BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-164M20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 12,672,215 - 12,812,793
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039733, Sulf1
Upstream geneA830018L16Rik, LOC665262, LOC100039709, LOC621353
Downstream geneSlco5a1, LOC383490, Prdm14, Ncoa2, LOC665341, LOC100039812, EG621685, Tram1, Lactb2, Xkr9, LOC100039843, EG433273
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-164M20.bB6Ng01-164M20.g
ACCDH957031DH957032
length1,1331,058
definitionDH957031|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164M20, 5' end.DH957032|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164M20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,672,215 - 12,673,362)(12,811,746 - 12,812,793)
sequence
gaattcatgtctagatcctccatcttgctagatgtttgaatttttccaca
gcacttaatatttctaaacctcaattctcttgtttataaaccagaactaa
aattagggccttcctcatcaccattttgtgatgcttaaaatactaagctg
agtaaatacaacaaaaacctgggctccccaaattattacttatattgttg
agtatagtaagatcttggaaaagcaagctatgcctttaggtgattgacta
tgggtaaatggttgaaatcaaataatgtttcctttatcatttattaaaat
ctatgactttgcaagactttccttaacaggagaacattaaatgatttttt
gcatttttattagatattttcttcatatacatttcaaatgctatccccaa
ggccccttatgccctccccccgccctgctccccaacccacccactcctgc
ttcctggccctggctttcccctgtactggggcatatgatcttcacaatac
caagggcctctcctcccattggtggccgaccaggccatcctctgctacat
atgcaactagagacacagttctgaggtgtactggttagttcatattgttg
tttctcctatagggttgcagacccctttagctccttgggtactttctcta
gctccttcattgggggccctgtgttccacccattagatgactgtgagcat
ctacttctgtatttgccaggccctggcatagactcacatgagagggctat
gtcagggtcctgtccccaaaatttgtttggaagaaggatgtgatagctaa
ttttattttcaaattaagaaagatctgaggtaatgaaccttgaaagagtg
ttgtcttaggacctctggctttagtattgtaatggatgatattggaagca
atgaaatcatttgtttgagatctgtattggtgcaaagcagagagaagaag
ctgcttctgggtagagtctgacacattgacttgaaagcaaagctttgtta
gttgaccagagagcactatttagcataagaaaaatttacagcttatgggt
gtctaatttttaaagaagattgttgaaacacttgacaaatttgcctttaa
tgcaaaattttgggactgtcttctacgattcac
gaattcacttctgtctccagagtgatgagattaaaggtgtacagcaccac
acccagcccaattctcttttgtggggtgttagtccattgcatactgtttt
ccgttctcactgataacagctgatgtgggggccacgcctagatttcataa
ttacagctgatatcaaaagctttttgagctagaagtgaacatacagactg
ttttcttttttcagctctggtatagatctcacgatgcatgtaggttagat
ggcctctcgattcatgatgggaagttccatcgtgtcatcaggagtggctc
actgctcagaggctcagcatccacctagctcttcagtaagtgctctttag
aacacagcctgatgacctactttgatggagtcagtgcctttggcatagct
gtccctctgagacccatctttgttagcaagagggagcctgggtagtgacg
agaatatgaaggcttcttagacagacagatctgctggcacagagatgtct
ctgagtttgccctcatgaccaagagaaaccttaggggtatacaaatgcct
gaatactgtttaagtcagcggtggagagcacaggaggacatagagaatgt
ctgttgcactcacctgcccaggctgctcacaggctgtctggtatctggct
tgctggcacagttccttgaccctctcatattttgggcaagtggtttgact
gttggatattcttgccggattcctccttcttccgtaaaaatttcctttga
cagaaaggggaaagcttcttactgaagagccacccgatttaccttcccaa
ttcccacacagccttctttctctgtcacagcaactctacactccttcaga
caacaatatacacactctgctgctgtcggaaggagaccaacacaggctga
gtcctgaatgagttattacaggctggggtgtggtgaagatgtgaaagtca
gcagaaagtgattaaaatagtctaagtttgctgggcggaagttgcacata
tctttaaatttcggcaccttgtgaggtcaaagaggccaggggcaggggca
gaaggcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_12672215_12673362
seq2: B6Ng01-164M20.b_45_1177

seq1  GAATTCATGTCTAGATCCTCCATCTTGCTAGATGTTTGAATTTTTCCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTCTAGATCCTCCATCTTGCTAGATGTTTGAATTTTTCCACA  50

seq1  GCACTTAATATTTCTAAACCTCAATTCTCTTGTTTATAAACCAGAACTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTAATATTTCTAAACCTCAATTCTCTTGTTTATAAACCAGAACTAA  100

seq1  AATTAGGGCCTTCCTCATCACCATTTTGTGATGCTTAAAATACTAAGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGGGCCTTCCTCATCACCATTTTGTGATGCTTAAAATACTAAGCTG  150

seq1  AGTAAATACAACAAAAACCTGGGCTCCCCAAATTATTACTTATATTGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATACAACAAAAACCTGGGCTCCCCAAATTATTACTTATATTGTTG  200

seq1  AGTATAGTAAGATCTTGGAAAAGCAAGCTATGCCTTTAGGTGATTGACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAGTAAGATCTTGGAAAAGCAAGCTATGCCTTTAGGTGATTGACTA  250

seq1  TGGGTAAATGGTTGAAATCAAATAATGTTTCCTTTATCATTTATTAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAAATGGTTGAAATCAAATAATGTTTCCTTTATCATTTATTAAAAT  300

seq1  CTATGACTTTGCAAGACTTTCCTTAACAGGAGAACATTAAATGATTTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGACTTTGCAAGACTTTCCTTAACAGGAGAACATTAAATGATTTTTT  350

seq1  GCATTTTTATTAGATATTTTCTTCATATACATTTCAAATGCTATCCCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTTATTAGATATTTTCTTCATATACATTTCAAATGCTATCCCCAA  400

seq1  GGCCCCTTATGCCCTCCCCCCGCCCTGCTCCCCAACCCACCCACTCCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCCTTATGCCCTCCCCCCGCCCTGCTCCCCAACCCACCCACTCCTGC  450

seq1  TTCCTGGCCCTGGCTTTCCCCTGTACTGGGGCATATGATCTTCACAATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGCCCTGGCTTTCCCCTGTACTGGGGCATATGATCTTCACAATAC  500

seq1  CAAGGGCCTCTCCTCCCATTGGTGGCCGACCAGGCCATCCTCTGCTACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGCCTCTCCTCCCATTGGTGGCCGACCAGGCCATCCTCTGCTACAT  550

seq1  ATGCAACTAGAGACACAGTTCTGAGGTGTACTGGTTAGTTCATATTGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAACTAGAGACACAGTTCTGAGGTGTACTGGTTAGTTCATATTGTTG  600

seq1  TTTCTCCTATAGGGTTGCAGACCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCTATAGGGTTGCAGACCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTA  650

seq1  GCTCCTTCATTGGGGGCCCTGTGTTCCACCCATTAGATGACTGTGAGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTCATTGGGGGCCCTGTGTTCCACCCATTAGATGACTGTGAGCAT  700

seq1  CTACTTCTGTATTTGCCAGGCCCTGGCATAGACTCACATGAGAGGGCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCTGTATTTGCCAGGCCCTGGCATAGACTCACATGAGAGGGCTAT  750

seq1  GTCAGGGTCCTGTCCCCAAAATTTGTTTGGAAGAAGGATGTGATAGCTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGGTCCTGTCCCCAAAATTTGTTTGGAAGAAGGATGTGATAGCTAA  800

seq1  TTTTATTTTCAAATTAAGAAAGATCTGAGGTAATGAACCTTGAAAGAGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTCAAATTAAGAAAGATCTGAGGTAATGAACCTTGAAAGAGTG  850

seq1  TTGTCTTAGGACCTCTGGCTTTAGTATTGTAATGGATGATATTGGAAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTAGGACCTCTGGCTTTAGTATTGTAATGGATGATATTGGAAGCA  900

seq1  ATGAAATCATTTGTTTGAGATCTGTATTGGTGCAAAGCAGAGAGAAGGAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATGAAATCATTTGTTTGAGATCTGTATTGGTGCAAAGCAGAGAGAA-GAA  949

seq1  GCTGCTTCTGGGTTAGAGTCTGACACATTGACTTGAAAGCAAAGCTTTTG  1000
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCTGCTTCTGGG-TAGAGTCTGACACATTGACTTGAAAGCAAAGC-TTTG  997

seq1  TTAAGTTGAACCAGAGAGCACTATTTAGCATAAGAAAGAGTTAACAGCTT  1050
      || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||
seq2  TT-AGTTG-ACCAGAGAGCACTATTTAGCATAAGAAA-AATTTACAGCTT  1044

seq1  ATGGGTGTCCTAATTTTTTAAAGAGATTTGTTGGAAAACACTTGACAAAT  1100
      |||||||| |||| ||||||||||   ||||||  |||||||||||||||
seq2  ATGGGTGT-CTAA-TTTTTAAAGAAGATTGTTG--AAACACTTGACAAAT  1090

seq1  TTGCCTTTAAATGCAAAAATATTGTGACTGTCCTTTCTACAGATTCAC  1148
      |||||||| ||||| ||||| ||| |||||||  |||||| |||||||
seq2  TTGCCTTT-AATGC-AAAATTTTGGGACTGTC--TTCTAC-GATTCAC  1133

seq1: chr1_12811746_12812793
seq2: B6Ng01-164M20.g_68_1125 (reverse)

seq1  CTGCC-TCTGCCCCTGCCCCT-GCCTCTCTG-CCTCACAAGGTGCTGAAA  47
      ||||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||||
seq2  CTGCCTTCTGCCCCTGCCCCTGGCCTCTTTGACCTCACAAGGTGCCGAAA  50

seq1  -TTAAAGATATGTGCCACTCCCGCCCAGCAAACCTTGACTATTTTAATCA  96
       |||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||
seq2  TTTAAAGATATGTGCAACTTCCGCCCAGCAAACTTAGACTATTTTAATCA  100

seq1  CTTTCTGCTGACTTTCACATCTTCACCACA-CCCAGCCTGTAAT-ACTCA  144
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  CTTTCTGCTGACTTTCACATCTTCACCACACCCCAGCCTGTAATAACTCA  150

seq1  -TCAGGACTCAGCCTGTGTTGGTCTCCTTCCGACAGCAGCAGAGTGTGTA  193
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGACTCAGCCTGTGTTGGTCTCCTTCCGACAGCAGCAGAGTGTGTA  200

seq1  TATTGTTGTCTGAAGGAGTGTAGAGTTGCTGTGACAGAG-AAGAAGGCTG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TATTGTTGTCTGAAGGAGTGTAGAGTTGCTGTGACAGAGAAAGAAGGCTG  250

seq1  TGTGGGAATTGGGAAGGT-AATCGGGTGGCTCTTCAGTAAGAAGCTTTCC  291
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGAATTGGGAAGGTAAATCGGGTGGCTCTTCAGTAAGAAGCTTTCC  300

seq1  CCTTTCTGTCAAAGGAAATTTTTACGGAAGAAGGAGGAATCCGGCAAGAA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTGTCAAAGGAAATTTTTACGGAAGAAGGAGGAATCCGGCAAGAA  350

seq1  TATCCAACAGTCAAACCACTTGCCC-AAATATGAGAGGGTCAAGGAACTG  390
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAACAGTCAAACCACTTGCCCAAAATATGAGAGGGTCAAGGAACTG  400

seq1  TGCCAGCAAGCCAGATACCAGACAGCCTGTGAGCAGCCTGGGCAGGTGAG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGCAAGCCAGATACCAGACAGCCTGTGAGCAGCCTGGGCAGGTGAG  450

seq1  TGCAACAGACATTCTCTATGTCCTCCTGTGCTCTCCACCGCTGACTTAAA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACAGACATTCTCTATGTCCTCCTGTGCTCTCCACCGCTGACTTAAA  500

seq1  CAGTATTCAGGCATTTGTATACCCCTAAGGTTTCTCTTGGTCATGAGGGC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATTCAGGCATTTGTATACCCCTAAGGTTTCTCTTGGTCATGAGGGC  550

seq1  AAACTCAGAGACATCTCTGTGCCAGCAGATCTGTCTGTCTAAGAAGCCTT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCAGAGACATCTCTGTGCCAGCAGATCTGTCTGTCTAAGAAGCCTT  600

seq1  CATATTCTCGTCACTACCCAGGCTCCCTCTTGCTAACAAAGATGGGTCTC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTCTCGTCACTACCCAGGCTCCCTCTTGCTAACAAAGATGGGTCTC  650

seq1  AGAGGGACAGCTATGCCAAAGGCACTGACTCCATCAAAGTAGGTCATCAG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGACAGCTATGCCAAAGGCACTGACTCCATCAAAGTAGGTCATCAG  700

seq1  GCTGTGTTCTAAAGAGCACTTACTGAAGAGCTAGGTGGATGCTGAGCCTC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTTCTAAAGAGCACTTACTGAAGAGCTAGGTGGATGCTGAGCCTC  750

seq1  TGAGCAGTGAGCCACTCCTGATGACACGATGGAACTTCCCATCATGAATC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGTGAGCCACTCCTGATGACACGATGGAACTTCCCATCATGAATC  800

seq1  GAGAGGCCATCTAACCTACATGCATCGTGAGATCTATACCAGAGCTGAAA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCCATCTAACCTACATGCATCGTGAGATCTATACCAGAGCTGAAA  850

seq1  AAAGAAAACAGTCTGTATGTTCACTTCTAGCTCAAAAAGCTTTTGATATC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAACAGTCTGTATGTTCACTTCTAGCTCAAAAAGCTTTTGATATC  900

seq1  AGCTGTAATTATGAAATCTAGGCGTGGCCCCCACATCAGCTGTTATCAGT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTAATTATGAAATCTAGGCGTGGCCCCCACATCAGCTGTTATCAGT  950

seq1  GAGAACGGAAAACAGTATGCAATGGACTAACACCCCACAAAAGAGAATTG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACGGAAAACAGTATGCAATGGACTAACACCCCACAAAAGAGAATTG  1000

seq1  GGCTGGGTGTGGTGCTGTACACCTTTAATCTCATCACTCTGGAGACAGAA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGGTGTGGTGCTGTACACCTTTAATCTCATCACTCTGGAGACAGAA  1050

seq1  GTGAATTC  1048
      ||||||||
seq2  GTGAATTC  1058