BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172G15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 154,790,539 - 154,939,239
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG668097, Nmnat2
Upstream gene1700025G04Rik, LOC668076, 5730449L18Rik, Glt25d2, Rgl1, EG639787, Apobec4, Arpc5, Ncf2, Smg7
Downstream geneLamc2, Lamc1, EG667795, EG626058, 1700012A16Rik, Dhx9, Npl, LOC626096, Rgs8, Rgs16, Rnasel, LOC100043347, Rgsl1, 5830403L16Rik, EG433365, Teddm1, LOC100043357, Glul, LOC100043359
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172G15.bB6Ng01-172G15.g
ACCGA001034GA001035
length1,120983
definitionB6Ng01-172G15.b B6Ng01-172G15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(154,938,116 - 154,939,239)(154,790,539 - 154,791,511)
sequence
atgtgtagcccagtggcccatcccagttcccacggtacacggaggcagct
gccacctgtattgctgtgaacctggagtctgtctgtcagcaggggcatca
tggctctccttttcagaagccaagaattcttcattatccctccctgtcag
acacggggatccctttcccttccagaaagcaaaagcagtcagaggaggct
agccagactggggagccagaggggatttcccccagcagagacagcagagc
ctaattcaagctctcggggcggggaaaagacaaattacactgaaaaatcc
taggactgttctgagctctgctggactgagacaggcagcagggtgacagt
tcctacaggggactgcagggatgcagagcttagagcttagagcttagagc
tttgaactcagcgctggctgctttgcctttggatcctctgggcttacaga
acttgcttgctttgtggcgattggccagaaagccaggtgcccactctcct
ggagacttcagagctgacaagctgatgtgtaaaggatgttaaagtctaaa
aggtaaataagaggtgaggctcttgagttgctttggttcaacgaagtcta
actgtgtgctaactgcactccattctcactaatgcctctgccaattagta
accagttgtcaacattttacaaatagttctaggaagcaacaggaatagcc
caggcacgactacatctcaaacgttatcacatctgctggttatcatggta
cttagacacaccagccatcttaagatcacagcaggagcccaaacccgagt
gctccctcagaagagtatccacaaggtatctgacacatctttagaagtta
aatccgatctgggttggataccaaattgcctctccttctagacatccacc
aacttgaccctcctcatcatcttcggcctccaactccactcctgcctgcc
tccgccatgcctttccagctgcaggcacttgggtttcccacctgcctttc
actctggaaccctggaaggcttcatcttgctgatttgtgattacccagct
gtcagctccttcctctcccactgccccaacagatgttttgtaatcagctt
ctactacctctggcaccagg
gaattccaagacggccagggctacacagagaaatgctgtcttaaaaacaa
acaaacagacaaacaacaaacaaaaaacaagcaacaaaactttgagcctt
gatcagaaacgtttgtcttggcttcctccttctctcaatccccatccttt
tcattcccagcctccctttcagttaacccagttcatccatggctgctggg
cagctagctacatgaggatacttaagaactactggaagacttaaagactg
gtataatctgacttgtacctttgaaggtattcctttgcctgaagtattgg
caatagctgagagtaaagaagagtaaccaggctttaatgaagagggattg
cagagtggtagaaagatacagcgatatcattctggatatggctttcagca
ggtgattgactgagaagctaagtaagctcttagttgtgatctgtgcattc
tccttaatgtttccttattctctttgttacaacttgttcatctaatctca
cggtattgatttttttaaagatgaagtttcagtgtatattcaagacttga
aatcataatcctccaacttcagcctcattccacctgcttttattttatat
ttatttaatttgtttagaaaacaaaaaaaccctttaataagcaagctatt
ttcttaggacagcagtgctgtcttgtctgcttgtctttgagagcacatac
ccacataattacttaacattattccaagttcaggctttgggtggggaaaa
agaaggtgtctttgcctttggaggccctcgaagtctgcaattgttgttta
gagacagtgccaaggccctgaggagttaagggtatgtactgcttcctgca
gaagatccaagcctttggctttccagcacctatgtcaggagccttagagc
aatctataaacccagcttccaggggggatttgacatcctccttctggggg
aaccgggccatacctccatacatatatacctac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_154938116_154939239
seq2: B6Ng01-172G15.b_53_1172 (reverse)

seq1  CCTGGTGCCCAGAGTAGGTAGAAGCTGATTAC-AAACATCTGTTGGGGGC  49
      ||||||| ||||||   ||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  CCTGGTG-CCAGAGGTAGTAGAAGCTGATTACAAAACATCTGTT-GGGGC  48

seq1  AGTGGGAGA-GAAGGAGCTGACAGCTGGGTAAATCAACAAATCAGCAAGA  98
      ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  AGTGGGAGAGGAAGGAGCTGACAGCTGGGT-AATC-ACAAATCAGCAAGA  96

seq1  TGAAGCCTTCCCAGGGTTCCAGAGTGAAAGGCAGGTGGGAAACCCAAGTG  148
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCTT-CCAGGGTTCCAGAGTGAAAGGCAGGTGGGAAACCCAAGTG  145

seq1  CCTGCAGCTGGAAAGGCATGGCGGAGGCAGGCAGGAGTGGAGTTGGAGGC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGCTGGAAAGGCATGGCGGAGGCAGGCAGGAGTGGAGTTGGAGGC  195

seq1  CGAAGATGATGAGGAGGGTCAAGTTGGTGGATGTCTAGAAGGAGAGGCAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGATGATGAGGAGGGTCAAGTTGGTGGATGTCTAGAAGGAGAGGCAA  245

seq1  TTTGGTATCCAA-CCAGATCGGATTTAACTTCTAAAGATGTGTCAGATAC  297
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTATCCAACCCAGATCGGATTTAACTTCTAAAGATGTGTCAGATAC  295

seq1  CTTGTGGATACTCTTCTGAGGGAGCACTCGGGTTTGGGCTCCTGCTGTGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGATACTCTTCTGAGGGAGCACTCGGGTTTGGGCTCCTGCTGTGA  345

seq1  TCTTAAGATGGCTGGTGTGTCTAAGTACCATGATAACCAGCAGATGTGAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGATGGCTGGTGTGTCTAAGTACCATGATAACCAGCAGATGTGAT  395

seq1  AACGTTTTGAGATGTAGTCGTGCCTGGGCTATTCCTGTTGCTTTCCTAGA  447
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AACG-TTTGAGATGTAGTCGTGCCTGGGCTATTCCTGTTGC-TTCCTAGA  443

seq1  ACTATTTGTAAAATGTTGACAACTGGTTACTAATTGGCAGAGGCATTAGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTGTAAAATGTTGACAACTGGTTACTAATTGGCAGAGGCATTAGT  493

seq1  GAGAATGGAGTGCAGTTAGCACACAGTTAGACTTCGTTGAACCAAAGCAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGGAGTGCAGTTAGCACACAGTTAGACTTCGTTGAACCAAAGCAA  543

seq1  CTCAAGAGCCTCACCTCTTATTTACCTTTTAGACTTTAACATCCTTTACA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGAGCCTCACCTCTTATTTACCTTTTAGACTTTAACATCCTTTACA  593

seq1  CATCAGCTTGTCAGCTCTGAAGTCTCCAGGAGAGTGGGCACCTGGCTTTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGCTTGTCAGCTCTGAAGTCTCCAGGAGAGTGGGCACCTGGCTTTC  643

seq1  TGGCCAATCGCCACAAAGCAAGCAAGTTCTGTAAGCCCAGAGGATCCAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAATCGCCACAAAGCAAGCAAGTTCTGTAAGCCCAGAGGATCCAAA  693

seq1  GGCAAAGCAGCCAGCGCTGAGTTCAAAGCTCTAAGCTCTAAGCTCTAAGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGCAGCCAGCGCTGAGTTCAAAGCTCTAAGCTCTAAGCTCTAAGC  743

seq1  TCTGCATCCCTGCAGTCCCCTGTAGGAACTGTCACCCTGCTGCCTGTCTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCCCTGCAGTCCCCTGTAGGAACTGTCACCCTGCTGCCTGTCTC  793

seq1  AGTCCAGCAGAGCTCAGAACAGTCCTAGGATTTTTCAGTGTAATTTGTCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAGCAGAGCTCAGAACAGTCCTAGGATTTTTCAGTGTAATTTGTCT  843

seq1  TTTCCCCGCCCCGAGAGCTTGAATTAGGCTCTGCTGTCTCTGCTGGGGGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCGCCCCGAGAGCTTGAATTAGGCTCTGCTGTCTCTGCTGGGGGA  893

seq1  AATCCCCTCTGGCTCCCCAGTCTGGCTAGCCTCCTCTGACTGCTTTTGCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCCTCTGGCTCCCCAGTCTGGCTAGCCTCCTCTGACTGCTTTTGCT  943

seq1  TTCTGGAAGGGAAAGGGATCCCCGTGTCTGACAGGGAGGGATAATGAAGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAAGGGAAAGGGATCCCCGTGTCTGACAGGGAGGGATAATGAAGA  993

seq1  ATTCTTGGCTTCTGAAAAGGAGAGCCATGATGCCCCTGCTGACAGACAGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTGGCTTCTGAAAAGGAGAGCCATGATGCCCCTGCTGACAGACAGA  1043

seq1  CTCCAGGTTCACAGCAATACAGGTGGCAGCTGCCTCCGTGTACCGTGGGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGTTCACAGCAATACAGGTGGCAGCTGCCTCCGTGTACCGTGGGA  1093

seq1  ACTGGGATGGGCCACTGGGCTACACAT  1124
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGATGGGCCACTGGGCTACACAT  1120

seq1: chr1_154790539_154791511
seq2: B6Ng01-172G15.g_61_1043

seq1  GAATTCCAAGACGGCCAGGGCTACACAGAGAAATGCTGTCTTAAAAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGACGGCCAGGGCTACACAGAGAAATGCTGTCTTAAAAACAA  50

seq1  ACAAACAGACAAACAACAAACAAAAAACAAGCAACAAAACTTTGAGCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAGACAAACAACAAACAAAAAACAAGCAACAAAACTTTGAGCCTT  100

seq1  GATCAGAAACGTTTGTCTTGGCTTCCTCCTTCTCTCAATCCCCATCCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGAAACGTTTGTCTTGGCTTCCTCCTTCTCTCAATCCCCATCCTTT  150

seq1  TCATTCCCAGCCTCCCTTTCAGTTAACCCAGTTCATCCATGGCTGCTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCCCAGCCTCCCTTTCAGTTAACCCAGTTCATCCATGGCTGCTGGG  200

seq1  CAGCTAGCTACATGAGGATACTTAAGAACTACTGGAAGACTTAAAGACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAGCTACATGAGGATACTTAAGAACTACTGGAAGACTTAAAGACTG  250

seq1  GTATAATCTGACTTGTACCTTTGAAGGTATTCCTTTGCCTGAAGTATTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAATCTGACTTGTACCTTTGAAGGTATTCCTTTGCCTGAAGTATTGG  300

seq1  CAATAGCTGAGAGTAAAGAAGAGTAACCAGGCTTTAATGAAGAGGGATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGCTGAGAGTAAAGAAGAGTAACCAGGCTTTAATGAAGAGGGATTG  350

seq1  CAGAGTGGTAGAAAGATACAGCGATATCATTCTGGATATGGCTTTCAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGGTAGAAAGATACAGCGATATCATTCTGGATATGGCTTTCAGCA  400

seq1  GGTGATTGACTGAGAAGCTAAGTAAGCTCTTAGTTGTGATCTGTGCATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATTGACTGAGAAGCTAAGTAAGCTCTTAGTTGTGATCTGTGCATTC  450

seq1  TCCTTAATGTTTCCTTATTCTCTTTGTTACAACTTGTTCATCTAATCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAATGTTTCCTTATTCTCTTTGTTACAACTTGTTCATCTAATCTCA  500

seq1  CGGTATTGATTTTTTTAAAGATGAAGTTTCAGTGTATATTCAAGACTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTATTGATTTTTTTAAAGATGAAGTTTCAGTGTATATTCAAGACTTGA  550

seq1  AATCATAATCCTCCAACTTCAGCCTCATTCCACCTGCTTTTATTTTATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATAATCCTCCAACTTCAGCCTCATTCCACCTGCTTTTATTTTATAT  600

seq1  TTATTTAATTTGTTTAGAAAACAAAAAAACCCTTTAATAAGCAAGCTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTAATTTGTTTAGAAAACAAAAAAACCCTTTAATAAGCAAGCTATT  650

seq1  TTCTTAGGACAGCAGTGCTGTCTTGTCTGCTTGTCTTTGAGAGCACATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGGACAGCAGTGCTGTCTTGTCTGCTTGTCTTTGAGAGCACATAC  700

seq1  CCACATAATTACTTAACATTATTCCAAGTTCAGGCTTTGGGTGGGGAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATAATTACTTAACATTATTCCAAGTTCAGGCTTTGGGTGGGGAAAA  750

seq1  AGAAGGTGTCTTTGCC-TTGGAGGCCCTCGAAGTCTGCAA-TGTTGTTTA  798
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGAAGGTGTCTTTGCCTTTGGAGGCCCTCGAAGTCTGCAATTGTTGTTTA  800

seq1  GAGACAGTGCCAAGGGCCTGAGGAGTTAAGGGTATGTACTGC-TCCTGCA  847
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAGACAGTGCCAAGGCCCTGAGGAGTTAAGGGTATGTACTGCTTCCTGCA  850

seq1  GAAGATCCAAG-CTTTGGC-TTCCAGCACCTATGTCAGGAG-CTTAGAGC  894
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GAAGATCCAAGCCTTTGGCTTTCCAGCACCTATGTCAGGAGCCTTAGAGC  900

seq1  AATCTATAAACCCAGC-TCCA-GGGGGATTTGACATCCT-CTTCTGGGGT  941
      |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  AATCTATAAACCCAGCTTCCAGGGGGGATTTGACATCCTCCTTCTGGGGG  950

seq1  AA-CGGTGCATACATACATACATATATACATAC  973
      || |||  ||||| | ||||||||||||| |||
seq2  AACCGGGCCATACCTCCATACATATATACCTAC  983