BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-164A16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 70,788,377 - 70,944,513
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA830006F12Rik, LOC100043210
Upstream geneSpag16
Downstream geneEG667884, EG666083, LOC100042804, LOC100042809, Bard1, LOC667900, Abca12, LOC629101, Atic, Fn1, LOC100042814, Gabarapl2-ps1_652.1, LOC383528, LOC675667, EG667931
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-164A16.bB6Ng01-164A16.g
ACCDH956475DH956476
length1,0881,159
definitionDH956475|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164A16, 5' end.DH956476|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164A16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,788,377 - 70,789,466)(70,943,338 - 70,944,513)
sequence
gaattctctgtaacaaaatctaaaagaaacagagctgagagcatttgagt
gtcacatgaatgtatacacatgcatgcatatatgaatatacacagcgaaa
gagatagagatagagatagaaataggtatgtttcctttattgttgtctat
tcaattacaagtcattgattgcatctttagtcccatatctttttcagaaa
atgcaacacattggctacatgaggcaaattgtttccttattcacaatttt
tcagggctgagttggtttcattttaaaattctcatcatcaagacatatac
aggtataccaaaggcacatcctcatccattgaaacacaaactgcacccta
agggttaacagtgggatagcccactgagggttagcagtgggttagcccac
tgagggttagcagtgggttagcccactgaaggttaactgtgattactttt
gcaaattttgatgtcttattttttatatatacatcagagctaatgagatg
gtccagaatgtaaggcacttgccaagcaactatgaggtcataagttcaat
tcctcagaacctatatcaaagctgggtgcattagcatgcatctctaatcc
tggaactcctaaagtgagataggtagtggagaccagaaaaattagggcaa
tgaggcgagcctgacatacaagagcaagagaccctgattcaaataaggta
gacgatgaagacaaagtcttgatgctgtcctctgacatccacacacgtgt
gcacatacacaaatgcaggcacattatatacaggtgtcatgcacacagag
gtatgaaaaataaaatatcaacaacaatgaataacttctctgaaactccc
cttatattcatttaatactggctcccatgctccttctcctaagtatgaca
gggaaattagaattgttcagtcttactttaattttcctccagcattaaaa
ataaacccatgcttaaaatagcaaacctttgactgctgagatttagaaag
cttcattaaggagaaaagggacaatcatgaggaatattccttttgttatg
agcttctagacatccgcattacgctggaaaagaggaaa
gaattcagcagtagacagagtagagtgtacttcctaagtcagcagaaatg
ggacccacattgcctacacctgttagctttttatcttgaacaacaacagc
aacaacaaaaacccctaacattcgtttgcttcttgtgaacaatacaaaaa
ccatcaaatgactaagaagctaacacatcaaccttgagttttgtgagtgt
tcaggaaaatttaatggcaagaattctccatctgcaacctaaattagctg
cagtgtgccacttctgctcccagattccggctgtgccaatcaaacacaag
agacacaaaattcaatgagaattagttctttgggtatcatagcatcttga
cttacaagactttaaccttggcctcatgcttcctgtggggcctgttgctg
aagttgcttaagggctagaaatatcaagtagtacacatatttcttttttc
atttgagttaaattgaaaatgaaacctttaacgtcctattgattctagac
atgttctgtatgcattaaattgaacttaatggactgagaaatgagcacca
cagcacctataggtaagaattattcatgtaaggatatactgctcacatgc
cctttatccagtaatatatgtatctgtctatgacaatatatagcactaaa
acattatgttgaatatttcttaaataacaagaatcaattttcattcaggt
cacttaaattctgctcaccattaatctgtcattagttcttggctttgctt
ctcttaaatataggtgtacaagatttaatgaatatttctatgattagaaa
cacagactaaaattcttagcaggaggagaatgtagaaatatggatgacca
cactgtatttatgatattccaatcatagttacaacagacattcatttggc
ttgtttctgtctgctattagtattaatgctttctagtctctctttgtgat
gcacccacttctactagtaactaacatacttcaactgcatcctatttgaa
tgaagcttcacataaactcatatatcagtgacgcctagagggatatacta
aaatacagtttgtataatgtaactctggcgtaactaacagtactcaattg
attctgaacaaacctaagccttatttgttatctgtgctcaggtgtcattc
ctgtgacct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_70788377_70789466
seq2: B6Ng01-164A16.b_48_1135

seq1  GAATTCTCTGTAACAAAATCTAAAAGAAACAGAGCTGAGAGCATTTGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTAACAAAATCTAAAAGAAACAGAGCTGAGAGCATTTGAGT  50

seq1  GTCACATGAATGTATACACATGCATGCATATATGAATATACACAGCGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATGAATGTATACACATGCATGCATATATGAATATACACAGCGAAA  100

seq1  GAGATAGAGATAGAGATAGAAATAGGTATGTTTCCTTTATTGTTGTCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGAGATAGAGATAGAAATAGGTATGTTTCCTTTATTGTTGTCTAT  150

seq1  TCAATTACAAGTCATTGATTGCATCTTTAGTCCCATATCTTTTTCAGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTACAAGTCATTGATTGCATCTTTAGTCCCATATCTTTTTCAGAAA  200

seq1  ATGCAACACATTGGCTACATGAGGCAAATTGTTTCCTTATTCACAATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAACACATTGGCTACATGAGGCAAATTGTTTCCTTATTCACAATTTT  250

seq1  TCAGGGCTGAGTTGGTTTCATTTTAAAATTCTCATCATCAAGACATATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGCTGAGTTGGTTTCATTTTAAAATTCTCATCATCAAGACATATAC  300

seq1  AGGTATACCAAAGGCACATCCTCATCCATTGAAACACAAACTGCACCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATACCAAAGGCACATCCTCATCCATTGAAACACAAACTGCACCCTA  350

seq1  AGGGTTAACAGTGGGATAGCCCACTGAGGGTTAGCAGTGGGTTAGCCCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTAACAGTGGGATAGCCCACTGAGGGTTAGCAGTGGGTTAGCCCAC  400

seq1  TGAGGGTTAGCAGTGGGTTAGCCCACTGAAGGTTAACTGTGATTACTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGTTAGCAGTGGGTTAGCCCACTGAAGGTTAACTGTGATTACTTTT  450

seq1  GCAAATTTTGATGTCTTATTTTTTATATATACATCAGAGCTAATGAGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATTTTGATGTCTTATTTTTTATATATACATCAGAGCTAATGAGATG  500

seq1  GTCCAGAATGTAAGGCACTTGCCAAGCAACTATGAGGTCATAAGTTCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGAATGTAAGGCACTTGCCAAGCAACTATGAGGTCATAAGTTCAAT  550

seq1  TCCTCAGAACCTATATCAAAGCTGGGTGCATTAGCATGCATCTCTAATCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGAACCTATATCAAAGCTGGGTGCATTAGCATGCATCTCTAATCC  600

seq1  TGGAACTCCTAAAGTGAGATAGGTAGTGGAGACCAGAAAAATTAGGGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACTCCTAAAGTGAGATAGGTAGTGGAGACCAGAAAAATTAGGGCAA  650

seq1  TGAGGCGAGCCTGACATACAAGAGCAAGAGACCCTGATTCAAATAAGGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCGAGCCTGACATACAAGAGCAAGAGACCCTGATTCAAATAAGGTA  700

seq1  GACGATGAAGACAAAGTCTTGATGCTGTCCTCTGACATCCACACACGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGATGAAGACAAAGTCTTGATGCTGTCCTCTGACATCCACACACGTGT  750

seq1  GCACATACACAAATGCAGGCACATTATATACAGGTGTCATGCACACAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATACACAAATGCAGGCACATTATATACAGGTGTCATGCACACAGAG  800

seq1  GTATGAAAAATAAAATATCAACAACAATGAATAACTTCTCTGAAACTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAAAAATAAAATATCAACAACAATGAATAACTTCTCTGAAACTCCC  850

seq1  CTTATATTCATTTAATACTGGCTCCCATGCTCCTTCTCCTAAGTATGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATTCATTTAATACTGGCTCCCATGCTCCTTCTCCTAAGTATGACA  900

seq1  GGGAAATTAGAATTGTTCAGTCTTACTTTAATTTTCCTCCAGCATTAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATTAGAATTGTTCAGTCTTACTTTAATTTTCCTCCAGCATTAAAA  950

seq1  ATAAACCCATGC-TAAAATAGCAAACCTTTGACTGCTGAGATTTAGAAAG  999
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACCCATGCTTAAAATAGCAAACCTTTGACTGCTGAGATTTAGAAAG  1000

seq1  CTTCATTAAGGAGAAAAGGGACAATCATGAGGAATATTCCTTTTGTTAAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTTCATTAAGGAGAAAAGGGACAATCATGAGGAATATTCCTTTTGTT-AT  1049

seq1  GAGCCTCTAGGACATCCGCATTAACGCTGGAAGAGAGGAAA  1090
      |||| |||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  GAGCTTCTA-GACATCCGCATT-ACGCTGGAAAAGAGGAAA  1088

seq1: chr1_70943338_70944513
seq2: B6Ng01-164A16.g_68_1226 (reverse)

seq1  AGGTCACACCAGGAATGACACTTGAAGCACAGTATAAC-AATAA-GCTTA  48
      ||||||   |||||||||||| || ||||||| ||||| ||||| |||||
seq2  AGGTCA---CAGGAATGACACCTG-AGCACAG-ATAACAAATAAGGCTTA  45

seq1  GGTTTG-TCAGAATACAATGAGTTAACTGTTAGGTACG-CAGAGTTACAT  96
      |||||| |||||||  | |||||  |||||||| |||| |||||||||||
seq2  GGTTTGTTCAGAATCAATTGAGT--ACTGTTAGTTACGCCAGAGTTACAT  93

seq1  TATACAAAACTGTATTTAAGTATATCCCTCTAGGCGTCCACTGATATATG  146
      ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TATAC-AAACTGTATTTTAGTATATCCCTCTAGGCGT-CACTGATATATG  141

seq1  AGTTTTATGTGAAGGCTTCATTCAAAATAAGGATGCAGGTTGAAGTATGT  196
      || |||||||||| ||||||||||||   |||||||| ||||||||||||
seq2  AG-TTTATGTGAA-GCTTCATTCAAA--TAGGATGCA-GTTGAAGTATGT  186

seq1  TAAGTTTACTAGTAGAAGTGGGTGCAATCACAAAAGAGAAGACTAGAAAA  246
      ||   |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||  ||
seq2  TA--GTTACTAGTAGAAGTGGGTGC-ATCAC-AAAGAG-AGACTAG--AA  229

seq1  AGCATTAATACTAATAGCAGACAGAAACAAGCCAAATGAATGTCTGTTGT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTAATACTAATAGCAGACAGAAACAAGCCAAATGAATGTCTGTTGT  279

seq1  AACTATGATTGGAATATCATAAATACAGTGTGGTCATCCATATTTCTACA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGATTGGAATATCATAAATACAGTGTGGTCATCCATATTTCTACA  329

seq1  TTCTCCTCCTGCTAAGAATTTTAGTCTGTGTTTCTAATCATAGAAATATT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTCCTGCTAAGAATTTTAGTCTGTGTTTCTAATCATAGAAATATT  379

seq1  CATTAAATCTTGTACACCTATATTTAAGAGAAGCAAAGCCAAGAACTAAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAATCTTGTACACCTATATTTAAGAGAAGCAAAGCCAAGAACTAAT  429

seq1  GACAGATTAATGGTGAGCAGAATTTAAGTGACCTGAATGAAAATTGATTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATTAATGGTGAGCAGAATTTAAGTGACCTGAATGAAAATTGATTC  479

seq1  TTGTTATTTAAGAAATATTCAACATAATGTTTTAGTGCTATATATTGTCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTATTTAAGAAATATTCAACATAATGTTTTAGTGCTATATATTGTCA  529

seq1  TAGACAGATACATATATTACTGGATAAAGGGCATGTGAGCAGTATATCCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGATACATATATTACTGGATAAAGGGCATGTGAGCAGTATATCCT  579

seq1  TACATGAATAATTCTTACCTATAGGTGCTGTGGTGCTCATTTCTCAGTCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGAATAATTCTTACCTATAGGTGCTGTGGTGCTCATTTCTCAGTCC  629

seq1  ATTAAGTTCAATTTAATGCATACAGAACATGTCTAGAATCAATAGGACGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGTTCAATTTAATGCATACAGAACATGTCTAGAATCAATAGGACGT  679

seq1  TAAAGGTTTCATTTTCAATTTAACTCAAATGAAAAAAGAAATATGTGTAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGTTTCATTTTCAATTTAACTCAAATGAAAAAAGAAATATGTGTAC  729

seq1  TACTTGATATTTCTAGCCCTTAAGCAACTTCAGCAACAGGCCCCACAGGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGATATTTCTAGCCCTTAAGCAACTTCAGCAACAGGCCCCACAGGA  779

seq1  AGCATGAGGCCAAGGTTAAAGTCTTGTAAGTCAAGATGCTATGATACCCA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGAGGCCAAGGTTAAAGTCTTGTAAGTCAAGATGCTATGATACCCA  829

seq1  AAGAACTAATTCTCATTGAATTTTGTGTCTCTTGTGTTTGATTGGCACAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTAATTCTCATTGAATTTTGTGTCTCTTGTGTTTGATTGGCACAG  879

seq1  CCGGAATCTGGGAGCAGAAGTGGCACACTGCAGCTAATTTAGGTTGCAGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAATCTGGGAGCAGAAGTGGCACACTGCAGCTAATTTAGGTTGCAGA  929

seq1  TGGAGAATTCTTGCCATTAAATTTTCCTGAACACTCACAAAACTCAAGGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAATTCTTGCCATTAAATTTTCCTGAACACTCACAAAACTCAAGGT  979

seq1  TGATGTGTTAGCTTCTTAGTCATTTGATGGTTTTTGTATTGTTCACAAGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTGTTAGCTTCTTAGTCATTTGATGGTTTTTGTATTGTTCACAAGA  1029

seq1  AGCAAACGAATGTTAGGGGTTTTTGTTGTTGCTGTTGTTGTTCAAGATAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACGAATGTTAGGGGTTTTTGTTGTTGCTGTTGTTGTTCAAGATAA  1079

seq1  AAAGCTAACAGGTGTAGGCAATGTGGGTCCCATTTCTGCTGACTTAGGAA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTAACAGGTGTAGGCAATGTGGGTCCCATTTCTGCTGACTTAGGAA  1129

seq1  GTACACTCTACTCTGTCTACTGCTGAATTC  1176
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACTCTACTCTGTCTACTGCTGAATTC  1159