BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163L20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 121,217,000 - 121,332,089
singlet/doubletdoublet
Overlap geneInhbb
Upstream geneMki67ip, Clasp1, Tcfcp2l1, LOC100041753, Gli2, LOC666838, LOC100041778
Downstream geneRalb, Tmem185b, Epb4.1l5, Ptpn4, LOC100042447, LOC666870, LOC100041863, Tmem177, Gm101, Sctr, Tmem37, Dbi, 3110009E18Rik, Steap3, C1ql2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163L20.bB6Ng01-163L20.g
ACCDH956250DH956251
length1,050901
definitionDH956250|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163L20, 5' end.DH956251|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163L20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,331,032 - 121,332,089)(121,217,000 - 121,217,899)
sequence
gaattccaacagactaatgattctaggctctcctctttccctcctctcat
gcctatggaggagacagccactttgcccaagcagtagagtgtagatgaca
ttcagggatctggtactggcccatgaatccccactctgatgcccttcaag
agagcatggttcagagccgtgctcagacacagactgcacttacttcactc
tgagcagccctgtatggcaagtaggtgatgtagtcatgtgtttctggcat
ggggacttcatgtgggaggcacttggctccacagtgactcttcaacccca
gagcaagagctaccagctcaaaacccatagaacattattactctctcctt
accatcttgggaggatttcctgagcaggaactgagcagcctgttttgggg
aatgaccttgggtacttgaaggtacaacaggagaatgccctttggccaca
tatcctctctagctctgaccctgtgctcccctgtgaggtgatgtgatgct
gttgggagccccctggctgacccacatgctcccccaccatatttcccatg
tgtaagaggagcaccagcctctgctgacagttcaggcaaggcctttgctt
ctgttacagtcactgtcccagctttcatcctggccccccttttcctctca
gcaccctggtctggcttcctccttcttcggcactcccacctctgcaggcc
taagtgctcagggctcaggcatggccctcatcttctgtccatccacacat
catgctggtgaactcatcttgcccctagctctcagaccattctagatgct
ggcagctcccacacttgttaggcctttgccctgaatcccaaacttcaaca
actgcttccctgttcatcagccagcattgggccttatgggccaccaaatt
cagccaatatacttgaattccccctcttcctggctttccagagatatcac
atctggctgtgtctcagcacattatcggttttttttctttgcctttccct
atttttttcttcttttctttgagaacaggtttctctgtatagccctggct

gaattcaactagtgtggacactgagggactccttgaggaagcatcatctc
tacagtgacctagaggatgaacaggtgtgacataaagtgacatgaattag
atctaaagccaaatgacactgatgtttgtgtgtgaaaatcccataatgaa
ccccattactatgtatggtagccttaaaaaaacaaagcaaaaacaataca
ttaaagagaaagagattgggggtgaggagatctgagtgttctcaattgat
ccgaattcaatttccagaactcatgttaaaaaacaaacagacaaacaaca
agaaaacaaggaatgtggaaacaaatcctgggagcttggtacagccatcc
cagcttacttggcaagatccaggccagggggagaccctgtctcaaaaaaa
caagaaggagagctaaattcgtcctctggtgtccacacccatgtacacat
agtatatgtatatacacacacacacctgatcctgtaatgtgtacatacac
atacagaagggaaaaaggaaaggccatgaaaggtcaccccaggagaaggg
cagagcccgtgcaagtacctggagacaggatggctcaggatggagggagc
ctgcccatgctgagtcctcaagtccaggtgtggagaggcccctgtgatgg
ggactgatgtcccctcttctgtctactgtcctctcagagtagcttctatg
acagggcagctttctcacgtcttatttcttcttgtttcactcattttctc
caaataccaagtatgatttcttacaaccttcattcccaatggagcaagat
ggcaccagatgagtaagtcccacttgaccttctagtgtctgggcttggct
tacttgctttccacttgactgttcaccttggacttctgaggggggggggg
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_121331032_121332089
seq2: B6Ng01-163L20.b_44_1093 (reverse)

seq1  AGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  50
      |||||||||||||||||||||||   ||||    ||| |||| || ||||
seq2  AGCCAGGGCTATACAGAGAAACCTGTTCTC----AAAGAAAAGAAGAAAA  46

seq1  AAAAAGGGAAAGGCAAAGAAAAAAAACCGATAATGGTGCTGAGACCACAG  100
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  AAATAGGGAAAGGCAAAGAAAAAAAACCGATAAT-GTGCTGAGA-CACAG  94

seq1  CCAGATGTGATATCTCTGGAAAGCCAGGAAGAGGGGGAATTCAAGTATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGTGATATCTCTGGAAAGCCAGGAAGAGGGGGAATTCAAGTATAT  144

seq1  TGGCCTGAATTTGGTGGCCCATAAGGCCCAATGCTGGCTGATGAACAGGG  200
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGG-CTGAATTTGGTGGCCCATAAGGCCCAATGCTGGCTGATGAACAGGG  193

seq1  AAGCAGTTGTTGAAGTTTGGGATTCAGGGCAAAGGCCTAACAAGTGTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTTGTTGAAGTTTGGGATTCAGGGCAAAGGCCTAACAAGTGTGGG  243

seq1  AGCTGCCAGCATCTAGAATGGTCCTGAGAGCTAGGGGCAAGATGAGTTCA  300
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCCAGCATCTAGAATGGT-CTGAGAGCTAGGGGCAAGATGAGTTCA  292

seq1  CCAGCATGATGTGTGGATGGACAGAAGATGAGGGCCATGCCTGAGCCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATGATGTGTGGATGGACAGAAGATGAGGGCCATGCCTGAGCCCTG  342

seq1  AGCACTTAGGCCTGCAGAGGTGGGAGTGCCGAAGAAGGAGGAAGCCAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTAGGCCTGCAGAGGTGGGAGTGCCGAAGAAGGAGGAAGCCAGAC  392

seq1  CAGGGTGCTGAGAGGAAAAGGGGGGCCAGGATGAAAGCTGGGACAGTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTGCTGAGAGGAAAAGGGGGGCCAGGATGAAAGCTGGGACAGTGAC  442

seq1  TGTAACAGAAGCAAAGGCCTTGCCTGAACTGTCAGCAGAGGCTGGTGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACAGAAGCAAAGGCCTTGCCTGAACTGTCAGCAGAGGCTGGTGCTC  492

seq1  CTCTTACACATGGGAAATATGGTGGGGGAGCATGTGGGTCAGCCAGGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTACACATGGGAAATATGGTGGGGGAGCATGTGGGTCAGCCAGGGGG  542

seq1  CTCCCAACAGCATCACATCACCTCACAGGGGAGCACAGGGTCAGAGCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAACAGCATCACATCACCTCACAGGGGAGCACAGGGTCAGAGCTAG  592

seq1  AGAGGATATGTGGCCAAAGGGCATTCTCCTGTTGTACCTTCAAGTACCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATATGTGGCCAAAGGGCATTCTCCTGTTGTACCTTCAAGTACCCA  642

seq1  AGGTCATTCCCCAAAACAGGCTGCTCAGTTCCTGCTCAGGAAATCCTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATTCCCCAAAACAGGCTGCTCAGTTCCTGCTCAGGAAATCCTCCC  692

seq1  AAGATGGTAAGGAGAGAGTAATAATGTTCTATGGGTTTTGAGCTGGTAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGTAAGGAGAGAGTAATAATGTTCTATGGGTTTTGAGCTGGTAGC  742

seq1  TCTTGCTCTGGGGTTGAAGAGTCACTGTGGAGCCAAGTGCCTCCCACATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTCTGGGGTTGAAGAGTCACTGTGGAGCCAAGTGCCTCCCACATG  792

seq1  AAGTCCCCATGCCAGAAACACATGACTACATCACCTACTTGCCATACAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCCCATGCCAGAAACACATGACTACATCACCTACTTGCCATACAGG  842

seq1  GCTGCTCAGAGTGAAGTAAGTGCAGTCTGTGTCTGAGCACGGCTCTGAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTCAGAGTGAAGTAAGTGCAGTCTGTGTCTGAGCACGGCTCTGAAC  892

seq1  CATGCTCTCTTGAAGGGCATCAGAGTGGGGATTCATGGGCCAGTACCAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTCTCTTGAAGGGCATCAGAGTGGGGATTCATGGGCCAGTACCAGA  942

seq1  TCCCTGAATGTCATCTACACTCTACTGCTTGGGCAAAGTGGCTGTCTCCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGAATGTCATCTACACTCTACTGCTTGGGCAAAGTGGCTGTCTCCT  992

seq1  CCATAGGCATGAGAGGAGGGAAAGAGGAGAGCCTAGAATCATTAGTCTGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGGCATGAGAGGAGGGAAAGAGGAGAGCCTAGAATCATTAGTCTGT  1042

seq1  TGGAATTC  1058
      ||||||||
seq2  TGGAATTC  1050

seq1: chr1_121217000_121217899
seq2: B6Ng01-163L20.g_68_968

seq1  GAATTCAACTAGTGTGGACACTGAGGGACTCCTTGAGGAAGCATCATCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTAGTGTGGACACTGAGGGACTCCTTGAGGAAGCATCATCTC  50

seq1  TACAGTGACCTAGAGGATGAACAGGTGTGACATAAAGTGACATGAATTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTGACCTAGAGGATGAACAGGTGTGACATAAAGTGACATGAATTAG  100

seq1  ATCTAAAGCCAAATGACACTGATGTTTGTGTGTGAAAATCCCATAATGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAAGCCAAATGACACTGATGTTTGTGTGTGAAAATCCCATAATGAA  150

seq1  CCCCATTACTATGTATGGTAGCCTTAAAAAAACAAAGCAAAAACAATACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATTACTATGTATGGTAGCCTTAAAAAAACAAAGCAAAAACAATACA  200

seq1  TTAAAGAGAAAGAGATTGGGGGTGAGGAGATCTGAGTGTTCTCAATTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAGAAAGAGATTGGGGGTGAGGAGATCTGAGTGTTCTCAATTGAT  250

seq1  CCGAATTCAATTTCCAGAACTCATGTTAAAAAACAAACAGACAAACAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAATTCAATTTCCAGAACTCATGTTAAAAAACAAACAGACAAACAACA  300

seq1  AGAAAACAAGGAATGTGGAAACAAATCCTGGGAGCTTGGTACAGCCATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACAAGGAATGTGGAAACAAATCCTGGGAGCTTGGTACAGCCATCC  350

seq1  CAGCTTACTTGGCAAGATCCAGGCCAGGGGGAGACCCTGTCTCAAAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTACTTGGCAAGATCCAGGCCAGGGGGAGACCCTGTCTCAAAAAAA  400

seq1  CAAGAAGGAGAGCTAAATTCGTCCTCTGGTGTCCACACCCATGTACACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGGAGAGCTAAATTCGTCCTCTGGTGTCCACACCCATGTACACAT  450

seq1  AGTATATGTATATACACACACACACCTGATCCTGTAATGTGTACATACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATGTATATACACACACACACCTGATCCTGTAATGTGTACATACAC  500

seq1  ATACAGAAGGGAAAAAGGAAAGGCCATGAAAGGTCACCCCAGGAGAAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAAGGGAAAAAGGAAAGGCCATGAAAGGTCACCCCAGGAGAAGGG  550

seq1  CAGAGCCCGTGCAAGTACCTGGAGACAGGATGGCTCAGGATGGAGGGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCCGTGCAAGTACCTGGAGACAGGATGGCTCAGGATGGAGGGAGC  600

seq1  CTGCCCATGCTGAGTCCTCAAGTCCAGGTGTGGAGAGGCCCCTGTGATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCATGCTGAGTCCTCAAGTCCAGGTGTGGAGAGGCCCCTGTGATGG  650

seq1  GGACTGATGTCCCCTCTTCTGTCTACTGTCCTCTCAGAGTAGCTTCTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGATGTCCCCTCTTCTGTCTACTGTCCTCTCAGAGTAGCTTCTATG  700

seq1  ACAGGGCAGCTTTCTCACGTCTTATTTCTTCATGTTTCACTCA-TTTCTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  ACAGGGCAGCTTTCTCACGTCTTATTTCTTCTTGTTTCACTCATTTTCTC  750

seq1  CAAATACCAAGTATGATTTCTTACAACCTTCATTCCCAATGGAGCAAGAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACCAAGTATGATTTCTTACAACCTTCATTCCCAATGGAGCAAGAT  800

seq1  GGCACCAGATGAGTAAGTCCCACTTGACCTTCTAGTGTCTGGGCTTGGCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCAGATGAGTAAGTCCCACTTGACCTTCTAGTGTCTGGGCTTGGCT  850

seq1  TACTTGCTTCCAACTTGACTGTTCACCTTGGACCTCTGAGGGGGGGGGGG  899
      ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TACTTGCTTTCCACTTGACTGTTCACCTTGGACTTCTGAGGGGGGGGGGG  900

seq1  G  900
      |
seq2  G  901