BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161D07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 57,057,618 - 57,208,671
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG329160
Upstream geneHsfy2, Satb2, 9130024F11Rik, LOC100042869
Downstream geneLOC383509, 1700066M21Rik, 1110034B05Rik, 9430016H08Rik, LOC667339, 2810022L02Rik, Kctd18, Sgol2, Aox1, Aox3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161D07.bB6Ng01-161D07.g
ACCDH954387DH954388
length8631,062
definitionDH954387|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161D07, 5' end.DH954388|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161D07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,057,618 - 57,058,479)(57,207,609 - 57,208,671)
sequence
gaattcagaagagctcttggctggaaatctcagccaggtatatacacaca
cactcacacacacttgttcatcacacatgcacatgtacacacacacacat
gcttcttcatatacatacacaaacacacatacatatgtgcacacacacac
acacacactatccctccctactttgctacctgattattacctgagaattt
gggggtcagaagcaggaggatcatgaatcaccacctagcttgagatacat
aacaaattccaggacagcctgaacacagagaccctatttcatctttgttt
tctaaaagacaagttgcattcatgtagccgttagctgatagagttaaatt
catttagcaacaatccctctccaggctgggaaatctgtggaagccttaga
gttaccacgctcagtctgagggcagggagtggagaattgccagccatctt
gcatgccctcactgacacagtggaaccctcctcgaagaaacagagcaagg
cagtcttcattgacttagcactcactctcaacttaaagtgacacagaaga
actttgcatttaattaccctcctaaacttcaagtccatagctctttactc
gaggcctgacaggtacagagagctgagagctgggcttggaagagcactgc
acatacaaggagacccatcttatactattaacactcagcgcctccttatc
tgcggtgctagaaaaattctacgattcgagagtggtcatacttgctttgt
gggtaagagtcatgctacagttgtgttttaaaagatttttaaagctaccc
ttctatgaacaggtccattgatgggtacatgggaaccagagaagaagtgt
ggggggggggagc
gaattcccttactcagcctgtccttggagactatctgctcattgtaacca
tgttctccttcctgcctccaaggttgatcatcaccgtgtttgtgaggtaa
tcagtgacattcattcctccgccaatcatttatttcctgtttcatctatt
cgactgtaaactcctgcctggctgaatcttagggatttgtggattttttt
tttttttggtttgtttgttcttcagtataaatgagataaagagagtttac
ttctcctggtttcctcatcctgctccatgagcaaggaatagatattctct
taatgggtcttagtaacatgccctttgtagaggcacaaatgaaatgctta
tgtaatttctgaaggctgctttgcaagaaccaggtaggcttggttccaat
tcttagaaggtgagatgttggctgatctcaatttgctgcagatcctcatg
ggacattagtgctgagctacaggtatagtcaggactgctacttacttgcc
tgtacggctagtaacaaaaatctgttcccttctcacaaacctactttcat
aagaaccttgttaaaagccagaagagaggagtacagtttttctctcctgc
aacacacatgctataacccagccatgtgtaatctaactatgattctgcca
aggaaagggacacccagtttctactgactccacctgtctgtactgatggt
tcttgacctgtgttcagtgggtgcttttgcctgagcccagactactccct
gaagattaaatgataaatagaagatgtttggatagactggtagacatgac
agacagacagatacgtgcacacatgaatgtatgcactcacagggggcagg
gccaagttcttttgggaaattaagccttttaggggagagaaaaatgttcc
agttcttcagcagccttctggacactttttggtgtttcttggctgttgca
gagtatcgcccacaaatgttatcatttcacttaaactggtttactgtagg
tcttgttatttggattctaagctacttgcttctgaatgtggtcaaaatcc
ttcttgatttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_57057618_57058479
seq2: B6Ng01-161D07.b_46_908

seq1  GAATTCAGAAGAGCTCTTGGCTGGAAATCTCAGCCAGGTATATACACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAGAGCTCTTGGCTGGAAATCTCAGCCAGGTATATACACACA  50

seq1  CACTCACACACACTTGTTCATCACACATGCACATGTACACACACACACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACACACACTTGTTCATCACACATGCACATGTACACACACACACAT  100

seq1  GCTTCTTCATATACATACACAAACACACATACATATGTGCACACACACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTCATATACATACACAAACACACATACATATGTGCACACACACAC  150

seq1  ACACACACTATCCCTCCCTACTTTGCTACCTGATTATTACCTGAGAATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACTATCCCTCCCTACTTTGCTACCTGATTATTACCTGAGAATTT  200

seq1  GGGGGTCAGAAGCAGGAGGATCATGAATCACCACCTAGCTTGAGATACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTCAGAAGCAGGAGGATCATGAATCACCACCTAGCTTGAGATACAT  250

seq1  AACAAATTCCAGGACAGCCTGAACACAGAGACCCTATTTCATCTTTGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATTCCAGGACAGCCTGAACACAGAGACCCTATTTCATCTTTGTTT  300

seq1  TCTAAAAGACAAGTTGCATTCATGTAGCCGTTAGCTGATAGAGTTAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAAGACAAGTTGCATTCATGTAGCCGTTAGCTGATAGAGTTAAATT  350

seq1  CATTTAGCAACAATCCCTCTCCAGGCTGGGAAATCTGTGGAAGCCTTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAGCAACAATCCCTCTCCAGGCTGGGAAATCTGTGGAAGCCTTAGA  400

seq1  GTTACCACGCTCAGTCTGAGGGCAGGGAGTGGAGAATTGCCAGCCATCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACCACGCTCAGTCTGAGGGCAGGGAGTGGAGAATTGCCAGCCATCTT  450

seq1  GCATGCCCTCACTGACACAGTGGAACCCTCCTCGAAGAAACAGAGCAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCCCTCACTGACACAGTGGAACCCTCCTCGAAGAAACAGAGCAAGG  500

seq1  CAGTCTTCATTGACTTAGCACTCACTCTCAACTTAAAGTGACACAGAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTTCATTGACTTAGCACTCACTCTCAACTTAAAGTGACACAGAAGA  550

seq1  ACTTTGCATTTAATTACCCTCCTAAACTTCAAGTCCATAGCTCTTTACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGCATTTAATTACCCTCCTAAACTTCAAGTCCATAGCTCTTTACTC  600

seq1  GAGGCCTGACAGGTACAGAGAGCTGAGAGCTGGGCTTGGAAGAGCACTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTGACAGGTACAGAGAGCTGAGAGCTGGGCTTGGAAGAGCACTGC  650

seq1  ACATACAAGGAGACCCATCTTATACTATTAACACTCAGCGCCTCCTTATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAAGGAGACCCATCTTATACTATTAACACTCAGCGCCTCCTTATC  700

seq1  TGCGGTGCTAGAAAAATTCTACGATTCGAGAGTGGTCATACTTGCTTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGTGCTAGAAAAATTCTACGATTCGAGAGTGGTCATACTTGCTTTGT  750

seq1  GGGTAAGAGTCATGCTACAGTTGTGTTTTAAAAGATTTTTAAAGCTACCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAGAGTCATGCTACAGTTGTGTTTTAAAAGATTTTTAAAGCTACCC  800

seq1  TTCTATGAACAGGTCCATTGATGGGTACATGGGAACCAGAG-AGAAGTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTCTATGAACAGGTCCATTGATGGGTACATGGGAACCAGAGAAGAAGTGT  850

seq1  GGGGGGGGGGAGC  862
      |||||||||||||
seq2  GGGGGGGGGGAGC  863

seq1: chr1_57207609_57208671
seq2: B6Ng01-161D07.g_68_1129 (reverse)

seq1  ACAAAACTCAAGAAGGATTTTGACCACAATCAGAAAGCAAGTAGCTTATG  50
      |||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |
seq2  ACAAA--TCAAGAAGGATTTTGACCACATTCAG-AAGCAAGTAGCTTA-G  46

seq1  AATCAAAATAACAAGACCTTACAGTAAACCAGTTTAAGTGAAATGATAAC  100
      |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAAATAACAAGACC-TACAGTAAACCAGTTTAAGTGAAATGATAAC  95

seq1  ATTTGTTGGGCGGATACTCTGCAACAGCCAAGAGACAC--AAAAGTGTCC  148
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||
seq2  ATTTG-TGGGC-GATACTCTGCAACAGCCAAGAAACACCAAAAAGTGTCC  143

seq1  AG-AGGCTGCTGAAGAACTTGAACATTTTTCTCTCCCCTAAAAGGCTT-A  196
      || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGAAGGCTGCTGAAGAACTGGAACATTTTTCTCTCCCCTAAAAGGCTTAA  193

seq1  TTTCCC-AAAGAACTCGACCCCTGCCCCCTGTGAGTGCATACATTCATGT  245
      |||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAAAAGAACTTG-GCCCTGCCCCCTGTGAGTGCATACATTCATGT  242

seq1  GTGCACGTATCTGTCTGTCTGTCATGTCTACCAGTCTATCCAAACATCTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACGTATCTGTCTGTCTGTCATGTCTACCAGTCTATCCAAACATCTT  292

seq1  CTATTTATCATTTAATCTTCAGGGAGTAGTCTGGGCTCAGGC-AAAGCAC  344
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTATTTATCATTTAATCTTCAGGGAGTAGTCTGGGCTCAGGCAAAAGCAC  342

seq1  CCACTGAACACAGGTCAAGAACCATCAGTACAGACAGGTGGAGTCAGTAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGAACACAGGTCAAGAACCATCAGTACAGACAGGTGGAGTCAGTAG  392

seq1  AAACTGGGTGTCCCTTTCCTTGGCAGAATCATAGTTAGATTACACATGGC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGGTGTCCCTTTCCTTGGCAGAATCATAGTTAGATTACACATGGC  442

seq1  TGGGTTATAGCATGTGTGTTGCAGGAGAG-AAAACTGTACTCCTCTCTTC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTATAGCATGTGTGTTGCAGGAGAGAAAAACTGTACTCCTCTCTTC  492

seq1  TGGCTTTTAACAAGGTTCTTATGAAAGTAGGTTTGTGAGAAGGGAACAGA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTTAACAAGGTTCTTATGAAAGTAGGTTTGTGAGAAGGGAACAGA  542

seq1  TTTTTGTTACTAGCCGTACAGGCAAGTAAGTAGCAGTCCTGACTATACCT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTACTAGCCGTACAGGCAAGTAAGTAGCAGTCCTGACTATACCT  592

seq1  GTAGCTCAGCACTAATGTCCCATGAGGATCTGCAGCAAATTGAGATCAGC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTCAGCACTAATGTCCCATGAGGATCTGCAGCAAATTGAGATCAGC  642

seq1  CAACATCTCACCTTCTAAGAATTGGAACCAAGCCTACCTGGTTCTTGCAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATCTCACCTTCTAAGAATTGGAACCAAGCCTACCTGGTTCTTGCAA  692

seq1  AGCAGCCTTCAGAAATTACATAAGCATTTCATTTGTGCCTCTACAAAGGG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCTTCAGAAATTACATAAGCATTTCATTTGTGCCTCTACAAAGGG  742

seq1  CATGTTACTAAGACCCATTAAGAGAATATCTATTCCTTGCTCATGGAGCA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTACTAAGACCCATTAAGAGAATATCTATTCCTTGCTCATGGAGCA  792

seq1  GGATGAGGAAACCAGGAGAAGTAAACTCTCTTTATCTCATTTATACTGAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGGAAACCAGGAGAAGTAAACTCTCTTTATCTCATTTATACTGAA  842

seq1  GAACAAACAAACCAAAAAAAAAAAAAATCCACAAATCCCTAAGATTCAGC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAACAAACCAAAAAAAAAAAAAATCCACAAATCCCTAAGATTCAGC  892

seq1  CAGGCAGGAGTTTACAGTCGAATAGATGAAACAGGAAATAAATGATTGGC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGGAGTTTACAGTCGAATAGATGAAACAGGAAATAAATGATTGGC  942

seq1  GGAGGAATGAATGTCACTGATTACCTCACAAACACGGTGATGATCAACCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAATGAATGTCACTGATTACCTCACAAACACGGTGATGATCAACCT  992

seq1  TGGAGGCAGGAAGGAGAACATGGTTACAATGAGCAGATAGTCTCCAAGGA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGCAGGAAGGAGAACATGGTTACAATGAGCAGATAGTCTCCAAGGA  1042

seq1  CAGGCTGAGTAAGGGAATTC  1063
      ||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGAGTAAGGGAATTC  1062