BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172H13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 79,895,879 - 80,021,737
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG433326, LOC665064
Upstream geneEG545332, Scg2, Ap1s3, Wdfy1, Mrpl44, Serpine2
Downstream geneLOC100039325, A830043J08Rik, 2310015K22Rik, Cul3, EG620899, 1700016L21Rik, Dock10, LOC665092
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172H13.bB6Ng01-172H13.g
ACCGA001077GA001078
length831986
definitionB6Ng01-172H13.b B6Ng01-172H13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,895,879 - 79,896,709)(80,020,759 - 80,021,737)
sequence
gaattcttgctgtatcctcacatattgtgtgggcaggtggaggagagaaa
gagggaacaggaatgagagagagagagagagagagagagagagagagaga
gagagagagagagagatgttccactgtctcttcttacacaggcattgatg
ccatcaggttagggctttacccttagggttgtttaatcctaatcgctgac
ttctgacagcagttggcaccattgttagtcctgtgcctttgccatcttag
acttttagcccagccaagtcccttggatgcctgtatcccaagatcacata
cataggaaggaaagactgagccaattcatccatattattagaggaaaata
aaatagctatccactaagccattgttttagggtgattctagaatgtatta
ataaagaacagaaatatcacataatctttctattgcctccccctcctttc
ccttgcatccccatatcttccttctcttccccttccttcagtttctcttc
tctttcttctccatttgtcctcatatgccaccataataggcattttcatt
agtttttacatagatttgggtcacatacaaggaacacaggatatattctg
tatcttagaaaaaatatataaactacccatatatcacagagtgaggtgac
atggatttaggatggctttgataattcctggcatgctactaagatagtta
ttccaagatgagtcctgggaagaaacatttcacttaatggctctctgaag
actggagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagata
gatagatagataaatagatcgatagatagat

gaattcactctttctggttctttttgttaactcatgggttcatttcctac
tttccatatgttaatatgaaaatctggcctctctccctctccctctctct
ctgtgtacatgcatgtatgcatgggtgtgcgtgcatgtatatttcactcc
acacatattaattgtacccttgctgcatgtaaggttttgaatggcaaata
agaagcagatacttgtcagttgaagttgatctggcagctcaggaatttat
agtgtaatagcttctcccacttgtaccacacatgcagacttttattcctt
ataaatactcaatcccctagacaagagtaatttaatatacttaatattaa
ttccttgagaagttacacaatgaaaagctatttcacattcaataacactt
catactttctttttgtacgactacaatgacttctgcatagcattactatg
taatattaaatgtgcatctaaaatccatcatctattctactgtgtgagag
ggaggtgggaatctacaactctcttatgataattccacacataggtattg
tatttgttgtttttcttattgctgtgactaattatctgacaacaaacagc
ctaaaccaggaaagggttattttgacttacagtttaacaaaggatgtagg
ccattatggtaaagaaggcatagtggctggcaagggaggcagctggttgt
gttttgcccatagtaaggaaacagagagcagatagggaattgaggctggc
ctataaaaaccttaaagcctgcctttagtaactcttttctctcagtacgg
tttcatctccccaaacagcaccaactacccaggcatcaagtgttcaaaca
catgagcttgtggggccatatcagactcacagcatagcagatgtttccgt
ctgctttggtgttgttagattagaaattatcatagcagtgattgataagg
aaaataattatttgcctcatcaggtcctggtgggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_79895879_79896709
seq2: B6Ng01-172H13.b_43_873

seq1  GAATTCTTGCTGTATCCTCACATATTGTGTGGGCAGGTGGAGGAGAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCTGTATCCTCACATATTGTGTGGGCAGGTGGAGGAGAGAAA  50

seq1  GAGGGAACAGGAATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAACAGGAATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  100

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGATGTTCCACTGTCTCTTCTTACACAGGCATTGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGATGTTCCACTGTCTCTTCTTACACAGGCATTGATG  150

seq1  CCATCAGGTTAGGGCTTTACCCTTAGGGTTGTTTAATCCTAATCGCTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAGGTTAGGGCTTTACCCTTAGGGTTGTTTAATCCTAATCGCTGAC  200

seq1  TTCTGACAGCAGTTGGCACCATTGTTAGTCCTGTGCCTTTGCCATCTTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACAGCAGTTGGCACCATTGTTAGTCCTGTGCCTTTGCCATCTTAG  250

seq1  ACTTTTAGCCCAGCCAAGTCCCTTGGATGCCTGTATCCCAAGATCACATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTAGCCCAGCCAAGTCCCTTGGATGCCTGTATCCCAAGATCACATA  300

seq1  CATAGGAAGGAAAGACTGAGCCAATTCATCCATATTATTAGAGGAAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGAAGGAAAGACTGAGCCAATTCATCCATATTATTAGAGGAAAATA  350

seq1  AAATAGCTATCCACTAAGCCATTGTTTTAGGGTGATTCTAGAATGTATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGCTATCCACTAAGCCATTGTTTTAGGGTGATTCTAGAATGTATTA  400

seq1  ATAAAGAACAGAAATATCACATAATCTTTCTATTGCCTCCCCCTCCTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGAACAGAAATATCACATAATCTTTCTATTGCCTCCCCCTCCTTTC  450

seq1  CCTTGCATCCCCATATCTTCCTTCTCTTCCCCTTCCTTCAGTTTCTCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCATCCCCATATCTTCCTTCTCTTCCCCTTCCTTCAGTTTCTCTTC  500

seq1  TCTTTCTTCTCCATTTGTCCTCATATGCCACCATAATAGGCATTTTCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTCTCCATTTGTCCTCATATGCCACCATAATAGGCATTTTCATT  550

seq1  AGTTTTTACATAGATTTGGGTCACATACAAGGAACACAGGATATATTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTACATAGATTTGGGTCACATACAAGGAACACAGGATATATTCTG  600

seq1  TATCTTAGAAAAAATATATAAACTACCCATATATCACAGAGTGAGGTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTAGAAAAAATATATAAACTACCCATATATCACAGAGTGAGGTGAC  650

seq1  ATGGATTTAGGATGGCTTTGATAATTCCTGGCATGCTACTAAGATAGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATTTAGGATGGCTTTGATAATTCCTGGCATGCTACTAAGATAGTTA  700

seq1  TTCCAAGATGAGTCCTGGGAAGAAACATTTCACTTAATGGCTCTCTGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAGATGAGTCCTGGGAAGAAACATTTCACTTAATGGCTCTCTGAAG  750

seq1  ACTGGAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  800

seq1  GATAGATAGATAAATAGATAGATAGATAGAT  831
      ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GATAGATAGATAAATAGATCGATAGATAGAT  831


seq1: chr1_80020759_80021737
seq2: B6Ng01-172H13.g_65_1050 (reverse)

seq1  TACCCACCA-GACCTG-TGAGGCATATATTTATTTTCCTTATCAATCACT  48
      ||||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  TACCCACCAGGACCTGATGAGGCAAATAATTATTTTCCTTATCAATCACT  50

seq1  GCTATGATA--TTCTAATCTAACAACA-CAAAGCAGACGGAAACATCTGC  95
      |||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGATAATTTCTAATCTAACAACACCAAAGCAGACGGAAACATCTGC  100

seq1  TATGCTGTGAGTCTGATATGGCCCCACAAGCTCATGTGTTTGAACACTTG  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTGTGAGTCTGATATGGCCCCACAAGCTCATGTGTTTGAACACTTG  150

seq1  ATGCCTGGGTAGTTGGTGCTGTTTGGGGAGATGAAACCGTACTGAGAGAA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGGGTAGTTGGTGCTGTTTGGGGAGATGAAACCGTACTGAGAGAA  200

seq1  AAGAGTTACTAAAGGCAGGCTTTAAGG-TTTTATAGGCCAGCCTCAATT-  243
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  AAGAGTTACTAAAGGCAGGCTTTAAGGTTTTTATAGGCCAGCCTCAATTC  250

seq1  CCTATCTGCTCTCTGTTTCCTTACTATGGGCAAAACACAACCAGCTGCCT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTGCTCTCTGTTTCCTTACTATGGGCAAAACACAACCAGCTGCCT  300

seq1  CCCTTGCCAGCCACTATGCCTTCTTTACCATAATGGCCTACATCCTTTGT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGCCAGCCACTATGCCTTCTTTACCATAATGGCCTACATCCTTTGT  350

seq1  TAAACTGTAAGTCAAAATAACCCTTTCCTGGTTTAGGCTGTTTGTTGTCA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTGTAAGTCAAAATAACCCTTTCCTGGTTTAGGCTGTTTGTTGTCA  400

seq1  GATAATTAGTCACAGCAATAAGAAAAACAACAAATACAATACCTATGTGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATTAGTCACAGCAATAAGAAAAACAACAAATACAATACCTATGTGT  450

seq1  GGAATTATCATAAGAGAGTTGTAGATTCCCACCTCCCTCTCACACAGTAG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTATCATAAGAGAGTTGTAGATTCCCACCTCCCTCTCACACAGTAG  500

seq1  AATAGATGATGGATTTTAGATGCACATTTAATATTACATAGTAATGCTAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGATGATGGATTTTAGATGCACATTTAATATTACATAGTAATGCTAT  550

seq1  GCAGAAGTCATTGTAGTCGTACAAAAAGAAAGTATGAAGTGTTATTGAAT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGTCATTGTAGTCGTACAAAAAGAAAGTATGAAGTGTTATTGAAT  600

seq1  GTGAAATAGCTTTTCATTGTGTAACTTCTCAAGGAATTAATATTAAGTAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAATAGCTTTTCATTGTGTAACTTCTCAAGGAATTAATATTAAGTAT  650

seq1  ATTAAATTACTCTTGTCTAGGGGATTGAGTATTTATAAGGAATAAAAGTC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATTACTCTTGTCTAGGGGATTGAGTATTTATAAGGAATAAAAGTC  700

seq1  TGCATGTGTGGTACAAGTGGGAGAAGCTATTACACTATAAATTCCTGAGC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTGTGGTACAAGTGGGAGAAGCTATTACACTATAAATTCCTGAGC  750

seq1  TGCCAGATCAACTTCAACTGACAAGTATCTGCTTCTTATTTGCCATTCAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGATCAACTTCAACTGACAAGTATCTGCTTCTTATTTGCCATTCAA  800

seq1  AACCTTACATGCAGCAAGGGTACAATTAATATGTGTGGAGTGAAATATAC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTACATGCAGCAAGGGTACAATTAATATGTGTGGAGTGAAATATAC  850

seq1  ATGCACGCACACCCATGCATACATGCATGTACACAGAGAGAGAGGGAGAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACGCACACCCATGCATACATGCATGTACACAGAGAGAGAGGGAGAG  900

seq1  GGAGAGAGGCCAGATTTTCATATTAACATATGGAAAGTAGGAAATGAACC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGAGGCCAGATTTTCATATTAACATATGGAAAGTAGGAAATGAACC  950

seq1  CATGAGTTAACAAAAAGAACCAGAAAGAGTGAATTC  979
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTTAACAAAAAGAACCAGAAAGAGTGAATTC  986


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |