BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-168C11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 165,976,025 - 166,138,924
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSele, Sell, Selp, F5
Upstream gene4921528O07Rik, Prrx1, LOC100039597, Scyl1bp1, LOC665237, Gm207, LOC100039626, Kifap3, Scyl3, BC055324, 2810422O20Rik
Downstream geneSlc19a2, 4930455F23Rik, Blzf1, Nme7, Atp1b1, LOC100040065, Dpt, Xcl1, 1700029M03Rik, Tbx19, Sft2d2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-168C11.bB6Ng01-168C11.g
ACCDH959467DH959468
length1,1741,076
definitionDH959467|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168C11, 5' end.DH959468|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168C11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(166,137,748 - 166,138,924)(165,976,025 - 165,977,130)
sequence
gaattctccccaccctcaatagaaaactaccaacttctcaaataagttta
gtacagcagagaaccagacctatatgctatagttatgagaccaggcaggt
gacatgaactttggctgccaagctagtcctcagtgatgaaaccttggctt
caggccatgtttagtcagttgtaagccatcatccaccctttctagcacat
aggtcatgtttgtgttttctcagttatgttgatacggctactgccgagtg
tgcctaccaaacaggaagacttgggaggaatatgtgggaacctcattatt
cttttgatgacagcctctagatctcaggaagggatttgaggcagaaggaa
aaaaattttaagagatactttgatcgtaatgtttcttgactagatgaatg
gctagcataaacattgagaccctcttccttaggtgatagaaccctgtgaa
tcttgttggaggttttgcgtgtgagtcaatgtaggtaagataaacggaat
ttgggaaataattacaaggtcataagataaagttatttattccctgccaa
ttccctgtagagctactgggctgcctaggcggatatatcagcaaagttga
attcttgatttttcctagaacaggccctttgggaacaatacacatcacaa
gaagtggaaatgataaatgtatgaataggatttttgctcctgaaatattt
cttcttcctcttccagaggaaccccataaatggggttgtttcattaagct
atagcagacgaaagcctagagagaggaattggctcatagatgactgtcat
gcatagctttatgagttgcatactgagactgtaggcatggccggtcacag
gctatgatgtccatacttactcagatattccgaagccttgatctgtgaat
cagatatgacaccagtgcttagtcccattggcattttacactttaggaaa
aaacaaaaacaaatgctttttgctcagaaactacatatgacaggtaaaac
cttctatgtctagagattattttcattacatccatgatatgactctatat
gcccagttagaaagagataaacactcagcagactggtgcttatctggatt
agtactaactcagcagaaaataactggagtctttaaacaggctggtttaa
ggctgagttcaatctggttgtatt
gaattctcacacttgtttcagtgatgccacaccctctgtcggagcctctt
tccctcgggaattctgaagtggttaaaatcttcaatgtacagggtgtgga
aggaagcctaaaggtcttgaagtaaagactaatggagcgaggacatgtgg
tacctgctggagcagcctatgatgtgcctgtggctgcatcttctttcctc
tagttgatcacattcatgcggggcattccttctcccaagactgagatcct
caaggggtgtctatcaccccaggttggaaactaaacagttcaaagctcac
tggctacattttcagaatttggagacttagtacagactaagatacctctc
agcacccacccgttacctatgaagtttgtactatttgaagggaattaatc
ttcccttcaaactacccccctccaactactcaagtctcatctagtttcct
tttcaacttacctcccacaaccaccacagaaatgaatgctcctcgttagc
actggacaggattgaccagatgagggatgtgtcagatgatgtagctacag
caggtgagcaataatcccttcctcttgtcctgagcttcctcaggggctct
gtttatggcttctccagcaatatgagcaacaagagagcaaggctattggc
tcccactgtccacttacaggattttcaggtctagtttctggggcaagaca
taggaaatatcttggagggatgcaggatgctagcgtgagtagatgtgcat
taacacacctctaatcatgtttgtgttcatctttagatagaatgtacatg
aagccccctttacttacagatctcttctatcacttgctcttacctttctt
tcttatagtgaggtctatacctaaagctcttccagtataatcttagaata
cgattttgctcttttgcttttgatcaggatcttttggcaatgtggcatag
agtcagccactcttcaggcaggcacagtgcctgctgttgttttttctttc
actgctcttatctgagcagcctcctcccgtgcatccctcctgtatgctgt
ctggtcttttctgcctagcatccacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_166137748_166138924
seq2: B6Ng01-168C11.b_46_1219 (reverse)

seq1  AATACAACCAGATGGACATCAG-CTTAAA-CATACTGTTTTAAAGACTCC  48
      ||||||||||||| ||  |||| |||||| ||  ||| ||||||||||||
seq2  AATACAACCAGATTGAACTCAGCCTTAAACCAGCCTG-TTTAAAGACTCC  49

seq1  AGTTATTTTCTGCTGTGTTAGTTACT-ATTCAGATAAGCACCAGTCTTGC  97
      ||||||||||||||| ||||| |||| || |||||||||||||||| |||
seq2  AGTTATTTTCTGCTGAGTTAG-TACTAATCCAGATAAGCACCAGTC-TGC  97

seq1  TGAGTGTTTATCTCTTTCTAACTGGGCATATTAGAGTCATTATCATGGAT  147
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  TGAGTGTTTATCTCTTTCTAACTGGGCATA-TAGAGTCA-TATCATGGAT  145

seq1  GGTAAATGAAAATAATCTCTAGACATAG-AGGTTTTACTTGTCATATGTA  196
      |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  G--TAATGAAAATAATCTCTAGACATAGAAGGTTTTACCTGTCATATGTA  193

seq1  GTTTCTGAGCAAAAAGCATTTGTTTTTGTTTTTTCCTAGAGTGTAAGATG  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  GTTTCTGAGCAAAAAGCATTTGTTTTTGTTTTTTCCTAAAGTGTAAAATG  243

seq1  CCAATGGGACTAAGCACTGGTGTCATATCTGATTCACAGATCAAGGCTTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGGGACTAAGCACTGGTGTCATATCTGATTCACAGATCAAGGCTTC  293

seq1  GGAATATCTGAGTAAGTATGGACATCATAGCCTGTGACCGGCCATGCCTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATCTGAGTAAGTATGGACATCATAGCCTGTGACCGGCCATGCCTA  343

seq1  CAGTCTCAGTATGCAACTCATAAAGCTATGCATGACAGTCATCTATGAGC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTCAGTATGCAACTCATAAAGCTATGCATGACAGTCATCTATGAGC  393

seq1  CAATTCCTCTCTCTAGGCTTTCGTCTGCTATAGCTTAATGAAACAACCCC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCCTCTCTCTAGGCTTTCGTCTGCTATAGCTTAATGAAACAACCCC  443

seq1  ATTTATGGGGTTCCTCTGGAAGAGGAAGAAGAAATATTTCAGGAGCAAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGGGGTTCCTCTGGAAGAGGAAGAAGAAATATTTCAGGAGCAAAA  493

seq1  ATCCTATTCATACATTTATCATTTCCACTTCTTGTGATGTGTATTGTTCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTATTCATACATTTATCATTTCCACTTCTTGTGATGTGTATTGTTCC  543

seq1  CAAAGGGCCTGTTCTAGGAAAAATCAAGAATTCAACTTTGCTGATATATC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGCCTGTTCTAGGAAAAATCAAGAATTCAACTTTGCTGATATATC  593

seq1  CGCCTAGGCAGCCCAGTAGCTCTACAGGGAATTGGCAGGGAATAAATAAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCTAGGCAGCCCAGTAGCTCTACAGGGAATTGGCAGGGAATAAATAAC  643

seq1  TTTATCTTATGACCTTGTAATTATTTCCCAAATTCCGTTTATCTTACCTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTTATGACCTTGTAATTATTTCCCAAATTCCGTTTATCTTACCTA  693

seq1  CATTGACTCACACGCAAAACCTCCAACAAGATTCACAGGGTTCTATCACC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGACTCACACGCAAAACCTCCAACAAGATTCACAGGGTTCTATCACC  743

seq1  TAAGGAAGAGGGTCTCAATGTTTATGCTAGCCATTCATCTAGTCAAGAAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAAGAGGGTCTCAATGTTTATGCTAGCCATTCATCTAGTCAAGAAA  793

seq1  CATTACGATCAAAGTATCTCTTAAAATTTTTTTCCTTCTGCCTCAAATCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACGATCAAAGTATCTCTTAAAATTTTTTTCCTTCTGCCTCAAATCC  843

seq1  CTTCCTGAGATCTAGAGGCTGTCATCAAAAGAATAATGAGGTTCCCACAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGAGATCTAGAGGCTGTCATCAAAAGAATAATGAGGTTCCCACAT  893

seq1  ATTCCTCCCAAGTCTTCCTGTTTGGTAGGCACACTCGGCAGTAGCCGTAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTCCCAAGTCTTCCTGTTTGGTAGGCACACTCGGCAGTAGCCGTAT  943

seq1  CAACATAACTGAGAAAACACAAACATGACCTATGTGCTAGAAAGGGTGGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATAACTGAGAAAACACAAACATGACCTATGTGCTAGAAAGGGTGGA  993

seq1  TGATGGCTTACAACTGACTAAACATGGCCTGAAGCCAAGGTTTCATCACT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGCTTACAACTGACTAAACATGGCCTGAAGCCAAGGTTTCATCACT  1043

seq1  GAGGACTAGCTTGGCAGCCAAAGTTCATGTCACCTGCCTGGTCTCATAAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACTAGCTTGGCAGCCAAAGTTCATGTCACCTGCCTGGTCTCATAAC  1093

seq1  TATAGCATATAGGTCTGGTTCTCTGCTGTACTAAACTTATTTGAGAAGTT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCATATAGGTCTGGTTCTCTGCTGTACTAAACTTATTTGAGAAGTT  1143

seq1  GGTAGTTTTCTATTGAGGGTGGGGAGAATTC  1177
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTTTTCTATTGAGGGTGGGGAGAATTC  1174

seq1: chr1_165976025_165977130
seq2: B6Ng01-168C11.g_66_1141

seq1  GAATTCTCACACTTGTTTCAGTGATGCCACACCCTCTGTCGGAGCCTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACACTTGTTTCAGTGATGCCACACCCTCTGTCGGAGCCTCTT  50

seq1  TCCCTCGGGAATTCTGAAGTGGTTAAAATCTTCAATGTACAGGGTGTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCGGGAATTCTGAAGTGGTTAAAATCTTCAATGTACAGGGTGTGGA  100

seq1  AGGAAGCCTAAAGGTCTTGAAGTAAAGACTAATGGAGCGAGGACATGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCCTAAAGGTCTTGAAGTAAAGACTAATGGAGCGAGGACATGTGG  150

seq1  TACCTGCTGGAGCAGCCTATGATGTGCCTGTGGCTGCATCTTCTTTCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGCTGGAGCAGCCTATGATGTGCCTGTGGCTGCATCTTCTTTCCTC  200

seq1  TAGTTGATCACATTCATGCGGGGCATTCCTTCTCCCAAGACTGAGATCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGATCACATTCATGCGGGGCATTCCTTCTCCCAAGACTGAGATCCT  250

seq1  CAAGGGGTGTCTATCACCCCAGGTTGGAAACTAAACAGTTCAAAGCTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGGTGTCTATCACCCCAGGTTGGAAACTAAACAGTTCAAAGCTCAC  300

seq1  TGGCTACATTTTCAGAATTTGGAGACTTAGTACAGACTAAGATACCTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTACATTTTCAGAATTTGGAGACTTAGTACAGACTAAGATACCTCTC  350

seq1  AGCACCCACCCGTTACCTATGAAGTTTGTACTATTTGAAGGGAATTAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCACCCGTTACCTATGAAGTTTGTACTATTTGAAGGGAATTAATC  400

seq1  TTCCCTTCAAACTACCCCCCTCCAACTACTCAAGTCTCATCTAGTTTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTCAAACTACCCCCCTCCAACTACTCAAGTCTCATCTAGTTTCCT  450

seq1  TTTCAACTTACCTCCCACAACCACCACAGAAATGAATGCTCCTCGTTAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAACTTACCTCCCACAACCACCACAGAAATGAATGCTCCTCGTTAGC  500

seq1  ACTGGACAGGATTGACCAGATGAGGGATGTGTCAGATGATGTAGCTACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGACAGGATTGACCAGATGAGGGATGTGTCAGATGATGTAGCTACAG  550

seq1  CAGGTGAGCAATAATCCCTTCCTCTTGTCCTGAGCTTCCTCAGGGGCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAGCAATAATCCCTTCCTCTTGTCCTGAGCTTCCTCAGGGGCTCT  600

seq1  GTTTATGGCTTCTCCAGCAATATGAGCAACAAGAGAGCAAGGCTATTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATGGCTTCTCCAGCAATATGAGCAACAAGAGAGCAAGGCTATTGGC  650

seq1  TCCCACTGTCCACTTACAGGATTTTCAGGTCTAGTTTCTGGGGCAAGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTGTCCACTTACAGGATTTTCAGGTCTAGTTTCTGGGGCAAGACA  700

seq1  TAGGAAATATCTTGGAGGGATGCAGGATGCTAGCGTGAGTAGATGTGCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAATATCTTGGAGGGATGCAGGATGCTAGCGTGAGTAGATGTGCAT  750

seq1  TAACACACCTCTAATCATGTTTGTGTTCATCTTTAGATAGAATGTACATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACACCTCTAATCATGTTTGTGTTCATCTTTAGATAGAATGTACATG  800

seq1  AAGCCCCCTTTACTTACAGATCTCTTCTATCACTTGCTCTTACCTTTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCCTTTACTTACAGATCTCTTCTATCACTTGCTCTTACCTTTCTT  850

seq1  TCTTATAGTGAGGTCTATACCTAAAGCTCTTCCAGTATAATCTTAGAATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATAGTGAGGTCTATACCTAAAGCTCTTCCAGTATAATCTTAGAATA  900

seq1  CGATTTTGCTCTTTTGCTTTTGATCAGGATCTTTTGGCAAATGTGGCATA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CGATTTTGCTCTTTTGCTTTTGATCAGGATCTTTTGGC-AATGTGGCATA  949

seq1  GAGTCAGCCACTCCTTCCAGGCAGGGCACAGTTGCCTTGCTTGTTGTTTT  1000
      |||||||||||||  | |||||| ||||||| |||| ||| |||||||||
seq2  GAGTCAGCCACTC--TTCAGGCA-GGCACAG-TGCC-TGC-TGTTGTTTT  993

seq1  TTTCCTTTCCAACTTGCTTCCTTTATCTGAGCAAGCCTCTCCCCGTGGCA  1050
      ||  |||||  || ||||    |||||||||| ||||||  ||||| |||
seq2  TT--CTTTC--AC-TGCT---CTTATCTGAGC-AGCCTCCTCCCGT-GCA  1033

seq1  TCCCTTCCCTGTTATTTGCTGTCCTGGGTCTTTTTCCTGCCCCTAAGCAT  1100
      |||||  ||||   | |||||||   ||||||||  |||||    |||||
seq2  TCCCT--CCTG---TATGCTGTC--TGGTCTTTT--CTGCC---TAGCAT  1071

seq1  CACACC  1106
      | ||||
seq2  C-CACC  1076