BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162O20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 177,853,239 - 177,988,123
singlet/doubletdoublet
Overlap genePld5, B020018G12Rik
Upstream geneRgs7, Fh1, Kmo, Opn3, Chml, Wdr64, Exo1, Gm104
Downstream geneCep170, Sdccag8, LOC666235, Akt3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162O20.bB6Ng01-162O20.g
ACCDH955640DH955641
length1,1321,079
definitionDH955640|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162O20, 5' end.DH955641|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162O20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(177,986,984 - 177,988,123)(177,853,239 - 177,854,337)
sequence
gaattcctcccattctctgtattaactgcccaagaggaagaaaacaaaag
gattgctaggtatctgggaggtgtgtgacagggagctcaggccagaacag
cccttcaatgaaaggaaggaggacaccaagagctatgggagagcaggggg
cacgacaggtgctcaactttctcatcatttcctgacctggatttaatatg
tgtccattttccttcataacacaaacacacatgttctcattctccatgta
ctctcctctcctccccttcacatctatctatctatctatctatctatcta
tctatctatctatctatctatctatctctatctttatctctcataccctt
ggtctcaatttccttcatgtcttgcgaacattttctatttcaaacttttg
agtttccctggctcagtgaagagttggggactccatggttatgcaccgag
ttttctgctgggtgtggacaatcaatactattcatgaagaatttaatttt
agagcttgagcaatcctcatgatggtatatgataattttatcatgtgatt
ataacatgtatgctgtgatctctcagtggcttttgaagaaacagcatcta
tacatggttctacagaaactagctaaatgtttccagatattataagccag
aactctcacttcctgaatgagatttacaccctaataaggaagattgggtt
catcaaagaataaaatgactatgaaggatggttacagaaaacagtctgtg
aattgtatcctgagtattctgaacttgtgagctaatatccacttatcaag
gagtgcatatcatgtgtgttcttttgtgactgggttacctcactcaggat
gatattttctagttccatccatttgcctaagaacttcatgaattcatcgt
ttttaatagttgagtagtactccagacactattgtggatcctaacaagtg
cttgctgacaggaacctgatatagctgtctcctgggaatctctgccagtg
cctgacaatgcagagtggatgctcacagccatcatacgactgagcagggt
ttccattggaggagctaagaaaggacccagagctgaagggttgccgcccc
catgtaggactacattatgactaaccagtacc
tctttttaagacagggactcactaagttgttccaattgacctaggtagag
ctcactatgtagcccaagtctggaagttccagatactcctgccttagcat
ttcctaaaagattacaggccggcgcctgctgcgaactcaagagacattcc
attctcttttagcgcttcatcagctggcggttgtacacgccttgctaggc
gtttggggaagaattcacgtttataactgctcatctttaggcaaaggcat
cctataaggataaaatcacatccatatttggaaaaagtccttatttcagc
agccagagagtctctgctctcacccttaccctcgtttcctttgctcctca
gttcctctgataacccacaggctttcctaaggagattatttactcttctg
cttctccctgttttacatagggttactatttgctgtggtgaaacaccata
gagtgacaaaaagcaagttgaggaggaaaggctattttttggcttatatg
tccacattactgttcatcactgaaggaagtcagggctggaacctggaggc
aggagctgctgtcaaagccattgaggggtgctgctcaccagcttgcctct
tgtggcttgctcagtcagcttatagaactcatgacctccaggtcaagggt
ggcacacccttaatgggttcactaactaaaaataccctacagagctgtcc
atagccccatcttttcgaggaattttctcagttaaggctctttcctctct
gattttagattgtgtcaagttaaactagccagcaccttcaacatttatat
gtcgtattccacttgggtagagataatttttatggcatttatatatactc
aacaatttttgcaattgagggttcagtggcctcaaactggctctcctaac
ctaaagatggtcgctaccgccctctagtggtacttcttggttctgagctg
gcaagttctgactgctggcagaggagttctatcaggacacttcttacact
tggagacattcactgactgggcactttgatcagggtgcagattcatgtag
tctgctcaagtttctctgttgaacctagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_177986984_177988123
seq2: B6Ng01-162O20.b_51_1182 (reverse)

seq1  GGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCTACTATGGGGCTGCAAACCCCT  50
      |||||||||||| ||||||||| | ||||||   ||||| ||||  ||||
seq2  GGTACTGGTTAG-TCATAATGTAG-TCCTACATGGGGGCGGCAA--CCCT  46

seq1  TCAGCTCCTTGGGTCCTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAACCCCTTGCTC  100
      |||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||  |||||
seq2  TCAGCTC--TGGGTCCTTTCT-TAGCTCCTCCAATGGAAACCC--TGCTC  91

seq1  AGTCCTATGGATGGCTGTGAGCATCCACTTCTGCATTTGTCAGGCACTGG  150
      |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  AGTCGTAT-GATGGCTGTGAGCATCCAC-TCTGCA-TTGTCAGGCACTGG  138

seq1  CAGAGATTCCCAGGAGACAGCTATATCAGGTTCCTGTCAGCAAGCACTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATTCCCAGGAGACAGCTATATCAGGTTCCTGTCAGCAAGCACTTG  188

seq1  TTAGGATCCACAATAGTGTCTGGAGTACTACTCAACTATTAAAAACGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGATCCACAATAGTGTCTGGAGTACTACTCAACTATTAAAAACGATG  238

seq1  AATTCATGAAGTTCTTAGGCAAATGGATGGAACTAGAAAATATCATCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATGAAGTTCTTAGGCAAATGGATGGAACTAGAAAATATCATCCTG  288

seq1  AGTGAGGTAACCCAGTCACAAAAGAACACACATGATATGCACTCCTTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGTAACCCAGTCACAAAAGAACACACATGATATGCACTCCTTGAT  338

seq1  AAGTGGATATTAGCTCACAAGTTCAGAATACTCAGGATACAATTCACAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGATATTAGCTCACAAGTTCAGAATACTCAGGATACAATTCACAGA  388

seq1  CTGTTTTCTGTAACCATCCTTCATAGTCATTTTATTCTTTGATGAACCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTCTGTAACCATCCTTCATAGTCATTTTATTCTTTGATGAACCCA  438

seq1  ATCTTCCTTATTAGGGTGTAAATCTCATTCAGGAAGTGAGAGTTCTGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCTTATTAGGGTGTAAATCTCATTCAGGAAGTGAGAGTTCTGGCT  488

seq1  TATAATATCTGGAAACATTTAGCTAGTTTCTGTAGAACCATGTATAGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATATCTGGAAACATTTAGCTAGTTTCTGTAGAACCATGTATAGATG  538

seq1  CTGTTTCTTCAAAAGCCACTGAGAGATCACAGCATACATGTTATAATCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCTTCAAAAGCCACTGAGAGATCACAGCATACATGTTATAATCAC  588

seq1  ATGATAAAATTATCATATACCATCATGAGGATTGCTCAAGCTCTAAAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAAAATTATCATATACCATCATGAGGATTGCTCAAGCTCTAAAATT  638

seq1  AAATTCTTCATGAATAGTATTGATTGTCCACACCCAGCAGAAAACTCGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTTCATGAATAGTATTGATTGTCCACACCCAGCAGAAAACTCGGT  688

seq1  GCATAACCATGGAGTCCCCAACTCTTCACTGAGCCAGGGAAACTCAAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAACCATGGAGTCCCCAACTCTTCACTGAGCCAGGGAAACTCAAAAG  738

seq1  TTTGAAATAGAAAATGTTCGCAAGACATGAAGGAAATTGAGACCAAGGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAATAGAAAATGTTCGCAAGACATGAAGGAAATTGAGACCAAGGGT  788

seq1  ATGAGAGATAAAGATAG----AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  846
      |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAGATAAAGATAGAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  838

seq1  GATAGATAGATAGATAGATAGATGTGAAGGGGAGGAGAGGAGAGTACATG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGATAGATGTGAAGGGGAGGAGAGGAGAGTACATG  888

seq1  GAGAATGAGAACATGTGTGTTTGTGTTATGAAGGAAAATGGACACATATT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGAGAACATGTGTGTTTGTGTTATGAAGGAAAATGGACACATATT  938

seq1  AAATCCAGGTCAGGAAATGATGAGAAAGTTGAGCACCTGTCGTGCCCCCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCAGGTCAGGAAATGATGAGAAAGTTGAGCACCTGTCGTGCCCCCT  988

seq1  GCTCTCCCATAGCTCTTGGTGTCCTCCTTCCTTTCATTGAAGGGCTGTTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCCCATAGCTCTTGGTGTCCTCCTTCCTTTCATTGAAGGGCTGTTC  1038

seq1  TGGCCTGAGCTCCCTGTCACACACCTCCCAGATACCTAGCAATCCTTTTG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGAGCTCCCTGTCACACACCTCCCAGATACCTAGCAATCCTTTTG  1088

seq1  TTTTCTTCCTCTTGGGCAGTTAATACAGAGAATGGGAGGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTCCTCTTGGGCAGTTAATACAGAGAATGGGAGGAATTC  1132

seq1: chr1_177853239_177854337
seq2: B6Ng01-162O20.g_80_1158

seq1  TCTTTTTAAGACAGGGACTCACTAAGTTGTTCCAATTGACCTAGGTAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTAAGACAGGGACTCACTAAGTTGTTCCAATTGACCTAGGTAGAG  50

seq1  CTCACTATGTAGCCCAAGTCTGGAAGTTCCAGATACTCCTGCCTTAGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTATGTAGCCCAAGTCTGGAAGTTCCAGATACTCCTGCCTTAGCAT  100

seq1  TTCCTAAAAGATTACAGGCCGGCGCCTGCTGCGAACTCAAGAGACATTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAAAAGATTACAGGCCGGCGCCTGCTGCGAACTCAAGAGACATTCC  150

seq1  ATTCTCTTTTAGCGCTTCATCAGCTGGCGGTTGTACACGCCTTGCTAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTTTTAGCGCTTCATCAGCTGGCGGTTGTACACGCCTTGCTAGGC  200

seq1  GTTTGGGGAAGAATTCACGTTTATAACTGCTCATCTTTAGGCAAAGGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGGAAGAATTCACGTTTATAACTGCTCATCTTTAGGCAAAGGCAT  250

seq1  CCTATAAGGATAAAATCACATCCATATTTGGAAAAAGTCCTTATTTCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAAGGATAAAATCACATCCATATTTGGAAAAAGTCCTTATTTCAGC  300

seq1  AGCCAGAGAGTCTCTGCTCTCACCCTTACCCTCGTTTCCTTTGCTCCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAGAGTCTCTGCTCTCACCCTTACCCTCGTTTCCTTTGCTCCTCA  350

seq1  GTTCCTCTGATAACCCACAGGCTTTCCTAAGGAGATTATTTACTCTTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCTGATAACCCACAGGCTTTCCTAAGGAGATTATTTACTCTTCTG  400

seq1  CTTCTCCCTGTTTTACATAGGGTTACTATTTGCTGTGGTGAAACACCATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCCTGTTTTACATAGGGTTACTATTTGCTGTGGTGAAACACCATA  450

seq1  GAGTGACAAAAAGCAAGTTGAGGAGGAAAGGCTATTTTTTGGCTTATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGACAAAAAGCAAGTTGAGGAGGAAAGGCTATTTTTTGGCTTATATG  500

seq1  TCCACATTACTGTTCATCACTGAAGGAAGTCAGGGCTGGAACCTGGAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATTACTGTTCATCACTGAAGGAAGTCAGGGCTGGAACCTGGAGGC  550

seq1  AGGAGCTGCTGTCAAAGCCATTGAGGGGTGCTGCTCACCAGCTTGCCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTGCTGTCAAAGCCATTGAGGGGTGCTGCTCACCAGCTTGCCTCT  600

seq1  TGTGGCTTGCTCAGTCAGCTTATAGAACTCATGACCTCCAGGTCAAGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTTGCTCAGTCAGCTTATAGAACTCATGACCTCCAGGTCAAGGGT  650

seq1  GGCACACCCTTAATGGGTTCACTAACTAAAAATACCCTACAGAGCTGTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACACCCTTAATGGGTTCACTAACTAAAAATACCCTACAGAGCTGTCC  700

seq1  ATAGCCCCATCTTTTCGAGGAATTTTCTCAGTTAAGGCTCTTTCCTCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCCCATCTTTTCGAGGAATTTTCTCAGTTAAGGCTCTTTCCTCTCT  750

seq1  GATTTTAGATTGTGTCAAGTTAAACTAGCCAGCACCTTCAACATTTATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTAGATTGTGTCAAGTTAAACTAGCCAGCACCTTCAACATTTATAT  800

seq1  GTCGTATTCCACTTGGGTAGAGATAATTTTTATGGCATTTATATATACTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGTATTCCACTTGGGTAGAGATAATTTTTATGGCATTTATATATACTC  850

seq1  AACAATTTTTGCAATTGAGGGTTCAGTGGCCTCAAACTGGCTCTCCTAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AACAATTTTTGCAATTGAGGGTTCAGTGGCCTCAAACTGGCTCTCCT-AA  899

seq1  CCTAAAGATGGTCGCTACCGCCCTCTAGTGGTACTTCTTGGTTCTGAGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAGATGGTCGCTACCGCCCTCTAGTGGTACTTCTTGGTTCTGAGCT  949

seq1  GGCAAGTTCTGAACTGGCTGGCAGAAGGAGTTCTATCAGGGACAC-TCTT  999
      ||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||
seq2  GGCAAGTTCTG-ACT-GCTGGCAG-AGGAGTTCTATCA-GGACACTTCTT  995

seq1  ACCACTTGGGAAGACAATACAACTGACTGGGCAACTTTGAATCAAGGGGT  1049
      | |||||||  ||||| |   ||||||||||| |||||| ||||  ||||
seq2  A-CACTTGG--AGACATT--CACTGACTGGGC-ACTTTG-ATCA--GGGT  1036

seq1  GCAGATTTCATGTAGTCTGCTCATAAGGTTTCTCTGTTTTGAAACCTAGG  1099
      ||||| ||||||||||||||||   | |||||||||||    ||||||||
seq2  GCAGA-TTCATGTAGTCTGCTC---AAGTTTCTCTGTT---GAACCTAGG  1079