BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-160K15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 171,076,878 - 171,189,590
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePbx1
Downstream geneEG383613, Nuf2, Rgs5, Rgs4, LOC100039960, 1700084C01Rik, Hsd17b7, Ddr2, LOC100040571, Uap1, Uhmk1, Sh2d1b2, EG622708
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-160K15.bB6Ng01-160K15.g
ACCDH953979DH953980
length1,113809
definitionDH953979|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-160K15, 5' end.DH953980|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-160K15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(171,076,878 - 171,077,985)(171,188,782 - 171,189,590)
sequence
gaattctcttgttggtttgatgtgaaatccctaatgatttaggatgttca
gtatctttgctgttttctatgcagatgctttctgtatcaagttcaccttc
aatatctaaagatggctgttctgactacaggtttcatttcttatattctt
tattttgtaacttacacacgcacacacatacacaaaccctgtaaccactg
gccttggctcttctgatgaaaggcccgggtatatcttttcccttctaaca
tttttgctgtgatatgtttgtaaaaggcttatattaaaaacaaaaacaaa
aacctttcttgcttatcatatgatgaaaaagaagggcagtgataaaggca
aagtgtcaaatttaagggaaccagaaatttctggttttgaaaatgcccag
agactctaaatgacaagcatcactacaactaagcaatagctttgaaacta
gtcattgtgacacataaacgtagcatccaggacaactacacagatcctta
tgtgcagtcttgctgctacgaaaacctagccttttagttagtgtttaaat
aatagatttcattataacatatttacatatatgtcatcatactttaatca
tctttgcttctaaatgctccaccttgtctccctccacctcccactgatct
gttttcatgccacaacaggtcctcttctgattttaggatatatatatata
tatatatatatatacacacacataggcacatgcacatatgtgtgtatgta
tgtataatatacataaaagaactatgcaatattttagacataattttatt
tcattttagaaagcagctgtgatgattgctgagtgagaataaaactattt
atggtagcacttttaagaaggtgctcattgctttacattggagacgagga
agggtatgtggcaaattgggaagtatgtacttggtttatatactatggtg
tggatagtagaggtgactatatgtagcacaggaggtttttacaattggat
atattaggtattggctatcagtaaactaggggagctgatattcctagatt
catttggatggatctccgggtattctacatccatgcctcatttaaataat
cggaactaaaatt
gaattcaggggttttatttccactgtccaaacttgaaggctagctaatgt
tttgtttgaggggcaaatggcttagaagtaacaacatcttaattaatatc
actgacagggcccatgtttctatgtagattccaaaaagatgaatttgata
gttgcaacttgattttcaacctggtagaattctttttcatgctagatata
ttgagcatgaaaccgcataataatttttcatttttatgtaatttattgca
cttctgcctctggatgtcgaactgagaggtaaagaagaaatagaggtctg
ctttccaacagtttgcaaattaaagggatgacaaacacacgggacacgat
gaacttgagtccctagatgcaccactcaggtttggaagcatgcaagatgc
acagcagcaaaagcaagtgatgtgtgctgagttcgatataacatacaact
taggtggaggaaaggcaaggtgaactgtcatatcacaagcttctgtactt
gcctccttcttatccttctgcacatcactgcttttctcaagcactgatgt
ttgattttattttctcagctctgtgtagggaccttctggcatctgctcct
atcactgtctagttaactcctgctaccactagacatttgaaattacttcc
cttattcttgtgatcaaataccctacaagaagcaacttatgggagggagg
gtttgttacagcttggagttgaaaaggatcgttccatcaaggtggagaac
atcatggcggcagtgaggaagatgtggtaataagagaagtaggaggcagg
ggaggtgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_171076878_171077985
seq2: B6Ng01-160K15.b_43_1155

seq1  GAATTCTCTTGTTGGTTTGATGTGAAATCCCTAATGATTTAGGATGTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTGTTGGTTTGATGTGAAATCCCTAATGATTTAGGATGTTCA  50

seq1  GTATCTTTGCTGTTTTCTATGCAGATGCTTTCTGTATCAAGTTCACCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTTTGCTGTTTTCTATGCAGATGCTTTCTGTATCAAGTTCACCTTC  100

seq1  AATATCTAAAGATGGCTGTTCTGACTACAGGTTTCATTTCTTATATTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCTAAAGATGGCTGTTCTGACTACAGGTTTCATTTCTTATATTCTT  150

seq1  TATTTTGTAACTTACACACGCACACACATACACAAACCCTGTAACCACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGTAACTTACACACGCACACACATACACAAACCCTGTAACCACTG  200

seq1  GCCTTGGCTCTTCTGATGAAAGGCCCGGGTATATCTTTTCCCTTCTAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGCTCTTCTGATGAAAGGCCCGGGTATATCTTTTCCCTTCTAACA  250

seq1  TTTTTGCTGTGATATGTTTGTAAAAGGCTTATATTAAAAACAAAAACAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCTGTGATATGTTTGTAAAAGGCTTATATTAAAAACAAAAACAAA  300

seq1  AACCTTTCTTGCTTATCATATGATGAAAAAGAAGGGCAGTGATAAAGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTCTTGCTTATCATATGATGAAAAAGAAGGGCAGTGATAAAGGCA  350

seq1  AAGTGTCAAATTTAAGGGAACCAGAAATTTCTGGTTTTGAAAATGCCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTCAAATTTAAGGGAACCAGAAATTTCTGGTTTTGAAAATGCCCAG  400

seq1  AGACTCTAAATGACAAGCATCACTACAACTAAGCAATAGCTTTGAAACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTAAATGACAAGCATCACTACAACTAAGCAATAGCTTTGAAACTA  450

seq1  GTCATTGTGACACATAAACGTAGCATCCAGGACAACTACACAGATCCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTGTGACACATAAACGTAGCATCCAGGACAACTACACAGATCCTTA  500

seq1  TGTGCAGTCTTGCTGCTACGAAAACCTAGCCTTTTAGTTAGTGTTTAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAGTCTTGCTGCTACGAAAACCTAGCCTTTTAGTTAGTGTTTAAAT  550

seq1  AATAGATTTCATTATAACATATTTACATATATGTCATCATACTTTAATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGATTTCATTATAACATATTTACATATATGTCATCATACTTTAATCA  600

seq1  TCTTTGCTTCTAAATGCTCCACCTTGTCTCCCTCCACCTCCCACTGATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGCTTCTAAATGCTCCACCTTGTCTCCCTCCACCTCCCACTGATCT  650

seq1  GTTTTCATGCCACAACAGGTCCTCTTCTGATTTTAGGATATATATATATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCATGCCACAACAGGTCCTCTTCTGATTTTAGGATATATATATATA  700

seq1  TATATATATATATACACACACATAGGCACATGCACATATGTGTGTATGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATACACACACATAGGCACATGCACATATGTGTGTATGTA  750

seq1  TGTATAATATACATAAAAGAACTATGCAATATTTTAGACATAATTTTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAATATACATAAAAGAACTATGCAATATTTTAGACATAATTTTATT  800

seq1  TCATTTTAGAAAGCAGCTGTGATGATTGCTGAGTGAGAATAAAACTATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTAGAAAGCAGCTGTGATGATTGCTGAGTGAGAATAAAACTATTT  850

seq1  ATGGTAGCACTTTTAAGAAGTGGCTCATTGCTTTACATT-GAGACGAGGA  899
      ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATGGTAGCACTTTTAAGAAGGTGCTCATTGCTTTACATTGGAGACGAGGA  900

seq1  AGGGTATGTGGCAAATTGGGAAGTAATGTACTT-GTTTATATACTATGTT  948
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |
seq2  AGGGTATGTGGCAAATTGGGAAGT-ATGTACTTGGTTTATATACTATGGT  949

seq1  GT-GATAGTAAGAGGTGACTATATGTAGCAACAGGA-GTTTTTACAATTG  996
      || |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  GTGGATAGT-AGAGGTGACTATATGTAGC-ACAGGAGGTTTTTACAATTG  997

seq1  GATAATATATAGTTAATTTGCTATCAGTTAAACCTAGTGAGCTGATAAAT  1046
      ||| |||| ||| | ||| |||||||| |||||   | ||||||||  ||
seq2  GAT-ATAT-TAGGT-ATTGGCTATCAG-TAAACTAGGGGAGCTGAT--AT  1041

seq1  CCTTAGATTCATTTGAATTGATTCTCCGGTTATTTCTTACATCCATGCTT  1096
       | |||||||||||| || || ||||||| ||||   ||||||||||| |
seq2  TCCTAGATTCATTTGGATGGA-TCTCCGGGTATT--CTACATCCATGCCT  1088

seq1  CATTT-------------TAAAATT  1108
      |||||             |||||||
seq2  CATTTAAATAATCGGAACTAAAATT  1113

seq1: chr1_171188782_171189590
seq2: B6Ng01-160K15.g_67_875 (reverse)

seq1  TCCACCTCCCCTGCCTCCTACTTCTCTTATTACCACATCTTCCTCACTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTCCCCTGCCTCCTACTTCTCTTATTACCACATCTTCCTCACTGC  50

seq1  CGCCATGATGTTCTCCACCTTGATGGAACGATCCTTTTCAACTCCAAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCATGATGTTCTCCACCTTGATGGAACGATCCTTTTCAACTCCAAGCT  100

seq1  GTAACAAACCCTCCCTCCCATAAGTTGCTTCTTGTAGGGTATTTGATCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACAAACCCTCCCTCCCATAAGTTGCTTCTTGTAGGGTATTTGATCAC  150

seq1  AAGAATAAGGGAAGTAATTTCAAATGTCTAGTGGTAGCAGGAGTTAACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAAGGGAAGTAATTTCAAATGTCTAGTGGTAGCAGGAGTTAACTA  200

seq1  GACAGTGATAGGAGCAGATGCCAGAAGGTCCCTACACAGAGCTGAGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGATAGGAGCAGATGCCAGAAGGTCCCTACACAGAGCTGAGAAAA  250

seq1  TAAAATCAAACATCAGTGCTTGAGAAAAGCAGTGATGTGCAGAAGGATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCAAACATCAGTGCTTGAGAAAAGCAGTGATGTGCAGAAGGATAA  300

seq1  GAAGGAGGCAAGTACAGAAGCTTGTGATATGACAGTTCACCTTGCCTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGGCAAGTACAGAAGCTTGTGATATGACAGTTCACCTTGCCTTTC  350

seq1  CTCCACCTAAGTTGTATGTTATATCGAACTCAGCACACATCACTTGCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACCTAAGTTGTATGTTATATCGAACTCAGCACACATCACTTGCTTT  400

seq1  TGCTGCTGTGCATCTTGCATGCTTCCAAACCTGAGTGGTGCATCTAGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTGTGCATCTTGCATGCTTCCAAACCTGAGTGGTGCATCTAGGGA  450

seq1  CTCAAGTTCATCGTGTCCCGTGTGTTTGTCATCCCTTTAATTTGCAAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTTCATCGTGTCCCGTGTGTTTGTCATCCCTTTAATTTGCAAACT  500

seq1  GTTGGAAAGCAGACCTCTATTTCTTCTTTACCTCTCAGTTCGACATCCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAAAGCAGACCTCTATTTCTTCTTTACCTCTCAGTTCGACATCCAG  550

seq1  AGGCAGAAGTGCAATAAATTACATAAAAATGAAAAATTATTATGCGGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAAGTGCAATAAATTACATAAAAATGAAAAATTATTATGCGGTTT  600

seq1  CATGCTCAATATATCTAGCATGAAAAAGAATTCTACCAGGTTGAAAATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTCAATATATCTAGCATGAAAAAGAATTCTACCAGGTTGAAAATCA  650

seq1  AGTTGCAACTATCAAATTCATCTTTTTGGAATCTACATAGAAACATGGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCAACTATCAAATTCATCTTTTTGGAATCTACATAGAAACATGGGC  700

seq1  CCTGTCAGTGATATTAATTAAGATGTTGTTACTTCTAAGCCATTTGCCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCAGTGATATTAATTAAGATGTTGTTACTTCTAAGCCATTTGCCCC  750

seq1  TCAAACAAAACATTAGCTAGCCTTCAAGTTTGGACAGTGGAAATAAAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAAAACATTAGCTAGCCTTCAAGTTTGGACAGTGGAAATAAAACC  800

seq1  CCTGAATTC  809
      |||||||||
seq2  CCTGAATTC  809