BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162C07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 77,433,622 - 77,601,475
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEpha4, LOC100039330
Upstream geneLOC100039137, Tfdp1-ps
Downstream genePax3, LOC100039210, Sgpp2, LOC100039382, Farsb, Mogat1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162C07.bB6Ng01-162C07.g
ACCDH955056DH955057
length1,1851,146
definitionDH955056|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162C07, 5' end.DH955057|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162C07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,433,622 - 77,434,809)(77,600,318 - 77,601,475)
sequence
gaattcaggttctcaaagcctgaatggcaagcaccttgcccactaagcca
cctgcccagtgcctccctctcaaagtccttaattcctaattgtcttcata
gaaggatgctacacttgctctatttgttctcacgatgccaaaaggcagtt
attagagagagacaaggacatggcttaaccatgagctcatgtcagacctt
gaacttttgacaggatggcatctgtatctggttcatcctaacgtcttagg
ttgctgccctagagtcctacctgagtgacaagcagtgagaacatgcactg
aactgaaacccaattctgatggggtaaagtacgggtatctcactttgatt
tccaccttaatcaacaaattacattattatgctatttagtatataatatg
aaggctttcccctgcaaatcttggaaatcaagcattcttgaacataaagg
gactgatggcacagatgataaaacagttaaaggtcacttgcaagattttg
ttcttactcttttaccaaactggttatgacccatcttccctgacctgtcc
atacaatgacctcccattattacagtattagctatttgcaaccccaaagt
aaaaagaaatacttgtttcagatggggaggaaaagatgtagcatacttga
agctgaaggatgccttttatcctatggtttaggcatcaaagccttactcc
agacatagctccccaaatccataagccacacgctaagcataaaactctgg
ggtaggggaagaactgaactgaacatcaggggcatcttcaagggcttgtt
caaaaatggatatgagattctccaaatcagagcacttttcaaaaaagaaa
ggggggagggacagtttccttctgaccttggaagctagtaaggatgatgt
tattttaatttgcattctgattttaacaacacagtcacacagcaccggtt
gggaccggcgctcggtttccactgaagattgctcatcatttcatatggct
cattatgttgataactgccaggcagcattagaagtgagggctttgagtaa
tagaactgaaatgggtggattttaaacaatacacctttctaaaggaatat
agccagcacgctaaattcatttcggaaaggaatgaatggctgcagaagac
aagttcgattattcttgctctggagctcggccatt
gaattcatttggtcttactcctttagatagattggtcctctgtcttagag
taaacagattaaaatgaacacagtaggactctaaatgttgctttctagta
aactcgcttgtccatgctagggtaactgttagcttgtctataccaagttc
agtgggtaaagagttcttgggaggaaagtggagagctgagagtggtagtt
caaaataaagtggacaactgtttggctctcaatatactgtgtaggaaagg
ttttgtatgaatggtgggggctgtgaagctacccaatgggactagagacc
acattagcatggaccaaggtttaatgatcaagctagaaagagttcactgt
ttttcctaccagttttgtttctcaaaaaatagtttagtaaaggccacagt
gatacatacctttaatcccagcactagggaggcaaaggcaggtagatttt
tgtgaccagcctgggctacagagtgagttcaggatagccagggctacaca
gagaaaccccatcttgaataacaataacaaaaattaaattaaagtactca
atgatataaaacacaaaatggactaaagcaggcagtccataaaatcaata
atatttcatatttgaaggaattagtctcaaaagtaccactttgcctttca
ccagctttaagaacacagttgctgttctttgttcctttcttgatggtcct
tgtgggaatccataggtgctcctctggggaagagagataggtgcaattcc
ctacccctgggaacgcatctctctatgtgtgataacacttccatctccag
tcacagtcaatgccaacgatgtcctcccctcctgtcctcattctgtagta
ggcatttgccttcccactttctcctcaatagataaggacacagtgttctc
cgctgcatgatacattccccaagttacctaccaatccttccactgcagca
ctggtctctgttcctagaaagccctccacacaagctctcttcagagctca
caagatgcagctgcacaatggctttcagtccaaatctcttgtacattgaa
aaaggctttagtctgctcctctgtcttctgtcaagctgaatcttctactt
gcctaccaccaattctctttcattagagacctcctgggtgacctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_77433622_77434809
seq2: B6Ng01-162C07.b_47_1231

seq1  GAATTCAGGTTCTCAAAGCCTGAATGGCAAGCACCTTGCCCACTAAGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTTCTCAAAGCCTGAATGGCAAGCACCTTGCCCACTAAGCCA  50

seq1  CCTGCCCAGTGCCTCCCTCTCAAAGTCCTTAATTCCTAATTGTCTTCATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCAGTGCCTCCCTCTCAAAGTCCTTAATTCCTAATTGTCTTCATA  100

seq1  GAAGGATGCTACACTTGCTCTATTTGTTCTCACGATGCCAAAAGGCAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGATGCTACACTTGCTCTATTTGTTCTCACGATGCCAAAAGGCAGTT  150

seq1  ATTAGAGAGAGACAAGGACATGGCTTAACCATGAGCTCATGTCAGACCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAGAGAGACAAGGACATGGCTTAACCATGAGCTCATGTCAGACCTT  200

seq1  GAACTTTTGACAGGATGGCATCTGTATCTGGTTCATCCTAACGTCTTAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTTTGACAGGATGGCATCTGTATCTGGTTCATCCTAACGTCTTAGG  250

seq1  TTGCTGCCCTAGAGTCCTACCTGAGTGACAAGCAGTGAGAACATGCACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCCCTAGAGTCCTACCTGAGTGACAAGCAGTGAGAACATGCACTG  300

seq1  AACTGAAACCCAATTCTGATGGGGTAAAGTACGGGTATCTCACTTTGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAACCCAATTCTGATGGGGTAAAGTACGGGTATCTCACTTTGATT  350

seq1  TCCACCTTAATCAACAAATTACATTATTATGCTATTTAGTATATAATATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTTAATCAACAAATTACATTATTATGCTATTTAGTATATAATATG  400

seq1  AAGGCTTTCCCCTGCAAATCTTGGAAATCAAGCATTCTTGAACATAAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTTTCCCCTGCAAATCTTGGAAATCAAGCATTCTTGAACATAAAGG  450

seq1  GACTGATGGCACAGATGATAAAACAGTTAAAGGTCACTTGCAAGATTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGATGGCACAGATGATAAAACAGTTAAAGGTCACTTGCAAGATTTTG  500

seq1  TTCTTACTCTTTTACCAAACTGGTTATGACCCATCTTCCCTGACCTGTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTACTCTTTTACCAAACTGGTTATGACCCATCTTCCCTGACCTGTCC  550

seq1  ATACAATGACCTCCCATTATTACAGTATTAGCTATTTGCAACCCCAAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATGACCTCCCATTATTACAGTATTAGCTATTTGCAACCCCAAAGT  600

seq1  AAAAAGAAATACTTGTTTCAGATGGGGAGGAAAAGATGTAGCATACTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAATACTTGTTTCAGATGGGGAGGAAAAGATGTAGCATACTTGA  650

seq1  AGCTGAAGGATGCCTTTTATCCTATGGTTTAGGCATCAAAGCCTTACTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAAGGATGCCTTTTATCCTATGGTTTAGGCATCAAAGCCTTACTCC  700

seq1  AGACATAGCTCCCCAAATCCATAAGCCACACGCTAAGCATAAAACTCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATAGCTCCCCAAATCCATAAGCCACACGCTAAGCATAAAACTCTGG  750

seq1  GGTAGGGGAAGAACTGAACTGAACATCAGGGGCATCTTCAAGGGCTTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGGGAAGAACTGAACTGAACATCAGGGGCATCTTCAAGGGCTTGTT  800

seq1  CAAAAAATGGATATGAGATTCTCCAAATCAGAGCACTTTTCAAAAAAAGA  850
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  C-AAAAATGGATATGAGATTCTCCAAATCAGAGCACTTTTC-AAAAAAGA  848

seq1  AAGGGGGGAGGGACAGTTTCCTTCTGACCTTGGAAGCTAGTAAGGATGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGGGAGGGACAGTTTCCTTCTGACCTTGGAAGCTAGTAAGGATGAT  898

seq1  GTTATTTTAATTTGCATTCTGATTTTAACAACACAGTCACACAGCACCGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTTAATTTGCATTCTGATTTTAACAACACAGTCACACAGCACCGG  948

seq1  -TGGGACCGGCGCTCGGTTTCCACTGAAGATTGCTCATCATTTCATTATG  999
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTGGGACCGGCGCTCGGTTTCCACTGAAGATTGCTCATCATTTCA-TATG  997

seq1  GCTCATTATGTTGATAACTGCCAGGCAGCATTAGAAGTGAGGGCTTTGAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATTATGTTGATAACTGCCAGGCAGCATTAGAAGTGAGGGCTTTGAG  1047

seq1  TAATAGAACTGAAAT-GGTGATTTTAAAACAATACA-CTTTCTAGAGGAA  1097
      ||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||| ||||||| ||| |
seq2  TAATAGAACTGAAATGGGTGGATTTTAAACAATACACCTTTCTAAAGG-A  1096

seq1  ATACAG-CAGCACGCTAAATTCAATTACAGAAGAGGAATGAATGCATGCA  1146
      ||| || ||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||  ||||
seq2  ATATAGCCAGCACGCTAAATTC-ATTTCGGAA-AGGAATGAATGGCTGCA  1144

seq1  G-AGACGAAGTCAGTATCATCCCTTGCT-TGGAGCTCGGCCATT  1188
      | |||| ||||  | || ||  |||||| |||||||||||||||
seq2  GAAGAC-AAGTTCG-ATTAT-TCTTGCTCTGGAGCTCGGCCATT  1185

seq1: chr1_77600318_77601475
seq2: B6Ng01-162C07.g_68_1213 (reverse)

seq1  TGAGGTCA-CCAGGAGGTTCTTCTAATGAAAAGGAGAATTTGTGTGTAGG  49
      |||||||| |||||||||   ||||||||||  ||||||| ||| |||||
seq2  TGAGGTCACCCAGGAGGT--CTCTAATGAAA--GAGAATTGGTG-GTAGG  45

seq1  CAAGTAG-AGATCAAGTTTG-CAGAAGGACAGAGGGAGCAGACTAAAGCC  97
      ||||||| ||||  || ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  CAAGTAGAAGATTCAGCTTGACAGAA-GACAGA-GGAGCAGACTAAAGCC  93

seq1  TTTGTCAATGTAACAGAGGAATTTGGACTGAAAGCCA-TGTGCAGCTGCA  146
      ||| ||||||||  ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTTTCAATGTACAAGAG--ATTTGGACTGAAAGCCATTGTGCAGCTGCA  141

seq1  TTCTTGTGGAGCTCTGGAAGAGAGCCTTGTGTGGAGGGCTATCTAGGAAC  196
       |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  -TCTTGT-GAGCTCT-GAAGAGAG-CTTGTGTGGAGGGCTTTCTAGGAAC  187

seq1  AAGAGACCAGTGCTGCAGTGGAAGGATTGGTAGGTAACTTGGGGAATGTA  246
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AGAGACCAGTGCTGCAGTGGAAGGATTGGTAGGTAACTTGGGGAATGTA  236

seq1  TTCATGCAGCGGAGAACACTGTGTCCTTATCTATTGAGGAGAAAGTGGGA  296
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TCATGCAGCGGAGAACACTGTGTCCTTATCTATTGAGGAGAAAGTGGGA  285

seq1  AGGCAAATGCCTACTAACAGAATGAGGACAGGAGGGGAGGACATCGTTGG  346
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAATGCCTACT-ACAGAATGAGGACAGGAGGGGAGGACATCGTTGG  334

seq1  CATTGACTGTGACTGGAGATGGAAGTGTTATCACACATAGAGAGATGCGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGACTGTGACTGGAGATGGAAGTGTTATCACACATAGAGAGATGCGT  384

seq1  TCCCAGGGGTAGGGAATTGCACCTATCTCTCTTCCCCAGAGGAGCACCTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGGGTAGGGAATTGCACCTATCTCTCTTCCCCAGAGGAGCACCTA  434

seq1  TGGATTCCCACAAGGACCATCAAGAAAGGAACAAAGAACAGCAACTGTGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCCCACAAGGACCATCAAGAAAGGAACAAAGAACAGCAACTGTGT  484

seq1  TCTTAAAGCTGGTGAAAGGCAAAGTGGTACTTTTGAGACTAATTCCTTCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAGCTGGTGAAAGGCAAAGTGGTACTTTTGAGACTAATTCCTTCA  534

seq1  AATATGAAATATTATTGATTTTATGGACTGCCTGCTTTAGTCCATTTTGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGAAATATTATTGATTTTATGGACTGCCTGCTTTAGTCCATTTTGT  584

seq1  GTTTTATATCATTGAGTACTTTAATTTAATTTTTGTTATTGTTATTCAAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATATCATTGAGTACTTTAATTTAATTTTTGTTATTGTTATTCAAG  634

seq1  ATGGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTATCCTGAACTCACTCTGTAGCCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTATCCTGAACTCACTCTGTAGCCC  684

seq1  AGGCTGGTCACAAAAATCTACCTGCCTTTGCCTCCCTAGTGCTGGGATTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGTCACAAAAATCTACCTGCCTTTGCCTCCCTAGTGCTGGGATTA  734

seq1  AAGGTATGTATCACTGTGGCCTTTACTAAACTATTTTTTGAGAAACAAAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTATGTATCACTGTGGCCTTTACTAAACTATTTTTTGAGAAACAAAA  784

seq1  CTGGTAGGAAAAACAGTGAACTCTTTCTAGCTTGATCATTAAACCTTGGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAGGAAAAACAGTGAACTCTTTCTAGCTTGATCATTAAACCTTGGT  834

seq1  CCATGCTAATGTGGTCTCTAGTCCCATTGGGTAGCTTCACAGCCCCCACC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTAATGTGGTCTCTAGTCCCATTGGGTAGCTTCACAGCCCCCACC  884

seq1  ATTCATACAAAACCTTTCCTACACAGTATATTGAGAGCCAAACAGTTGTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATACAAAACCTTTCCTACACAGTATATTGAGAGCCAAACAGTTGTC  934

seq1  CACTTTATTTTGAACTACCACTCTCAGCTCTCCACTTTCCTCCCAAGAAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTATTTTGAACTACCACTCTCAGCTCTCCACTTTCCTCCCAAGAAC  984

seq1  TCTTTACCCACTGAACTTGGTATAGACAAGCTAACAGTTACCCTAGCATG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTACCCACTGAACTTGGTATAGACAAGCTAACAGTTACCCTAGCATG  1034

seq1  GACAAGCGAGTTTACTAGAAAGCAACATTTAGAGTCCTACTGTGTTCATT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGCGAGTTTACTAGAAAGCAACATTTAGAGTCCTACTGTGTTCATT  1084

seq1  TTAATCTGTTTACTCTAAGACAGAGGACCAATCTATCTAAAGGAGTAAGA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTGTTTACTCTAAGACAGAGGACCAATCTATCTAAAGGAGTAAGA  1134

seq1  CCAAATGAATTC  1158
      ||||||||||||
seq2  CCAAATGAATTC  1146