BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161C11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 77,324,798 - 77,496,922
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEpha4
Upstream geneLOC100039137, Tfdp1-ps
Downstream geneLOC100039330, Pax3, LOC100039210, Sgpp2, LOC100039382, Farsb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161C11.bB6Ng01-161C11.g
ACCDH954347DH954348
length1,174656
definitionDH954347|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161C11, 5' end.DH954348|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161C11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,324,798 - 77,325,973)(77,496,271 - 77,496,922)
sequence
gaattcctttattttattttattttatccttacattaagaatttgactaa
agatatggtggcacttgcctttgatcccagcactggggaggcagaggcag
gcagatctctgatcttcatagccagggataagtagagagagaccctgtct
caaaagaaaaaaaaaacctgatagcagctggactataggaaagactagag
taaccctaggactgaactctctacaagaatagccacgtaacagcaggatc
tttaaaaacatgagtagagaacagaaatgttcctagtgcagttcagagtt
ggtctaggatcctagcctggcacagctgtgcaaggtacatagaagagagc
gcattgaccatccctctaatataaacagcaatgcctccagctggagacag
aaatggagatgttctaactagatacttgtgtctcttactatctgactatt
aagaaaattgttctgaaggaattgtaattccccctagagttccatggtgg
gagaagggaaactctggatcctcatgccaaccagagagagaggaaccttg
tctccaagaagagattgtgtgcagttctgacaacatgacagactcctttc
aggattgtctagacctaagacaatggtctcaaaggaccacaccttgacca
ggactgcttagttatccatacctcttgttctatatttgaagtgaagctca
tttcaggatgctgaagatagacatggtagagagaggactgggacctcttt
gttcctcttcctaatgggggaacatcaaataaatctcccttttctgcttt
tctctgtgacttgtttaacatgccaggcttgttagggctgctaagagtcc
aggctctgacactaaccacttccagtgccccaaagcaaccagaaggcaag
tcccactcagaaggtcatactacaagggaattagcaatggatagtgtacc
ttccaggacagctacacccagggataatgtacagaactccataaacaacc
agggggcctaaaacatagagaactaggctgcaatttaggctctaccacaa
tcaggagaggccttaaaggcatgaaagtctgtgtaataccattccattcc
caataaggaacctggacacccacctatgccattttttccttggctaggtt
ttgccaaccttccactggaatatt
gaattccttgggcttggtcatcatggatgagcttgcccttctgcagcccc
tcctggaaggcagtgtcagtgcgcacacctccagagtcgcttctttcctc
agccaccacagtggagaatggatgagggcgagccattacctctgggagac
tcccgcagtggtgtgggagaaaagcttaggccttaaccttttgtatcctt
aatatctctgccagaacgtggcatgcagcgcatgacgttagcacggacct
agcataataaactgattcaaaactatctcgagaggttgcgggttgggtgg
gatttctctctttgactttagctggatatgtaattatgggcaataactca
actcttctcacctggtgttcatgtgtgtacattggtgatactcagccata
tgccattaagtatgatctgtacatatgagcattatgtgtggagcgcttat
caccagtcatcacaggaaaatacttattagcacgcgcatgtgcacgccta
ggcactgtgcgtacagtgctcaaggaaaccagagagcactgaatcccttg
gagctagagttacagggtgtttataaaactgtccaccatgggtgtaggga
acccttggaagagcagctaactagagaagtctctgtctagctccaatggg
tagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_77324798_77325973
seq2: B6Ng01-161C11.b_47_1220

seq1  GAATTCCTTTATTTTATTTTATTTTAT-TTTACATTAAGAATTTGACTAA  49
      |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTATTTTATTTTATTTTATCCTTACATTAAGAATTTGACTAA  50

seq1  AGATATGGTGGCACTTGCCTTTGATCCCAGCACTGGGGAGGCAGAGGCAG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGGTGGCACTTGCCTTTGATCCCAGCACTGGGGAGGCAGAGGCAG  100

seq1  GCAGATCTCTGATCTTCATAGCCAGGGATAAGTAGAGAGAGACCCTGTCT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATCTCTGATCTTCATAGCCAGGGATAAGTAGAGAGAGACCCTGTCT  150

seq1  CAAAAGAAAAAAAAAACCTGATAGCAGCTGGACTATAGGAAAGACTAGAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAAAAAAAAAACCTGATAGCAGCTGGACTATAGGAAAGACTAGAG  200

seq1  TAACCCTAGGACTGAACTCTCTACAAGAATAGCCACGTAACAGCAGGATC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCTAGGACTGAACTCTCTACAAGAATAGCCACGTAACAGCAGGATC  250

seq1  TTTAAAAACATGAGTAGAGAACAGAAATGTTCCTAGTGCAGTTCAGAGTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAACATGAGTAGAGAACAGAAATGTTCCTAGTGCAGTTCAGAGTT  300

seq1  GGTCTAGGATCCTAGCCTGGCACAGCTGTGCAAGGTACATAGAAGAGAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTAGGATCCTAGCCTGGCACAGCTGTGCAAGGTACATAGAAGAGAGC  350

seq1  GCATTGACCATCCCTCTAATATAAACAGCAATGCCTCCAGCTGGAGACAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGACCATCCCTCTAATATAAACAGCAATGCCTCCAGCTGGAGACAG  400

seq1  AAATGGAGATGTTCTAACTAGATACTTGTGTCTCTTACTATCTGACTATT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGAGATGTTCTAACTAGATACTTGTGTCTCTTACTATCTGACTATT  450

seq1  AAGAAAATTGTTCTGAAGGAATTGTAATTCCCCCTAGAGTTCCATGGTGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATTGTTCTGAAGGAATTGTAATTCCCCCTAGAGTTCCATGGTGG  500

seq1  GAGAAGGGAAACTCTGGATCCTCATGCCAACCAGAGAGAGAGGAACCTTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGGAAACTCTGGATCCTCATGCCAACCAGAGAGAGAGGAACCTTG  550

seq1  TCTCCAAGAAGAGATTGTGTGCAGTTCTGACAACATGACAGACTCCTTTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAGAAGAGATTGTGTGCAGTTCTGACAACATGACAGACTCCTTTC  600

seq1  AGGATTGTCTAGACCTAAGACAATGGTCTCAAAGGACCACACCTTGACCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTGTCTAGACCTAAGACAATGGTCTCAAAGGACCACACCTTGACCA  650

seq1  GGACTGCTTAGTTATCCATACCTCTTGTTCTATATTTGAAGTGAAGCTCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGCTTAGTTATCCATACCTCTTGTTCTATATTTGAAGTGAAGCTCA  700

seq1  TTTCAGGATGCTGAAGATAGACATGGTAGAGAGAGGACT-GGACCTCTTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTCAGGATGCTGAAGATAGACATGGTAGAGAGAGGACTGGGACCTCTTT  750

seq1  GTTCCTCTTCCTAATGGGGGAACATCAAATAAATCTCCCTTTTCTGCTTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCTTCCTAATGGGGGAACATCAAATAAATCTCCCTTTTCTGCTTT  800

seq1  TCTCTGTGACTTGTTTAACATGCCAGGCTTGTTAGGGCTGCT-AGAGTCC  847
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCTCTGTGACTTGTTTAACATGCCAGGCTTGTTAGGGCTGCTAAGAGTCC  850

seq1  AGGCTCTGACACTAACCAC-TCCAGTGCCCCAAGGCAACCAG-AGGCAAG  895
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  AGGCTCTGACACTAACCACTTCCAGTGCCCCAAAGCAACCAGAAGGCAAG  900

seq1  TCCCACCTCAG-AGGTCATACTACAA-GGAATTAGCAATGGATAGTGTAC  943
      ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCA-CTCAGAAGGTCATACTACAAGGGAATTAGCAATGGATAGTGTAC  949

seq1  CTTCCAGGACAGCTACACCCAGGATTAATGTACAG-ACTCCATAAACAAA  992
      |||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||
seq2  CTTCCAGGACAGCTACACCCAGGGATAATGTACAGAACTCCATAAAC-AA  998

seq1  CCAGGGGGTCTTAGAAACATTAGAGGAACTAGGCTGCAGATTTAGGCTCC  1042
      |||||||| ||   ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| |
seq2  CCAGGGGGCCT--AAAACA-TAGA-GAACTAGGCTGCA-ATTTAGGCT-C  1042

seq1  TACCACAATCAGGAGAGGTCTTAAAGGCCATGAAAAGTCAGTGTAATACA  1092
      |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||| 
seq2  TACCACAATCAGGAGAGGCCTTAAAGG-CATG-AAAGTCTGTGTAATACC  1090

seq1  TTCCCATTCCCAAATAAGAA-CTGGACA-CCACCTATGCTATTTTTTCCT  1140
       | ||||||||||  | ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  ATTCCATTCCCAATAAGGAACCTGGACACCCACCTATGCCATTTTTTCCT  1140

seq1  T-GCTAGTTTTTACACAAACCTTCTCAACTGAATATT  1176
      | ||||| ||||   | ||||||| ||   |||||||
seq2  TGGCTAGGTTTT--GCCAACCTTC-CACTGGAATATT  1174

seq1: chr1_77496271_77496922
seq2: B6Ng01-161C11.g_72_727 (reverse)

seq1  TTTCTA-CCATTGGAGCTAGACAGAGACTTCGCTAGTTAGCTGCTCTTCC  49
      |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACCCATTGGAGCTAGACAGAGACTTCTCTAGTTAGCTGCTCTTCC  50

seq1  AA-GGTTCCCTACACCCATGGTGGACAG-TTTAT-AACTACCTGTAACTC  96
      || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||
seq2  AAGGGTTCCCTACACCCATGGTGGACAGTTTTATAAACACCCTGTAACTC  100

seq1  TAGCTCCAAGGGATTCAGTGCTCTCTGGTTTCCTTGAGCACTGTACGCAC  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCCAAGGGATTCAGTGCTCTCTGGTTTCCTTGAGCACTGTACGCAC  150

seq1  AGTGCCTAGGCGTGCACATGCGCGTGCTAATAAGTATTTTCCTGTGATGA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCTAGGCGTGCACATGCGCGTGCTAATAAGTATTTTCCTGTGATGA  200

seq1  CTGGTGATAAGCGCTCCACACATAATGCTCATATGTACAGATCATACTTA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGATAAGCGCTCCACACATAATGCTCATATGTACAGATCATACTTA  250

seq1  ATGGCATATGGCTGAGTATCACCAATGTACACACATGAACACCAGGTGAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCATATGGCTGAGTATCACCAATGTACACACATGAACACCAGGTGAG  300

seq1  AAGAGTTGAGTTATTGCCCATAATTACATATCCAGCTAAAGTCAAAGAGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTGAGTTATTGCCCATAATTACATATCCAGCTAAAGTCAAAGAGA  350

seq1  GAAATCCCACCCAACCCGCAACCTCTCGAGATAGTTTTGAATCAGTTTAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCCCACCCAACCCGCAACCTCTCGAGATAGTTTTGAATCAGTTTAT  400

seq1  TATGCTAGGTCCGTGCTAACGTCATGCGCTGCATGCCACGTTCTGGCAGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTAGGTCCGTGCTAACGTCATGCGCTGCATGCCACGTTCTGGCAGA  450

seq1  GATATTAAGGATACAAAAGGTTAAGGCCTAAGCTTTTCTCCCACACCACT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTAAGGATACAAAAGGTTAAGGCCTAAGCTTTTCTCCCACACCACT  500

seq1  GCGGGAGTCTCCCAGAGGTAATGGCTCGCCCTCATCCATTCTCCACTGTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGAGTCTCCCAGAGGTAATGGCTCGCCCTCATCCATTCTCCACTGTG  550

seq1  GTGGCTGAGGAAAGAAGCGACTCTGGAGGTGTGCGCACTGACACTGCCTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGAGGAAAGAAGCGACTCTGGAGGTGTGCGCACTGACACTGCCTT  600

seq1  CCAGGAGGGGCTGCAGAAGGGCAAGCTCATCCATGATGACCAAGCCCAAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGGGGCTGCAGAAGGGCAAGCTCATCCATGATGACCAAGCCCAAG  650

seq1  GAATTC  652
      ||||||
seq2  GAATTC  656