BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162I07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 196,592,673 - 196,765,542
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlxna2, Cd34
Upstream geneLOC667208, EG623172
Downstream geneCd46, Crry, Cr2, EG635956, LOC623380
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162I07.bB6Ng01-162I07.g
ACCDH955338DH955339
length1,0921,154
definitionDH955338|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162I07, 5' end.DH955339|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162I07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(196,764,446 - 196,765,542)(196,592,673 - 196,593,822)
sequence
gaattctttatgtccaagtcctgggaacaatgggtgcctggacccttctc
tggaccactctgggtccttgcttcctcaattaaggagagttacagaactt
ttccttccttctgtctgcattctagcctcaactttgagctttgcacctcc
agccacgcagaggagctggcgtcccccagcactacctgagtaagctcact
tctgcgtgctggagcgcaggattcccaggtgaggttagtggccggcgtct
tccctcctcccggcccatagcctggtcccttggccctcagctgttaatac
tcacgcagcagactcatcaggcagagagctacccagcgccatggcagcag
gagccccgcgcgcgtgtccctgtggacctgcattctcctgtaccgctccg
gagatgcgctcggtgcaggaggcggcccggcgcgggacgcgctcctccgc
cctgcgcaggggtgggggatattggctctcctcccctgctccctgtccgg
agtgggtgggggatgctggcttatcccctccctgttgcgtcttggtgagg
ccagcccctctcgtagttcctacttcacttttaaccgtgtgtcatcttgg
ctgcctctcggcagggtcaaatttctcctttctgatttctttattttcaa
gttttaagtgtggcaggaagccactgtgtacgcctgagtttacaggagta
tgatcttttcagctaagcaggaaacaacacaattccaagacacctttaga
gatagtcacggtggaatctgtgctgcatgttaaaattgagcaggacacaa
acaggacactaatagccttttcacagtccagaccatctgctatcctacca
tctctctttatactcattttccagcaaaatcaacagaatttgtattaact
ttcctgtgatcatccatatttccttagctagttgggtcatagcaattgtc
aataccataaaagataaatagatactccatagtacatggtttttctccaa
tgttcccttttcaacctagatttaaagttcctgattcatggaggcttttc
ttgccctccctcagacaaaaagattccttgatcttacctgcc
gaattcacttggatctctgaattctcagtactaataagaaaagaataagc
cctgagctcagaacacataaagctacactttatggcttgttcctctaggg
cctccaaattagttagaaaaaaaatcaaaactaaatgcttgcagaatgat
catgtaatctatcaggaactagtttgtcctctctgggaaaatacattctt
catctacgttggtatgaataggttggactcactctcttcttgctaccatg
cctcctacttcagccacttagactttctttaagcacaagctgactctgtt
accagacccacacaatttctagggtgccaactgagattcctgtcttctca
ggacccaacatcagcagcacacgaagcttgagaccagtacccatagtaag
ctgggaaagtcactacatctttttgagcttcattcagttttaaacttaca
atgaagaaatgagcccatatctctcatttgtgagggacagctcaagagca
ctgttagagttcaaagaaaagttagtaggtgtgtacataactgtggagca
cctctttcaaacctccccacaaccaactattatctccataataaatatag
gtaaacaagatttggagaggctaaatactttgtaacactgctaacaagta
gagaagtcacaattaaagcacagatctgattcagtccaggagcaaaaacc
tttaactcattattttctgctgtgcctctggatgactgcctaaggcaccc
tattcactctccatgttttgctcttgcaggggtggtgaccccaatgttgt
ctgtggttgggggcagatctgttgcacctacaaacagaagctatgtgatg
agcttctgcagtcctatctatgatggtcccctctctttgcagtacatctc
tacaagtgtgcagcccagcgggaaagctgtggtctctgcctcaaggctga
ccacaagttcgagtgtggctggtgcagtggtgagcgcagatgtaccctcc
accagcactgccccagcactttctagccctggccttgactgttcaagcca
caattgtcaagtgttccaacccctaaattaccaagagtaggttctcagct
tcaaaaagaaaagggaacagccatggaacatagcaaaaaaatatatttat
gaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_196764446_196765542
seq2: B6Ng01-162I07.b_42_1133 (reverse)

seq1  GGCAGGGTAAGAATCTAAGAAATC-TTTTGTCTGAAGGGAGGGCAAGAAA  49
      |||| |||||| ||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  GGCA-GGTAAG-ATC-AAGGAATCTTTTTGTCTG-AGGGAGGGCAAGAAA  46

seq1  AGCTCCCATAGAATCAGGAAACTTAAATCTAGGATTGAAAAGGGAACATT  99
      |||  |||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGCCTCCAT-GAATCAGGAACTTTAAATCTAGG-TTGAAAAGGGAACATT  94

seq1  GGAGAAAAACCATGTACTATGGAGTATCTATATTATC-TCTATGGTATTG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||
seq2  GGAGAAAAACCATGTACTATGGAGTATCTAT-TTATCTTTTATGGTATTG  143

seq1  ACAATTGCTATGACCCAACTAGCTAAGGAAATATGGATGATCACAGGAAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTGCTATGACCCAACTAGCTAAGGAAATATGGATGATCACAGGAAA  193

seq1  GTTAATACAAATTCTGTTGATTTTGCTGGAAAATGAGTATAAAAGAGAGA  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTTAATACAAATTCTGTTGATTTTGCTGGAAAATGAGTAT-AAAGAGAGA  242

seq1  TGGTAGGATAGCAGATGGTCTGGACTGTGAAAAGGCTATTAGTGTCCTGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGGATAGCAGATGGTCTGGACTGTGAAAAGGCTATTAGTGTCCTGT  292

seq1  TTGTGTCCTGCTCAATTTTAACATGCAGCACAGATTCCACCGTGACTATC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTCCTGCTCAATTTTAACATGCAGCACAGATTCCACCGTGACTATC  342

seq1  TCTAAAGGTGTCTTGGAATTGTGTTGTTTCCTGCTTAGCTG-AAAGATCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTAAAGGTGTCTTGGAATTGTGTTGTTTCCTGCTTAGCTGAAAAGATCA  392

seq1  TACTCCTGTAAACTCAGGCGTACACAGTGGCTTCCTGCCACACTTAAAAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCTGTAAACTCAGGCGTACACAGTGGCTTCCTGCCACACTTAAAAC  442

seq1  TTGAAAATAAAGAAATCAGAAAGGAGAAATTTGACCCTGCCGAGAGGCAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATAAAGAAATCAGAAAGGAGAAATTTGACCCTGCCGAGAGGCAG  492

seq1  CCAAGATGACACACGGTTAAAAGTGAAGTAGGAACTACGAGAGGGGCTGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGATGACACACGGTTAAAAGTGAAGTAGGAACTACGAGAGGGGCTGG  542

seq1  CCTCACCAAGACGCAACAGGGAGGGGATAAGCCAGCATCCCCCACCCACT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACCAAGACGCAACAGGGAGGGGATAAGCCAGCATCCCCCACCCACT  592

seq1  CCGGACAGGGAGCAGGGGAGGAGAGCCAATATCCCCCACCCCTGCGCAGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGACAGGGAGCAGGGGAGGAGAGCCAATATCCCCCACCCCTGCGCAGG  642

seq1  GCGGAGGAGCGCGTCCCGCGCCGGGCCGCCTCCTGCACCGAGCGCATCTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGAGGAGCGCGTCCCGCGCCGGGCCGCCTCCTGCACCGAGCGCATCTC  692

seq1  CGGAGCGGTACAGGAGAATGCAGGTCCACAGGGACACGCGCGCGGGGCTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGCGGTACAGGAGAATGCAGGTCCACAGGGACACGCGCGCGGGGCTC  742

seq1  CTGCTGCCATGGCGCTGGGTAGCTCTCTGCCTGATGAGTCTGCTGCGTGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCCATGGCGCTGGGTAGCTCTCTGCCTGATGAGTCTGCTGCGTGA  792

seq1  GTATTAACAGCTGAGGGCCAAGGGACCAGGCTATGGGCCGGGAGGAGGGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAACAGCTGAGGGCCAAGGGACCAGGCTATGGGCCGGGAGGAGGGA  842

seq1  AGACGCCGGCCACTAACCTCACCTGGGAATCCTGCGCTCCAGCACGCAGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGCCGGCCACTAACCTCACCTGGGAATCCTGCGCTCCAGCACGCAGA  892

seq1  AGTGAGCTTACTCAGGTAGTGCTGGGGGACGCCAGCTCCTCTGCGTGGCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGCTTACTCAGGTAGTGCTGGGGGACGCCAGCTCCTCTGCGTGGCT  942

seq1  GGAGGTGCAAAGCTCAAAGTTGAGGCTAGAATGCAGACAGAAGGAAGGAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGCAAAGCTCAAAGTTGAGGCTAGAATGCAGACAGAAGGAAGGAA  992

seq1  AAGTTCTGTAACTCTCCTTAATTGAGGAAGCAAGGACCCAGAGTGGTCCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCTGTAACTCTCCTTAATTGAGGAAGCAAGGACCCAGAGTGGTCCA  1042

seq1  GAGAAGGGTCCAGGCACCCATTGTTCCCAGGACTTGGACATAAAGAATTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGGTCCAGGCACCCATTGTTCCCAGGACTTGGACATAAAGAATTC  1092

seq1: chr1_196592673_196593822
seq2: B6Ng01-162I07.g_67_1220

seq1  GAATTCACTTGGATCTCTGAATTCTCAGTACTAATAAGAAAAGAATAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGGATCTCTGAATTCTCAGTACTAATAAGAAAAGAATAAGC  50

seq1  CCTGAGCTCAGAACACATAAAGCTACACTTTATGGCTTGTTCCTCTAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGCTCAGAACACATAAAGCTACACTTTATGGCTTGTTCCTCTAGGG  100

seq1  CCTCCAAATTAGTTAGAAAAAAAATCAAAACTAAATGCTTGCAGAATGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAAATTAGTTAGAAAAAAAATCAAAACTAAATGCTTGCAGAATGAT  150

seq1  CATGTAATCTATCAGGAACTAGTTTGTCCTCTCTGGGAAAATACATTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAATCTATCAGGAACTAGTTTGTCCTCTCTGGGAAAATACATTCTT  200

seq1  CATCTACGTTGGTATGAATAGGTTGGACTCACTCTCTTCTTGCTACCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTACGTTGGTATGAATAGGTTGGACTCACTCTCTTCTTGCTACCATG  250

seq1  CCTCCTACTTCAGCCACTTAGACTTTCTTTAAGCACAAGCTGACTCTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTACTTCAGCCACTTAGACTTTCTTTAAGCACAAGCTGACTCTGTT  300

seq1  ACCAGACCCACACAATTTCTAGGGTGCCAACTGAGATTCCTGTCTTCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGACCCACACAATTTCTAGGGTGCCAACTGAGATTCCTGTCTTCTCA  350

seq1  GGACCCAACATCAGCAGCACACGAAGCTTGAGACCAGTACCCATAGTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCAACATCAGCAGCACACGAAGCTTGAGACCAGTACCCATAGTAAG  400

seq1  CTGGGAAAGTCACTACATCTTTTTGAGCTTCATTCAGTTTTAAACTTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAAAGTCACTACATCTTTTTGAGCTTCATTCAGTTTTAAACTTACA  450

seq1  ATGAAGAAATGAGCCCATATCTCTCATTTGTGAGGGACAGCTCAAGAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAATGAGCCCATATCTCTCATTTGTGAGGGACAGCTCAAGAGCA  500

seq1  CTGTTAGAGTTCAAAGAAAAGTTAGTAGGTGTGTACATAACTGTGGAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAGAGTTCAAAGAAAAGTTAGTAGGTGTGTACATAACTGTGGAGCA  550

seq1  CCTCTTTCAAACCTCCCCACAACCAACTATTATCTCCATAATAAATATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTCAAACCTCCCCACAACCAACTATTATCTCCATAATAAATATAG  600

seq1  GTAAACAAGATTTGGAGAGGCTAAATACTTTGTAACACTGCTAACAAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACAAGATTTGGAGAGGCTAAATACTTTGTAACACTGCTAACAAGTA  650

seq1  GAGAAGTCACAATTAAAGCACAGATCTGATTCAGTCCAGGAGCAAAAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGTCACAATTAAAGCACAGATCTGATTCAGTCCAGGAGCAAAAACC  700

seq1  TTTAACTCATTATTTTCTGCTGTGCCTCTGGATGACTGCCTAAGGCACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTCATTATTTTCTGCTGTGCCTCTGGATGACTGCCTAAGGCACCC  750

seq1  TATTCACTCTCCATGTTTTGCTCTTGCAGGGGTGGTGACCCCAATGTTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCACTCTCCATGTTTTGCTCTTGCAGGGGTGGTGACCCCAATGTTGT  800

seq1  CTGTGGTTGGGGGCAGATCTGTTGCACCTACAAACAGAAGCTATGTGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTTGGGGGCAGATCTGTTGCACCTACAAACAGAAGCTATGTGATG  850

seq1  AGCTTCTGCAGTCCTATCTATGATGGTCCCCTCTCTTTGCAGTACATCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTGCAGTCCTATCTATGATGGTCCCCTCTCTTTGCAGTACATCTC  900

seq1  TACAAGTGTGCAGCCCAGCGGGAAAGCTGTGGTCTCTGCCTCAAGGCTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGTGTGCAGCCCAGCGGGAAAGCTGTGGTCTCTGCCTCAAGGCTGA  950

seq1  CCACAAGTTCGAGTGTGGCTGGTGCAGTGGTGAGCGCAGATGTACCCTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGTTCGAGTGTGGCTGGTGCAGTGGTGAGCGCAGATGTACCCTCC  1000

seq1  ACCAGCACTGCCCCAGCAC-TTCTAGCCCCTGGCTTGACTGGTCCAGCCA  1049
      ||||||||||||||||||| |||||||||  | |||||||| || |||||
seq2  ACCAGCACTGCCCCAGCACTTTCTAGCCCTGGCCTTGACTGTTCAAGCCA  1050

seq1  CAA-TGTCAAGTGTTCCAACCCCCAAATCACAGAG-GTAAGTCTCCAGCT  1097
      ||| ||||||||||||||||||| |||| ||  || ||| ||   |||||
seq2  CAATTGTCAAGTGTTCCAACCCCTAAATTACCAAGAGTAGGTTCTCAGCT  1100

seq1  TCCAAAAGAAAAGGGAACAGCCA-GGGACATAGCAAAGAAATATATTTAT  1146
      || |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||
seq2  TCAAAAAGAAAAGGGAACAGCCATGGAACATAGCAAAAAAATATATTTAT  1150

seq1  GAAT  1150
      ||||
seq2  GAAT  1154