BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163B08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 90,872,081 - 91,049,304
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSh3bp4
Upstream geneUsp40, LOC545344, LOC677561, Ugt1a@, Ugt1a10, Ugt1a9, Ugt1a7c, Ugt1a6a, Ugt1a6b, Ugt1a5, Ugt1a2, Dnajb3, Ugt1a1, LOC100040766, 6430706D22Rik, LOC100038822, Trpm8, Spp2, Glrp1, Arl4c, LOC100040127, 2410088K16Rik, LOC208347
Downstream geneLOC383542, EG665688, Centg2, Gbx2, Asb18, Iqca
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163B08.bB6Ng01-163B08.g
ACCDH955759DH955760
length1,1551,118
definitionDH955759|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163B08, 5' end.DH955760|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163B08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,048,146 - 91,049,304)(90,872,081 - 90,873,204)
sequence
gaattcagccaatatagtgggaccccccccccggctctgttaatatactc
attgatgttgcaggaggtaatttaaaagtaaaattagcaagggaggacgg
tgctctgcccagattgtggcacagcagccctgacccctctatgccaggtt
ttgaagacaggatctgaacaacaggctgatgcctcccacctagccagggt
atactttgtattgggcaacctcacttcacctcagcctaccctgctagagt
gctatgaagcagattggtttattattggaccccaagggccctagggaact
gagggcaaagaaagtaaccaaggggctggagccccactcacctcactgtc
tactaccccattcctgtctcggtgaggagactcataggcatccatctgtt
gcttggagaccttggctagcttctcagccagttccctccagcgctgggcc
acttcgacagctgtggtcaggagcacaaagtcctggatgagtctcaccac
caggccctggcagtccattttcagcaaagcctgggaagatgaaatgcagc
atgaggccagggtaggcttggcttcaggggacggtcaacctgtagatgat
gctctttatcctaagagttctaaggcccctgcctggcaccacaggtgtgc
aagagggtacagatgccttaagggcttttgggattataacatgaaaaatg
taagacgacagggtgcaggccaccatggctaatgcccttataagagccac
ccacctatgagccagggctggactgatactctttccagaggcagtagagg
gaaggtgagaggtactcccagtcacgggaaggcctgactcaggctggcca
agcacattctgctgtgctggtattggacatactggcagacactgagcagc
taagtccagagcccctcagaaagagagagagagagaccagaggcagatca
ggactcagttttttgaggttcttttcatgacattggcacatcgagagctg
acccatcctgatgacaggtgaaagggttaacctttatggtcactacttaa
tgttttctgaaagttatcatccgcttggaatttgtatcctgaaagaggat
catttttatataaactaataatgggttatatttccagaataggtttgatc
atgtg
gaattcaagcactgtaacagttaatgctgatcgtcaacttgacagaatcc
agaatcacctgatagctgggtctttaggcatgtctatgggtgctcatctt
gattatattaatggaagtgggaagacctgcccactgtgggtggcaccatt
ccctgcctgggatcttggactgataaagagagctgaggagcaaacattgc
tctctttcctgagcaagctcctgccaccttgagctcccttccacgatgga
tcccagcactcaacaagcagaaacatgatttttctctattggcaacctgg
ccagctaggggaactgactggtgaactctaggttcaactgatagatcctg
gcttagtgaataagaaggatagaaatggatgacactggatataaattttg
ggccttgacttatgagttaaaataagtcctttctctcttaagttgatttt
tccagggtattttatcacaacaatggggaaagaatcaggccaagcacctt
ccttgttagcacaatttccacaaagaggctaatctagaactgactggcag
cctctgaagtatcttaaatacttgtaaaaatgaaactggcatttttatgg
cctgatttttcttctcaataatgattaacattcatttaaaccgaagtcga
agttcaaatacctgcaacctgtacatggagcaaatgccctacctccccca
catcttattgcaaccgatgtcataagagcagtgaccatgaggaatcctct
ccccggagcctcattctagaacaatgactcccacgaaggtccaaactcag
tcctaaaattagaattaggcatgttgaattagatcaaggtttggcaaaga
agtgattcctgcctccctatttcaactctccaaacaaacaaagaagccac
ccaaggcatgtgactccttctgctaagactgcccgactccgttgctggcc
atgtttgtgatcagagtagcatccgatcctcagccagctgggtttttccc
atgcaacacccacgacccgtcttaatgattagcattatccattcccctcc
tcctcccacccccagctccctttagtgaggtccagagttatctacggatg
ctgcatgaaggcggatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_91048146_91049304
seq2: B6Ng01-163B08.b_44_1198 (reverse)

seq1  CACATGATCATACTTTTTTTTTCTGGAATATA-AACACATATTTAGTTTT  49
      |||||||||| ||     | |||||||| ||| ||| |||  ||||||| 
seq2  CACATGATCAAAC----CTATTCTGGAA-ATATAACCCATTATTAGTTTA  45

seq1  ATTAAAAATGAT-CTCTTTTCAGATACCAAAATCCAAGC-GATGATCACT  97
        |||||||||| ||||||   |||| |||| ||||||| |||||| |||
seq2  TATAAAAATGATCCTCTTTCAGGATA-CAAATTCCAAGCGGATGATAACT  94

seq1  TTCAGAAATACA-TAAGTAGTTGACAT-AAGGTTAACCCTTTCACCCTGT  145
      |||||||| ||| ||||||||   ||| |||||||||||||||| |||||
seq2  TTCAGAAA-ACATTAAGTAGTGACCATAAAGGTTAACCCTTTCA-CCTGT  142

seq1  CATCAGGATGGGTCAGCTCTCGATGTGCCATTGTCATGGAGAGAACCTCA  195
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||
seq2  CATCAGGATGGGTCAGCTCTCGATGTGCCAATGTCATGAAAAGAACCTCA  192

seq1  AAAAACTGAGTCCTGCTTCTGCCTCTGGTCTCTCTCTCTCTCTTTCTGAG  245
      |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTGAGTCCTG-ATCTGCCTCTGGTCTCTCTCTCTCTCTTTCTGAG  241

seq1  GGGCTCTGGACTTAGCTGCTCAGTGTCTGCCAGTATGTCCTATTACCAGC  295
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
seq2  GGGCTCTGGACTTAGCTGCTCAGTGTCTGCCAGTATGTCC-AATACCAGC  290

seq1  ACAGCAG-ATGTGCTTGGCCAGCCTGAGTCAGGCCTTCCCGTGACTGGGA  344
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGAATGTGCTTGGCCAGCCTGAGTCAGGCCTTCCCGTGACTGGGA  340

seq1  GTACCTCTCACCTTCCCTCTACTGCCTCTGGAAAGAGTATCAGTCCAGCC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTCTCACCTTCCCTCTACTGCCTCTGGAAAGAGTATCAGTCCAGCC  390

seq1  CTGGCTCATAGGTGGGTGGCTCTTATAAGGGCATTAGCCATGGTGGCCTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCATAGGTGGGTGGCTCTTATAAGGGCATTAGCCATGGTGGCCTG  440

seq1  CACCCTGTCGTCTTACATTTTTCATGTTATAATCCCAAAAGCCCTTAAGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGTCGTCTTACATTTTTCATGTTATAATCCCAAAAGCCCTTAAGG  490

seq1  CATCTGTACCCTCTTGCACACCTGTGGTGCCAGGCAGGGGCCTTAGAACT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTACCCTCTTGCACACCTGTGGTGCCAGGCAGGGGCCTTAGAACT  540

seq1  CTTAGGATAAAGAGCATCATCTACAGGTTGACCGTCCCCTGAAGCCAAGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGATAAAGAGCATCATCTACAGGTTGACCGTCCCCTGAAGCCAAGC  590

seq1  CTACCCTGGCCTCATGCTGCATTTCATCTTCCCAGGCTTTGCTGAAAATG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCTGGCCTCATGCTGCATTTCATCTTCCCAGGCTTTGCTGAAAATG  640

seq1  GACTGCCAGGGCCTGGTGGTGAGACTCATCCAGGACTTTGTGCTCCTGAC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCCAGGGCCTGGTGGTGAGACTCATCCAGGACTTTGTGCTCCTGAC  690

seq1  CACAGCTGTCGAAGTGGCCCAGCGCTGGAGGGAACTGGCTGAGAAGCTAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTGTCGAAGTGGCCCAGCGCTGGAGGGAACTGGCTGAGAAGCTAG  740

seq1  CCAAGGTCTCCAAGCAACAGATGGATGCCTATGAGTCTCCTCACCGAGAC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTCTCCAAGCAACAGATGGATGCCTATGAGTCTCCTCACCGAGAC  790

seq1  AGGAATGGGGTAGTAGACAGTGAGGTGAGTGGGGCTCCAGCCCCTTGGTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGGGGTAGTAGACAGTGAGGTGAGTGGGGCTCCAGCCCCTTGGTT  840

seq1  ACTTTCTTTGCCCTCAGTTCCCTAGGGCCCTTGGGGTCCAATAATAAACC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTTTGCCCTCAGTTCCCTAGGGCCCTTGGGGTCCAATAATAAACC  890

seq1  AATCTGCTTCATAGCACTCTAGCAGGGTAGGCTGAGGTGAAGTGAGGTTG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGCTTCATAGCACTCTAGCAGGGTAGGCTGAGGTGAAGTGAGGTTG  940

seq1  CCCAATACAAAGTATACCCTGGCTAGGTGGGAGGCATCAGCCTGTTGTTC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATACAAAGTATACCCTGGCTAGGTGGGAGGCATCAGCCTGTTGTTC  990

seq1  AGATCCTGTCTTCAAAACCTGGCATAGAGGGGTCAGGGCTGCTGTGCCAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTGTCTTCAAAACCTGGCATAGAGGGGTCAGGGCTGCTGTGCCAC  1040

seq1  AATCTGGGCAGAGCACCGTCCTCCCTTGCTAATTTTACTTTTAAATTACC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGGGCAGAGCACCGTCCTCCCTTGCTAATTTTACTTTTAAATTACC  1090

seq1  TCCTGCAACATCAATGAGTATATTAACAGAGCCGGGGGGGGGGTCCCACT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCAACATCAATGAGTATATTAACAGAGCCGGGGGGGGGGTCCCACT  1140

seq1  ATATTGGCTGAATTC  1159
      |||||||||||||||
seq2  ATATTGGCTGAATTC  1155

seq1: chr1_90872081_90873204
seq2: B6Ng01-163B08.g_67_1184

seq1  GAATTCAAGCACTGTAACAGTTAATGCTGATCGTCAACTTGACAGAATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGCACTGTAACAGTTAATGCTGATCGTCAACTTGACAGAATCC  50

seq1  AGAATCACCTGATAGCTGGGTCTTTAGGCATGTCTATGGGTGCTCATCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCACCTGATAGCTGGGTCTTTAGGCATGTCTATGGGTGCTCATCTT  100

seq1  GATTATATTAATGGAAGTGGGAAGACCTGCCCACTGTGGGTGGCACCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATATTAATGGAAGTGGGAAGACCTGCCCACTGTGGGTGGCACCATT  150

seq1  CCCTGCCTGGGATCTTGGACTGATAAAGAGAGCTGAGGAGCAAACATTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCCTGGGATCTTGGACTGATAAAGAGAGCTGAGGAGCAAACATTGC  200

seq1  TCTCTTTCCTGAGCAAGCTCCTGCCACCTTGAGCTCCCTTCCACGATGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTCCTGAGCAAGCTCCTGCCACCTTGAGCTCCCTTCCACGATGGA  250

seq1  TCCCAGCACTCAACAAGCAGAAACATGATTTTTCTCTATTGGCAACCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCACTCAACAAGCAGAAACATGATTTTTCTCTATTGGCAACCTGG  300

seq1  CCAGCTAGGGGAACTGACTGGTGAACTCTAGGTTCAACTGATAGATCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTAGGGGAACTGACTGGTGAACTCTAGGTTCAACTGATAGATCCTG  350

seq1  GCTTAGTGAATAAGAAGGATAGAAATGGATGACACTGGATATAAATTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGTGAATAAGAAGGATAGAAATGGATGACACTGGATATAAATTTTG  400

seq1  GGCCTTGACTTATGAGTTAAAATAAGTCCTTTCTCTCTTAAGTTGATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGACTTATGAGTTAAAATAAGTCCTTTCTCTCTTAAGTTGATTTT  450

seq1  TCCAGGGTATTTTATCACAACAATGGGGAAAGAATCAGGCCAAGCACCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGTATTTTATCACAACAATGGGGAAAGAATCAGGCCAAGCACCTT  500

seq1  CCTTGTTAGCACAATTTCCACAAAGAGGCTAATCTAGAACTGACTGGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTAGCACAATTTCCACAAAGAGGCTAATCTAGAACTGACTGGCAG  550

seq1  CCTCTGAAGTATCTTAAATACTTGTAAAAATGAAACTGGCATTTTTATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGAAGTATCTTAAATACTTGTAAAAATGAAACTGGCATTTTTATGG  600

seq1  CCTGATTTTTCTTCTCAATAATGATTAACATTCATTTAAACCGAAGTCGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATTTTTCTTCTCAATAATGATTAACATTCATTTAAACCGAAGTCGA  650

seq1  AGTTCAAATACCTGCAACCTGTACATGGAGCAAATGCCCTACCTCCCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAAATACCTGCAACCTGTACATGGAGCAAATGCCCTACCTCCCCCA  700

seq1  CATCTTATTGCAACCGATGTCATAAGAGCAGTGACCATGAGGAATCCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTATTGCAACCGATGTCATAAGAGCAGTGACCATGAGGAATCCTCT  750

seq1  CCCCGGAGCCTCATTCTAGAACAATGACTCCCACGAAGGTCCAAACTCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGGAGCCTCATTCTAGAACAATGACTCCCACGAAGGTCCAAACTCAG  800

seq1  TCCTAAAATTAGAATTAGGCATGTTGAATTAGATCAAGGTTTGGCAAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAATTAGAATTAGGCATGTTGAATTAGATCAAGGTTTGGCAAAGA  850

seq1  AGTGATTCCTGCCTCCCTATTTCAACTCTCCAAACAAACAAAGAAGCCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTCCTGCCTCCCTATTTCAACTCTCCAAACAAACAAAGAAGCCAC  900

seq1  CCAAGGCATGTGACTCCTTCTTGCTAAGACTGCCCGACTCCGTTGCTGGC  950
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGCATGTGACTCCTTC-TGCTAAGACTGCCCGACTCCGTTGCTGGC  949

seq1  CATGTTTGTGAATCAGAGGTAGCATCCGATCCTCAGCCAGCTGGGTTTTC  1000
      |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CATGTTTGTG-ATCAGA-GTAGCATCCGATCCTCAGCCAGCTGGGTTTTT  997

seq1  CCAATGCAACACCCACGACCCGTCTTAATGATTAGCCATTATCCATTCCC  1050
      || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCCATGCAACACCCACGACCCGTCTTAATGATTAG-CATTATCCATTCCC  1046

seq1  CTCCTCCTCTCACCACCAGCTCTCTTTAGTGAGGTCCAGAGTTATCCCAC  1100
      ||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | ||
seq2  CTCCTCCTCCCACCCCCAGCTCCCTTTAGTGAGGTCCAGAGTTAT-CTAC  1095

seq1  GGATGCTGGCATTGAGGCGGATGA  1124
      ||||||| ||||  ||||||||||
seq2  GGATGCT-GCATGAAGGCGGATGA  1118