BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161B11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 77,481,138 - 77,602,052
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEpha4, LOC100039330
Upstream geneLOC100039137, Tfdp1-ps
Downstream genePax3, LOC100039210, Sgpp2, LOC100039382, Farsb, Mogat1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161B11.bB6Ng01-161B11.g
ACCDH954299DH954300
length1,0401,120
definitionDH954299|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161B11, 5' end.DH954300|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161B11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,601,007 - 77,602,052)(77,481,138 - 77,482,281)
sequence
gaattcaaccccagctggtcttcctgattgtccccagagattcaactcca
gatttggatgtcagagctgcaggaccttagcattcagcagttgaagatca
catctgtctgagggacgggctaacagtgattgtccatcgaagctgaaagc
atgcgttcatgggctggatttcatctacacagtgaagagtgggtttctca
ttgactcagtcaggaaagaaatggttgctagggctgatgaggaccagatc
agctaaactccaaatcagctcaagtaatccagtttctctggggactaacc
tctgcaaccacctagacgctctccccctgtagtgttcactcctgtgtgtc
ttcttctgtcctggaaagtaactgatttaatctggaagacagcaattcaa
gctcattgcagttaggatatttcctacaagagagatgttggattagtgta
atggatggacaattataacattaatagcaaacaatagacaagaaaaagtg
aagcacttcaaatatgctcttctacatttattacaaagcatttccagtgt
actgtatactagagacctctgtaacatgaattcatttggtcttactcctt
tagatagattggtcctctgtcttagagtaaacagattaaaatgaacacag
taggactctaaatgttgctttctagtaaactcgcttgtccatgctagggt
aactgttagcttgtctataccaagttcagtgggtaaagagttcttgggag
gaaagtggagagctgagagtggtagttcaaaataaagtggacaactgttt
ggctctcaatatactgtgtaggaaacgttttgtatgaatggtgggggctg
tgaagctacccaatgggactagagaccacattagcatggaccaaggttta
atgatcaagctagaaagagttcactgtttttcctacccagtttgtttctc
aaaaatagttagtaaagcacagtgatacatacccttatcccacactaggg
aagcaaaggcaggtagatttttgtgaccagcctgggctac
gaattccaatctagtgacatgacaaaaggtgtatatcatatccgaatgta
aaaagtgtgaaaatcaattgaattatttatcaatgacattcaataaaggt
aagcagtatattctgggtaatgtcatttctccggaatacatcactgccct
atgagcttgtattaattactagagttttttttatcctaactgcagtgatc
agttagatttgctgaagaaagatgaaaaccaagagtcctccctcttatcc
ctttaagagagagcaattggacagaatccatgtaattttagatggttttt
ccctttcttggcaatggactaaacctgtaagtttacatttggcagataaa
ataaatgctggatgtcaaagttagtctttgatctgataaataaacccaca
gaaaattcagcctcaattacacttcaaatttattaacattcagtattgta
gcaagagggtaacacatgcaggttatgtgccatgcccttgaatatgctac
aaaagccaagcagacgcctgcctacaaataaacacaaccacactgacatc
tccccgctttcccttcctcattcacccatctgtgtatcgcagtgattgct
cgggagttcttggactctgtgtactgcagctttaatcacctcagtagatg
caaagacaagtaagagtcagataccccagaagagagtagactcagtctac
agtgcaggctcatcactggacaagaatgtccagctgaaagggaaagagat
ctaactgggagcctatttctcagaagggtgcagagtcacagcagcccgga
agtggtggtagatcagtaagagctgatgggtactgaatgattgctatctc
aggcagaccgcagttactccacacactgacttaggttctctccacactag
tctgatggagtctctgctgttcccctatgagtaaactaagcacagggaaa
atctctgacttgcctgactctgccagcttataaatgagtgcactactctc
tagtatactgtgggtcctggagtgacataaacgtatgagaaatttaggga
cattaggatgcatcaatacttgagaaggaggagaggagcagcactctcaa
accctggtggaaaaaggcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_77601007_77602052
seq2: B6Ng01-161B11.b_50_1089 (reverse)

seq1  GTAGCCCAGGCTGGTCACAAAAATCTACCTGCCTTTGCCTCCCTAGTGCT  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  GTAGCCCAGGCTGGTCACAAAAATCTACCTGCCTTTGCTTCCCTAGTG-T  49

seq1  GGGATTAAAGGTATGTATCACTGTGGCCTTTACTAAACTATTTTTTGAGA  100
      |||| ||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||
seq2  GGGA-TAAGGGTATGTATCACTGTG--CTTTACT-AACTA-TTTTTGAGA  94

seq1  AACAAAACTGGTAGGAAAAACAGTGAACTCTTTCTAGCTTGATCATTAAA  150
      ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACTGGGTAGGAAAAACAGTGAACTCTTTCTAGCTTGATCATTAAA  144

seq1  CCTTGGTCCATGCTAATGTGGTCTCTAGTCCCATTGGGTAGCTTCACAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGTCCATGCTAATGTGGTCTCTAGTCCCATTGGGTAGCTTCACAGC  194

seq1  CCCCACCATTCATACAAAACCTTTCCTACACAGTATATTGAGAGCCAAAC  250
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCATTCATACAAAACGTTTCCTACACAGTATATTGAGAGCCAAAC  244

seq1  AGTTGTCCACTTTATTTTGAACTACCACTCTCAGCTCTCCACTTTCCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTCCACTTTATTTTGAACTACCACTCTCAGCTCTCCACTTTCCTCC  294

seq1  CAAGAACTCTTTACCCACTGAACTTGGTATAGACAAGCTAACAGTTACCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAACTCTTTACCCACTGAACTTGGTATAGACAAGCTAACAGTTACCC  344

seq1  TAGCATGGACAAGCGAGTTTACTAGAAAGCAACATTTAGAGTCCTACTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATGGACAAGCGAGTTTACTAGAAAGCAACATTTAGAGTCCTACTGT  394

seq1  GTTCATTTTAATCTGTTTACTCTAAGACAGAGGACCAATCTATCTAAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTTTAATCTGTTTACTCTAAGACAGAGGACCAATCTATCTAAAGG  444

seq1  AGTAAGACCAAATGAATTCATGTTACAGAGGTCTCTAGTATACAGTACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGACCAAATGAATTCATGTTACAGAGGTCTCTAGTATACAGTACAC  494

seq1  TGGAAATGCTTTGTAATAAATGTAGAAGAGCATATTTGAAGTGCTTCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATGCTTTGTAATAAATGTAGAAGAGCATATTTGAAGTGCTTCACT  544

seq1  TTTTCTTGTCTATTGTTTGCTATTAATGTTATAATTGTCCATCCATTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTGTCTATTGTTTGCTATTAATGTTATAATTGTCCATCCATTACA  594

seq1  CTAATCCAACATCTCTCTTGTAGGAAATATCCTAACTGCAATGAGCTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCCAACATCTCTCTTGTAGGAAATATCCTAACTGCAATGAGCTTGA  644

seq1  ATTGCTGTCTTCCAGATTAAATCAGTTACTTTCCAGGACAGAAGAAGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTGTCTTCCAGATTAAATCAGTTACTTTCCAGGACAGAAGAAGACA  694

seq1  CACAGGAGTGAACACTACAGGGGGAGAGCGTCTAGGTGGTTGCAGAGGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGAGTGAACACTACAGGGGGAGAGCGTCTAGGTGGTTGCAGAGGTT  744

seq1  AGTCCCCAGAGAAACTGGATTACTTGAGCTGATTTGGAGTTTAGCTGATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCCAGAGAAACTGGATTACTTGAGCTGATTTGGAGTTTAGCTGATC  794

seq1  TGGTCCTCATCAGCCCTAGCAACCATTTCTTTCCTGACTGAGTCAATGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCTCATCAGCCCTAGCAACCATTTCTTTCCTGACTGAGTCAATGAG  844

seq1  AAACCCACTCTTCACTGTGTAGATGAAATCCAGCCCATGAACGCATGCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCACTCTTCACTGTGTAGATGAAATCCAGCCCATGAACGCATGCTT  894

seq1  TCAGCTTCGATGGACAATCACTGTTAGCCCGTCCCTCAGACAGATGTGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTTCGATGGACAATCACTGTTAGCCCGTCCCTCAGACAGATGTGAT  944

seq1  CTTCAACTGCTGAATGCTAAGGTCCTGCAGCTCTGACATCCAAATCTGGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAACTGCTGAATGCTAAGGTCCTGCAGCTCTGACATCCAAATCTGGA  994

seq1  GTTGAATCTCTGGGGACAATCAGGAAGACCAGCTGGGGTTGAATTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAATCTCTGGGGACAATCAGGAAGACCAGCTGGGGTTGAATTC  1040

seq1: chr1_77481138_77482281
seq2: B6Ng01-161B11.g_69_1188

seq1  GAATTCCAATCTAGTGACATGACAAAAGGTGTATATCATATCCGAATGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATCTAGTGACATGACAAAAGGTGTATATCATATCCGAATGTA  50

seq1  AAAAGTGTGAAAATCAATTGAATTATTTATCAATGACATTCAATAAAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGTGAAAATCAATTGAATTATTTATCAATGACATTCAATAAAGGT  100

seq1  AAGCAGTATATTCTGGGTAATGTCATTTCTCCGGAATACATCACTGCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTATATTCTGGGTAATGTCATTTCTCCGGAATACATCACTGCCCT  150

seq1  ATGAGCTTGTATTAATTACTAGAGTTTTTTTTATCCTAACTGCAGTGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTTGTATTAATTACTAGAGTTTTTTTTATCCTAACTGCAGTGATC  200

seq1  AGTTAGATTTGCTGAAGAAAGATGAAAACCAAGAGTCCTCCCTCTTATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGATTTGCTGAAGAAAGATGAAAACCAAGAGTCCTCCCTCTTATCC  250

seq1  CTTTAAGAGAGAGCAATTGGACAGAATCCATGTAATTTTAGATGGTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGAGAGAGCAATTGGACAGAATCCATGTAATTTTAGATGGTTTTT  300

seq1  CCCTTTCTTGGCAATGGACTAAACCTGTAAGTTTACATTTGGCAGATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCTTGGCAATGGACTAAACCTGTAAGTTTACATTTGGCAGATAAA  350

seq1  ATAAATGCTGGATGTCAAAGTTAGTCTTTGATCTGATAAATAAACCCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGCTGGATGTCAAAGTTAGTCTTTGATCTGATAAATAAACCCACA  400

seq1  GAAAATTCAGCCTCAATTACACTTCAAATTTATTAACATTCAGTATTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTCAGCCTCAATTACACTTCAAATTTATTAACATTCAGTATTGTA  450

seq1  GCAAGAGGGTAACACATGCAGGTTATGTGCCATGCCCTTGAATATGCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAGGGTAACACATGCAGGTTATGTGCCATGCCCTTGAATATGCTAC  500

seq1  AAAAGCCAAGCAGACGCCTGCCTACAAATAAACACAACCACACTGACATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCAAGCAGACGCCTGCCTACAAATAAACACAACCACACTGACATC  550

seq1  TCCCCGCTTTCCCTTCCTCATTCACCCATCTGTGTATCGCAGTGATTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCGCTTTCCCTTCCTCATTCACCCATCTGTGTATCGCAGTGATTGCT  600

seq1  CGGGAGTTCTTGGACTCTGTGTACTGCAGCTTTAATCACCCCAGTAGATG  650
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CGGGAGTTCTTGGACTCTGTGTACTGCAGCTTTAATCACCTCAGTAGATG  650

seq1  CAAAGACAAGTAAGAGTCAGATACCCCAGAAGAGAGTAGACTCAGTCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGACAAGTAAGAGTCAGATACCCCAGAAGAGAGTAGACTCAGTCTAC  700

seq1  AGTGCAGGCTCATCACTGGACAAGAATGTCCAGCTGAAGGGGAAAGAGAT  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGTGCAGGCTCATCACTGGACAAGAATGTCCAGCTGAAAGGGAAAGAGAT  750

seq1  CTAACTGGGAGCCTAATTTCTCAGAAGGGTGCAGAGTCACAGCAGCCCGG  800
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGGGAGCCT-ATTTCTCAGAAGGGTGCAGAGTCACAGCAGCCCGG  799

seq1  AAGTGGTGGTAGATCAGTAAGAGCTGATGGGTACTGAATGATTGCTATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGTGGTAGATCAGTAAGAGCTGATGGGTACTGAATGATTGCTATCT  849

seq1  CAGGCAGACCGCAGTTACTCCACACACTGACTTAGGTTCTCTCCACACTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGACCGCAGTTACTCCACACACTGACTTAGGTTCTCTCCACACTA  899

seq1  GTCTGATGGAGTCTCTGCTGTTCCCCTATGAGTAAACTAAGCACAGGGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGATGGAGTCTCTGCTGTTCCCCTATGAGTAAACTAAGCACAGGGAA  949

seq1  ATTCTCTGACTTGCCTGAACTCTGCCAGCTAATAAATGGAGTGCACTTAC  1000
      | ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||| |||
seq2  AATCTCTGACTTGCCTG-ACTCTGCCAGCTTATAAAT-GAGTGCAC-TAC  996

seq1  TCTCTAAGTAATACTGTGGGTCCTGAGAAGTGACATAAAACGTTATGAGG  1050
      ||||| ||| ||||||||||||||  | |||||||| ||||| ||||| |
seq2  TCTCT-AGT-ATACTGTGGGTCCT--GGAGTGACAT-AAACG-TATGA-G  1039

seq1  AAATTTAGGTGACATTAAGGAATGCAATCAAAATACTTTGAAGAAGGAGG  1100
      ||||||||| |||||||  | |||| |||  |||||||   |||||||||
seq2  AAATTTAGG-GACATTA--GGATGC-ATC--AATACTT--GAGAAGGAGG  1081

seq1  AAGGAGGGAGCAGCACTCTACAACCCTGGTAGGAGAAAAGGCAT  1144
      |  || |||||||||||||  ||||||||| ||| |||||||||
seq2  A--GA-GGAGCAGCACTCTCAAACCCTGGT-GGA-AAAAGGCAT  1120