BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-169C07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 20,174,006 - 20,294,044
singlet/doubletdoublet
Overlap genePkhd1
Upstream geneTcfap2b, LOC100040198, LOC226901
Downstream geneIl17a, Il17f, Mcm3, Paqr8, Efhc1, Tram2, LOC100040291, Tmem14a, Gsta3, EG632802, EG241041
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-169C07.bB6Ng01-169C07.g
ACCDH960197DH960198
length1,120943
definitionDH960197|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169C07, 5' end.DH960198|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169C07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,292,907 - 20,294,044)(20,174,006 - 20,174,948)
sequence
gaattctcaactgaggaatattgaatggctgggaagcacctgaaaatgtg
ttcaacatccttaattatcagggaaatgcaaatcaaaaaaacccctgaga
gtccacctcataccctctccttttatttttaaacaggattttatgttact
tgaagtcccccgtcatatgctatatattgcatgttgctgtggttgggaat
ttaaacaattgttacatataaacttatcttttgaggagagccatttgggg
agcctttccaaagctattgaaaatatcccacagggagaccccgagaaagg
agggcacaggagaatcatgttactgatgcgtgtgggtgtgatgcgtgtgg
acccagaagaagcagtatttgatgtggtgaactatgaagaatggtgcccc
cagctgtaatgtccaagcatgcttaggaacacacacaactgtaaaaaagc
actctttcctatttgcaagccaggagtcaaattcagcaagcccactcctc
tgctcaaggagtttgacttgatagcttgtatgtctgccataccaagctac
attcttaacatttctgttgctactgtctcctccctgccctgccccccagg
aatgtttcagttcatggtgaactatttttattttttagttacattaacgc
tatgaaataattagtcagctaattaatctggtttacaagctttgtaggat
tcttcagctgtcagtcaggcccaggcctgaggccgccatctagtcccatc
tctcttgcccatgtgattctcgttgccatggctactggctacatctgctg
acaccccactctctatttattgcttaattaagaatttcacgctcagccct
tatctgcctccaagaacaagtgcacactgttaagaaattccaaatttagg
ccagacacaagagagcctttcttatggacttggctgtgtggagctctcta
acgatctctcagcaacccagccgccacccttcatcaaaaatcattaaatg
gggcagagataatgaccatggtagcatatcaaaagagatgtttgcttggt
ccaagaagagctgtgagccatgctcagctccacttcaaggagagagaacc
ctcatcactggggccgataa
gaattccctagagctgaaattgcaagtgctttgtgagccttgagatgagc
gtgctgagaaatgaagtcaagtcctctggaagagcagtaagtggtcttca
ctgctaaaccatcttccccaccctcgatctgggggatgttgttcataact
gcattcaatttgccagagactattgccacttacatctgctgggaaggtaa
aaccaaaagtacaccacactggaaaccagatgaaagcatcttttaggatc
ataatattgacacaacacatcattgtgtcattcattgacttgcttctact
tattatattagcaagaaactagtgttttgcttatgactgtccaagtgttc
acattcattaaaatgtgtgcaagtatgcctgtgggatatacctatctata
cctatatcatctgtttctatatatgtgcatacacacacacatgcatacat
acatacatgcatgcatgcatatatgtatggtgtacacatgcccctcctgt
agaatgttaatattagtgcttctcataaacatggtttgagaaaatgagaa
gatttttttcttataaaggattgtgaacttatttaggtagggaaattccc
aggttcagaaaacttcattctttcattagaggatggtgtgttccttggta
gttcaccagaacgacaaacaacccaaggtttggaggcttggggatccctt
tctttaactaatttggatgcctacatcaatctggtgctgtcatgaatcat
ctaattcaagtcatttctaatgagagcaatacagtctttatatagcaata
atttatttataaaaacatagtttaacataaatgaatattaacagactagt
tcagagtttgaaaaataaatcaattgtctaacatatatccctccatacaa
gtacgaaggatatacacatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_20292907_20294044
seq2: B6Ng01-169C07.b_44_1163 (reverse)

seq1  TTATCGGGCCCCAGTGATGAGGGGTCTCATCTCCCTTTGAAGTGGAGCTG  50
      ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||||
seq2  TTATC-GGCCCCAGTGATGAGGGTTCTC-TCTCC--TTGAAGTGGAGCTG  46

seq1  AGCATGGGGCCTCACAGCTTTCCCTTCTTTGGACCAAGCAAACATCCTTC  100
      |||||||   |||||||||    |||| ||||||||||||||||||  ||
seq2  AGCATGG---CTCACAGCT----CTTC-TTGGACCAAGCAAACATC--TC  86

seq1  TTTTGATATGCTA-CATGGTCATTATCTCTGCCCCATTTAATGATTTTTG  149
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATATGCTACCATGGTCATTATCTCTGCCCCATTTAATGATTTTTG  136

seq1  ATTGAAGGGTGGCGGCTGGGTTGCTGAGAGGATCGTTAGAGAGGCTCCAC  199
      | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  A-TGAAGGGTGGCGGCTGGGTTGCTGAGA-GATCGTTAGAGA-GCTCCAC  183

seq1  ACAGCCAAGTCCATAAGAAAGGCTCTCCTTGTGTCTGGGCCTAAATTTGG  249
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  ACAGCCAAGTCCATAAGAAAGGCTCT-CTTGTGTCT-GGCCTAAATTTGG  231

seq1  AATTTCTTAACAGTGTGCACTTGTTCTTGGAGGCAGATAAGGGCTGAGCG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTTAACAGTGTGCACTTGTTCTTGGAGGCAGATAAGGGCTGAGCG  281

seq1  TGAAATTCTTAATTAAGCAATAAATAGAGAGTGGGGTGTCAGCAGATGTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTCTTAATTAAGCAATAAATAGAGAGTGGGGTGTCAGCAGATGTA  331

seq1  GCCAGTAGCCATGGCAACGAGAATCACATGGGCAAGAGAGATGGGACTAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTAGCCATGGCAACGAGAATCACATGGGCAAGAGAGATGGGACTAG  381

seq1  ATGGCGGCCTCAGGCCTGGGCCTGACTGACAGCTGAAGAATCCTACAAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCGGCCTCAGGCCTGGGCCTGACTGACAGCTGAAGAATCCTACAAAG  431

seq1  CTTGTAAACCAGATTAATTAGCTGACTAATTATTTCATAGCGTTAATGTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAAACCAGATTAATTAGCTGACTAATTATTTCATAGCGTTAATGTA  481

seq1  ACTAAAAAATAAAAATAGTTCACCATGAACTGAAACATTCCTGGGGGGCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAAAATAAAAATAGTTCACCATGAACTGAAACATTCCTGGGGGGCA  531

seq1  GGGCAGGGAGGAGACAGTAGCAACAGAAATGTTAAGAATGTAGCTTGGTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGGAGGAGACAGTAGCAACAGAAATGTTAAGAATGTAGCTTGGTA  581

seq1  TGGCAGACATACAAGCTATCAAGTCAAACTCCTTGAGCAGAGGAGTGGGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGACATACAAGCTATCAAGTCAAACTCCTTGAGCAGAGGAGTGGGC  631

seq1  TTGCTGAATTTGACTCCTGGCTTGCAAATAGGAAAGAGTGCTTTTTTACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGAATTTGACTCCTGGCTTGCAAATAGGAAAGAGTGCTTTTTTACA  681

seq1  GTTGTGTGTGTTCCTAAGCATGCTTGGACATTACAGCTGGGGGCACCATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGTGTGTTCCTAAGCATGCTTGGACATTACAGCTGGGGGCACCATT  731

seq1  CTTCATAGTTCACCACATCAAATACTGCTTCTTCTGGGTCCACACGCATC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATAGTTCACCACATCAAATACTGCTTCTTCTGGGTCCACACGCATC  781

seq1  ACACCCACACGCATCAGTAACATGATTCTCCTGTGCCCTCCTTTCTCGGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCACACGCATCAGTAACATGATTCTCCTGTGCCCTCCTTTCTCGGG  831

seq1  GTCTCCCTGTGGGATATTTTCAATAGCTTTGGAAAGGCTCCCCAAATGGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCCTGTGGGATATTTTCAATAGCTTTGGAAAGGCTCCCCAAATGGC  881

seq1  TCTCCTCAAAAGATAAGTTTATATGTAACAATTGTTTAAATTCCCAACCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCAAAAGATAAGTTTATATGTAACAATTGTTTAAATTCCCAACCA  931

seq1  CAGCAACATGCAATATATAGCATATGACGGGGGACTTCAAGTAACATAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAACATGCAATATATAGCATATGACGGGGGACTTCAAGTAACATAAA  981

seq1  ATCCTGTTTAAAAATAAAAGGAGAGGGTATGAGGTGGACTCTCAGGGGTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTTTAAAAATAAAAGGAGAGGGTATGAGGTGGACTCTCAGGGGTT  1031

seq1  TTTTTGATTTGCATTTCCCTGATAATTAAGGATGTTGAACACATTTTCAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGATTTGCATTTCCCTGATAATTAAGGATGTTGAACACATTTTCAG  1081

seq1  GTGCTTCCCAGCCATTCAATATTCCTCAGTTGAGAATTC  1138
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTCCCAGCCATTCAATATTCCTCAGTTGAGAATTC  1120

seq1: chr1_20174006_20174948
seq2: B6Ng01-169C07.g_67_1009

seq1  GAATTCCCTAGAGCTGAAATTGCAAGTGCTTTGTGAGCCTTGAGATGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTAGAGCTGAAATTGCAAGTGCTTTGTGAGCCTTGAGATGAGC  50

seq1  GTGCTGAGAAATGAAGTCAAGTCCTCTGGAAGAGCAGTAAGTGGTCTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGAGAAATGAAGTCAAGTCCTCTGGAAGAGCAGTAAGTGGTCTTCA  100

seq1  CTGCTAAACCATCTTCCCCACCCTCGATCTGGGGGATGTTGTTCATAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAAACCATCTTCCCCACCCTCGATCTGGGGGATGTTGTTCATAACT  150

seq1  GCATTCAATTTGCCAGAGACTATTGCCACTTACATCTGCTGGGAAGGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCAATTTGCCAGAGACTATTGCCACTTACATCTGCTGGGAAGGTAA  200

seq1  AACCAAAAGTACACCACACTGGAAACCAGATGAAAGCATCTTTTAGGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAAGTACACCACACTGGAAACCAGATGAAAGCATCTTTTAGGATC  250

seq1  ATAATATTGACACAACACATCATTGTGTCATTCATTGACTTGCTTCTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATTGACACAACACATCATTGTGTCATTCATTGACTTGCTTCTACT  300

seq1  TATTATATTAGCAAGAAACTAGTGTTTTGCTTATGACTGTCCAAGTGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATATTAGCAAGAAACTAGTGTTTTGCTTATGACTGTCCAAGTGTTC  350

seq1  ACATTCATTAAAATGTGTGCAAGTATGCCTGTGGGATATACCTATCTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCATTAAAATGTGTGCAAGTATGCCTGTGGGATATACCTATCTATA  400

seq1  CCTATATCATCTGTTTCTATATATGTGCATACACACACACATGCATACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATATCATCTGTTTCTATATATGTGCATACACACACACATGCATACAT  450

seq1  ACATACATGCATGCATGCATATATGTATGGTGTACACATGCCCCTCCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATGCATGCATGCATATATGTATGGTGTACACATGCCCCTCCTGT  500

seq1  AGAATGTTAATATTAGTGCTTCTCATAAACATGGTTTGAGAAAATGAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTTAATATTAGTGCTTCTCATAAACATGGTTTGAGAAAATGAGAA  550

seq1  GATTTTTTTCTTATAAAGGATTGTGAACTTATTTAGGTAGGGAAATTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTTTCTTATAAAGGATTGTGAACTTATTTAGGTAGGGAAATTCCC  600

seq1  AGGTTCAGAAAACTTCATTCTTTCATTAGAGGATGGTGTGTTCCTTGGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCAGAAAACTTCATTCTTTCATTAGAGGATGGTGTGTTCCTTGGTA  650

seq1  GTTCACCAGAACGACAAACAACCCAAGGTTTGGAGGCTTGGGGATCCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACCAGAACGACAAACAACCCAAGGTTTGGAGGCTTGGGGATCCCTT  700

seq1  TCTTTAACTAATTTGGATGCCTACATCAATCTGGTGCTGTCATGAATCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAACTAATTTGGATGCCTACATCAATCTGGTGCTGTCATGAATCAT  750

seq1  CTAATTCAAGTCATTTCTAATGAGAGCAATACAGTCTTTATATAGCAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTCAAGTCATTTCTAATGAGAGCAATACAGTCTTTATATAGCAATA  800

seq1  ATTTATTTATAAAAACATAGTTTAACATAAATGAATATTAACAGACTAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTATAAAAACATAGTTTAACATAAATGAATATTAACAGACTAGT  850

seq1  TCAGAGTTTGAAAAATAAATCAATTGTCTAACATATATCCCTCCATACAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTTTGAAAAATAAATCAATTGTCTAACATATATCCCTCCATACAA  900

seq1  GTACGAAGGATATACACATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  943
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACGAAGGATATACACATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  943