BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-168E19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 136,734,664 - 136,835,056
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpp1r12b
Upstream geneOptc, Prelp, LOC100042352, LOC100042358, Fmod, Btg2, EG667414, Chit1, Chi3l1, Mybph, Adora1, Myog, Ppfia4, LOC100042382, Tmem183a, 4933406M09Rik, Cyb5r1, Adipor1, Klhl12, Rabif, 4931440L10Rik, Jarid1b, LOC100042418, Syt2
Downstream geneUbe2t, Lgr6, Ptprv, LOC100042432, Ptpn7, Arl8a, Gpr37l1, LOC100043064, Elf3, Rnpep, Timm17a, Lmod1, Tmem58, Ipo9, Nav1, EG215714, LOC623327, Csrp1, Phlda3, Tnni1, Lad1, Tnnt2, LOC100042477, Pkp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-168E19.bB6Ng01-168E19.g
ACCDH959573DH959574
length1,0051,148
definitionDH959573|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168E19, 5' end.DH959574|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168E19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,834,486 - 136,835,056)(136,734,664 - 136,735,824)
sequence
gaattcagctgtgggagtcttgcaaaagatcatcccagctgagcttgttg
actgtttatgtttcctcacagaagagcagagagagtcaccagaccctcac
ctgagcagccagttgctcctatcacctgttgtatgcaactctgccctgat
tgcacatggcctctgggagggactagagtttccatctatgaggctatggg
agagccatcatccattctgggtaaagactttgtggtgttgtcttttcagg
aagactcacccacactgctcaccagtgctcagaaagcctaataagcaatt
tggttctcctgagtgaactatggtggaactgtgcctcagtctgttgttgg
gaccttggtagaagggtagaccttatttatgtcccccttaaggaagagat
cttaggaacacctcccttagagctcaacttaaaggcatttgtgggacact
tggcgttgctcttacctatttgagctatcacttctgaccatgcctgtgct
tttatagtcatttatttaagaaatagcccaagtgctggaaagttagcaca
gtgtttaagagcactggctgcccttgcagaggacttgggtaagagtccca
gcaaccacatggctgttatggcagctcataacatctgtcactcagctcca
gggggtccgacactctgacctttccaggccccaggcacacatgggttaca
tgtacacacatggagacaaaacacccacacatgttaaataataaaataaa
tataagaaataatccaaggtcttgaagatgtacagttgtgttccccattt
ccccatccccccaaagttgcatagtttagatctttaagtctttttttttt
tttttaagatttatttatttatttattacatgtaagtacattgtagctgt
cttcagatgcaccagaagagggtatcagatctcattacagatggttgtga
gccaccatgtggttgctgggatttgaacttcggacttcgagagcagtcgg
tgctc
gaattcttgagcagagaaactgcccctaaaacaacccaaataaatctccc
aacaggccatttctagcaacacatgcctaaaataagcaccgtggtgtaca
gagaacgcagacctaaatctgcgtacactctgaactaaaactttagcttt
cctaacttgatcttccaaaaataggtcaacagtgacacccactgttacag
atgtacttggtctacaccaaactgtgctcagttgtctgagtgcactttac
cctctcccaagatcaaatggttattatcctcttagtctctgagcagtaac
tactgggaaaaccaaacttttaaaacctggttcaagaaggtgaaaattca
tagctaggctaaaacaaccaaaccttctgaaatgctatattggcttttct
ttttctctattgtcatttcctgagtaactctaggaatcacacagagatgt
gccaacaactactgttcccccctgggatcattggagcagtatgacagagg
caaagccaaatggtagacctgggcaggacggccctaaggagagagtgaga
ttattccagtagagtgtgtatgttttcagagctttggaggaggccatgtc
ccaaagctggaaggcaggcactaattactaaacccatagcatccttttta
ttttaaaaaattatatgtatacgtatgctcttatgtatgtatacaagtat
accgcttgcagaggatgccggatcccctgaagctggagtaagggatgaca
atgtggggtcctctgcaaaaccagaaagcaccctccactgcagaactctc
tctctctagtctcattgctgcctttaaaaaatagctaattcataatttta
ttcactcttttaaatactgttgttttaaagcacttaaacttacagaggca
gtcaagaaattctttttaagaaactttcttcacagatttattctcagtta
tgggtatgtgtgtgagctggcagagtgatgtaccctttgtgcatgccgga
gcctacagaagaggcagagaggtgttggatctctggaactcgagttacag
tgtttgtaagcactgtgtagacacttgaaactgagcttgggctttggcaa
gggcagtaagacatctttagctgcgtgactgcctactagcacctttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_136834486_136835056
seq2: B6Ng01-168E19.b_47_617 (reverse)

seq1  GCAGCCAGTGCTCTTAAACACTGTGCTAACTTTCCAGCACTTGGGCTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCAGTGCTCTTAAACACTGTGCTAACTTTCCAGCACTTGGGCTATT  50

seq1  TCTTAAATAAATGACTATAAAAGCACAGGCATGGTCAGAAGTGATAGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAATAAATGACTATAAAAGCACAGGCATGGTCAGAAGTGATAGCTC  100

seq1  AAATAGGTAAGAGCAACGCCAAGTGTCCCACAAATGCCTTTAAGTTGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGGTAAGAGCAACGCCAAGTGTCCCACAAATGCCTTTAAGTTGAGC  150

seq1  TCTAAGGGAGGTGTTCCTAAGATCTCTTCCTTAAGGGGGACATAAATAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGGAGGTGTTCCTAAGATCTCTTCCTTAAGGGGGACATAAATAAG  200

seq1  GTCTACCCTTCTACCAAGGTCCCAACAACAGACTGAGGCACAGTTCCACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACCCTTCTACCAAGGTCCCAACAACAGACTGAGGCACAGTTCCACC  250

seq1  ATAGTTCACTCAGGAGAACCAAATTGCTTATTAGGCTTTCTGAGCACTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTCACTCAGGAGAACCAAATTGCTTATTAGGCTTTCTGAGCACTGG  300

seq1  TGAGCAGTGTGGGTGAGTCTTCCTGAAAAGACAACACCACAAAGTCTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGTGTGGGTGAGTCTTCCTGAAAAGACAACACCACAAAGTCTTTA  350

seq1  CCCAGAATGGATGATGGCTCTCCCATAGCCTCATAGATGGAAACTCTAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAATGGATGATGGCTCTCCCATAGCCTCATAGATGGAAACTCTAGT  400

seq1  CCCTCCCAGAGGCCATGTGCAATCAGGGCAGAGTTGCATACAACAGGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCAGAGGCCATGTGCAATCAGGGCAGAGTTGCATACAACAGGTGA  450

seq1  TAGGAGCAACTGGCTGCTCAGGTGAGGGTCTGGTGACTCTCTCTGCTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGCAACTGGCTGCTCAGGTGAGGGTCTGGTGACTCTCTCTGCTCTT  500

seq1  CTGTGAGGAAACATAAACAGTCAACAAGCTCAGCTGGGATGATCTTTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGGAAACATAAACAGTCAACAAGCTCAGCTGGGATGATCTTTTGC  550

seq1  AAGACTCCCACAGCTGAATTC  571
      |||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTCCCACAGCTGAATTC  571

seq1: chr1_136734664_136735824
seq2: B6Ng01-168E19.g_69_1216

seq1  GAATTCTTGAGCAGAGAAACTGCCCCTAAAACAACCCAAATAAATCTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAGCAGAGAAACTGCCCCTAAAACAACCCAAATAAATCTCCC  50

seq1  AACAGGCCATTTCTAGCAACACATGCCTAAAATAAGCACCGTGGTGTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCCATTTCTAGCAACACATGCCTAAAATAAGCACCGTGGTGTACA  100

seq1  GAGAACGCAGACCTAAATCTGCGTACACTCTGAACTAAAACTTTAGCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACGCAGACCTAAATCTGCGTACACTCTGAACTAAAACTTTAGCTTT  150

seq1  CCTAACTTGATCTTCCAAAAATAGGTCAACAGTGACACCCACTGTTACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACTTGATCTTCCAAAAATAGGTCAACAGTGACACCCACTGTTACAG  200

seq1  ATGTACTTGGTCTACACCAAACTGTGCTCAGTTGTCTGAGTGCACTTTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACTTGGTCTACACCAAACTGTGCTCAGTTGTCTGAGTGCACTTTAC  250

seq1  CCTCTCCCAAGATCAAATGGTTATTATCCTCTTAGTCTCTGAGCAGTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCCAAGATCAAATGGTTATTATCCTCTTAGTCTCTGAGCAGTAAC  300

seq1  TACTGGGAAAACCAAACTTTTAAAACCTGGTTCAAGAAGGTGAAAATTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGGAAAACCAAACTTTTAAAACCTGGTTCAAGAAGGTGAAAATTCA  350

seq1  TAGCTAGGCTAAAACAACCAAACCTTCTGAAATGCTATATTGGCTTTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAGGCTAAAACAACCAAACCTTCTGAAATGCTATATTGGCTTTTCT  400

seq1  TTTTCTCTATTGTCATTTCCTGAGTAACTCTAGGAATCACACAGAGATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTATTGTCATTTCCTGAGTAACTCTAGGAATCACACAGAGATGT  450

seq1  GCCAACAACTACTGTTCCCCCCTGGGATCATTGGAGCAGTATGACAGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACAACTACTGTTCCCCCCTGGGATCATTGGAGCAGTATGACAGAGG  500

seq1  CAAAGCCAAATGGTAGACCTGGGCAGGACGGCCCTAAGGAGAGAGTGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCAAATGGTAGACCTGGGCAGGACGGCCCTAAGGAGAGAGTGAGA  550

seq1  TTATTCCAGTAGAGTGTGTATGTTTTCAGAGCTTTGGAGGAGGCCATGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCCAGTAGAGTGTGTATGTTTTCAGAGCTTTGGAGGAGGCCATGTC  600

seq1  CCAAAGCTGGAAGGCAGGCACTAATTACTAAACCCATAGCATCCTTTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGCTGGAAGGCAGGCACTAATTACTAAACCCATAGCATCCTTTTTA  650

seq1  TTTTAAAAAATTATATGTATACGTATGCTCTTATGTATGTATACAAGTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAAATTATATGTATACGTATGCTCTTATGTATGTATACAAGTAT  700

seq1  ACCGCTTGCAGAGGATGCCGGATCCCCTGAAGCTGGAGTAAGGGATGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCTTGCAGAGGATGCCGGATCCCCTGAAGCTGGAGTAAGGGATGACA  750

seq1  ATGTGGGGTCCTCTGCAAAACCAGAAAGCACCCTCCACTGCAGAACTCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGGTCCTCTGCAAAACCAGAAAGCACCCTCCACTGCAGAACTCTC  800

seq1  TCTCTCTAGTCTCATTGCTGCCTTTAAAAAAATAGCTAATTCATAATTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTAGTCTCATTGCTGCCTTT-AAAAAATAGCTAATTCATAATTTT  849

seq1  ATTCACTCTTTTAAATAACTGTTGTCTTTAAAGCACTTAAACTTACAGAG  900
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTCTTTTAAAT-ACTGTTGT-TTTAAAGCACTTAAACTTACAGAG  897

seq1  GCAGTCAAGAAATTCTTTTCAAGAAACTTTCTTCACAGATTTATTCTCAG  950
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCAAGAAATTCTTTTTAAGAAACTTTCTTCACAGATTTATTCTCAG  947

seq1  TTATGGGTATGTGTGTGAGGCTGGCAGAGTTGATGTACCCTATGTGCATG  1000
      |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  TTATGGGTATGTGTGTGA-GCTGGCAGAG-TGATGTACCCTTTGTGCATG  995

seq1  CCGGAGCCTACAGAAGAGGCCAGAGAGGGTGTTGGATCCTCTGGAACTCG  1050
      ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  CCGGAGCCTACAGAAGAGG-CAGAGA-GGTGTTGGAT-CTCTGGAACTCG  1042

seq1  AGTTACAGGTGGTTGTAAGCCACTGTGTAGACACTGGAAACTGAGCCTGG  1100
      ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  AGTTACA-GTGTTTGTAAG-CACTGTGTAGACACTTGAAACTGAGCTTGG  1090

seq1  GCCTTCTGCAAGGGCAGTAAG-CACTCTTAGCTGCTGGGCTCGCTCACTA  1149
      | |||  |||||||||||||| ||   ||||||||  | || ||  ||||
seq2  G-CTTTGGCAAGGGCAGTAAGACATCTTTAGCTGCGTGACT-GCCTACTA  1138

seq1  GCACCCTTTTCA  1161
      |||||  |||||
seq2  GCACC--TTTCA  1148