BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-158D08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 171,210,119 - 171,342,290
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePbx1
Downstream geneEG383613, Nuf2, Rgs5, Rgs4, LOC100039960, 1700084C01Rik, Hsd17b7, Ddr2, LOC100040571, Uap1, Uhmk1, Sh2d1b2, EG622708, Sh2d1b1, EG665574, 1700015E13Rik, Nos1ap
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-158D08.bB6Ng01-158D08.g
ACCDH952224DH952225
length1,1471,128
definitionDH952224|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158D08, 5' end.DH952225|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158D08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(171,341,126 - 171,342,290)(171,210,119 - 171,211,250)
sequence
gaattccctagaacacactgtgaaaacttgcctcgagggtctcagtgctt
cctttcagctataaaagtctgtgattctgagtctaatacgtccccatcct
acatttcaaagtctagtgtcccttttgaatttcattcaaggatatatatt
tttaatgggtatccatggagtcagatttagtaaaatggggaggttcagaa
ggagtctcttgcccccccccccccacattgtttgccttcaataactctca
catttacgtttaggtccaaagctctagtcaggactacgactgcatgagtc
tgtgcttagctgctctttgttgatatgttgatacaggcaaatttcgtctt
cctccactggcctgcgtggccactgattgccaactgagttttcctttgtg
cgcctgtaatttttaaacaactcacaccttggttcccaggttcaattggc
caagactaaaggaccagaggaacctggtagtgcccactcaatctctcagt
gactttctgagccaaatgtaatatcagaattgcatattgaaaaacaatca
attatcaactgacttgactgtgactaatcagatacataaaaagaacttgg
tgtggtaccgtgcttatgacagatcatcagtaaatgctaacatccttatc
cacttctcttccatttgggcctactcagagaaaccataactatagacaag
gctacaggaattcagtgaaggaggcagtctcctaaaggctcctcctagtc
actaaccaaactcaagtgctaatctctatgtgtatgcacagcacaaccat
acaacaagagttgtcaaacaggggttgggaagatgaaacagtggttaaaa
gcatagtgcgaaagaacatgggttcagtttccagaatgtccatgatgtcc
tacaacctccagaacttctggttccaggcatcctatgcccttctttgcgt
cccagggcaccaggcacacgtgtgaatgtggttcacattcattcatgaga
caaaacacttacacacagagtacactaaatacagctaaacatttaaagat
ttttcttttcaaatgcagtcgagtggcttatgctgaagtctgctgcacag
aatggaaacctagattccatctccagtagctgaacatagctataaac
gaattctgttacaaagacaagtaaatgaataacaacacaaaggaaaaata
ataaggagctatgtgtatattatataggcctaaaactatgacaattaaat
gaatattacagagaacatccctaaatttagagaaagacatggacacttac
aatgaattccaaaaagggagatactatatttgaaatgtagatagcactcc
tccttgtccactggctgaaggatgatttcactcagtgctacctctcctct
ctttctgtgacatgtgacataaaagaaagagtactgacctgggagataaa
ggaaatgagacttagtcccagctctgtcactcactagctgtgtagtttca
agcaaattattgaacttctctggggggtctctgttttctcaactgtgaaa
tgagaaagctggtcttcatgtcctggggttcctaatagttctaatgctat
tctctatcctctttctttcttatacttatatcctctttctctcctctaca
tctctatcacacaggatggaggttgtggttcagtttaactaagtacatag
tgggactgaagtcctttcctaattaggagaggattgttcaaagtgttgtt
cagagactaggcatagtgatctgtgcttagaatcaccgtcactgtgtgca
catctctgcttgcccatacagacagagctcaaagaaaagactccaaatgc
taagagggaaagaacagggtaggggagatagaaagactgaaaaccatact
ctgcagtttgacaatgacatctacctactgctagatctgctctggtaagt
ggtaggccaatctcataatgttgtctatagcaggaaacccaccccacata
gtcactgtctttactgtcttacaaactcttcaagtgttttctgatccatg
ttgttcatcattcatggaaacttccattcacttcccacaaagtgcatcat
agcttctctgctctaactgtgtctcatctgccacactactgctatctacc
atacttacactctctcatttcctctgaatgaatgtttagtctacacgggt
ctcatgataatcactacctgtctggaatttaggtttatacaaattccatt
tgaatagaataatgtctctcattccagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_171341126_171342290
seq2: B6Ng01-158D08.b_47_1193 (reverse)

seq1  GTTTATAGCTATGTTCAGCTACTGGAGATGGAATCTAGGTTCTCATGTCT  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||
seq2  GTTTATAGCTATGTTCAGCTACTGGAGATGGAATCTAGGTTTCCAT-TCT  49

seq1  GTGCAGCAAGGACTTCAGCAATAAAGCCAACTTCGGAACCTGCATTTGAA  100
      ||||||||  ||||||||||   ||||||   |||    ||||||||| |
seq2  GTGCAGCA--GACTTCAGCA--TAAGCCA--CTCG---ACTGCATTTG-A  89

seq1  AAAGAAAAATCTTTTAAATTGTTTAGCTGTATTTAGTGTACTTCCTGTGT  150
      ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  AAAGAAAAATCTTT--AAATGTTTAGCTGTATTTAGTGTACT--CTGTGT  135

seq1  GTAAGTGTTTTGTCTTCATGAATGAATGTGAACCACATTCACACGTGTGC  200
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTGTTTTGTC-TCATGAATGAATGTGAACCACATTCACACGTGTGC  184

seq1  CTGGTGCCCTGGGACCGCAAAGAAGGGCATAGGATGCCCTGGAACCAGAA  250
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTGGTGCCCTGGGA-CGCAAAGAAGGGCATAGGATG-CCTGGAACCAGAA  232

seq1  GTTCTGGAGGTTGTAGGACATCATGGACATTCTGGAAACTGAACCCATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGGAGGTTGTAGGACATCATGGACATTCTGGAAACTGAACCCATGT  282

seq1  TCTTTCGCACTATGCTTTTAACCACTGTTTCATCTTCCCAACCCCTGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCGCACTATGCTTTTAACCACTGTTTCATCTTCCCAACCCCTGTTT  332

seq1  GACAACTCTTGTTGTATGGTTGTGCTGTGCATACACATAGAGATTAGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACTCTTGTTGTATGGTTGTGCTGTGCATACACATAGAGATTAGCAC  382

seq1  TTGAGTTTGGTTAGTGACTAGGAGGAGCCTTTAGGAGACTGCCTCCTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTTGGTTAGTGACTAGGAGGAGCCTTTAGGAGACTGCCTCCTTCA  432

seq1  CTGAATTCCTGTAGCCTTGTCTATAGTTATGGTTTCTCTGAGTAGGCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATTCCTGTAGCCTTGTCTATAGTTATGGTTTCTCTGAGTAGGCCCA  482

seq1  AATGGAAGAGAAGTGGATAAGGATGTTAGCATTTACTGATGATCTGTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAAGAGAAGTGGATAAGGATGTTAGCATTTACTGATGATCTGTCAT  532

seq1  AAGCACGGTACCACACCAAGTTCTTTTTATGTATCTGATTAGTCACAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACGGTACCACACCAAGTTCTTTTTATGTATCTGATTAGTCACAGTC  582

seq1  AAGTCAGTTGATAATTGATTGTTTTTCAATATGCAATTCTGATATTACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGTTGATAATTGATTGTTTTTCAATATGCAATTCTGATATTACAT  632

seq1  TTGGCTCAGAAAGTCACTGAGAGATTGAGTGGGCACTACCAGGTTCCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTCAGAAAGTCACTGAGAGATTGAGTGGGCACTACCAGGTTCCTCT  682

seq1  GGTCCTTTAGTCTTGGCCAATTGAACCTGGGAACCAAGGTGTGAGTTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTTTAGTCTTGGCCAATTGAACCTGGGAACCAAGGTGTGAGTTGTT  732

seq1  TAAAAATTACAGGCGCACAAAGGAAAACTCAGTTGGCAATCAGTGGCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATTACAGGCGCACAAAGGAAAACTCAGTTGGCAATCAGTGGCCAC  782

seq1  GCAGGCCAGTGGAGGAAGACGAAATTTGCCTGTATCAACATATCAACAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCCAGTGGAGGAAGACGAAATTTGCCTGTATCAACATATCAACAAA  832

seq1  GAGCAGCTAAGCACAGACTCATGCAGTCGTAGTCCTGACTAGAGCTTTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCTAAGCACAGACTCATGCAGTCGTAGTCCTGACTAGAGCTTTGG  882

seq1  ACCTAAACGTAAATGTGAGAGTTATTGAAGGCAAACAATGTGGGGGGGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAACGTAAATGTGAGAGTTATTGAAGGCAAACAATGTGGGGGGGGG  932

seq1  GGGGCAAGAGACTCCTTCTGAACCTCCCCATTTTACTAAATCTGACTCCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCAAGAGACTCCTTCTGAACCTCCCCATTTTACTAAATCTGACTCCA  982

seq1  TGGATACCCATTAAAAATATATATCCTTGAATGAAATTCAAAAGGGACAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATACCCATTAAAAATATATATCCTTGAATGAAATTCAAAAGGGACAC  1032

seq1  TAGACTTTGAAATGTAGGATGGGGACGTATTAGACTCAGAATCACAGACT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTTTGAAATGTAGGATGGGGACGTATTAGACTCAGAATCACAGACT  1082

seq1  TTTATAGCTGAAAGGAAGCACTGAGACCCTCGAGGCAAGTTTTCACAGTG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGCTGAAAGGAAGCACTGAGACCCTCGAGGCAAGTTTTCACAGTG  1132

seq1  TGTTCTAGGGAATTC  1165
      |||||||||||||||
seq2  TGTTCTAGGGAATTC  1147

seq1: chr1_171210119_171211250
seq2: B6Ng01-158D08.g_68_1195

seq1  GAATTCTGTTACAAAGACAAGTAAATGAATAACAACACAAAGGAAAAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTACAAAGACAAGTAAATGAATAACAACACAAAGGAAAAATA  50

seq1  ATAAGGAGCTATGTGTATATTATATAGGCCTAAAACTATGACAATTAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGAGCTATGTGTATATTATATAGGCCTAAAACTATGACAATTAAAT  100

seq1  GAATATTACAGAGAACATCCCTAAATTTAGAGAAAGACATGGACACTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTACAGAGAACATCCCTAAATTTAGAGAAAGACATGGACACTTAC  150

seq1  AATGAATTCCAAAAAGGGAGATACTATATTTGAAATGTAGATAGCACTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATTCCAAAAAGGGAGATACTATATTTGAAATGTAGATAGCACTCC  200

seq1  TCCTTGTCCACTGGCTGAAGGATGATTTCACTCAGTGCTACCTCTCCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTCCACTGGCTGAAGGATGATTTCACTCAGTGCTACCTCTCCTCT  250

seq1  CTTTCTGTGACATGTGACATAAAAGAAAGAGTACTGACCTGGGAGATAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGTGACATGTGACATAAAAGAAAGAGTACTGACCTGGGAGATAAA  300

seq1  GGAAATGAGACTTAGTCCCAGCTCTGTCACTCACTAGCTGTGTAGTTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGAGACTTAGTCCCAGCTCTGTCACTCACTAGCTGTGTAGTTTCA  350

seq1  AGCAAATTATTGAACTTCTCTGGGGGGTCTCTGTTTTCTCAACTGTGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATTATTGAACTTCTCTGGGGGGTCTCTGTTTTCTCAACTGTGAAA  400

seq1  TGAGAAAGCTGGTCTTCATGTCCTGGGGTTCCTAATAGTTCTAATGCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAGCTGGTCTTCATGTCCTGGGGTTCCTAATAGTTCTAATGCTAT  450

seq1  TCTCTATCCTCTTTCTTTCTTATACTTATATCCTCTTTCTCTCCTCTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATCCTCTTTCTTTCTTATACTTATATCCTCTTTCTCTCCTCTACA  500

seq1  TCTCTATCACACAGGATGGAGGTTGTGGTTCAGTTTAACTAAGTACATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATCACACAGGATGGAGGTTGTGGTTCAGTTTAACTAAGTACATAG  550

seq1  TGGGACTGAAGTCCTTTCCTAATTAGGAGAGGATTGTTCAAAGTGTTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTGAAGTCCTTTCCTAATTAGGAGAGGATTGTTCAAAGTGTTGTT  600

seq1  CAGAGACTAGGCATAGTGATCTGTGCTTAGAATCACCGTCACTGTGTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACTAGGCATAGTGATCTGTGCTTAGAATCACCGTCACTGTGTGCA  650

seq1  CATCTCTGCTTGCCCATACAGACAGAGCTCAAAGAAAAGACTCCAAATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTGCTTGCCCATACAGACAGAGCTCAAAGAAAAGACTCCAAATGC  700

seq1  TAAGAGGGAAAGAACAGGGTAGGGGAGATAGAAAGACTGAAAACCATACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGGGAAAGAACAGGGTAGGGGAGATAGAAAGACTGAAAACCATACT  750

seq1  CTGCAGTTTGACAATGACATCTACCTACTGCTAGATCTGCTCTGGTAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGTTTGACAATGACATCTACCTACTGCTAGATCTGCTCTGGTAAGT  800

seq1  GGTAGGCCAATCTCATAATGTTGTCTATAGCAGGAAACCCACCCCACATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGCCAATCTCATAATGTTGTCTATAGCAGGAAACCCACCCCACATA  850

seq1  GTCACTGTCTTTACTGTCTTACAAACTCTTCAAGTGTTTTCTGATCCATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGTCTTTACTGTCTTACAAACTCTTCAAGTGTTTTCTGATCCATG  900

seq1  TTGTTCATCATTCATGGAAACTTCCATTCACTTCCCACAAAGTGCATCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCATCATTCATGGAAACTTCCATTCACTTCCCACAAAGTGCATCAT  950

seq1  AGCTTCTCTGCTCTAACTGTGTCTCATCTGCCACACTTACTGCTATCTAC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGCTTCTCTGCTCTAACTGTGTCTCATCTGCCACAC-TACTGCTATCTAC  999

seq1  CATACTTAACACTCTCTCATTTCCTCTGAATTGAGTGTTTTAGTCTACAC  1050
      ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||
seq2  CATACTT-ACACTCTCTCATTTCCTCTGAA-TGAATG-TTTAGTCTACAC  1046

seq1  GGTGTCTCATGATAATCACTACCTGTCTGGGAATTTAGGGTTTATCACAA  1100
      || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||
seq2  GG-GTCTCATGATAATCACTACCTGTCT-GGAATTTA-GGTTTAT-ACAA  1092

seq1  ATTCCATTTGAATTAAGATAATGTC-----TTCCAGT  1132
      |||||||||||| ||  ||||||||     |||||||
seq2  ATTCCATTTGAA-TAGAATAATGTCTCTCATTCCAGT  1128