BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-164K07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 78,292,216 - 78,410,339
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSgpp2, LOC100039382
Upstream geneEpha4, LOC100039330, Pax3, LOC100039210
Downstream geneFarsb, Mogat1, Acsl3, Utp14b, LOC620521, Kcne4, LOC100039260, EG545332
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-164K07.bB6Ng01-164K07.g
ACCDH956915DH956916
length849435
definitionDH956915|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164K07, 5' end.DH956916|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164K07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,409,492 - 78,410,339)(78,292,216 - 78,292,656)
sequence
gaattctctatcacctggatgtgctttttatttcctttggatttatgtga
aattgaattaagcacctgagtctgcccatgcacggcggggtgagcaggga
cctccgtgcagagggtccgctgaggaccagagtattttgtctatgtgttt
aaaggaacactactgttaagagttggagacagctcgtcacctccgccagt
cttgaccccgaaggaagtcaacagggataaaaggggcatttgcctcatcc
acagagataaagcagctcaggtcccttctggaagaaagtctcccaaggcc
agatggctcactcttccttggccctccagccatggttgctcttgcggctg
ccttgatggctgcaggtctcatggagactgacagattaatcagtcgaaac
tctcttcccagaaggtcctaggttgtgccacactcttcccccatctgatc
cagagtgcagccaggaatctacactctgcatagtccccagcataatctgg
attcagtgaatgtaaagttagaacaaaagtaaataaacccagggacagca
gcctagagcctgagcacggtccaaatcctcaacaggttccaggaattccg
cactgctttcccacggcacgcaaatgggtctgcttgctttctgaaatttt
aaacttttttgttttgttttgttttttgagccaggcgtggtggcccaccc
ctttgatcccagtacttgggaggcatgcaggcagatctctctgagtttga
ggctagcctgatctacacagtgagttggagcatgggcaacttctacttag
aaagaaaaagacttccctaataaccattaagggttccctgggggagagg
aacaggtgctcagagatgcatcatggaattcagtaggtgctcagagatgc
atcatggaattcagtaggtgctcagagatgcaccatggaattcaacaggt
gctcagagatgcaccatggaattcagtaggtgctcagagatgcaccatgg
aattcagtaggtgctcagagatgcatttcagaatataacaggagctcaac
tccagggcttgttcatgatgaatgttggcccagtgccatagaccttccag
cttctacaggatatgatgttcatacacaaaatcatatcaagtatttcact
ggcaaaactatatacatatatgtggtatatagcatgtttcaaaatatgca
tatgtgtggagtggctgaacttagccaattaacatacacactgtttttta
tacttagttgttgtttctttgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_78409492_78410339
seq2: B6Ng01-164K07.b_44_892 (reverse)

seq1  CCTCT-CCCCAGGGAACCCTTAATGGTTATTAGGGAAGTCTTTTTCTTTC  49
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCCCCAGGGAACCCTTAATGGTTATTAGGGAAGTCTTTTTCTTTC  50

seq1  TAAGTAGAAGTTGCCCATGCTCCAACTCACTGTGTAGATCAGGCTAGCCT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGAAGTTGCCCATGCTCCAACTCACTGTGTAGATCAGGCTAGCCT  100

seq1  CAAACTCAGAGAGATCTGCCTGCATGCCTCCCAAGTACTGGGATCAAAGG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTCAGAGAGATCTGCCTGCATGCCTCCCAAGTACTGGGATCAAAGG  150

seq1  GGTGGGCCACCACGCCTGGCTCAAAAAACAAAACAAAACAAAAAAGTTTA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGCCACCACGCCTGGCTCAAAAAACAAAACAAAACAAAAAAGTTTA  200

seq1  AAATTTCAGAAAGCAAGCAGACCCATTTGCGTGCCGTGGGAAAGCAGTGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCAGAAAGCAAGCAGACCCATTTGCGTGCCGTGGGAAAGCAGTGC  250

seq1  GGAATTCCTGGAACCTGTTGAGGATTTGGACCGTGCTCAGGCTCTAGGCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCCTGGAACCTGTTGAGGATTTGGACCGTGCTCAGGCTCTAGGCT  300

seq1  GCTGTCCCTGGGTTTATTTACTTTTGTTCTAACTTTACATTCACTGAATC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCCTGGGTTTATTTACTTTTGTTCTAACTTTACATTCACTGAATC  350

seq1  CAGATTATGCTGGGGACTATGCAGAGTGTAGATTCCTGGCTGCACTCTGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTATGCTGGGGACTATGCAGAGTGTAGATTCCTGGCTGCACTCTGG  400

seq1  ATCAGATGGGGGAAGAGTGTGGCACAACCTAGGACCTTCTGGGAAGAGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATGGGGGAAGAGTGTGGCACAACCTAGGACCTTCTGGGAAGAGAG  450

seq1  TTTCGACTGATTAATCTGTCAGTCTCCATGAGACCTGCAGCCATCAAGGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGACTGATTAATCTGTCAGTCTCCATGAGACCTGCAGCCATCAAGGC  500

seq1  AGCCGCAAGAGCAACCATGGCTGGAGGGCCAAGGAAGAGTGAGCCATCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGCAAGAGCAACCATGGCTGGAGGGCCAAGGAAGAGTGAGCCATCTG  550

seq1  GCCTTGGGAGACTTTCTTCCAGAAGGGACCTGAGCTGCTTTATCTCTGTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGGAGACTTTCTTCCAGAAGGGACCTGAGCTGCTTTATCTCTGTG  600

seq1  GATGAGGCAAATGCCCCTTTTATCCCTGTTGACTTCCTTCGGGGTCAAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGGCAAATGCCCCTTTTATCCCTGTTGACTTCCTTCGGGGTCAAGA  650

seq1  CTGGCGGAGGTGACGAGCTGTCTCCAACTCTTAACAGTAGTGTTCCTTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCGGAGGTGACGAGCTGTCTCCAACTCTTAACAGTAGTGTTCCTTTA  700

seq1  AACACATAGACAAAATACTCTGGTCCTCAGCGGACCCTCTGCACGGAGGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATAGACAAAATACTCTGGTCCTCAGCGGACCCTCTGCACGGAGGT  750

seq1  CCCTGCTCACCCCGCCGTGCATGGGCAGACTCAGGTGCTTAATTCAATTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTCACCCCGCCGTGCATGGGCAGACTCAGGTGCTTAATTCAATTT  800

seq1  CACATAAATCCAAAGGAAATAAAAAGCACATCCAGGTGATAGAGAATTC  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAAATCCAAAGGAAATAAAAAGCACATCCAGGTGATAGAGAATTC  849

seq1: chr1_78292216_78292656
seq2: B6Ng01-164K07.g_67_507

seq1  GAATTCAACAGGTGCTCAGAGATGCATCATGGAATTCAGTAGGTGCTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAGGTGCTCAGAGATGCATCATGGAATTCAGTAGGTGCTCAG  50

seq1  AGATGCATCATGGAATTCAGTAGGTGCTCAGAGATGCACCATGGAATTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCATCATGGAATTCAGTAGGTGCTCAGAGATGCACCATGGAATTCA  100

seq1  ACAGGTGCTCAGAGATGCACCATGGAATTCAGTAGGTGCTCAGAGATGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGCTCAGAGATGCACCATGGAATTCAGTAGGTGCTCAGAGATGCA  150

seq1  CCATGGAATTCAGTAGGTGCTCAGAGATGCATTTCAGAATATAACAGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGAATTCAGTAGGTGCTCAGAGATGCATTTCAGAATATAACAGGAG  200

seq1  CTCAACTCCAGGGCTTGTTCATGATGAATGTTGGCCCAGTGCCATAGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACTCCAGGGCTTGTTCATGATGAATGTTGGCCCAGTGCCATAGACC  250

seq1  TTCCAGCTTCTACAGGATATGATGTTCATACACAAAATCATATCAAGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCTTCTACAGGATATGATGTTCATACACAAAATCATATCAAGTAT  300

seq1  TTCACTGGCAAAACTATATACATATATGTGGTATATAGCATGTTTCAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGGCAAAACTATATACATATATGTGGTATATAGCATGTTTCAAAA  350

seq1  TATGCATATGTGTGGAGTGGCTGAACTTAGCCAATTAACATACACACTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATATGTGTGGAGTGGCTGAACTTAGCCAATTAACATACACACTGT  400

seq1  TTTTTATACTTAGTTGTTGTTTCTTTGTGTGTGTGTGTGTG  441
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATACTTAGTTGTTGTTTCTTTGTGTGTGTGTGTGTG  441