BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-166E09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 169,660,870 - 169,825,772
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLmx1a
Upstream geneLOC240895, LOC622102, C030014K22Rik, Uck2, LOC100039844, Tmco1, Aldh9a1, Mgst3, Lrrc52, Rxrg
Downstream geneLOC100039879, Pbx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-166E09.bB6Ng01-166E09.g
ACCDH958097DH958098
length1,168971
definitionDH958097|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166E09, 5' end.DH958098|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166E09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(169,660,870 - 169,662,034)(169,824,800 - 169,825,772)
sequence
gaattcattgatcagacatgaccatcaggacatgacaaaggagacaaagg
cagagctctgggctgtcctttcttggacaaggcatctgagtgtcacctaa
acttagagataaatgacagaggaaggaacatcagttgggctaccagcatc
caggctgttgatagtcatagctcctggcttcactgaggaggctgtctatg
gctgtggtgtttctaaagtacagggtgatgtcatgggtttctgctctgtt
agctgtacccttatgttgttgttctaataactactgagtgcctcttccaa
tgtgcaaaggcatgttcatgcagaactgagagaacgtgaatattgctgaa
agggcgaaggcgccgagccatagaagacttgagggtctagaacctcgagt
ttctctggaaagagaatgagtcttctgaatgagaggaaaaagagaggtaa
ggatatcggcagatactttttaaagatgaaacacgaaggaaaaaaagcac
agaagaagagaagctaaggtcaaacggaagtaaataggtcaataaggcag
agggcttggtggaggggtggtcagtctgttatggggctccccgattctgg
gaggcctttaaaaaagggtgacttagcagacctggaagtaacctccacca
atgacaaaaagtacaaaagcacaaaagcgtgtgaattgagttgttgcaaa
gcattctgggaagtctggttcatagaagcagatctcttaaaggttctcct
gtttcccctttgccaggttcaccgctctaccaccgctgtggctgtggtga
ctgtgtccatcccccctcccccgccccccacaacctcccagcaaaggcat
ctcccactcctatggccaggatggtagttatttctcaaggaggtgtcatt
ttgtggagatgtttgctcaggagctggcttgccagcttctttatgctttg
ctactaacagtcctttctattctccccttctccctcctcacagcacggga
ggctcagccttgacttcttaagggcagtggtggggatggccagcctgagg
tgattgctggtgtggcttatctctatggactctatggaagaaagcggcct
tccaaaggatgcttcctttaagaaaaggagactattctggatgggtccct
ggtccaatgtccctctgt
gaattccatccgataggactcagtggcttactctaccacttggtatttgg
ggaactaagatgcatttccttctcatctgaattcagaaatttttcaggtc
aaaaaacataaactcagcaatcctcgctactctggaggctcagacaggag
gatcacaagttcaaggcctgcgtgggctatagagtgagttcaagagcaac
ttaagtgagaccctacttacaatttaaaaaataaataaataaacaaaaga
gagcagagacctagcatgcttttggcactaaggtcaatccccgtcactga
aagtaaatataattaagtagttgccttagtttttgaggaccaattcctgc
gggtcttcagggatgatggaccagctatttggccccagagacgtggataa
aaggtcccccttcctttctcacccctgcttctttttacttccattcccag
ccctgagacggaattactttaaatttagagcattctttctaaattttcag
ctctttggaaaaagcagccaaaatgcattccttgccttagctatccctgg
ccttagctatccctggtcttagctgtccctggccttagctgtccctggcc
ttagctgtccctggccttagctattagctgctaatgatggaaaggtgatg
gaatttatgattctgctggattttgaaagaaagtgtttaaagctgattct
ctgaattcttcgtaatttttacaagttttgggagacgtgtacatttcatg
ttactaattcagatgttctacctatgtttcagatccctggagcacaagac
caaaatgacacagaaggtttttttggttttgttttgttttttgtttttta
taaaagattccctctatttgacccaagggacattaaatgcttcccattct
taaagcatatgtggctggggccagagctgtttggtagaacgtttgtccac
catgagtgagaacttaggttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_169660870_169662034
seq2: B6Ng01-166E09.b_47_1214

seq1  GAATTCATTGATCAGACATGACCATCAGGACATGACAAAGGAGACAAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGATCAGACATGACCATCAGGACATGACAAAGGAGACAAAGG  50

seq1  CAGAGCTCTGGGCTGTCCTTTCTTGGACAAGGCATCTGAGTGTCACCTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTCTGGGCTGTCCTTTCTTGGACAAGGCATCTGAGTGTCACCTAA  100

seq1  ACTTAGAGATAAATGACAGAGGAAGGAACATCAGTTGGGCTACCAGCATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGAGATAAATGACAGAGGAAGGAACATCAGTTGGGCTACCAGCATC  150

seq1  CAGGCTGTTGATAGTCATAGCTCCTGGCTTCACTGAGGAGGCTGTCTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGTTGATAGTCATAGCTCCTGGCTTCACTGAGGAGGCTGTCTATG  200

seq1  GCTGTGGTGTTTCTAAAGTACAGGGTGATGTCATGGGTTTCTGCTCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGTGTTTCTAAAGTACAGGGTGATGTCATGGGTTTCTGCTCTGTT  250

seq1  AGCTGTACCCTTATGTTGTTGTTCTAATAACTACTGAGTGCCTCTTCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTACCCTTATGTTGTTGTTCTAATAACTACTGAGTGCCTCTTCCAA  300

seq1  TGTGCAAAGGCATGTTCATGCAGAACTGAGAGAACGTGAATATTGCTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAAAGGCATGTTCATGCAGAACTGAGAGAACGTGAATATTGCTGAA  350

seq1  AGGGCGAAGGCGCCGAGCCATAGAAGACTTGAGGGTCTAGAACCTCGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCGAAGGCGCCGAGCCATAGAAGACTTGAGGGTCTAGAACCTCGAGT  400

seq1  TTCTCTGGAAAGAGAATGAGTCTTCTGAATGAGAGGAAAAAGAGAGGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGGAAAGAGAATGAGTCTTCTGAATGAGAGGAAAAAGAGAGGTAA  450

seq1  GGATATCGGCAGATACTTTTTAAAGATGAAACACGAAGGAAAAAAAGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATCGGCAGATACTTTTTAAAGATGAAACACGAAGGAAAAAAAGCAC  500

seq1  AGAAGAAGAGAAGCTAAGGTCAAACGGAAGTAAATAGGTCAATAAGGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAGAGAAGCTAAGGTCAAACGGAAGTAAATAGGTCAATAAGGCAG  550

seq1  AGGGCTTGGTGGAGGGGTGGTCAGTCTGTTATGGGGCTCCCCGATTCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTTGGTGGAGGGGTGGTCAGTCTGTTATGGGGCTCCCCGATTCTGG  600

seq1  GAGGCCTTTAAAAAAGGGTGACTTAGCAGACCTGGAAGTAACCTCCACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTTTAAAAAAGGGTGACTTAGCAGACCTGGAAGTAACCTCCACCA  650

seq1  ATGACAAAAAGTACAAAAGCACAAAAGCGTGTGAATTGAGTTGTTGCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAAAAAGTACAAAAGCACAAAAGCGTGTGAATTGAGTTGTTGCAAA  700

seq1  GCATTCTGGGAAGTCTGGTTCATAGAAGCAGATCTCTTAAAGGTTCTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTGGGAAGTCTGGTTCATAGAAGCAGATCTCTTAAAGGTTCTCCT  750

seq1  GTTTCCCCTTTGCCAGGTTCACCGCTCTACCACCGCTGTGGCTGTGGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCCCTTTGCCAGGTTCACCGCTCTACCACCGCTGTGGCTGTGGTGA  800

seq1  CTGTGTCCATCCCCCCTCCCCCGCCCCCCACAACCTCCCAGCAAAGGCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCCATCCCCCCTCCCCCGCCCCCCACAACCTCCCAGCAAAGGCAT  850

seq1  CTCCCACTCCTATGGCCAGGATGGTAGTTATTTCTCAAGGAGGTGTCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACTCCTATGGCCAGGATGGTAGTTATTTCTCAAGGAGGTGTCATT  900

seq1  TTGTGGAGATGTTTGCTCAGGAGCTGGCTTGCCAGCTTCTTTATGC-TTG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTGTGGAGATGTTTGCTCAGGAGCTGGCTTGCCAGCTTCTTTATGCTTTG  950

seq1  CTACTAACAGTCCTTTCTATTCTCCCCTCCTCCCTCCTCACAGCCACGGA  999
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||
seq2  CTACTAACAGTCCTTTCTATTCTCCCCTTCTCCCTCCTCACAGCACGGGA  1000

seq1  -GCTCAGCCCTGACTTC-TAAGGGCAGT-GTGGGGATGGGCAG-CTGAGG  1045
       |||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| ||| |||| |
seq2  GGCTCAGCCTTGACTTCTTAAGGGCAGTGGTGGGGATGGCCAGCCTGA-G  1049

seq1  GTGA-TGCTGTGTGT-GCTTATCTTCATGGACTC-ATGGAAGGATGCTGC  1092
      |||| ||||| |||| ||||||||  |||||||| ||||||| | || ||
seq2  GTGATTGCTG-GTGTGGCTTATCTCTATGGACTCTATGGAAGAAAGCGGC  1098

seq1  TTTCAAAGGGATGCTCCCTTTAGAGAAAGGGAGCATATTCCTGATGTGTG  1142
       ||| || ||||||| |||||| ||||| ||||  |||||  ||  || |
seq2  CTTCCAAAGGATGCTTCCTTTA-AGAAAAGGAGACTATTCTGGA--TGGG  1145

seq1  TCCCTGTCCCAGTGTCCCTCTGT  1165
      ||||||  ||| |||||||||||
seq2  TCCCTGGTCCAATGTCCCTCTGT  1168

seq1: chr1_169824800_169825772
seq2: B6Ng01-166E09.g_70_1040 (reverse)

seq1  GAACCTAAGTTCTCACTCATGGTGGACAAACGTTCTACCAAACAGCTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTAAGTTCTCACTCATGGTGGACAAACGTTCTACCAAACAGCTCTG  50

seq1  GCCCCAGCCACATATGCTTTTAAGAATGGGAAGCATTTAATGTCCCTTGG  100
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAGCCACATATGC-TTTAAGAATGGGAAGCATTTAATGTCCCTTGG  99

seq1  GTCAAATAAGAGGGAATCTTTTATAAAAAACAAAAAACAAAACAAAACCA  150
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAT-AGAGGGAATCTTTTATAAAAAACAAAAAACAAAACAAAACCA  148

seq1  AAAAAACCTTCTGTGTCATTTTGGTCTTGTGCTCCAGGGATCTGAAACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACCTTCTGTGTCATTTTGGTCTTGTGCTCCAGGGATCTGAAACAT  198

seq1  AGGTAGAACATCTGAATTAGTAACATGAAATGTACACGTCTCCCAAAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGAACATCTGAATTAGTAACATGAAATGTACACGTCTCCCAAAACT  248

seq1  TGTAAAAATTACGAAGAATTCAGAGAATCAGCTTTAAACACTTTCTTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAAATTACGAAGAATTCAGAGAATCAGCTTTAAACACTTTCTTTCA  298

seq1  AAATCCAGCAGAATCATAAATTCCATCACCTTTCCATCATTAGCAGCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCAGCAGAATCATAAATTCCATCACCTTTCCATCATTAGCAGCTAA  348

seq1  TAGCTAAGGCCAGGGACAGCTAAGGCCAGGGACAGCTAAGGCCAGGGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAAGGCCAGGGACAGCTAAGGCCAGGGACAGCTAAGGCCAGGGACA  398

seq1  GCTAAGACCAGGGATAGCTAAGGCCAGGGATAGCTAAGGCAAGGAATGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGACCAGGGATAGCTAAGGCCAGGGATAGCTAAGGCAAGGAATGCA  448

seq1  TTTTGGCTGCTTTTTCCAAAGAGCTGAAAATTTAGAAAGAATGCTCTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGCTGCTTTTTCCAAAGAGCTGAAAATTTAGAAAGAATGCTCTAAA  498

seq1  TTTAAAGTAATTCCGTCTCAGGGCTGGGAATGGAAGTAAAAAGAAGCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGTAATTCCGTCTCAGGGCTGGGAATGGAAGTAAAAAGAAGCAGG  548

seq1  GGTGAGAAAGGAAGGGGGACCTTTTATCCACGTCTCTGGGGCCAAATAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGAAAGGAAGGGGGACCTTTTATCCACGTCTCTGGGGCCAAATAGC  598

seq1  TGGTCCATCATCCCTGAAGACCCGCAGGAATTGGTCCTCAAAAACTAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCATCATCCCTGAAGACCCGCAGGAATTGGTCCTCAAAAACTAAGG  648

seq1  CAACTACTTAATTATATTTACTTTCAGTGACGGGGATTGACCTTAGTGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTACTTAATTATATTTACTTTCAGTGACGGGGATTGACCTTAGTGCC  698

seq1  AAAAGCATGCTAGGTCTCTGCTCTCTTTTGTTTATTTATTTATTTTTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCATGCTAGGTCTCTGCTCTCTTTTGTTTATTTATTTATTTTTTAA  748

seq1  ATTGTAAGTAGGGTCTCACTTAAGTTGCTCTTGAACTCACTCTATAGCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAAGTAGGGTCTCACTTAAGTTGCTCTTGAACTCACTCTATAGCCC  798

seq1  ACGCAGGCCTTGAACTTGTGATCCTCCTGTCTGAGCCTCCAGAGTAGCGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCAGGCCTTGAACTTGTGATCCTCCTGTCTGAGCCTCCAGAGTAGCGA  848

seq1  GGATTGCTGAGTTTATGTTTTTTGACCTGAAAAATTTCTGAATTCAGATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGCTGAGTTTATGTTTTTTGACCTGAAAAATTTCTGAATTCAGATG  898

seq1  AGAAGGAAATGCATCTTAGTTCCCCAAATACCAAGTGGTAGAGTAAGCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAAATGCATCTTAGTTCCCCAAATACCAAGTGGTAGAGTAAGCCA  948

seq1  CTGAGTCCTATCGGATGGAATTC  973
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTCCTATCGGATGGAATTC  971