTAAGTTGCAAGAGGAACAAGCAGAAGTGGCTTCAAGGTC  791

seq1  AGGCATGTGGACCTATGTGGACATGGGCTCTGTGACACTTGGCCTCTGGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGTGGACCTATGTGGACATGGGCTCTGTGACACTTGGCCTCTGGG  841

seq1  TCTTTGAAGCCTTTTCCTTCCCACCTTCTAGATGTTCTGTGTCCTTCCTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAAGCCTTTTCCTTCCCACCTTCTAGATGTTCTGTGTCCTTCCTG  891

seq1  TCTTTTTTTGTTCTTTTCTATCCAATCCTGGACCCGAGGTCCTCTCATGC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTTTGTTCTTTTCTATCCAATCCTGGACCCGAGGTCCTCTCATGC  941

seq1  TCATCAGGCTGTCCCCTACAGGACCTGCCACTCCCTTAGCTAAGGGCAGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAGGCTGTCCCCTACAGGACCTGCCACTCCCTTAGCTAAGGGCAGC  991

seq1  TGAAGGAGGACTTTTGTGGTCATTTGGCACTTCTGCACCCACATCCAGTA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGAGGACTTTTGTGGTCATTTGGCACTTCTGCACCCACATCCAGTA  1041

seq1  TAACACTGAATTC  1059
      |||||||||||||
seq2  TAACACTGAATTC  1054