BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-169G07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 144,709,216 - 144,830,138
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC639376
Downstream geneLOC545369, Cdc73, B3galt2, LOC623138, Glrx2, Trove2, Uchl5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-169G07.bB6Ng01-169G07.g
ACCDH960383DH960384
length9541,106
definitionDH960383|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169G07, 5' end.DH960384|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169G07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,709,216 - 144,710,168)(144,829,027 - 144,830,138)
sequence
gaattcatgggatgttagaactcaggatctgagaacaaacccctgctgtt
ttcaaaactgtgcttgaacctaagaccaggtgggccatctgatcttgttc
tactgtggtgtttcctatagctatgtagaatacacgcatggctttgtaac
cctttgttttcacactgtcccacagcactgacgttgttatgataaaatct
catacagtcatttaagcatggaactgccaggcctcactgggttggagaga
gaacattataaccttccaatagagatgccaatgtccagtaagtaccaaag
acacagataggaaaattatacccatgaggataatggaattatctgttttc
agttcaatatctcaagatttgaagtagatgaacatggtgattccattgat
ccagactcactaagatgacaaacacaatgagcagagaggaaggacactgg
attgactttctgtaggcttagccagtatttccacactaaaatgccaaaga
tactattctaagctctcaaacattggactaattcttatgtatttgacttc
aacagtattacaagtttttaaatcttaataaaactgtaacgttagggcat
gggatatcattacccatacatatttcaaagaaaaaacctcatcatatact
gtcaggtgctggaggcttatcaccttggtatcacttgtttttatatcatt
tcaaagaggaaagtaatgccttttgtgatttattaaaatgttactttcaa
aaaagtttgcagaataaacactgataaattatactaatgggctacttcaa
attaccacataagcttagccttactagtcatgttcaaaatctctctgcgg
tttaatagtaaggttctaaaatatcataaatcttcattattgctctcatt
atcataaaaaataattatagtgtgtatgtgtatgtgggggtatgtgtgtg
tgtg
gaattcatctgagggaatttcatatgttaagattgtaacttttggaatcc
ggatacaattttaagcatgttataattatatgagcttctactgttcactg
tgaaaacaaacaaacttaaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaaaacgg
aatatagagcgttttccacttgtagcataatgaaataaactcttttgaag
agcagggatgatttccattaaaatgttcagtgagtaccagtctatagcaa
ctatctgtaacagctacaaatcattaggtactgatctgcaaggactggca
acacaaagatgaattccttttcacccacagtgagactgtccaattgcaca
aagaagtatagatatattatttaatgatctgttatttatatatttctata
tgtatttctgggacttatttaaatagctgtttaaaaaatctcaataagca
tttatgtttcgcttttaaaattagctcctaattttaaaaagtttatatta
ttaaaataaacatacagatcactcttcttcacctgtggaatcattgatgt
gtggcaaaagattcaaattgtcagctgacataagtgatagccctttgttg
caatgctggtaagaatggatggaatctcaaatttagactctgaaacatga
aacacatctatgacaaatgttaatgttctcaaccagataatctctcatga
tgtttgataatgatagagtctggcaaaaaaaattaccgcttacaatattt
tggtggggttgtaagggtacagaacctcattattactttgctgctgcatt
ccttggacagagtcaaaaatttatggataatcaactgaagtacatccatg
tctattcagttaagaaaaagaatggataccttattatatttgctcattgc
agatgaaatcagcattctctctctttcataatgtatagacagtaccatgt
catgattctgagatgtatttggtgaattaatgaaagcatagctttagcgt
actcctgtgaaaattaaatgtggaattcaatagagtgtgtctaagactga
acaaagcattaaataaatttgtacttcttcattttggcttaagaaaatta
aggaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_144709216_144710168
seq2: B6Ng01-169G07.b_50_1003

seq1  GAATTCATGGGATGTTAGAACTCAGGATCTGAGAACAAACCCCTGCTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGGATGTTAGAACTCAGGATCTGAGAACAAACCCCTGCTGTT  50

seq1  TTCAAAACTGTGCTTGAACCTAAGACCAGGTGGGCCATCTGATCTTGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAACTGTGCTTGAACCTAAGACCAGGTGGGCCATCTGATCTTGTTC  100

seq1  TACTGTGGTGTTTCCTATAGCTATGTAGAATACACGCATGGCTTTGTAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGGTGTTTCCTATAGCTATGTAGAATACACGCATGGCTTTGTAAC  150

seq1  CCTTTGTTTTCACACTGTCCCACAGCACTGACGTTGTTATGATAAAATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTTTTCACACTGTCCCACAGCACTGACGTTGTTATGATAAAATCT  200

seq1  CATACAGTCATTTAAGCATGGAACTGCCAGGCCTCACTGGGTTGGAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGTCATTTAAGCATGGAACTGCCAGGCCTCACTGGGTTGGAGAGA  250

seq1  GAACATTATAACCTTCCAATAGAGATGCCAATGTCCAGTAAGTACCAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATTATAACCTTCCAATAGAGATGCCAATGTCCAGTAAGTACCAAAG  300

seq1  ACACAGATAGGAAAATTATACCCATGAGGATAATGGAATTATCTGTTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGATAGGAAAATTATACCCATGAGGATAATGGAATTATCTGTTTTC  350

seq1  AGTTCAATATCTCAAGATTTGAAGTAGATGAACATGGTGATTCCATTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAATATCTCAAGATTTGAAGTAGATGAACATGGTGATTCCATTGAT  400

seq1  CCAGACTCACTAAGATGACAAACACAATGAGCAGAGAGGAAGGACACTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACTCACTAAGATGACAAACACAATGAGCAGAGAGGAAGGACACTGG  450

seq1  ATTGACTTTCTGTAGGCTTAGCCAGTATTTCCACACTAAAATGCCAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACTTTCTGTAGGCTTAGCCAGTATTTCCACACTAAAATGCCAAAGA  500

seq1  TACTATTCTAAGCTCTCAAACATTGGACTAATTCTTATGTATTTGACTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATTCTAAGCTCTCAAACATTGGACTAATTCTTATGTATTTGACTTC  550

seq1  AACAGTATTACAAGTTTTTAAATCTTAATAAAACTGTAACGTTAGGGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTATTACAAGTTTTTAAATCTTAATAAAACTGTAACGTTAGGGCAT  600

seq1  GGGATATCATTACCCATACATATTTCAAAGAAAAAACCTCATCATATACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATATCATTACCCATACATATTTCAAAGAAAAAACCTCATCATATACT  650

seq1  GTCAGGTGCTGGAGGCTTATCACCTTGGTATCACTTGTTTTTATATCATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGTGCTGGAGGCTTATCACCTTGGTATCACTTGTTTTTATATCATT  700

seq1  TCAAAGAGGAAAGTAATGCCTTTTGTGATTTATTAAAATGTTACTTTCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGAGGAAAGTAATGCCTTTTGTGATTTATTAAAATGTTACTTTCAA  750

seq1  AAAAGTTTGCAGAATAAACACTGATAAATTATACTAATGGGCTACTTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTTGCAGAATAAACACTGATAAATTATACTAATGGGCTACTTCAA  800

seq1  ATTACCACATAAGCTTAGCCTTACTAGTCATGTTCAAAATCTCTCTGCGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCACATAAGCTTAGCCTTACTAGTCATGTTCAAAATCTCTCTGCGG  850

seq1  TTTAATAGTAAGGTTCTAAAATATCATAAATCTTCATTATTGCTCTCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATAGTAAGGTTCTAAAATATCATAAATCTTCATTATTGCTCTCATT  900

seq1  ATCATAAAAAATAATTATAGTGTGTATGTGTATGT-GGTGTATGTGTGTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
seq2  ATCATAAAAAATAATTATAGTGTGTATGTGTATGTGGGGGTATGTGTGTG  950

seq1  TGTG  953
      ||||
seq2  TGTG  954

seq1: chr1_144829027_144830138
seq2: B6Ng01-169G07.g_67_1172 (reverse)

seq1  ATTCCTTTATTTTCTTAAGCCAAAATGAAGGAGTACAAATTTAATTTAAT  50
      ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  ATTCCTTAATTTTCTTAAGCCAAAATGAAGAAGTACAAATTT-ATTTAAT  49

seq1  GCTCTGTTCAGTC-TAGACACACTCTATTGAATTCCACATTTAATTTTCA  99
      ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTTCAGTCTTAGACACACTCTATTGAATTCCACATTTAATTTTCA  99

seq1  CAGGAGTACGGCTAAAGCTTATGCTTTCATTAATTCACCAAATACCATCT  149
      ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAGGAGTAC-GCTAAAGC-TATGCTTTCATTAATTCACCAAATA-CATCT  146

seq1  CAGAATCCATGACATGGTACTGTCTATACATTATGAAAGAGAGAGAATGC  199
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGAAT-CATGACATGGTACTGTCTATACATTATGAAAGAGAGAGAATG-  194

seq1  CTGATTTCATCTGCAATGAGCAAATATAATAAGGTATCCATTCTTTTTTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTGATTTCATCTGCAATGAGCAAATATAATAAGGTATCCATTC-TTTTTC  243

seq1  TTAACTGAATAGACATGGATGTACTTCAGTTGATTATCCATAAATTTTTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGAATAGACATGGATGTACTTCAGTTGATTATCCATAAATTTTTG  293

seq1  ACTCTGTCCAAGGAATGCAGCAGCAAAGTAATAATGAGGTTCTGTACCCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTCCAAGGAATGCAGCAGCAAAGTAATAATGAGGTTCTGTACCCT  343

seq1  TACAACCCCACCAAAATATTGTAAGCGGTAATTTTTTTTGCCAGACTCTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACCCCACCAAAATATTGTAAGCGGTAATTTTTTTTGCCAGACTCTA  393

seq1  TCATTATCAAACATCATGAGAGATTATCTGGTTGAGAACATTAACATTTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATCAAACATCATGAGAGATTATCTGGTTGAGAACATTAACATTTG  443

seq1  TCATAGATGTGTTTCATGTTTCAGAGTCTAAATTTGAGATTCCATCCATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGATGTGTTTCATGTTTCAGAGTCTAAATTTGAGATTCCATCCATT  493

seq1  CTTACCAGCATTGCAACAAAGGGCTATCACTTATGTCAGCTGACAATTTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCAGCATTGCAACAAAGGGCTATCACTTATGTCAGCTGACAATTTG  543

seq1  AATCTTTTGCCACACATCAATGATTCCACAGGTGAAGAAGAGTGATCTGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTTGCCACACATCAATGATTCCACAGGTGAAGAAGAGTGATCTGT  593

seq1  ATGTTTATTTTAATAATATAAACTTTTTAAAATTAGGAGCTAATTTTAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTATTTTAATAATATAAACTTTTTAAAATTAGGAGCTAATTTTAAA  643

seq1  AGCGAAACATAAATGCTTATTGAGATTTTTTAAACAGCTATTTAAATAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAAACATAAATGCTTATTGAGATTTTTTAAACAGCTATTTAAATAAG  693

seq1  TCCCAGAAATACATATAGAAATATATAAATAACAGATCATTAAATAATAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAAATACATATAGAAATATATAAATAACAGATCATTAAATAATAT  743

seq1  ATCTATACTTCTTTGTGCAATTGGACAGTCTCACTGTGGGTGAAAAGGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATACTTCTTTGTGCAATTGGACAGTCTCACTGTGGGTGAAAAGGAA  793

seq1  TTCATCTTTGTGTTGCCAGTCCTTGCAGATCAGTACCTAATGATTTGTAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTTTGTGTTGCCAGTCCTTGCAGATCAGTACCTAATGATTTGTAG  843

seq1  CTGTTACAGATAGTTGCTATAGACTGGTACTCACTGAACATTTTAATGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTACAGATAGTTGCTATAGACTGGTACTCACTGAACATTTTAATGGA  893

seq1  AATCATCCCTGCTCTTCAAAAGAGTTTATTTCATTATGCTACAAGTGGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATCCCTGCTCTTCAAAAGAGTTTATTTCATTATGCTACAAGTGGAA  943

seq1  AACGCTCTATATTCCGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTAAGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCTCTATATTCCGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTAAGT  993

seq1  TTGTTTGTTTTCACAGTGAACAGTAGAAGCTCATATAATTATAACATGCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTTCACAGTGAACAGTAGAAGCTCATATAATTATAACATGCT  1043

seq1  TAAAATTGTATCCGGATTCCAAAAGTTACAATCTTAACATATGAAATTCC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTGTATCCGGATTCCAAAAGTTACAATCTTAACATATGAAATTCC  1093

seq1  CTCAGATGAATTC  1112
      |||||||||||||
seq2  CTCAGATGAATTC  1106