BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-170G14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 127,265,292 - 127,360,052
singlet/doubletdoublet
Overlap geneActr3
Upstream geneLOC666998
Downstream geneSlc35f5, Lypd1, E030049G20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-170G14.bB6Ng01-170G14.g
ACCDH961129DH961130
length1,0091,069
definitionDH961129|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170G14, 5' end.DH961130|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170G14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,265,292 - 127,266,286)(127,358,977 - 127,360,052)
sequence
gaattcacttgtcctctattatcacctcatacaccatggcacacacacac
aagtaaataatacatggtttgttgttgttgttgctgttgttgttgctgct
gctgctgctgttgctgttgctgttttaagtaaggcaagcacctgctgctg
ctgtggactcactggctgaatgtccctgccccaaggttacaaagctacac
tgactgaaaccttgaagaaataacagtggcgacatcagaatttccctccc
aagaagcagatatgaagacattggctcacccaacctcctctggcttgcct
tgccaagagctctgaggaccaggctggactgcaggacagagaatccagac
ttggtattgcagctgaatagctgccctgctccacctccccagtcccccag
ctttatctgtaaatgaaggcttccatctgcctcttcttttaaaaatgtat
ttattagcatattaattatgcataataatgggtttcactgtgacattttt
ctatttttattagatattttctttatttacatttcaaatgttatcccttt
tcctggtttcccctccgaaaatcccctattccccctaccccctactcccc
aaccctcccactcccattcctggccctggcattcccctatactggggcat
agaaccttaacaggacctagggcctctcttcccattgatgaccaactagg
ccattctctgctacatatacagctagagccacaagtcccaccatgtgttt
tctttgattagtggtttagttccaaggagctctgggggtaatggttagtt
catattgttgttcctcctagcgggctgcaaactccttcagctccttgggt
actttctctagttccttcattggggaccctgtgctccatccaatggatga
ctgtgagcatccacttctgtatttgccaggcactggcagagcttctcagg
gacagcgatatcaggctcctgtagcaagctcttgttggcatctgccatag
tatctgggt
gaattccctcccctctgtcacatttattttaaacatgtgtgcccagtaga
gaaggagtgatgagagtcccagaagaaagagcagaaggatgtgatgacaa
gttcactgccacaaagacataaagccaaagatttgtctttatttctaaaa
aggtgctaggtgtcttatgtggagtcgttcctatctggcttctttcactt
agcacagtattcctgagagttcatccacattgctgtttggatttttaact
acttgctttgtaacatttcatcatatgtgttccttgtacacagcattatg
ttacacaggaacctttcacaatgtgagtatactctatgcatgttcctccc
atacttccccctcccccctttttacacttcctctgcccagaggcccctaa
ttcctctagatagtttcatttctagggaaaaggcaagcactcagggcagg
agcctggaggcaggaactagaacagaaaccatggaagaatggtcttactg
gcttactccccatggcttcctcaccctggttccctataggacccaggaat
gcttgctacaatgaactgggctctcccacattaatcaagaaaatgactca
ctggtgtgcctccaggccaatctttaaaccagagctacagacaggtgtct
gcttctatatgggtgctgggaacagaacctgtgtcctatgcaagatcaac
aagtgctcttaactgcagaaccatgtctctaccttctaggtgaactgtgt
agacagtcagaatgtctgtgctgaagccgtcaggctttgtttagggtttt
acattttccccagtagtttcatagttattactcaaccatgtggggtgggg
gctatgatggagttgaattagataaaaaaatttctattctcaccatctat
ataccttctcttgatctcctaaaggtaaacataccacacttacacctgct
ttgaatcatcatgcatatagtaataggctagaacccatgtatgaggggga
cctgtgctttttgtattctgacttactaaccaagaatgctctccatgatg
cagcagaagacaaaatggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_127265292_127266286
seq2: B6Ng01-170G14.b_46_1039

seq1  GAATTCACTTGTCCTCTATTATCACCTCATACACCATGGCACACACACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGTCCTCTATTATCACCTCATACACCATGGCACACACACAC  50

seq1  AAGTAAATAATACATGGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGTTGCTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAATAATACATGGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGTTGCTGCT  100

seq1  GCTGCTGCTGTTGCTGTTGCTGTTTTAAGTAAGGCAAGCACCTGCTGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGCTGTTGCTGTTGCTGTTTTAAGTAAGGCAAGCACCTGCTGCTG  150

seq1  CTGTGGACTCACTGGCTGAATGTCCCTGCCCCAAGGTTACAAAGCTACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGACTCACTGGCTGAATGTCCCTGCCCCAAGGTTACAAAGCTACAC  200

seq1  TGACTGAAACCTTGAAGAAATAACAGTGGCGACATCAGAATTTCCCTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGAAACCTTGAAGAAATAACAGTGGCGACATCAGAATTTCCCTCCC  250

seq1  AAGAAGCAGATATGAAGACATTGGCTCACCCAACCTCCTCTGGCTTGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCAGATATGAAGACATTGGCTCACCCAACCTCCTCTGGCTTGCCT  300

seq1  TGCCAAGAGCTCTGAGGACCAGGCTGGACTGCAGGACAGAGAATCCAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGAGCTCTGAGGACCAGGCTGGACTGCAGGACAGAGAATCCAGAC  350

seq1  TTGGTATTGCAGCTGAATAGCTGCCCTGCTCCACCTCCCCAGTCCCCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTATTGCAGCTGAATAGCTGCCCTGCTCCACCTCCCCAGTCCCCCAG  400

seq1  CTTTATCTGTAAATGAAGGCTTCCATCTGCCTCTTCTTTTAAAAATGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCTGTAAATGAAGGCTTCCATCTGCCTCTTCTTTTAAAAATGTAT  450

seq1  TTATTAGCATATTAATTATGCATAATAATGGGTTTCACTGTGACATTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAGCATATTAATTATGCATAATAATGGGTTTCACTGTGACATTTTT  500

seq1  CTATTTTTATTAGATATTTTCTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTTATTAGATATTTTCTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCCTTT  550

seq1  TCCTGGTTTCCCCTCCGAAAATCCCCTATTCCCCCTACCCCCTACTCCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGTTTCCCCTCCGAAAATCCCCTATTCCCCCTACCCCCTACTCCCC  600

seq1  AACCCTCCCACTCCCATTCCTGGCCCTGGCATTCCCCTATACTGGGGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTCCCACTCCCATTCCTGGCCCTGGCATTCCCCTATACTGGGGCAT  650

seq1  AGAACCTTAACAGGACCTAGGGCCTCTCTTCCCATTGATGACCAACTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCTTAACAGGACCTAGGGCCTCTCTTCCCATTGATGACCAACTAGG  700

seq1  CCATTCTCTGCTACATATACAGCTAGAGCCACAAGTCCCACCATGTGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTCTGCTACATATACAGCTAGAGCCACAAGTCCCACCATGTGTTT  750

seq1  TCTTTGATTAGTGGTTTAGTTCCAAGGAGCTCTGGGGGTAATGGTTAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGATTAGTGGTTTAGTTCCAAGGAGCTCTGGGGGTAATGGTTAGTT  800

seq1  CATATTGTTGTTCCTCCTAGCGGGCTGCAAACTCCTTCAGCTCCTTGGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTGTTGTTCCTCCTAGCGGGCTGCAAACTCCTTCAGCTCCTTGGGT  850

seq1  ACTTTCTCTAGTTCCTTCATTGGGGACCCTGTGCTCCATCCAATGGATGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTCTAGTTCCTTCATTGGGGACCCTGTGCTCCATCCAATGGATGA  900

seq1  CTGTGAGCATCCACTTCTGTATTTGCCAGGCACTGGCAGAGCCTCTCAGG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTGTGAGCATCCACTTCTGTATTTGCCAGGCACTGGCAGAGCTTCTCAGG  950

seq1  GACAGCGATATCAGGCTCCTGTAGGCAAGCTCTTGTTGGCATCTG  995
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCGATATCAGGCTCCTGTA-GCAAGCTCTTGTTGGCATCTG  994

seq1: chr1_127358977_127360052
seq2: B6Ng01-170G14.g_68_1136 (reverse)

seq1  CCCAATTTGTCTTCTTGCTGCATCATGGAGAAGCA-TCCTGGTTAGTAAG  49
      |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||||
seq2  CCCATTTTGTCTTC-TGCTGCATCATGGAG-AGCATTCTTGGTTAGTAAG  48

seq1  TCAGAAATAACAAAAGCACATGTTCCCCCTCATACATGGGTTCTAGCCTA  99
      |||| ||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAG-AATACAAAAAGCACA-GGTCCCCCTCATACATGGGTTCTAGCCTA  96

seq1  -TACTATATGCATGTAGATACAAAAGCAGGTGTAAGTGTGGTATGTATAA  148
       |||||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||| | |
seq2  TTACTATATGCATGATGATTC-AAAGCAGGTGTAAGTGTGGTATGT-TTA  144

seq1  CATTTAGGAGATCAAGAGAAGGTAATATTAGATGGTGAGAATAAGAATTT  198
      | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  |||||
seq2  CCTTTAGGAGATCAAGAGAAGGT-ATA-TAGATGGTGAGAATAGAAATTT  192

seq1  TTTTTTCTAATTTCAACTCCATCATAGCCCCCACCCCACATGGTTGAGTA  248
      |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCTAA-TTCAACTCCATCATAGCCCCCACCCCACATGGTTGAGTA  241

seq1  ATAACTATGAAACTACTGGGGAAAATGTAAAACCCTAAACAAAGCCTGAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTATGAAACTACTGGGGAAAATGTAAAACCCTAAACAAAGCCTGAC  291

seq1  GGCTTCAGCACAGACATTCTGACTGTCTACACAGTTCACCTAGGAGGTAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGCTTCAGCACAGACATTCTGACTGTCTACACAGTTCACCTAGAAGGTAG  341

seq1  AGACATGGTTCTGCAGTTAAGAGCACTTGTTGATCTTGCATAGGACACAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGGTTCTGCAGTTAAGAGCACTTGTTGATCTTGCATAGGACACAG  391

seq1  GTTCTGTTCCCAGCACCCATATAGAAGCAGACACCTGTCTGTAGCTCTGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGTTCCCAGCACCCATATAGAAGCAGACACCTGTCTGTAGCTCTGG  441

seq1  TTTAAAGATTGGCCTGGAGGCACACCAGTGAGTCATTTTCTTGATTAATG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGATTGGCCTGGAGGCACACCAGTGAGTCATTTTCTTGATTAATG  491

seq1  TGGGAGAGCCCAGTTCATTGTGGCAAGCATTCCTGGGTCCTATAGGGAAC  548
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGAGCCCAGTTCATTGTAGCAAGCATTCCTGGGTCCTATAGGGAAC  541

seq1  CAGGGTGAGGAAGCCATGGGGAGTAAGCCAGTAAGACCATTCTTCCATGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTGAGGAAGCCATGGGGAGTAAGCCAGTAAGACCATTCTTCCATGG  591

seq1  TTTCTGTTCTAGTTCCTGCCTCCAGGCTCCTGCCCTGAGTGCTTGCCTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTTCTAGTTCCTGCCTCCAGGCTCCTGCCCTGAGTGCTTGCCTTT  641

seq1  TCCCTAGAAATGAAACTATCTAGAGGAATTAGGGGCCTCTGGGCAGAGGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGAAATGAAACTATCTAGAGGAATTAGGGGCCTCTGGGCAGAGGA  691

seq1  AGTGTAAAAAGGGGGGAGGGGGAAGTATGGGAGGAACATGCATAGAGTAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAAAAAGGGGGGAGGGGGAAGTATGGGAGGAACATGCATAGAGTAT  741

seq1  ACTCACATTGTGAAAGGTTCCTGTGTAACATAATGCTGTGTACAAGGAAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACATTGTGAAAGGTTCCTGTGTAACATAATGCTGTGTACAAGGAAC  791

seq1  ACATATGATGAAATGTTACAAAGCAAGTAGTTAAAAATCCAAACAGCAAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGATGAAATGTTACAAAGCAAGTAGTTAAAAATCCAAACAGCAAT  841

seq1  GTGGATGAACTCTCAGGAATACTGTGCTAAGTGAAAGAAGCCAGATAGGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATGAACTCTCAGGAATACTGTGCTAAGTGAAAGAAGCCAGATAGGA  891

seq1  ACGACTCCACATAAGACACCTAGCACCTTTTTAGAAATAAAGACAAATCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGACTCCACATAAGACACCTAGCACCTTTTTAGAAATAAAGACAAATCT  941

seq1  TTGGCTTTATGTCTTTGTGGCAGTGAACTTGTCATCACATCCTTCTGCTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTTATGTCTTTGTGGCAGTGAACTTGTCATCACATCCTTCTGCTC  991

seq1  TTTCTTCTGGGACTCTCATCACTCCTTCTCTACTGGGCACACATGTTTAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTGGGACTCTCATCACTCCTTCTCTACTGGGCACACATGTTTAA  1041

seq1  AATAAATGTGACAGAGGGGAGGGAATTC  1076
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATGTGACAGAGGGGAGGGAATTC  1069