BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-164P17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 38,120,341 - 38,271,741
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRev1, EG329123, Aff3
Upstream geneA230074B11Rik, 4921511C04Rik, Cnga3, Inpp4a, 6330578E17Rik, Unc50, Mgat4a, 2010300C02Rik, Tsga10, EG623661, Mitd1, Mrpl30, Gm776, 2300002O18Rik, Txndc9, EG666434, Eif5b
Downstream geneLonrf2, Chst10, EG625775, Nms, Pdcl3, Npas2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-164P17.bB6Ng01-164P17.g
ACCDH957163DH957164
length1,1061,059
definitionDH957163|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164P17, 5' end.DH957164|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164P17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,270,643 - 38,271,741)(38,120,341 - 38,121,401)
sequence
gaattcttggataaagcaggttaagtctgtgtctttatattggatagccc
ccgacctagatattgcactaaacctttttttttcccttgcggctcttccg
tagtggatctgaccaatgcagatcttcaaggaagacttgaacagaaagta
tgtgttagtaaagaacactatagattcttctttacaaccagcagaggaag
catggagtgtgttcctcatgccgatggatgcacagcctcttgttaatcac
atttctcaggggcacatggtggtgtgtgctgcaaagaagtagacaaggtg
ggggtgtgcttggagaccttgtatatgaatcatgcagaagaccaaccagg
gaagagagctgtagctgtgcatgcaaggcagtgaacccccaggagacaga
cacaaaccccaggcagaaacctcagtagtgcctcagcacacggttgtggg
ataggatttgaagtctcggctttgtcttcccctgatgacctgttgtttga
gattccatggccagaatgacctcccctccacccaccatgtgagcttcagc
tacagcgcgcctctctcatctttgaggaacagaggtatatgcagttcttc
tgagagcagaggcgtcgccacaagctcccaggcctggcataactgttgca
aggcataaaaaggatcaggtcctagcctgaaagcagtgtacacgatgttt
gaagctacaaatcacaaacccaggaacaaacaccagaaagactatgctgc
ttgtttgaggtagaggccaacagacatgtttcgcgggagtcatgtttttc
tccaagaatttctgtctaaaactctctctcatttggggttcaggattgac
atttcttaaaaggttggaatcccttacataaggctactcagagagtgctg
gaggagggaggcagcttgttgtggaagacctgttctgtacacctggtagg
caggcatgaagttactaggaaccaggtcggtcttggcatttacagagcac
ctctaggcctcatccacagttacaggtagcatttcttatctgcaaagatt
aaattgaatgatgttatgcaagctgggaggcatggcgtagatggctctaa
gcaatg
gaattcactatgagggctggagagatggctcagtggttaagaacattgac
tgttcttcagaaggtcctgagttcaaatcccagcaaccacatggtgtctc
acaaccatccataatgagatctgacgccctcttctggtgtgtctgaagac
agtgacagtgtacttacatataataataaatctttaaaacacacacacac
aaagactttgttatgatctgaacctgcaggacagacacaaacactacaga
gatcagaatggaactgtgctgagatgctgatgcctacagacatccatgat
ggcttccccacatttactctgaaccacaacaggaactgatctcattcaat
gcaatgcaccagagttcataacggaacgtcgtctgcataaaaaagaaacc
agggctcaaggcctaagtagcactgccaacgaagtaagaaaagatttttt
aaaaggggaggggatgtgctaccttaaggaaaaagctatggaagctgctg
ttctatcatctgggacatgatgtgcacctgcccttgagaggaaccatatt
aaaaatggacaataatcactaagcacagagccacacatggcagtccactt
gataaggaaaacaaagtctttgtcatccacaatgaaatgtcaatggtgag
ggaaatgtttgtgtaattcagtaggcacttgctcaaggcttgggagtata
ggaaatatggccaagacaaatgaggaacctgctaacaataaatgctgatg
ttgaagagcctttcaacagctacatgaatgtgtggagttggaagtcacaa
actggatgcaaaaccctagctctgaccttgtacataggaatcaaagaaga
agtaccatggtttaatgcctatgagcacaggccaggatatataacctcac
agatgcctgttataatatatgggctgaagatggttctaagtgcacactgt
ctgcagaagaccagagctgggcacaacctgtaactccaccccagcctctg
tggcattctgcattacataacatgccaacacagaaaagaaagccttcctc
acccagtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_38270643_38271741
seq2: B6Ng01-164P17.b_46_1151 (reverse)

seq1  CATTGC-TAGAG-CATCTACG-CATGCCTCCCGCTTTGCAT-ACATCATC  46
      |||||| ||||| |||||||| ||||||||||   |||||| ||||||| 
seq2  CATTGCTTAGAGCCATCTACGCCATGCCTCCCAGCTTGCATAACATCATT  50

seq1  CAATTTAATCTTTGCAGATAAGAAATGCTACCTGTAACTTGTGGATGAGG  96
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAATTTAATCTTTGCAGATAAGAAATGCTACCTGTAAC-TGTGGATGAGG  99

seq1  CTTAGAGGTGCTCTGTGAGATGCCAAGGCTG-CCTGGTTCCTAGTAACTT  145
      | |||||||||||||| | |||||||| | | ||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAGGTGCTCTGT-AAATGCCAAGACCGACCTGGTTCCTAGTAACTT  148

seq1  CATGCTTGCCTACCAGGTGTACAGAACAGGTTCTCCAC-ACAAGCTGCCT  194
      ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||
seq2  CATGCCTGCCTACCAGGTGTACAGAACAGGTCTTCCACAACAAGCTGCCT  198

seq1  CCCCTCCTCCAGCACTCTCTGAGTAGCCTTATGTAAGGGATTCCAACCTT  244
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CCCTCCTCCAGCACTCTCTGAGTAGCCTTATGTAAGGGATTCCAACCTT  247

seq1  TTAAGAAATGTCAATCCTGAACCCCAAATGAGAGAGAGTTTTAGACAG-A  293
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTAAGAAATGTCAATCCTGAACCCCAAATGAGAGAGAGTTTTAGACAGAA  297

seq1  ATTCTTGGAG-AAAACATGACTCCCGCGAAACATGTCTGTTGGCCTCTAC  342
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTGGAGAAAAACATGACTCCCGCGAAACATGTCTGTTGGCCTCTAC  347

seq1  CTC-ACCAAGCAGCATAGTCTTTCTGGTGTTTGTTCCTGGGTTTGTGATT  391
      ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAACAAGCAGCATAGTCTTTCTGGTGTTTGTTCCTGGGTTTGTGATT  397

seq1  TGTAGCTTC-AACATCGTGTACACTGCTTTCAGGCTAGGACCTGATCCTT  440
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTTCAAACATCGTGTACACTGCTTTCAGGCTAGGACCTGATCCTT  447

seq1  TTTATGCCTTGCAACAGTTATGCCAGGCCTGGGAGCTTGTGGCGACGCCT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGCCTTGCAACAGTTATGCCAGGCCTGGGAGCTTGTGGCGACGCCT  497

seq1  CTGCTCTCAGAAGAACTGCATATACCTCTGTTCCTCAAAGATGAGAGAGG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTCAGAAGAACTGCATATACCTCTGTTCCTCAAAGATGAGAGAGG  547

seq1  CGCGCTGTAGCTGAAGCTCACATGGTGGGTGGAGGGGAGGTCATTCTGGC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCGCTGTAGCTGAAGCTCACATGGTGGGTGGAGGGGAGGTCATTCTGGC  597

seq1  CATGGAATCTCAAACAACAGGTCATCAGGGGAAGACAAAGCCGAGACTTC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAATCTCAAACAACAGGTCATCAGGGGAAGACAAAGCCGAGACTTC  647

seq1  AAATCCTATCCCACAACCGTGTGCTGAGGCACTACTGAGGTTTCTGCCTG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTATCCCACAACCGTGTGCTGAGGCACTACTGAGGTTTCTGCCTG  697

seq1  GGGTTTGTGTCTGTCTCCTGGGGGTTCACTGCCTTGCATGCACAGCTACA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTGTGTCTGTCTCCTGGGGGTTCACTGCCTTGCATGCACAGCTACA  747

seq1  GCTCTCTTCCCTGGTTGGTCTTCTGCATGATTCATATACAAGGTCTCCAA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTTCCCTGGTTGGTCTTCTGCATGATTCATATACAAGGTCTCCAA  797

seq1  GCACACCCCCACCTTGTCTACTTCTTTGCAGCACACACCACCATGTGCCC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCCCCACCTTGTCTACTTCTTTGCAGCACACACCACCATGTGCCC  847

seq1  CTGAGAAATGTGATTAACAAGAGGCTGTGCATCCATCGGCATGAGGAACA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAATGTGATTAACAAGAGGCTGTGCATCCATCGGCATGAGGAACA  897

seq1  CACTCCATGCTTCCTCTGCTGGTTGTAAAGAAGAATCTATAGTGTTCTTT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCATGCTTCCTCTGCTGGTTGTAAAGAAGAATCTATAGTGTTCTTT  947

seq1  ACTAACACATACTTTCTGTTCAAGTCTTCCTTGAAGATCTGCATTGGTCA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACACATACTTTCTGTTCAAGTCTTCCTTGAAGATCTGCATTGGTCA  997

seq1  GATCCACTACGGAAGAGCCGCAAGGGAAAAAAAAAGGTTTAGTGCAATAT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCACTACGGAAGAGCCGCAAGGGAAAAAAAAAGGTTTAGTGCAATAT  1047

seq1  CTAGGTCGGGGGCTATCCAATATAAAGACACAGACTTAACCTGCTTTATC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTCGGGGGCTATCCAATATAAAGACACAGACTTAACCTGCTTTATC  1097

seq1  CAAGAATTC  1099
      |||||||||
seq2  CAAGAATTC  1106

seq1: chr1_38120341_38121401
seq2: B6Ng01-164P17.g_67_1125

seq1  GAATTCACTATGAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAACATTGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAACATTGAC  50

seq1  TGTTCTTCAGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGTCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTCAGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGTCTC  100

seq1  ACAACCATCCATAATGAGATCTGACGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCATCCATAATGAGATCTGACGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGAC  150

seq1  AGTGACAGTGTACTTACATATAATAATAAATCTTTAAAACACACACACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACAGTGTACTTACATATAATAATAAATCTTTAAAACACACACACAC  200

seq1  AAAGACTTTGTTATGATCTGAACCTGCAGGACAGACACAAACACTACAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACTTTGTTATGATCTGAACCTGCAGGACAGACACAAACACTACAGA  250

seq1  GATCAGAATGGAACTGTGCTGAGATGCTGATGCCTACAGACATCCATGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGAATGGAACTGTGCTGAGATGCTGATGCCTACAGACATCCATGAT  300

seq1  GGCTTCCCCACATTTACTCTGAACCACAACAGGAACTGATCTCATTCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCCCCACATTTACTCTGAACCACAACAGGAACTGATCTCATTCAAT  350

seq1  GCAATGCACCAGAGTTCATAACGGAACGTCGTCTGCATAAAAAAGAAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGCACCAGAGTTCATAACGGAACGTCGTCTGCATAAAAAAGAAACC  400

seq1  AGGGCTCAAGGCCTAAGTAGCACTGCCAACGAAGTAAGAAAAGATTTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTCAAGGCCTAAGTAGCACTGCCAACGAAGTAAGAAAAGATTTTTT  450

seq1  AAAAGGGGAGGGGATGTGCTACCTTAAGGAAAAAGCTATGGAAGCTGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGGGAGGGGATGTGCTACCTTAAGGAAAAAGCTATGGAAGCTGCTG  500

seq1  TTCTATCATCTGGGACATGATGTGCACCTGCCCTTGAGAGGAACCATATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCATCTGGGACATGATGTGCACCTGCCCTTGAGAGGAACCATATT  550

seq1  AAAAATGGACAATAATCACTAAGCACAGAGCCACACATGGCAGTCCACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGGACAATAATCACTAAGCACAGAGCCACACATGGCAGTCCACTT  600

seq1  GATAAGGAAAACAAAGTCTTTGTCATCCACAATGAAATGTCAATGGTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGGAAAACAAAGTCTTTGTCATCCACAATGAAATGTCAATGGTGAG  650

seq1  GGAAATGTTTGTGTAATTCAGTAGGCACTTGCTCAAGGCTTGGGAGTATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGTTTGTGTAATTCAGTAGGCACTTGCTCAAGGCTTGGGAGTATA  700

seq1  GGAAATATGGCCAAGACAAATGAGGAACCTGCTAACAATAAATGCTGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATATGGCCAAGACAAATGAGGAACCTGCTAACAATAAATGCTGATG  750

seq1  TTGAAGAGCCTTTCAACAGCTACATGAATGTGTGGAGTTGGAAGTCACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAGCCTTTCAACAGCTACATGAATGTGTGGAGTTGGAAGTCACAA  800

seq1  ACTGGATGCAAAACCCTAGCTCTGACCTTGTACATAGGAATCAAAGAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGATGCAAAACCCTAGCTCTGACCTTGTACATAGGAATCAAAGAAGA  850

seq1  AGTACCATGGTTTAATGCCTATGAGCACAGGCCAGGATATATAACCTCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCATGGTTTAATGCCTATGAGCACAGGCCAGGATATATAACCTCAC  900

seq1  AGATGCCTGTTATAATATATGGGCTGAAGATGGTTCTAAGTGCACACTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCTGTTATAATATATGGGCTGAAGATGGTTCTAAGTGCACACTGT  950

seq1  TCTTGCAGAAGACCAGAGCTGGGCACAACCTGTAACTCCACCCCAGGCCT  1000
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  --CTGCAGAAGACCAGAGCTGGGCACAACCTGTAACTCCACCCCA-GCCT  997

seq1  CTGTGGGCATCTGCATTACAT-ACATGCCAACACAGAAAAGAAAGCCTTC  1049
      ||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCATTCTGCATTACATAACATGCCAACACAGAAAAGAAAGCCTTC  1047

seq1  CTCACCCAGTGT  1061
      ||||||||||||
seq2  CTCACCCAGTGT  1059