BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-168F09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 124,179,963 - 124,335,639
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneInsig2, Ccdc93, LOC100041926, Htr5b, LOC666656, Ddx18, LOC666971
Downstream geneLOC666983, Dpp10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-168F09.bB6Ng01-168F09.g
ACCDH959600DH959601
length1,1761,108
definitionDH959600|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168F09, 5' end.DH959601|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168F09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,334,455 - 124,335,639)(124,179,963 - 124,181,074)
sequence
gaattccaggccagggaactgaactcaaatcataccgtttggcagcaagt
gtctttacctgctaattcatcacactggcccactgtaaatgcttttaagc
ctacaatttgaaaactattctctgctagaggaaagatcaatagtcacatg
ctttgcttctcaaacatagtcatttggttgattttactacccagtgtttt
acaaacttttaaattaattatcaatatttaagtgccaaaggactgaggga
gtcaactgcactccaagtcatcagcccgtcctgtcagacacgattcatca
tcacactgcaatggctccatttattttgtatttagtgattttctgtctta
aaaccaaaccccctttcctcattcctatttcagttggtccctagtggcaa
cagaggtttttccctgggggagtgcatgaaatatgtatttattagtcaga
gctacagacatttttcttagcagtgataagctctgagacagtctatttaa
aaatgtcttctgataaacctaataaggaaacacagacaagcctaggaagt
taatattctgaggttcattaagactaattggaatatattagttgtgtggt
ttttgagaatgcttcctctgccttcccatttgttttctcatcttattaat
caaaagacaaaatacaaacatgcacaaagaaatatgaccttgacaatgtg
gagaaatttgtctagaatgagggtttcttttttaaataaattgaaaaaaa
attacacaatatcttaaatagaattatcctgtattataaaatgttccata
ttctaatatttcaaataaatcaaaattaagccattgtgttgtgtatttat
ttggaagtaaacattttattttaagttcagcatacatttgatatgtttgt
aagtcataaatacacagctcaatgagattttcaagtacctatattaatat
taatactcccatcagcactgccatcaaattgagttgtctgtattcttttt
taaaggaagtactcgttcatatgtatgtgcataaacatttgcctgcatga
aatagtgaccataatgcatgcttgatgctttcgagatcgacagtgtggct
gccatgtggtgtgtaacggatgacctggatgtttgcaaggcaacaaaggt
gctttaactcagaactgactttccat
gaattctcttttctaaggaaaataatagcattccaggaaatgtatgatgg
aaaagtagggcatacgctaatcacactagaacccgggggagcccaagtat
tcctcctggataagtccagaataatgcttacctagcctttctggctagaa
agcaatgccaaagccaaagagcttacttgatcatccggtctgtggagaga
cgtggtgaattctttgatatgcgtcctgagcacatggaaatagctgccgc
tgaaggatttctcctggtaagacaccttataaagccaaatccaataaaat
gaaatgtcaaggattcaggttatctcctgcttttatttatctctgtctca
tagctttgttattgcccatgtttggttttatacgattccacaatctatcc
ttaattcaggcgggctttcctaagtgtaaacatgtttggggaagagagct
agcttctacatgggtggggaaggatttaattccaggggaccaaggcaaaa
tcctacatgtagggttatagtgaataattaaagtgaatcttatcatgtca
taaaatagttttatggagactatgaaatataaaaaaagtaatgatattga
gttgaacaaattgaacttaattataaaagataggcagaactaaaaaagac
cgattttgaagcacagattatttattctttcttgagctatattaaaggct
aggtatatttccttgacatcttaatatgtctgtggcttcttcctccaaat
ccttgcatgccactaatacagtctgcactatacttaattgttctattctt
ttttttactataaattttaatgctaccttcttgatcatagtaaaatgata
gtatttcttcaaacccaaatagtgagggcagaagtggcaatttcatataa
atctgtgaaaccatcatcagtaaacacacatgtaagtagtgtgattctta
tgtcattcaattgttttatatctgtatttagttggctaaggccacctcaa
aatatacaaaatattgatcacttgaccatttggttctactagtatgatcc
tatttaaaaataatcattctccaactccctctactgggttataattttat
attatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_124334455_124335639
seq2: B6Ng01-168F09.b_47_1222 (reverse)

seq1  ATGGAAAGTCAGCTCCGTGGTTAAAGCAC--TTGTTGCTCTTGCAAAACA  48
      |||||||||||| || |  ||||||||||  ||||||| ||||| |||||
seq2  ATGGAAAGTCAGTTCTG-AGTTAAAGCACCTTTGTTGC-CTTGC-AAACA  47

seq1  TCCAGGTTCAATTCCCGTTACA---CACATGGCAGCTCACAACTGTCGAT  95
      |||||| |||    ||||||||   ||||||||||| ||| |||||||||
seq2  TCCAGG-TCA---TCCGTTACACACCACATGGCAGC-CAC-ACTGTCGAT  91

seq1  TCCTCGAAAGCATCAAGCATGCA-TATGGTTCACTATGTTCATGCAGGCA  144
        ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  --CTCGAAAGCATCAAGCATGCATTATGG-TCACTAT-TTCATGCAGGCA  137

seq1  AATGTTTATGCACATACAATATGAACGAGTACTTCCTTTAAAAAAGAATA  194
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTATGCACATAC-ATATGAACGAGTACTTCCTTTAAAAAAGAATA  186

seq1  CAGACAACTCAATTTTGATGGCAGTGCTGATGGGAGTATTAATATTAATA  244
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAACTCAA-TTTGATGGCAGTGCTGATGGGAGTATTAATATTAATA  235

seq1  TAGGTACTTGGAAATCTCATTGAGCTGTGTATTTATGACTTACAAACATA  294
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTACTTGAAAATCTCATTGAGCTGTGTATTTATGACTTACAAACATA  285

seq1  TCAAATGTATGCTGAACTTAAAATAAAATGTTTACTTCCAAATAAATACA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGTATGCTGAACTTAAAATAAAATGTTTACTTCCAAATAAATACA  335

seq1  CAACACAATGGCTTAATTTTGATTTATTTGAAATATTAGAATATGGAACA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACAATGGCTTAATTTTGATTTATTTGAAATATTAGAATATGGAACA  385

seq1  TTTTATAATACAGGATAATTCTATTTAAGATATTGTGTAATTTTTTTTCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAATACAGGATAATTCTATTTAAGATATTGTGTAATTTTTTTTCA  435

seq1  ATTTATTTAAAAAAGAAACCCTCATTCTAGACAAATTTCTCCACATTGTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTAAAAAAGAAACCCTCATTCTAGACAAATTTCTCCACATTGTC  485

seq1  AAGGTCATATTTCTTTGTGCATGTTTGTATTTTGTCTTTTGATTAATAAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCATATTTCTTTGTGCATGTTTGTATTTTGTCTTTTGATTAATAAG  535

seq1  ATGAGAAAACAAATGGGAAGGCAGAGGAAGCATTCTCAAAAACCACACAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAAACAAATGGGAAGGCAGAGGAAGCATTCTCAAAAACCACACAA  585

seq1  CTAATATATTCCAATTAGTCTTAATGAACCTCAGAATATTAACTTCCTAG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATATATTCCAATTAGTCTTAATGAACCTCAGAATATTAACTTCCTAG  635

seq1  GCTTGTCTGTGTTTCCTTATTAGGTTTATCAGAAGACATTTTTAAATAGA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTCTGTGTTTCCTTATTAGGTTTATCAGAAGACATTTTTAAATAGA  685

seq1  CTGTCTCAGAGCTTATCACTGCTAAGAAAAATGTCTGTAGCTCTGACTAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCAGAGCTTATCACTGCTAAGAAAAATGTCTGTAGCTCTGACTAA  735

seq1  TAAATACATATTTCATGCACTCCCCCAGGGAAAAACCTCTGTTGCCACTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACATATTTCATGCACTCCCCCAGGGAAAAACCTCTGTTGCCACTA  785

seq1  GGGACCAACTGAAATAGGAATGAGGAAAGGGGGTTTGGTTTTAAGACAGA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCAACTGAAATAGGAATGAGGAAAGGGGGTTTGGTTTTAAGACAGA  835

seq1  AAATCACTAAATACAAAATAAATGGAGCCATTGCAGTGTGATGATGAATC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCACTAAATACAAAATAAATGGAGCCATTGCAGTGTGATGATGAATC  885

seq1  GTGTCTGACAGGACGGGCTGATGACTTGGAGTGCAGTTGACTCCCTCAGT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGACAGGACGGGCTGATGACTTGGAGTGCAGTTGACTCCCTCAGT  935

seq1  CCTTTGGCACTTAAATATTGATAATTAATTTAAAAGTTTGTAAAACACTG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGCACTTAAATATTGATAATTAATTTAAAAGTTTGTAAAACACTG  985

seq1  GGTAGTAAAATCAACCAAATGACTATGTTTGAGAAGCAAAGCATGTGACT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTAAAATCAACCAAATGACTATGTTTGAGAAGCAAAGCATGTGACT  1035

seq1  ATTGATCTTTCCTCTAGCAGAGAATAGTTTTCAAATTGTAGGCTTAAAAG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATCTTTCCTCTAGCAGAGAATAGTTTTCAAATTGTAGGCTTAAAAG  1085

seq1  CATTTACAGTGGGCCAGTGTGATGAATTAGCAGGTAAAGACACTTGCTGC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACAGTGGGCCAGTGTGATGAATTAGCAGGTAAAGACACTTGCTGC  1135

seq1  CAAACGGTATGATTTGAGTTCAGTTCCCTGGCCTGGAATTC  1185
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACGGTATGATTTGAGTTCAGTTCCCTGGCCTGGAATTC  1176

seq1: chr1_124179963_124181074
seq2: B6Ng01-168F09.g_69_1176

seq1  GAATTCTCTTTTCTAAGGAAAATAATAGCATTCCAGGAAATGTATGATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTTCTAAGGAAAATAATAGCATTCCAGGAAATGTATGATGG  50

seq1  AAAAGTAGGGCATACGCTAATCACACTAGAACCCGGGGGAGCCCAAGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAGGGCATACGCTAATCACACTAGAACCCGGGGGAGCCCAAGTAT  100

seq1  TCCTCCTGGATAAGTCCAGAATAATGCTTACCTAGCCTTTCTGGCTAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTGGATAAGTCCAGAATAATGCTTACCTAGCCTTTCTGGCTAGAA  150

seq1  AGCAATGCCAAAGCCAAAGAGCTTACTTGATCATCCGGTCTGTGGAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGCCAAAGCCAAAGAGCTTACTTGATCATCCGGTCTGTGGAGAGA  200

seq1  CGTGGTGAATTCTTTGATATGCGTCCTGAGCACATGGAAATAGCTGCCGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGTGAATTCTTTGATATGCGTCCTGAGCACATGGAAATAGCTGCCGC  250

seq1  TGAAGGATTTCTCCTGGTAAGACACCTTATAAAGCCAAATCCAATAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGATTTCTCCTGGTAAGACACCTTATAAAGCCAAATCCAATAAAAT  300

seq1  GAAATGTCAAGGATTCAGGTTATCTCCTGCTTTTATTTATCTCTGTCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTCAAGGATTCAGGTTATCTCCTGCTTTTATTTATCTCTGTCTCA  350

seq1  TAGCTTTGTTATTGCCCATGTTTGGTTTTATACGATTCCACAATCTATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTGTTATTGCCCATGTTTGGTTTTATACGATTCCACAATCTATCC  400

seq1  TTAATTCAGGCGGGCTTTCCTAAGTGTAAACATGTTTGGGGAAGAGAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCAGGCGGGCTTTCCTAAGTGTAAACATGTTTGGGGAAGAGAGCT  450

seq1  AGCTTCTACATGGGTGGGGAAGGATTTAATTCCAGGGGACCAAGGCAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTACATGGGTGGGGAAGGATTTAATTCCAGGGGACCAAGGCAAAA  500

seq1  TCCTACATGTAGGGTTATAGTGAATAATTAAAGTGAATCTTATCATGTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACATGTAGGGTTATAGTGAATAATTAAAGTGAATCTTATCATGTCA  550

seq1  TAAAATAGTTTTATGGAGACTATGAAATATAAAAAAAGTAATGATATTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAGTTTTATGGAGACTATGAAATATAAAAAAAGTAATGATATTGA  600

seq1  GTTGAACAAATTGAACTTAATTATAAAAGATAGGCAGAACTAAAAAAGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAACAAATTGAACTTAATTATAAAAGATAGGCAGAACTAAAAAAGAC  650

seq1  CGATTTTGAAGCACAGATTATTTATTCTTTCTTGAGCTATATTAAAGGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATTTTGAAGCACAGATTATTTATTCTTTCTTGAGCTATATTAAAGGCT  700

seq1  AGGTATATTTCCTTGACATCTTAATATGTCTGTGGCTTCTTCCTCCAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATATTTCCTTGACATCTTAATATGTCTGTGGCTTCTTCCTCCAAAT  750

seq1  CCTTGCATGCCACTAATACAGTCTGCACTATACTTAATTGTTCTATTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCATGCCACTAATACAGTCTGCACTATACTTAATTGTTCTATTCTT  800

seq1  TTTTTTACTATAAA-TTTAATGCTACCTTCTTGATCATAGTAAAATGATA  849
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTACTATAAATTTTAATGCTACCTTCTTGATCATAGTAAAATGATA  850

seq1  GTA-TTCTTCAAACCCAAATAGTGAGGGCAGAAGTGGCAATTTCATATAA  898
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCTTCAAACCCAAATAGTGAGGGCAGAAGTGGCAATTTCATATAA  900

seq1  ATCTGTGAAACCATCATCAGTAAACACACATGTAAGTAGTGTGATTCTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATCTGTGAAACCATCATCAGTAAACACACATGTAAGTAGTGTGATTC-TT  949

seq1  ATGTCATTTCAATTGTTTTATATCTGTAATTTAGTTGGCTAA-GCCACCT  997
      |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  ATGTCA-TTCAATTGTTTTATATCTGT-ATTTAGTTGGCTAAGGCCACCT  997

seq1  CAAAATTATAACAAATATTGATCAC-TGACCATTTGTGTCTACTTAGTAT  1046
      ||||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||
seq2  CAAAA-TATACAAAATATTGATCACTTGACCATTTGGTTCTAC-TAGTAT  1045

seq1  GATCCTATTTTAAAAATAATCATTCT-CAACTCCACTCTACTGGGTTATT  1095
      ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |
seq2  GATCCTA-TTTAAAAATAATCATTCTCCAACTCC-CTCTACTGGGTTA-T  1092

seq1  AATTTTATATATATATA  1112
      |||||||||| ||||||
seq2  AATTTTATAT-TATATA  1108