BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165K08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 189,272,347 - 189,356,155
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTgfb2, Rrp15, LOC666832, LOC100042375, D1Pas1, Spata17, Gpatch2
Downstream geneEsrrg, 9330162B11Rik, Ush2a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165K08.bB6Ng01-165K08.g
ACCDH957647DH957648
length1,074354
definitionDH957647|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165K08, 5' end.DH957648|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165K08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(189,272,347 - 189,273,427)(189,355,803 - 189,356,155)
sequence
gaattccatttctttcatgttgggctaaagcagcctgagacgtcttaagg
tgaaactcaaacagtttaacagttactcatgagggtcaggtcgatggggg
ttggatggaaaggggaacagagagctatggttttaatggggctaaatttc
tcttgtggggagatgggaaagttccagagactcatagtgggaatggcggt
cacactacaagatgaatatgctcaataccacgaagagtgtgtgcaaaaaa
tggcaaaatggtagatttttatggttcatgttaccgcagtcacaaatgtg
gaatcgaagagactcaaagtctaaacatgttggtggattaaaataccgga
ctcctgaagcaaggctatgctagcacgcttagggacaactttggaggctt
gcagatggggttgaacctctgcagtcaagcatcctgcaaactgagcctct
gtgggaaacactcttggagaaagccgaaactgcaaatggggaacctgagc
ccttcaacacgcctgtgtaaggctctgcctccttatgtgtgtgcatgcag
tacaggtatgtgtgtatgcatgtttgagtgtgtgcgaacacagatacacg
tgtgtgtttacacgtggaagctcactatggatgtccagaatcatctctaa
tcactcttacaccctagtcaatgagacaggatatctcaatcaaacccaga
gctggctgatatggattgtccctctaggcaactagctctggcgctctgtt
tccatattccaggactgatattacatgtgagccctcatacctccgagtca
cttacgtgggctctggggatctgaatttccatccttaagcttgtatggca
agatcctaaccactgagccatctccttagctctgctctccgtgtctgtag
ctcagcttcctataccataatctccttaagtatccttccctaagccccac
caggacaacagaatgactaagcttcagatgtgattgtgggtcagctaatg
cttgagagtcagtttctttgcaggtggtcagtgataacggtaagtagcca
accatgggagcaagctgaagaaac
tctggaacccatatggttgaaggagacaaacaagttccatgtctctggac
accacccccaccacaacacagcaaacaacccaatgtaagatctgaaataa
tagagcagctaaattcagaggtttaattttaaatggtagattctatttgg
ctcctctaatacccatcagcacagttttccaggttccatgctagctgtga
ggagcacagatgcacctgagctccataactttcttcgtgtgcccatcttc
aactagaagcaacacccaccgtcacctctgcacttgtctggcactcacag
gtggagccaatgaaaggactcctgcagggggcgggtggcggggggggggg
gaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_189272347_189273427
seq2: B6Ng01-165K08.b_46_1119

seq1  GAATTCCATTTCTTTCATGTTGGGCTAAAGCAGCCTGAGACGTCTTAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTTCTTTCATGTTGGGCTAAAGCAGCCTGAGACGTCTTAAGG  50

seq1  TGAAACTCAAACAGTTTAACAGTTACTCATGAGGGTCAGGTCGATGGGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTCAAACAGTTTAACAGTTACTCATGAGGGTCAGGTCGATGGGGG  100

seq1  TTGGATGGAAAGGGGAACAGAGAGCTATGGTTTTAATGGGGCTAAATTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATGGAAAGGGGAACAGAGAGCTATGGTTTTAATGGGGCTAAATTTC  150

seq1  TCTTGTGGGGAGATGGGAAAGTTCCAGAGACTCATAGTGGGAATGGCGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTGGGGAGATGGGAAAGTTCCAGAGACTCATAGTGGGAATGGCGGT  200

seq1  CACACTACAAGATGAATATGCTCAATACCACGAAGAGTGTGTGCAAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTACAAGATGAATATGCTCAATACCACGAAGAGTGTGTGCAAAAAA  250

seq1  TGGCAAAATGGTAGATTTTTATGGTTCATGTTACCGCAGTCACAAATGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAAATGGTAGATTTTTATGGTTCATGTTACCGCAGTCACAAATGTG  300

seq1  GAATCGAAGAGACTCAAAGTCTAAACATGTTGGTGGATTAAAATACCGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCGAAGAGACTCAAAGTCTAAACATGTTGGTGGATTAAAATACCGGA  350

seq1  CTCCTGAAGCAAGGCTATGCTAGCACGCTTAGGGACAACTTTGGAGGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGAAGCAAGGCTATGCTAGCACGCTTAGGGACAACTTTGGAGGCTT  400

seq1  GCAGATGGGGTTGAACCTCTGCAGTCAAGCATCCTGCAAACTGAGCCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGGGGTTGAACCTCTGCAGTCAAGCATCCTGCAAACTGAGCCTCT  450

seq1  GTGGGAAACACTCTTGGAGAAAGCCGAAACTGCAAATGGGGAACCTGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAAACACTCTTGGAGAAAGCCGAAACTGCAAATGGGGAACCTGAGC  500

seq1  CCTTCAACACGCCTGTGTAAGGCTCTGCCTCCTTATGTGTGTGCATGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAACACGCCTGTGTAAGGCTCTGCCTCCTTATGTGTGTGCATGCAG  550

seq1  TACAGGTATGTGTGTATGCATGTTTGAGTGTGTGCGAACACAGATACACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGTATGTGTGTATGCATGTTTGAGTGTGTGCGAACACAGATACACG  600

seq1  TGTGTGTTTACACGTGGAAGCTCACTATGGATGTCCAGAATCATCTCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTTACACGTGGAAGCTCACTATGGATGTCCAGAATCATCTCTAA  650

seq1  TCACTCTTACACCCTAGTCAATGAGACAGGATATCTCAATCAAACCCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCTTACACCCTAGTCAATGAGACAGGATATCTCAATCAAACCCAGA  700

seq1  GCTGGCTGATATGGATTGTCCCTCTAGGCAACTAGCTCTGGCGCTCTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTGATATGGATTGTCCCTCTAGGCAACTAGCTCTGGCGCTCTGTT  750

seq1  TCCATATTCCAGGACTGATATTACATGTGAGCCCTCATACCTCCGAGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATATTCCAGGACTGATATTACATGTGAGCCCTCATACCTCCGAGTCA  800

seq1  CTTACGTGGGCTCTGGGGATCTGAATTTCCATCCTTAAGCTTGTATGGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACGTGGGCTCTGGGGATCTGAATTTCCATCCTTAAGCTTGTATGGCA  850

seq1  AGATCCTAACCACTGAGCCATCTCCTTAGCTCTGCTCTCCGTGTCTGTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTAACCACTGAGCCATCTCCTTAGCTCTGCTCTCCGTGTCTGTAG  900

seq1  CTCAGCTTCCTATACCATAATCTCCTTAAGTATCCTTCCCTAAGCCCCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTTCCTATACCATAATCTCCTTAAGTATCCTTCCCTAAGCCCCAC  950

seq1  CAGGACAACAGAATGACTAAGCTTCAGATGTGAATGTGGGTCAGCTAATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGGACAACAGAATGACTAAGCTTCAGATGTGATTGTGGGTCAGCTAATG  1000

seq1  CAAAGAGAAGTCAAGTTTCTTTGCAAGGTGGTCAGTGATAAACGGTAGGT  1050
      |   ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||
seq2  C-TTGAG-AGTC-AGTTTCTTTGC-AGGTGGTCAGTGAT-AACGGTAAGT  1045

seq1  AGCGAAACCAGGGAGCAAAGCTGAGGGAAAC  1081
      ||| || |  |||||| |||||||  |||||
seq2  AGCCAACCATGGGAGC-AAGCTGA-AGAAAC  1074

seq1: chr1_189355803_189356155
seq2: B6Ng01-165K08.g_75_428 (reverse)

seq1  CTT-CCCCCCCCCCCGCCACCCGCCCCCTGCAGGAGTCCTTTCATTGGCT  49
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCCCCCCCCCGCCACCCGCCCCCTGCAGGAGTCCTTTCATTGGCT  50

seq1  CCACCTGTGAGTGCCAGACAAGTGCAGAGGTGACGGTGGGTGTTGCTTCT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTGTGAGTGCCAGACAAGTGCAGAGGTGACGGTGGGTGTTGCTTCT  100

seq1  AGTTGAAGATGGGCACACGAAGAAAGTTATGGAGCTCAGGTGCATCTGTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAAGATGGGCACACGAAGAAAGTTATGGAGCTCAGGTGCATCTGTG  150

seq1  CTCCTCACAGCTAGCATGGAACCTGGAAAACTGTGCTGATGGGTATTAGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCACAGCTAGCATGGAACCTGGAAAACTGTGCTGATGGGTATTAGA  200

seq1  GGAGCCAAATAGAATCTACCATTTAAAATTAAACCTCTGAATTTAGCTGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCAAATAGAATCTACCATTTAAAATTAAACCTCTGAATTTAGCTGC  250

seq1  TCTATTATTTCAGATCTTACATTGGGTTGTTTGCTGTGTTGTGGTGGGGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTATTTCAGATCTTACATTGGGTTGTTTGCTGTGTTGTGGTGGGGG  300

seq1  TGGTGTCCAGAGACATGGAACTTGTTTGTCTCCTTCAACCATATGGGTTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCCAGAGACATGGAACTTGTTTGTCTCCTTCAACCATATGGGTTC  350

seq1  CAGA  353
      ||||
seq2  CAGA  354